genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88080126--88080205	20	4.2	19	81	10	67	62	1	1	35	1.11
88080166--88080250	24	3.6	25	73	17	74	60	0	1	38	1.05
88080173--88080251	25	3.2	25	82	8	92	59	0	1	39	1.06
88081773--88081808	5	7.2	5	100	0	72	0	0	80	19	0.71
88081819--88081856	20	1.9	20	89	10	60	39	0	2	57	1.12
88081815--88081877	25	2.5	25	86	0	90	39	0	1	58	1.07
88081871--88081924	9	5.7	10	79	16	53	35	1	0	62	1.06
88081839--88081925	25	3.2	27	78	12	88	39	1	0	59	1.05
88082825--88082890	34	1.9	34	96	0	123	43	7	21	27	1.79
88105257--88105296	22	1.9	21	85	10	55	57	5	5	32	1.42
88106549--88107176	201	3.2	199	83	7	678	31	15	10	42	1.80
88111302--88111474	46	3.8	46	74	17	180	20	20	29	28	1.98
88121842--88121875	8	4.2	8	100	0	68	47	11	11	29	1.76
88123174--88123208	18	1.9	18	94	0	61	48	0	0	51	1.00
88123270--88123393	26	4.9	24	76	18	110	45	0	1	51	1.16
88123977--88124009	17	2.1	17	88	11	52	33	3	0	63	1.10
88129723--88129777	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
88129839--88129906	25	2.9	24	82	6	77	58	5	5	29	1.45
88129924--88130050	23	5.5	24	72	13	97	55	3	5	35	1.39
88130334--88130372	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
88131197--88131401	87	2.4	86	83	3	232	36	19	13	30	1.90
88131339--88131530	103	1.8	104	88	4	298	40	17	15	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88131596--88131632	14	2.5	15	91	8	67	56	5	13	24	1.58
88131440--88131796	91	3.9	90	79	5	346	38	18	16	26	1.92
88131703--88132833	75	15.3	74	83	9	1321	34	19	16	30	1.94
88131733--88132900	146	7.8	145	83	10	1281	33	19	16	30	1.94
88133005--88133051	13	3.5	14	77	8	53	65	2	10	21	1.33
88132831--88133194	102	3.7	98	82	8	408	37	19	17	25	1.93
88135281--88135309	14	2.1	14	100	0	58	24	41	20	13	1.89
88144977--88145028	23	2.3	23	80	6	61	42	3	15	38	1.65
88145085--88145183	45	2.1	47	80	7	114	59	4	7	29	1.42
88145057--88145135	28	2.9	28	75	11	74	56	3	6	32	1.42
88145168--88145225	23	2.9	20	75	20	59	58	0	5	36	1.20
88145170--88145304	48	2.8	46	76	16	132	57	2	5	35	1.34
88145271--88145315	23	2.0	23	81	0	54	66	2	4	26	1.22
88150445--88150639	101	1.9	101	85	2	266	29	22	20	28	1.98
88152136--88152209	19	3.8	19	72	13	62	52	0	6	40	1.28
88155084--88155119	15	2.5	15	90	4	56	36	0	8	55	1.30
88155251--88155282	13	2.5	13	94	0	55	50	0	0	50	1.00
88155309--88155345	18	2.1	18	90	5	58	40	0	21	37	1.54
88172182--88172211	15	2.1	15	93	6	53	76	6	0	16	0.99
88172853--88172903	24	2.1	24	82	7	59	33	0	3	62	1.13
88174371--88174403	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
88177038--88177136	50	2.0	49	92	2	162	46	10	21	22	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88177416--88177472	24	2.4	23	75	11	62	35	5	1	57	1.31
88177707--88177755	20	2.5	20	87	9	73	63	8	0	28	1.23
88177711--88177756	22	2.2	20	84	7	56	67	8	0	23	1.18
88183352--88183383	17	1.9	16	93	6	55	34	0	3	62	1.11
88194965--88195251	44	6.6	44	73	6	163	31	16	20	31	1.95
88194965--88195251	45	6.6	44	72	9	142	31	16	20	31	1.95
88195488--88195586	45	2.2	44	83	1	126	34	20	17	28	1.95
88195488--88195619	44	3.0	44	77	5	131	34	18	18	29	1.94
88197112--88197177	8	9.3	7	80	12	57	24	1	3	71	1.09
88197103--88197134	17	1.9	16	93	6	55	34	0	3	62	1.11
88197140--88197177	4	10.0	4	83	11	53	21	0	0	78	0.74
88197493--88197897	35	10.9	38	75	15	323	37	15	21	25	1.92
88197471--88198082	75	8.3	74	83	5	627	37	14	20	26	1.92
88197471--88198082	146	4.1	148	81	5	652	37	14	20	26	1.92
88197471--88198082	73	8.3	72	84	1	567	37	14	20	26	1.92
88198344--88198483	75	1.9	75	86	5	203	43	17	10	27	1.82
88201784--88201826	18	2.3	18	88	4	59	58	13	20	6	1.59
88210982--88211094	19	5.9	19	82	12	151	37	12	15	34	1.86
88211051--88211103	22	2.4	22	96	0	97	41	9	18	30	1.82
88210982--88211117	19	6.8	22	85	8	113	36	11	16	36	1.84
88216264--88216313	15	3.5	13	78	19	55	86	0	12	2	0.67
88216264--88216319	21	2.7	20	78	13	60	80	0	16	3	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88217412--88217838	44	9.7	45	71	15	295	29	14	26	29	1.96
88217267--88217617	132	2.7	130	86	3	472	28	14	26	29	1.95
88217412--88218144	176	4.2	175	84	5	960	28	15	26	29	1.96
88217446--88218099	87	7.5	87	79	8	709	27	15	26	30	1.96
88218302--88218596	78	3.8	78	90	1	448	32	19	23	24	1.97
88218536--88218809	45	6.1	45	75	6	223	32	14	25	26	1.95
88218627--88218795	89	1.9	89	86	0	239	30	13	28	27	1.94
88219160--88219232	19	3.9	19	85	7	114	36	12	15	35	1.84
88219160--88219258	19	5.0	22	78	13	60	36	10	15	38	1.81
88222105--88222152	21	2.3	21	78	7	53	41	45	0	12	1.42
88222115--88222150	14	2.6	14	90	0	54	41	41	0	16	1.48
88222383--88223063	141	4.9	141	89	1	931	33	23	16	27	1.96
88222270--88223063	423	1.9	410	82	4	991	33	23	15	27	1.95
88223264--88223311	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
88226898--88226955	29	2.0	29	83	6	73	36	6	13	43	1.71
88226923--88227086	87	1.8	92	84	6	230	40	10	12	35	1.78
88231936--88232016	29	2.8	29	77	1	83	35	14	11	38	1.82
88242723--88242840	30	4.1	30	70	21	83	39	0	6	53	1.28
88253108--88253143	16	2.1	18	90	10	58	66	2	2	27	1.19
88260757--88260822	34	2.1	31	83	13	82	37	4	13	43	1.65
88260919--88260962	22	1.9	24	86	9	65	43	2	13	40	1.57
88261174--88261213	21	1.9	21	94	0	71	42	17	7	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88263997--88264118	46	2.7	46	96	0	226	29	17	31	22	1.96
88266058--88266090	15	2.2	15	94	0	57	48	30	9	12	1.71
88271609--88271871	46	5.6	46	73	9	147	30	18	27	23	1.98
88277412--88277489	33	2.4	32	80	6	84	33	16	24	25	1.96
88281874--88282051	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
88281874--88282051	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
88281895--88282050	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
88284670--88284710	19	2.1	19	86	4	55	51	7	0	41	1.30
88284747--88284791	19	2.3	19	92	3	72	31	2	0	66	1.04
88286433--88286474	20	2.1	20	86	8	59	57	2	11	28	1.47
88287380--88287441	26	2.3	27	89	10	92	64	0	0	35	0.94
88287388--88287425	15	2.4	16	82	13	51	68	0	0	31	0.90
88290322--88290417	27	3.6	27	74	5	86	45	11	18	23	1.82
88291874--88291908	15	2.3	15	100	0	70	34	31	8	25	1.86
88293802--88294029	64	3.6	64	78	5	201	24	22	19	33	1.97
88296290--88296322	6	5.5	6	96	0	57	18	0	45	36	1.49
88299471--88299539	11	6.3	11	70	18	54	69	2	24	2	1.16
88300404--88300535	40	3.4	38	76	7	122	26	18	25	30	1.98
88303582--88303687	38	2.8	38	85	0	149	32	19	17	30	1.96
88305079--88305116	20	1.9	19	89	5	58	57	0	21	21	1.40
88317887--88317925	19	2.0	20	85	5	53	33	10	0	56	1.33
88318901--88318925	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88319027--88319072	24	2.0	24	87	8	69	28	10	0	60	1.30
88320110--88320210	4	25.2	4	71	4	51	2	57	0	38	1.21
88320119--88320197	6	12.8	6	72	15	54	3	59	1	35	1.24
88320113--88320181	16	4.6	16	75	14	65	2	60	1	34	1.20
88320110--88320195	44	2.0	44	85	0	118	3	58	1	37	1.23
88324075--88324179	31	3.4	31	75	7	124	53	8	1	36	1.43
88324069--88324186	61	2.0	60	93	1	200	51	9	1	37	1.44
88325599--88325665	21	3.0	22	75	16	66	17	10	19	52	1.73
88330288--88330389	21	4.9	21	79	0	105	33	18	12	35	1.89
88330438--88330479	17	2.4	18	80	11	52	35	14	14	35	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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