genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58777542--58778301	206	3.7	205	90	3	1109	29	21	17	31	1.96
58784444--58784613	79	2.1	78	83	9	202	27	20	27	25	1.99
58784398--58784588	40	4.8	39	81	7	199	25	22	27	24	2.00
58792299--58792483	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
58792300--58792483	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
58792352--58792516	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
58800165--58800201	16	2.3	16	90	9	58	54	21	2	21	1.58
58801528--58801573	19	2.5	19	89	3	67	26	15	39	19	1.91
58801682--58801745	29	2.2	29	88	5	94	25	15	32	26	1.95
58807965--58807995	16	1.9	16	93	0	53	48	35	9	6	1.62
58809354--58809397	9	4.8	9	80	5	52	27	20	38	13	1.90
58809353--58809389	19	1.9	19	94	0	65	27	18	40	13	1.88
58809467--58809552	28	3.0	28	81	10	95	27	12	31	27	1.93
58809467--58809566	29	3.5	29	80	9	107	29	13	30	28	1.94
58809677--58809713	19	1.9	19	88	0	56	32	18	35	13	1.90
58809802--58809877	28	2.8	28	88	8	95	30	15	28	25	1.96
58809811--58809877	28	2.4	28	92	0	107	32	14	26	25	1.95
58813689--58813776	44	2.0	44	90	0	140	29	7	29	32	1.86
58818074--58818249	46	3.8	46	75	15	173	30	28	19	21	1.97
58818082--58818252	93	1.8	93	88	2	263	29	29	19	21	1.98
58818175--58818260	46	1.9	45	85	4	120	31	29	18	20	1.97
58831767--58831970	53	3.8	54	77	1	203	38	19	22	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58833606--58833693	28	3.2	27	87	6	115	35	20	22	21	1.96
58833744--58833859	28	4.2	27	87	4	153	36	21	21	20	1.96
58842061--58842148	28	3.2	27	88	6	124	35	21	22	20	1.96
58845140--58845176	19	2.1	18	85	14	51	27	2	2	67	1.17
58860310--58860360	26	2.0	26	88	3	77	33	21	15	29	1.94
58869366--58869477	43	2.7	41	77	16	104	25	20	27	25	1.99
58879522--58879665	37	3.9	37	97	0	252	25	31	18	23	1.97
58879812--58879995	47	3.8	48	89	5	291	30	26	6	35	1.82
58879918--58880156	47	5.1	47	85	5	256	27	28	9	33	1.88
58879965--58880156	46	4.1	47	88	2	271	27	29	10	33	1.90
58879965--58880156	93	2.1	93	87	2	269	27	29	10	33	1.90
58884119--58884403	40	7.2	40	90	2	423	25	28	21	24	1.99
58884119--58884398	117	2.4	119	90	2	447	26	28	21	23	1.99
58885657--58885828	36	4.9	37	86	9	236	26	30	19	23	1.98
58885657--58885828	71	2.5	70	89	6	253	26	30	19	23	1.98
58885975--58886155	97	1.9	94	89	7	285	30	26	6	36	1.82
58885975--58886156	46	3.8	48	88	7	282	30	26	6	36	1.82
58886126--58886318	47	4.1	47	89	0	280	26	29	10	33	1.90
58891640--58891695	29	1.9	29	85	0	76	26	16	19	37	1.92
58901539--58901588	25	2.0	25	88	0	73	32	4	24	40	1.73
58905606--58905723	28	4.2	28	87	0	137	23	33	14	27	1.94
58905937--58905972	16	2.2	16	90	0	54	13	27	13	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58908434--58908606	43	4.1	42	72	8	136	32	26	13	27	1.94
58919688--58919718	15	2.1	15	100	0	62	29	25	12	32	1.93
58922286--58922458	93	1.9	93	86	0	247	27	28	21	21	1.99
58924802--58924879	14	5.4	15	79	11	83	58	11	17	11	1.61
58924802--58924888	29	3.0	30	77	12	92	57	13	17	11	1.65
58927765--58927937	93	1.9	93	93	0	301	27	30	21	20	1.98
58927766--58927933	46	3.6	46	78	13	191	28	29	21	20	1.98
58929457--58929513	5	11.0	5	77	17	55	77	3	17	1	1.00
58929457--58929513	16	3.7	14	80	17	60	77	3	17	1	1.00
58930931--58930976	22	2.1	22	100	0	92	26	17	8	47	1.76
58933979--58934041	11	6.0	10	73	23	58	77	3	17	1	0.97
58933979--58934041	5	12.0	5	76	18	58	77	3	17	1	0.97
58933979--58934039	22	2.8	20	85	9	77	78	3	16	1	0.96
58934089--58934120	12	2.7	12	95	0	55	43	12	18	25	1.85
58945146--58945228	37	2.2	37	93	0	148	36	39	12	12	1.80
58945229--58945279	26	2.0	26	84	0	66	35	23	21	19	1.96
58958004--58958233	40	5.8	40	91	1	347	23	22	27	26	1.99
58961213--58961331	42	2.8	43	76	13	122	31	24	20	23	1.98
58973038--58973090	27	2.0	27	96	0	97	30	16	13	39	1.87
58987659--58987943	43	6.6	43	88	0	390	29	27	17	24	1.97
58989474--58989502	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
58991010--58991074	28	2.4	28	92	2	105	33	23	23	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58998039--58998096	27	2.1	27	87	6	82	31	15	17	36	1.91
58998268--58998390	41	3.0	41	91	0	201	21	21	30	27	1.98
58998532--58998592	22	2.8	22	75	9	70	21	22	21	34	1.97
58998758--58998807	22	2.3	22	85	0	64	18	18	18	46	1.85
59000926--59001200	48	5.8	48	77	10	242	26	18	25	29	1.98
59005832--59006435	47	12.6	47	90	3	929	33	8	28	28	1.86
59005832--59006435	96	6.3	96	95	1	1036	33	8	28	28	1.86
59007861--59008250	40	9.8	40	92	1	593	24	21	28	25	1.99
59009944--59010122	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
59012310--59012915	47	12.6	47	89	4	906	33	8	29	28	1.87
59012310--59012915	96	6.3	96	95	1	1054	33	8	29	28	1.87
59015647--59015778	39	3.4	39	89	2	194	30	18	25	25	1.98
59015771--59015974	39	5.2	39	92	0	345	20	23	28	27	1.99
59015654--59015973	78	4.1	77	83	4	306	23	22	26	27	1.99
59015722--59015972	117	2.1	117	85	2	326	23	22	27	26	2.00
59020177--59020211	16	2.2	16	100	0	70	28	37	5	28	1.80
59028616--59029115	47	10.6	47	91	3	781	32	8	29	29	1.86
59028616--59029115	144	3.5	143	93	2	832	32	8	29	29	1.86
59028616--59029115	95	5.3	94	91	4	781	32	8	29	29	1.86
59037364--59037419	30	1.9	28	82	13	69	32	17	7	42	1.77
59037915--59037956	21	2.0	21	85	0	57	42	9	4	42	1.58
59040653--59040711	21	2.9	20	82	2	73	20	8	13	57	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59048630--59048661	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
59048627--59048855	50	4.7	50	72	13	192	26	17	25	30	1.97
59048691--59048869	90	2.0	90	95	0	322	29	20	22	27	1.99
59054830--59055030	40	5.0	40	91	0	321	19	23	29	26	1.98
59058036--59058211	46	3.8	46	78	12	207	20	20	29	29	1.98
59058033--59058204	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
59065345--59065401	6	9.5	6	100	0	114	33	0	17	49	1.47
59065976--59066016	15	2.8	14	85	10	55	14	9	17	58	1.62
59069033--59069226	96	2.0	96	89	4	293	11	34	19	35	1.87
59072070--59072190	50	2.4	50	92	0	197	26	16	27	29	1.97
59075100--59075202	32	3.2	31	73	5	73	26	20	22	31	1.98
59076078--59076207	50	2.6	50	80	1	136	26	16	26	30	1.97
59080524--59080563	21	1.9	21	84	0	53	22	15	7	55	1.65
59080615--59080661	24	2.0	24	95	0	85	29	17	27	25	1.97
59085919--59086315	199	2.0	198	99	0	785	46	19	11	23	1.82
59086615--59086646	6	5.3	6	100	0	64	34	50	0	15	1.45
59092407--59092457	22	2.3	23	80	12	61	49	13	3	33	1.61
59092473--59092517	20	2.3	20	82	14	58	53	0	6	40	1.27
59092658--59092805	6	24.5	6	70	20	55	61	1	2	35	1.16
59092680--59092829	10	14.6	10	66	20	78	62	2	1	34	1.18
59092663--59092805	5	30.0	5	70	20	85	61	1	1	35	1.13
59092727--59092829	54	1.9	54	84	7	138	63	2	0	33	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59092863--59092893	16	2.0	16	93	6	55	64	0	0	35	0.94
59095267--59095381	57	2.0	57	96	0	212	33	20	13	32	1.92
59098890--59098926	14	2.5	16	83	16	53	51	0	2	45	1.15
59101020--59101094	38	2.0	38	100	0	150	29	13	12	45	1.79
59101898--59101989	44	2.1	44	89	4	141	33	23	20	21	1.97
59103989--59104183	68	2.8	68	90	3	284	22	28	15	33	1.95
59104026--59104209	68	2.7	67	89	5	246	23	27	14	34	1.94
59105744--59105777	11	2.8	12	86	13	52	0	23	0	76	0.79
59107201--59107245	21	2.3	19	84	7	54	46	13	2	37	1.55
59118421--59118450	13	2.4	12	94	5	51	40	0	13	46	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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