genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24913850--24913889	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
24916830--24916904	39	1.9	39	88	0	114	18	9	18	53	1.71
24917761--24917818	30	1.9	30	83	13	75	36	6	6	50	1.56
24921225--24921304	29	2.8	29	90	0	124	53	8	12	25	1.66
24924161--24924198	14	2.8	14	84	4	51	36	0	13	50	1.42
24929423--24929458	15	2.4	15	90	0	54	25	19	16	38	1.92
24938209--24938332	62	2.0	62	98	0	239	28	22	8	40	1.84
24953733--24953798	32	2.1	32	100	0	132	30	12	9	48	1.71
24953836--24954010	86	2.0	86	93	0	296	20	24	13	42	1.87
24971830--24971860	14	2.2	14	94	0	53	19	6	12	61	1.53
24971882--24971914	17	1.9	17	88	11	50	27	0	3	69	1.03
24971895--24971955	30	2.0	30	90	0	95	27	6	11	54	1.61
24973648--24973686	11	3.5	11	82	0	51	23	2	5	69	1.21
24973659--24973693	14	2.6	14	90	4	54	25	0	5	68	1.11
24984748--24984774	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24985374--24985412	20	2.0	20	85	10	53	58	0	7	33	1.26
24987232--24987272	17	2.3	18	87	12	66	65	2	0	31	1.05
24987239--24987272	17	2.0	17	100	0	68	64	0	0	35	0.94
24988693--24988762	19	3.5	20	71	11	54	52	5	1	40	1.34
24996323--24996363	20	2.0	20	95	0	73	26	17	9	46	1.79
24996715--24996749	17	2.1	17	89	10	54	57	2	0	40	1.14
24997778--24997803	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25009329--25009394	33	2.0	33	93	0	114	45	12	25	16	1.82
25012196--25012225	14	2.1	14	93	0	51	26	26	0	46	1.53
25013531--25013617	43	2.0	43	97	0	165	26	6	21	44	1.77
25016074--25016101	5	5.6	5	100	0	56	17	0	42	39	1.50
25017311--25017379	31	2.3	31	80	10	79	42	20	8	28	1.82
25021963--25022007	12	3.8	12	82	2	56	68	0	2	28	1.01
25021968--25022016	12	3.6	14	76	15	50	73	0	2	24	0.94
25022409--25022503	13	7.9	13	76	18	100	15	0	46	37	1.47
25022409--25022490	35	2.3	35	85	8	121	15	0	46	37	1.47
25025171--25025248	38	2.0	39	82	2	95	25	1	8	64	1.31
25025552--25025600	23	2.1	23	100	0	98	32	26	12	28	1.92
25033137--25033215	41	2.0	39	85	9	108	55	13	16	13	1.69
25040188--25040238	25	2.0	25	100	0	102	45	15	7	31	1.75
25040314--25040419	52	2.0	52	96	0	194	20	15	16	47	1.83
25055087--25055122	17	2.1	17	89	0	54	50	0	11	38	1.38
25060737--25060779	22	2.0	21	86	8	61	44	0	16	39	1.48
25063048--25063077	14	2.1	14	100	0	60	43	6	30	20	1.77
25063317--25063423	56	2.0	53	85	12	148	43	15	11	28	1.81
25083666--25083819	46	3.3	46	85	1	209	40	12	23	22	1.89
25083678--25083805	47	2.8	46	91	1	193	40	15	23	20	1.90
25083744--25083888	74	1.9	75	88	1	220	41	14	22	22	1.89
25083791--25083847	28	2.0	28	93	0	96	42	14	17	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25083819--25084051	46	5.0	46	90	1	333	42	15	22	19	1.88
25083819--25084051	93	2.5	92	89	2	351	42	15	22	19	1.88
25086018--25086047	15	2.0	15	100	0	60	20	0	6	73	1.05
25086316--25086402	44	2.0	44	95	0	156	44	11	19	24	1.83
25087351--25087400	5	9.8	5	89	4	64	12	0	6	82	0.85
25087351--25087400	15	3.3	15	88	5	73	12	0	6	82	0.85
25088998--25089041	22	2.0	22	100	0	88	13	45	9	31	1.75
25094943--25095156	52	4.3	49	71	14	154	30	30	15	23	1.96
25096339--25096429	18	4.8	17	68	24	58	34	14	0	51	1.42
25096334--25096452	58	2.1	58	100	0	238	35	15	0	48	1.46
25098207--25098242	18	2.1	18	89	5	56	36	2	8	52	1.46
25110019--25110054	16	2.3	16	90	4	56	13	2	2	80	0.93
25111248--25111500	73	3.5	72	92	3	400	30	18	18	32	1.95
25111433--25111932	78	6.0	85	75	15	333	35	19	16	28	1.94
25111650--25112311	76	8.7	76	87	4	805	35	19	16	27	1.94
25111629--25112311	231	3.0	227	86	6	879	35	20	16	27	1.94
25111623--25112530	76	12.1	72	82	9	548	35	19	16	28	1.94
25111623--25112530	146	6.1	145	82	7	493	35	19	16	28	1.94
25112439--25112783	124	2.7	123	83	6	435	36	19	15	28	1.92
25112669--25112908	73	3.3	72	89	4	360	32	17	16	33	1.93
25128790--25128829	21	2.0	20	90	5	62	72	0	7	20	1.08
25131076--25131107	16	2.0	16	100	0	64	43	0	18	37	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25131236--25131272	12	2.9	13	84	8	58	67	0	2	29	1.04
25131953--25131993	20	2.0	20	100	0	82	39	29	0	31	1.57
25134352--25134517	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
25136495--25136541	16	2.9	16	75	15	51	31	0	4	63	1.13
25138772--25138815	22	2.0	22	86	8	63	31	9	2	56	1.43
25144913--25145262	86	4.1	86	93	0	547	26	23	24	26	2.00
25144967--25145187	42	5.2	42	61	20	107	26	25	23	24	2.00
25145210--25145454	134	1.8	134	89	1	384	27	20	21	30	1.98
25145464--25146367	132	6.8	132	94	0	1479	28	17	25	29	1.97
25145464--25146367	44	20.5	45	72	6	490	28	17	25	29	1.97
25148242--25148285	22	2.0	22	86	8	63	31	9	2	56	1.43
25150030--25150096	24	2.6	25	74	21	68	37	2	0	59	1.13
25155666--25155713	25	1.9	25	83	8	62	39	16	0	43	1.48
25160851--25161058	54	3.9	52	76	9	197	25	24	15	33	1.95
25163948--25163976	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
25163999--25164029	5	6.2	5	100	0	62	41	0	0	58	0.98
25165305--25165361	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
25165745--25165805	21	2.8	21	85	5	68	14	22	26	36	1.93
25165735--25165817	21	3.9	21	71	9	60	15	20	25	38	1.92
25167258--25167365	26	4.2	26	90	0	171	33	8	23	35	1.85
25174314--25174420	26	4.1	26	93	0	187	32	7	24	35	1.83
25177421--25177460	20	2.0	20	100	0	80	40	5	5	50	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25183477--25183605	35	3.7	34	82	4	141	33	24	11	30	1.91
25186793--25186835	20	2.1	21	83	12	54	44	0	6	48	1.29
25187275--25187346	28	2.5	29	88	4	110	47	6	11	34	1.66
25187622--25187675	20	2.7	19	80	8	63	64	3	0	31	1.11
25187629--25187675	20	2.3	20	88	0	67	63	2	0	34	1.06
25188103--25188167	29	2.2	29	83	0	85	50	3	3	43	1.33
25190817--25190870	23	2.3	23	81	6	65	53	0	9	37	1.33
25197815--25197839	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
25197833--25197875	11	4.1	11	79	11	54	60	0	0	39	0.97
25197847--25197879	9	3.8	9	88	8	50	63	0	0	36	0.95
25197836--25197876	17	2.2	17	87	12	55	58	0	0	41	0.98
25206741--25206799	29	2.0	30	86	3	84	27	0	13	59	1.35
25226603--25226972	181	2.1	176	80	5	395	42	16	16	24	1.88
25228850--25228903	23	2.3	23	81	12	65	33	5	5	55	1.46
25234347--25234497	53	2.8	53	88	4	205	29	27	16	26	1.97
25238774--25238811	17	2.2	17	95	0	67	57	7	2	31	1.41
25244578--25244640	24	2.7	24	83	11	69	61	7	9	20	1.51
25244829--25244870	21	2.0	21	100	0	84	4	14	42	38	1.66
25245472--25245499	13	2.2	13	100	0	56	28	7	17	46	1.75
25249311--25249353	21	2.0	21	95	0	77	51	4	20	23	1.66
25250380--25250428	14	3.4	14	77	5	53	51	0	2	46	1.12
25257703--25257752	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25262342--25262391	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
25270769--25270876	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
25278139--25278246	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
25284464--25284542	38	2.1	38	97	0	149	37	12	13	35	1.83
25291594--25291684	45	2.0	45	84	2	119	35	15	15	34	1.89
25294080--25294108	7	4.1	7	100	0	58	27	0	0	72	0.85
25296294--25296335	21	2.0	21	85	0	57	47	0	2	50	1.14
25301129--25301166	20	1.9	20	100	0	76	13	31	34	21	1.91
25303301--25303334	3	11.0	3	93	6	59	64	0	2	32	1.08
25311534--25311654	60	2.0	60	100	0	242	49	6	14	28	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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