genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.317.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99962783--99963212	67	6.4	67	79	4	447	24	22	16	35	1.95
99962783--99963155	201	1.9	201	84	4	511	25	22	16	35	1.95
99967983--99968190	104	2.0	104	97	1	391	32	14	20	33	1.92
99975553--99975597	15	2.8	16	86	10	56	40	31	0	28	1.57
99975783--99975993	117	1.8	117	88	0	323	23	8	25	43	1.81
99979786--99979936	51	3.0	51	91	0	248	34	27	9	28	1.88
99980062--99980131	33	2.1	33	81	5	79	24	40	2	32	1.70
99980751--99980961	117	1.8	117	90	0	341	41	24	8	25	1.83
99981147--99981192	16	2.8	16	90	6	65	28	0	30	41	1.56
99995276--99995325	19	2.7	19	78	9	59	56	12	4	28	1.54
99998981--99999014	2	17.0	2	87	0	50	50	0	2	47	1.16
99999245--99999298	3	17.0	3	85	11	56	62	5	0	31	1.18
99999373--99999466	3	31.3	3	72	19	65	67	1	3	28	1.13
99999373--99999456	12	6.8	12	77	16	75	65	1	3	29	1.17
99999378--99999437	18	3.2	18	82	13	75	63	1	3	31	1.20
99999846--99999917	22	3.3	22	78	7	83	18	0	44	37	1.50
100002031--100002065	2	17.5	2	87	0	52	54	0	45	0	0.99
100002031--100002065	10	3.5	10	96	0	61	54	0	45	0	0.99
100003162--100003259	49	2.0	49	97	0	187	43	18	20	17	1.88
100005593--100005622	14	2.1	14	100	0	60	53	13	13	20	1.72
100010346--100010378	18	1.9	17	88	11	50	39	24	9	27	1.85
100016545--100016597	20	2.7	20	85	5	72	50	0	26	22	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100018105--100018146	22	2.0	21	95	4	75	33	11	16	38	1.86
100020946--100020987	21	2.0	22	85	4	59	59	2	0	38	1.10
100020945--100021024	30	2.7	29	77	9	81	57	1	1	40	1.15
100021825--100021888	21	3.0	21	83	4	74	9	34	25	31	1.87
100029076--100029499	68	6.2	65	70	14	209	26	22	9	41	1.84
100029076--100029499	136	3.1	136	76	8	380	26	22	9	41	1.84
100031822--100031934	59	1.9	60	83	1	147	46	16	14	22	1.83
100037332--100037454	50	2.4	51	83	5	160	34	16	13	35	1.88
100047689--100047749	18	3.3	18	76	17	54	60	4	3	31	1.34
100047719--100047748	9	3.3	9	90	0	51	70	6	0	23	1.11
100047709--100047748	18	2.1	20	90	9	66	65	7	0	27	1.20
100047761--100047838	28	2.7	28	79	13	70	57	2	5	34	1.34
100048331--100048378	15	3.3	15	76	5	53	18	0	29	52	1.46
100048323--100048401	29	2.7	30	78	5	90	20	0	26	53	1.46
100048356--100048408	15	3.5	15	71	0	52	20	0	24	54	1.44
100048323--100048409	30	3.0	30	77	5	97	19	0	26	54	1.45
100049323--100049575	57	4.4	57	83	0	272	21	4	45	28	1.70
100049309--100049554	114	2.2	114	86	0	348	20	3	45	30	1.68
100050882--100050969	31	2.8	31	96	0	158	25	14	9	51	1.72
100050914--100050966	15	3.5	15	70	14	54	26	15	7	50	1.70
100051988--100052037	9	5.6	9	85	0	64	24	6	26	44	1.76
100051988--100052038	18	2.8	18	93	0	93	23	5	25	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100052520--100052835	161	2.0	161	83	2	406	37	16	14	31	1.89
100053834--100053961	66	1.9	67	87	7	190	50	19	6	23	1.70
100071128--100071176	22	2.2	23	85	10	66	36	6	2	55	1.37
100076147--100076188	22	1.9	22	85	0	57	23	4	2	69	1.20
100076122--100076225	29	3.6	29	76	16	72	28	3	4	62	1.33
100076154--100076194	20	2.0	21	85	4	57	24	2	4	68	1.22
100077831--100077954	13	10.5	13	78	18	146	37	47	0	15	1.46
100077831--100077954	61	2.1	57	91	5	194	37	47	0	15	1.46
100078347--100078429	3	27.3	3	73	20	59	30	3	1	65	1.17
100078353--100078433	27	3.1	27	72	16	82	32	3	1	62	1.20
100084101--100084256	39	4.0	39	93	0	251	28	29	23	18	1.98
100084237--100084275	19	2.1	19	95	0	69	25	25	23	25	2.00
100084198--100084314	58	2.0	58	98	0	225	27	29	23	20	1.99
100084256--100084364	39	2.8	39	95	0	191	29	27	22	20	1.98
100084159--100084349	97	2.0	97	96	0	355	27	29	24	19	1.98
100087514--100087556	19	2.3	19	95	0	77	16	20	6	55	1.64
100089217--100089248	15	2.1	16	94	5	57	25	0	0	75	0.81
100089212--100089259	13	3.4	14	83	16	64	29	2	0	68	1.01
100089217--100089267	20	2.9	17	80	16	52	27	3	0	68	1.07
100091297--100091349	24	2.2	24	86	6	72	37	9	7	45	1.65
100092333--100092408	37	2.1	37	100	0	152	46	5	5	43	1.48
100095626--100095961	171	2.0	171	92	1	557	30	16	27	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100102784--100102833	17	2.9	17	85	5	57	50	0	6	44	1.26
100104965--100105035	27	2.6	27	81	0	88	32	18	11	38	1.86
100106439--100106501	31	2.0	31	96	0	117	36	6	14	42	1.71
100107005--100107045	6	6.8	6	94	0	73	17	19	17	46	1.85
100107013--100107051	18	2.2	18	90	0	60	17	23	12	46	1.83
100109837--100110008	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
100109830--100110005	46	3.8	46	79	12	207	28	30	21	19	1.98
100113759--100113794	15	2.5	15	90	4	56	41	0	0	58	0.98
100117250--100117394	72	2.0	72	98	0	281	48	13	0	37	1.48
100122944--100122984	22	1.9	21	85	5	55	36	0	17	46	1.48
100124877--100124912	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
100128803--100128851	25	2.0	24	88	11	73	42	0	2	55	1.11
100134775--100135317	277	1.9	277	82	8	680	42	9	15	32	1.78
100135385--100135423	21	1.9	20	89	5	60	46	0	0	53	1.00
100136603--100136675	29	2.5	29	80	4	76	52	0	1	46	1.09
100137668--100137716	21	2.3	21	85	0	62	48	6	6	38	1.53
100141012--100141064	20	2.6	21	82	8	74	39	20	11	28	1.87
100142579--100142617	18	2.1	19	90	4	62	38	0	0	61	0.96
100145110--100145148	18	2.2	18	90	0	60	35	2	2	58	1.25
100147453--100147507	27	2.0	27	100	0	110	43	10	3	41	1.57
100147840--100147906	11	6.7	9	78	20	55	31	1	2	64	1.18
100147842--100147899	11	5.4	10	82	15	64	27	1	3	67	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100147853--100147906	20	2.6	21	88	8	76	29	0	3	66	1.09
100155298--100155324	5	5.4	5	100	0	54	37	0	0	62	0.95
100172848--100172875	13	2.2	13	100	0	56	42	0	0	57	0.99
100173638--100173670	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
100173795--100173851	30	1.9	29	89	3	87	56	8	5	29	1.52
100179187--100179230	22	2.0	22	100	0	88	45	0	22	31	1.53
100180802--100180878	27	2.9	28	79	11	90	31	3	3	61	1.32
100180799--100180882	26	3.2	26	75	14	91	30	3	3	61	1.30
100180898--100180986	24	3.5	24	73	14	79	26	6	0	66	1.17
100185613--100185976	3	120.0	3	68	15	119	28	7	2	62	1.35
100185613--100185973	20	17.8	20	64	19	88	27	7	2	62	1.35
100185762--100185819	29	1.9	30	86	13	84	22	10	0	67	1.21
100186163--100186401	125	1.9	128	85	4	333	34	12	15	38	1.85
100187022--100187058	20	1.9	20	88	5	58	43	0	5	51	1.24
100189220--100189538	46	7.0	46	89	1	444	38	15	23	21	1.92
100189223--100189492	91	2.9	91	94	1	459	38	15	23	22	1.93
100189220--100189538	137	2.3	138	89	1	462	38	15	23	21	1.92
100189223--100189561	183	1.9	182	81	5	423	39	15	22	21	1.91
100193166--100193216	25	2.0	25	92	0	84	60	1	5	31	1.31
100195836--100195878	11	3.8	11	80	17	52	32	2	0	65	1.06
100197578--100197722	30	4.8	30	87	1	186	26	48	4	20	1.68
100198294--100198435	75	1.9	72	83	7	178	34	7	4	53	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100198283--100198430	25	5.9	27	75	13	88	35	7	4	52	1.50
100198217--100198422	24	8.6	24	71	17	81	34	6	4	53	1.47
100198576--100198623	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
100198576--100198627	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
100210699--100210746	25	1.9	25	91	0	78	52	6	8	33	1.57
100210699--100210808	22	4.7	24	73	15	79	51	5	8	34	1.55
100210838--100210894	22	2.6	23	83	5	64	57	3	3	35	1.33
100211411--100211501	28	3.3	28	84	10	134	19	4	49	26	1.67
100213164--100213205	9	3.8	11	82	17	52	66	0	2	30	1.04
100215732--100215779	23	2.0	24	92	4	80	33	6	2	58	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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