genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17309652--17309705	21	2.6	21	80	13	58	11	20	9	59	1.59
17315522--17315565	5	8.6	5	95	5	79	38	0	0	61	0.96
17315524--17315570	8	6.0	8	77	22	55	38	0	0	61	0.96
17316647--17316801	45	3.4	45	84	3	204	21	16	18	43	1.87
17316779--17316813	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
17323962--17323986	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
17323967--17324107	45	3.1	45	91	2	221	20	17	19	41	1.90
17331820--17331886	35	2.0	32	82	8	80	41	16	5	35	1.73
17331838--17331900	28	2.3	28	80	2	83	46	14	6	33	1.70
17331875--17331919	18	2.5	18	82	10	56	40	15	6	37	1.74
17334585--17334692	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
17337191--17337313	6	19.7	6	73	15	81	47	18	17	17	1.83
17338612--17338647	9	3.9	9	85	7	54	0	27	0	72	0.85
17338608--17338648	19	2.2	19	100	0	82	0	34	0	65	0.93
17340324--17340357	6	5.7	6	92	0	59	70	11	0	17	1.16
17340321--17340363	12	3.6	12	83	0	50	72	9	4	13	1.26
17340321--17340363	18	2.4	18	80	0	59	72	9	4	13	1.26
17342694--17342750	19	2.9	18	80	19	62	49	7	0	43	1.29
17353865--17353961	39	2.5	39	87	0	140	38	21	23	16	1.93
17365175--17365234	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
17365189--17365260	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
17370209--17370476	28	9.4	28	71	4	205	28	34	19	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17370179--17370449	29	9.4	29	70	4	199	28	35	18	17	1.94
17370179--17370476	57	5.2	57	91	0	470	28	34	18	17	1.94
17371237--17371510	46	6.0	46	90	0	406	21	25	15	37	1.93
17371237--17371510	137	2.0	137	88	3	408	21	25	15	37	1.93
17371494--17371537	23	1.9	23	95	0	79	27	27	13	31	1.94
17371448--17371583	69	2.0	69	95	0	245	24	25	15	34	1.95
17371409--17371624	115	1.9	115	95	1	389	23	25	15	35	1.94
17371524--17371612	46	1.9	46	100	0	178	22	24	16	35	1.95
17376129--17376188	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
17376136--17376242	57	1.9	57	82	1	135	28	24	13	34	1.92
17376136--17376205	28	2.5	28	85	0	104	28	24	10	37	1.88
17379680--17379722	7	6.1	7	100	0	86	41	0	0	58	0.98
17383582--17383706	64	2.0	64	90	0	196	33	16	12	37	1.86
17383723--17384152	133	3.2	133	89	0	673	29	18	23	28	1.98
17384093--17384327	88	2.6	88	83	2	274	30	20	24	25	1.99
17384115--17384398	88	3.2	88	80	4	236	33	20	22	23	1.97
17385689--17385962	46	6.0	46	90	0	359	21	24	14	39	1.91
17385689--17385962	92	3.0	92	89	0	404	21	24	14	39	1.91
17390976--17391250	46	6.0	46	86	0	325	21	23	14	40	1.90
17390976--17391240	138	1.9	139	85	0	361	21	23	14	40	1.90
17390991--17391255	92	2.9	92	87	0	377	21	23	13	41	1.89
17393414--17393450	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17395882--17395918	11	3.5	10	89	10	56	21	0	0	78	0.75
17396088--17396444	130	2.7	131	82	0	446	25	18	19	37	1.94
17397366--17397412	24	2.0	24	86	0	67	44	17	2	36	1.60
17422431--17422473	21	2.0	23	86	9	63	37	0	2	60	1.10
17429978--17430024	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
17448649--17448698	15	3.4	15	91	2	84	36	0	12	52	1.39
17449313--17449354	20	2.2	20	87	12	61	50	0	21	28	1.49
17468030--17468065	17	2.2	16	90	5	54	44	0	0	55	0.99
17485427--17485488	27	2.3	28	77	5	74	19	3	33	43	1.67
17485480--17485520	14	2.9	14	85	0	55	24	14	31	29	1.95
17485471--17485523	21	2.5	21	87	0	70	24	11	32	32	1.91
17490850--17490964	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
17490850--17490983	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
17492357--17492384	7	4.0	7	100	0	56	28	14	14	42	1.84
17497583--17497613	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
17502463--17502500	19	2.0	19	85	10	51	31	2	2	63	1.22
17506241--17506283	18	2.4	18	88	7	61	48	2	0	48	1.14
17510241--17510270	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
17510236--17510270	18	1.9	18	88	0	52	40	0	0	60	0.97
17521605--17521961	126	2.8	127	86	2	491	24	21	21	32	1.98
17522274--17522329	28	2.0	28	96	0	103	42	12	14	30	1.82
17525819--17525866	25	1.9	25	87	8	71	33	4	6	56	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17543117--17543209	18	5.2	18	86	0	123	34	16	21	27	1.95
17543118--17543209	36	2.6	36	89	0	139	34	16	20	28	1.94
17548226--17548280	27	2.0	27	100	0	110	38	18	3	40	1.68
17557849--17557888	21	2.0	20	85	14	55	2	62	2	32	1.22
17558271--17558300	10	3.0	10	95	0	51	0	13	0	86	0.57
17566921--17566971	26	1.9	27	92	4	86	43	17	1	37	1.61
17572690--17572714	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
17576150--17576204	21	2.6	22	74	8	60	34	1	0	63	1.05
17581782--17581846	33	2.0	33	100	0	130	26	12	36	24	1.91
17583187--17583242	21	2.7	21	82	0	67	12	5	69	12	1.34
17583259--17583312	17	3.2	17	76	10	65	14	1	72	11	1.21
17585095--17585209	24	5.3	21	70	20	69	33	1	0	64	1.10
17585095--17585138	21	2.0	21	87	12	63	36	0	0	63	0.95
17589265--17589324	26	2.4	24	83	8	75	68	3	0	28	1.05
17589295--17589353	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
17589400--17589432	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
17592344--17592390	20	2.2	22	85	7	62	29	2	2	65	1.15
17593063--17593111	24	2.0	24	96	0	89	44	8	6	40	1.59
17593407--17593441	17	2.0	18	88	5	54	31	2	0	65	1.07
17596448--17596513	5	13.2	5	83	16	84	40	0	0	59	0.98
17596449--17596507	11	4.8	13	75	20	56	40	0	0	59	0.97
17596449--17596511	19	3.2	20	93	6	112	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17596456--17596513	22	2.8	23	82	17	74	41	0	0	58	0.98
17596522--17596617	40	2.3	40	87	3	138	63	7	28	1	1.27
17597323--17597380	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
17597592--17597623	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
17597718--17597966	50	4.8	51	86	4	297	25	24	28	21	1.99
17597718--17597967	100	2.4	103	85	6	328	25	24	28	21	1.99
17599760--17599903	39	3.7	40	86	7	188	27	28	22	22	1.99
17607315--17607477	39	4.1	40	83	7	192	25	27	22	24	2.00
17616433--17616472	15	2.6	15	88	4	53	42	2	0	55	1.13
17620761--17620822	23	2.7	23	79	13	65	48	4	8	38	1.54
17620872--17620981	3	36.7	3	74	17	86	63	3	3	29	1.28
17622481--17622766	41	6.8	41	68	13	134	31	22	17	28	1.96
17622530--17623023	44	11.6	43	69	13	229	29	21	17	30	1.97
17622485--17622682	85	2.3	85	94	0	342	31	22	17	28	1.96
17622564--17622858	129	2.3	129	96	0	545	29	22	18	29	1.97
17622715--17623024	167	1.9	166	94	0	548	29	20	19	30	1.97
17637954--17638011	29	2.1	28	87	9	84	43	5	0	51	1.24
17641771--17641826	10	5.4	10	74	21	53	28	0	3	67	1.07
17646151--17646193	21	2.0	21	82	8	52	23	20	4	51	1.66
17647235--17647327	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
17648407--17648446	20	2.0	20	85	9	55	2	15	5	77	1.04
17648577--17648644	31	2.3	28	78	9	73	41	2	1	54	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17648623--17648661	21	1.9	20	84	5	51	46	2	0	51	1.14
17657640--17657664	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
17671485--17671513	8	3.8	8	90	9	51	0	0	10	89	0.48
17676543--17676607	30	2.2	30	94	0	112	30	3	7	58	1.42
17677966--17678007	11	3.6	11	81	12	57	59	2	0	38	1.10
17706825--17706858	18	1.9	18	94	5	61	8	5	5	79	1.05
17708081--17708113	6	5.5	6	92	0	57	36	15	30	18	1.91
17720619--17720652	17	2.1	17	89	10	54	41	0	0	58	0.98
17720755--17720793	21	1.9	20	89	5	60	61	0	2	35	1.10
17724975--17725029	25	2.2	26	81	15	62	63	3	0	32	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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