genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92467751--92467956	86	2.4	85	80	7	202	28	16	23	32	1.96
92474005--92474808	278	2.9	277	84	1	1002	24	22	14	37	1.92
92483782--92483819	18	2.1	19	90	5	60	63	0	0	36	0.95
92499016--92499066	22	2.3	22	93	0	84	62	5	21	9	1.47
92503394--92503426	14	2.3	15	89	5	50	51	3	0	45	1.16
92505045--92505086	6	7.0	6	100	0	84	16	0	66	16	1.25
92511298--92511380	41	2.0	41	100	0	166	38	7	16	37	1.77
92511851--92511875	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
92514075--92514114	5	8.0	5	88	0	62	40	2	17	40	1.63
92514079--92514130	20	2.6	20	87	6	70	40	3	17	38	1.68
92523766--92523795	15	2.0	15	93	0	51	43	33	0	23	1.54
92529681--92529714	16	2.1	17	94	5	61	17	20	0	61	1.34
92529866--92529929	20	3.3	19	83	12	69	65	7	0	26	1.19
92533733--92533805	19	3.9	19	73	22	66	50	2	2	43	1.30
92533888--92533912	12	2.1	12	100	0	50	92	0	8	0	0.40
92554021--92554099	40	2.0	40	94	0	140	35	31	16	16	1.91
92561208--92561286	40	2.0	40	92	0	131	35	31	17	15	1.91
92567258--92567299	18	2.3	18	92	8	68	33	0	4	61	1.17
92585427--92585467	20	2.0	20	85	4	55	65	2	0	31	1.05
92591897--92591932	19	2.0	18	89	10	56	33	11	5	50	1.61
92592777--92592806	14	2.1	14	93	0	51	80	10	10	0	0.92
92597699--92597743	22	2.1	21	84	12	56	48	0	4	46	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92597791--92597859	29	2.4	27	72	13	66	55	1	0	43	1.08
92598007--92598036	15	2.0	15	93	0	51	26	6	16	50	1.70
92599356--92599397	22	1.9	22	85	0	57	30	7	0	61	1.22
92608559--92608703	63	2.3	63	82	0	173	26	24	25	22	2.00
92609290--92609347	11	5.6	10	82	10	64	82	1	13	1	0.82
92609290--92609348	14	4.2	13	82	10	55	81	1	15	1	0.86
92609298--92609354	5	11.2	5	80	10	62	80	0	17	1	0.79
92609303--92609347	19	2.4	19	92	7	74	84	0	13	2	0.72
92610278--92610317	17	2.4	17	83	8	55	67	0	30	2	1.04
92612147--92612177	15	2.1	15	93	0	53	32	16	35	16	1.91
92612623--92612652	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
92616391--92616478	27	3.3	27	74	6	88	38	19	23	18	1.93
92616580--92616651	27	2.7	27	82	0	81	40	15	25	19	1.90
92616668--92616722	27	2.0	27	89	0	83	36	18	27	18	1.94
92624244--92624354	44	2.6	43	86	4	143	36	3	1	57	1.27
92632642--92632682	10	4.3	10	78	9	50	9	12	0	78	0.98
92636373--92636409	5	7.4	5	93	0	65	40	18	18	21	1.91
92647751--92647834	31	2.7	31	90	1	134	28	27	15	28	1.96
92647858--92647949	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
92648082--92648165	25	3.4	25	86	3	116	27	22	19	30	1.98
92648215--92648301	20	4.3	20	92	2	140	31	18	10	40	1.84
92649106--92649236	54	2.4	54	82	2	138	31	8	19	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92649356--92649489	28	4.9	26	76	10	99	32	8	20	38	1.82
92649268--92649516	137	1.8	135	85	1	345	34	8	22	34	1.84
92649126--92649543	27	15.4	27	76	8	172	33	8	21	36	1.83
92649215--92649582	191	1.9	189	83	6	476	33	8	22	35	1.84
92649288--92649567	27	10.3	27	80	7	174	36	7	22	33	1.83
92649455--92649581	54	2.4	54	76	5	130	33	7	25	33	1.85
92654834--92654909	18	4.4	17	74	14	75	40	1	22	35	1.62
92654834--92654915	34	2.4	32	79	16	94	40	1	21	36	1.62
92654834--92654922	18	5.1	17	71	21	53	40	1	22	35	1.62
92659324--92659469	43	3.4	43	76	12	158	32	24	14	28	1.94
92659349--92659461	41	2.7	43	82	10	135	34	26	15	23	1.94
92666371--92666593	40	5.6	40	91	1	349	21	23	28	26	1.99
92671146--92671231	27	3.3	26	83	6	93	19	19	23	37	1.94
92673576--92673617	21	2.2	20	87	12	61	26	4	4	64	1.33
92677532--92677601	34	2.1	34	94	0	122	35	10	17	37	1.83
92681464--92681715	40	6.3	40	88	3	321	23	19	28	29	1.98
92705184--92705231	23	2.1	23	84	7	62	39	16	8	35	1.79
92711087--92711128	21	2.0	21	100	0	84	33	0	23	42	1.55
92712935--92712969	18	1.9	18	94	0	61	45	17	0	37	1.48
92717626--92717662	17	2.2	17	90	0	56	16	0	5	78	0.93
92722736--92722797	31	2.0	31	100	0	124	35	9	16	38	1.81
92733773--92733814	2	21.0	2	95	0	75	0	0	47	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92733840--92733885	24	2.0	23	91	4	74	54	15	21	8	1.68
92735427--92735575	45	3.3	45	84	2	167	34	28	14	22	1.93
92740981--92742502	506	3.0	506	92	0	2542	29	18	22	30	1.97
92748154--92748217	26	2.5	26	94	0	110	23	23	23	29	1.99
92757730--92757827	33	2.9	33	84	7	108	36	22	10	30	1.87
92758046--92758242	41	4.8	41	90	5	299	27	22	20	28	1.99
92768981--92769010	15	2.0	15	100	0	60	46	0	20	33	1.51
92769756--92769859	26	4.0	26	93	0	163	32	7	24	35	1.84
92771459--92771599	27	5.2	26	80	6	156	19	24	22	34	1.97
92771459--92771599	54	2.6	53	89	2	201	19	24	22	34	1.97
92781533--92781654	42	2.9	41	87	3	138	19	25	30	24	1.98
92790615--92790648	16	2.1	17	88	5	52	41	5	23	29	1.78
92795775--92795809	18	1.9	18	94	0	61	31	25	14	28	1.95
92797448--92797481	16	2.1	17	88	5	52	29	23	5	41	1.78
92799275--92799542	46	5.7	48	80	8	261	24	28	17	29	1.98
92799275--92799540	47	5.7	48	79	9	232	24	28	18	29	1.98
92799273--92799540	140	1.9	141	84	5	364	24	28	17	29	1.98
92806343--92806566	46	4.8	46	80	9	231	22	30	19	27	1.98
92806692--92806751	27	2.2	27	100	0	120	48	21	0	30	1.51
92819861--92819993	41	3.2	41	87	4	171	21	21	22	34	1.97
92824638--92824732	27	3.5	27	79	11	113	41	20	8	30	1.81
92824737--92824798	27	2.3	27	94	0	106	33	22	6	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92824750--92824863	27	4.2	27	79	0	111	37	25	6	30	1.80
92824750--92824865	54	2.1	54	82	3	135	37	25	6	31	1.82
92824847--92825042	27	7.3	27	86	2	243	36	18	18	26	1.94
92824820--92824997	54	3.3	53	81	4	135	38	21	15	25	1.92
92824820--92825042	81	2.8	81	80	6	204	37	19	17	26	1.93
92825471--92825532	22	2.9	21	76	7	61	20	22	20	35	1.96
92825697--92825763	27	2.5	27	83	7	84	19	25	19	35	1.95
92825923--92825988	6	10.8	6	80	15	73	18	19	16	45	1.86
92825913--92825979	31	2.2	31	94	0	116	17	20	14	46	1.84
92826321--92826345	7	3.6	7	100	0	50	40	0	12	48	1.40
92828524--92828601	32	2.5	32	85	2	104	23	29	34	12	1.92
92836820--92836941	43	2.8	43	91	2	183	22	23	29	24	1.99
92839840--92839907	30	2.3	30	82	5	75	47	4	19	29	1.69
92842339--92842845	46	11.0	46	88	2	703	40	13	23	21	1.89
92843126--92843158	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
92858773--92858809	19	1.9	19	94	0	65	45	0	2	51	1.15
92858773--92858819	19	2.6	18	86	6	60	44	0	2	53	1.12
92858810--92858846	19	2.0	19	89	5	58	37	0	5	56	1.22
92861786--92861835	23	2.1	24	81	3	57	44	2	2	52	1.24
92865787--92865834	9	5.6	8	76	13	51	68	2	4	25	1.18
92865841--92865885	21	2.1	21	84	8	56	60	4	8	26	1.46
92865788--92865870	28	3.0	27	78	16	91	62	2	4	30	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92866147--92866244	25	3.9	25	85	5	119	40	2	0	57	1.10
92866210--92866266	19	3.1	18	85	9	71	33	1	0	64	1.04
92867350--92867389	20	2.0	21	90	5	64	50	2	0	47	1.14
92875054--92875132	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
92875251--92875493	47	5.1	47	93	4	396	29	29	8	32	1.86
92875251--92875493	49	5.1	48	94	2	393	29	29	8	32	1.86
92880958--92881101	58	2.4	58	83	5	171	31	27	17	23	1.97
92881834--92881907	36	2.1	36	100	0	148	48	18	0	32	1.49
92882090--92882152	8	7.8	8	85	8	83	57	0	1	41	1.08
92885875--92885981	21	5.1	21	70	4	81	15	17	16	49	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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