genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  259  of  325  ( 38985 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82417785--82417885	37	2.7	37	95	0	184	24	19	31	23	1.98
82420397--82420421	9	2.8	9	100	0	50	20	0	12	68	1.21
82423005--82423110	39	2.7	38	78	11	106	62	2	25	9	1.40
82423041--82423065	12	2.1	12	100	0	50	68	0	24	8	1.16
82430200--82430382	40	4.6	40	81	8	187	24	20	27	27	1.99
82430200--82430379	79	2.3	81	83	8	219	23	21	27	27	1.99
82430280--82430429	39	3.8	39	81	7	117	24	22	28	24	1.99
82430253--82430419	79	2.1	79	82	4	194	24	20	28	26	1.99
82437457--82437579	38	3.2	38	73	14	101	25	20	26	28	1.99
82437484--82437583	39	2.5	39	80	7	112	24	23	26	27	2.00
82450665--82450695	7	4.4	7	91	0	53	41	29	0	29	1.56
82456981--82457042	28	2.2	28	100	0	124	37	0	19	43	1.51
82458746--82458912	48	3.5	48	82	6	205	29	16	26	27	1.97
82459008--82459131	48	2.6	47	81	8	144	32	15	25	26	1.95
82467062--82467123	30	2.1	30	90	0	97	35	4	22	37	1.76
82467780--82467901	47	2.6	47	94	0	208	36	14	24	24	1.93
82467880--82468277	54	7.5	54	77	9	372	35	16	24	23	1.95
82467888--82468278	109	3.7	109	79	7	489	35	16	24	23	1.95
82467827--82468278	109	4.3	105	78	9	435	35	15	24	23	1.94
82467827--82468273	209	2.1	209	96	0	813	35	15	24	24	1.95
82476593--82476730	27	5.1	27	89	4	183	36	22	25	15	1.93
82478162--82478231	24	2.9	24	93	0	113	24	41	4	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82484457--82484567	27	4.1	27	83	5	127	38	22	22	16	1.92
82484457--82484567	54	2.1	53	84	1	141	38	22	22	16	1.92
82485999--82486050	24	2.2	24	89	0	77	19	40	3	36	1.70
82486450--82486556	48	2.2	47	85	6	135	28	16	28	26	1.97
82486473--82486582	48	2.3	48	82	6	125	28	19	28	24	1.98
82519194--82519373	48	3.8	48	83	1	173	24	16	31	28	1.96
82519195--82519373	96	1.9	96	83	2	234	24	16	31	28	1.96
82521417--82521504	27	3.2	27	82	7	106	17	21	25	36	1.94
82529242--82529354	27	4.2	26	82	7	127	15	23	22	38	1.92
82529242--82529362	54	2.2	54	82	5	156	16	23	23	37	1.94
82532637--82532802	40	4.2	40	90	2	246	22	21	28	28	1.99
82540326--82540531	40	5.2	40	92	1	317	22	21	27	28	1.99
82544580--82544708	46	2.8	46	79	12	149	23	20	27	29	1.99
82550226--82550260	17	1.9	19	88	11	56	45	5	11	37	1.64
82565296--82565348	20	2.6	19	80	16	54	54	3	0	41	1.18
82565320--82565353	16	2.2	15	89	5	50	47	2	0	50	1.16
82580027--82580063	12	3.0	12	92	4	56	5	43	0	51	1.24
82581202--82581259	20	2.9	20	97	0	107	34	12	20	32	1.90
82581206--82581259	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
82581310--82581382	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
82581309--82581403	24	4.0	24	89	6	140	28	21	22	28	1.99
82581597--82581660	31	2.1	31	84	0	83	37	14	23	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82586469--82586494	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
82592433--82592475	16	2.7	16	85	0	50	11	11	18	58	1.63
82595742--82595791	25	2.0	25	88	0	73	28	22	20	30	1.98
82595842--82595879	20	2.0	19	90	10	60	31	10	21	36	1.87
82595922--82595973	25	2.1	25	89	3	79	34	21	17	26	1.95
82595921--82595993	24	3.0	24	78	13	69	30	23	20	26	1.99
82596186--82596269	31	2.7	30	92	1	132	33	15	25	26	1.95
82599425--82599539	29	4.0	28	80	4	113	27	27	16	27	1.97
82599750--82599792	16	2.7	16	85	0	59	6	18	20	53	1.67
82600907--82600940	16	2.1	16	94	0	59	20	5	26	47	1.73
82615646--82615908	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
82615685--82615943	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
82623580--82623842	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
82623619--82623877	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
82631178--82631323	66	2.2	66	90	3	240	27	23	21	27	1.99
82633183--82633504	46	7.0	46	87	1	430	21	22	14	41	1.89
82635571--82635615	16	2.8	16	89	0	63	0	31	0	68	0.89
82638889--82639350	46	10.0	46	90	2	604	21	23	16	39	1.92
82638889--82639350	138	3.3	138	89	2	676	21	23	16	39	1.92
82641430--82641468	16	2.4	16	91	0	60	0	30	0	69	0.89
82641497--82641535	16	2.4	16	87	8	53	7	15	0	76	0.99
82648281--82648321	17	2.4	17	95	0	73	43	21	0	34	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82648900--82648944	24	2.0	22	83	12	56	42	26	11	20	1.85
82651231--82651403	93	1.9	93	87	2	258	28	29	20	21	1.98
82651226--82651393	46	3.6	46	73	15	157	29	28	20	21	1.98
82655336--82655523	40	4.7	40	85	4	227	35	27	13	22	1.92
82655336--82655526	80	2.4	81	85	3	260	36	27	13	22	1.92
82659225--82659286	29	2.2	28	83	11	74	29	25	1	43	1.64
82664510--82664685	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
82664507--82664678	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
82672061--82672235	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
82674564--82674738	47	3.7	47	93	0	278	33	12	28	26	1.92
82674617--82674692	22	3.3	22	65	22	57	30	11	31	26	1.92
82674942--82675054	37	3.1	37	92	0	181	23	18	30	27	1.98
82676322--82676633	40	7.8	40	92	0	480	24	22	27	25	2.00
82676809--82676858	25	2.0	25	84	7	66	30	12	32	26	1.92
82680719--82680944	91	2.4	94	90	3	350	32	11	29	26	1.91
82680716--82680944	47	4.9	47	89	3	347	32	11	29	26	1.91
82681148--82681260	37	3.1	37	94	0	190	23	19	30	27	1.98
82683002--82683081	29	2.8	29	83	5	101	23	15	33	27	1.94
82686128--82686237	44	2.6	43	81	9	127	33	28	18	20	1.96
82687762--82687951	56	3.4	56	86	0	254	32	15	20	32	1.94
82687749--82687951	112	1.8	112	87	0	307	32	15	20	32	1.94
82704457--82704600	46	3.1	44	71	15	114	29	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82711957--82712127	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
82711952--82712124	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
82717297--82717443	44	3.4	41	80	11	136	26	18	25	29	1.98
82725267--82725327	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
82730645--82730677	13	2.6	13	95	4	59	30	0	15	54	1.41
82730955--82730998	5	9.0	5	83	14	56	38	0	0	61	0.96
82739086--82739118	13	2.6	13	95	4	59	30	0	15	54	1.41
82747403--82747437	17	1.9	19	88	11	56	17	40	25	17	1.90
82753656--82753803	67	2.2	65	83	8	172	33	17	27	21	1.96
82755919--82755976	29	2.0	29	100	0	116	27	3	17	51	1.61
82756758--82756794	18	2.1	18	100	0	74	37	10	10	40	1.75
82766293--82766356	23	2.7	23	73	7	58	3	29	1	65	1.17
82767536--82767619	27	3.1	27	81	5	107	19	21	21	38	1.94
82776021--82776086	15	4.5	15	73	17	59	65	15	9	10	1.47
82779099--82779229	51	2.6	49	79	4	138	27	26	19	25	1.99
82783205--82783254	26	1.9	26	91	0	73	38	26	8	28	1.84
82783362--82783442	27	3.0	27	83	5	101	20	22	19	37	1.95
82785475--82785777	56	5.4	56	90	0	473	34	23	15	27	1.95
82790343--82790390	20	2.4	20	92	0	78	8	14	50	27	1.71
82791935--82792025	27	3.4	27	81	4	112	38	18	18	24	1.93
82792369--82792435	33	2.0	33	85	0	89	31	26	19	22	1.98
82798700--82798871	46	3.7	46	77	14	165	22	17	29	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82798692--82798863	93	1.8	93	88	2	265	22	18	29	29	1.97
82804245--82804288	20	2.2	20	84	8	54	34	18	0	47	1.49
82809419--82809643	49	4.5	50	75	9	237	26	16	26	30	1.97
82811696--82811948	125	2.0	126	96	0	463	32	18	21	27	1.97
82812853--82812891	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
82814474--82814572	43	2.3	43	80	0	126	29	19	26	25	1.98
82826848--82826910	23	2.8	22	85	7	83	38	15	23	22	1.93
82852977--82853007	16	1.9	16	93	0	53	16	22	6	54	1.64
82855203--82855256	27	2.0	27	82	7	65	33	16	16	33	1.92
82855235--82855710	27	17.7	27	83	4	523	32	9	18	39	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325