genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1019746--1019808	13	5.2	12	70	22	51	61	0	1	36	1.05
1020283--1020319	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
1023361--1023428	22	3.0	22	81	10	84	41	19	23	16	1.90
1024610--1024652	20	2.2	20	86	0	59	53	0	0	46	1.00
1031901--1032029	46	2.8	46	95	0	231	30	30	20	18	1.97
1035543--1035576	9	3.7	9	92	4	50	55	0	0	44	0.99
1043616--1043676	29	2.1	29	93	0	104	42	14	6	36	1.72
1051213--1051241	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
1055548--1055604	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
1056062--1056100	14	2.8	14	84	11	53	33	17	7	41	1.79
1064409--1065128	124	5.9	124	86	3	888	49	8	12	30	1.69
1064412--1065114	370	1.9	367	84	4	952	49	8	11	30	1.69
1071200--1071249	15	3.1	16	75	13	50	38	0	0	62	0.96
1074253--1074301	16	3.2	16	75	21	59	73	0	2	24	0.94
1074446--1074481	18	1.9	19	88	5	56	63	2	19	13	1.41
1078429--1078461	6	5.5	6	100	0	66	18	51	15	15	1.77
1081425--1081679	51	5.0	51	86	0	359	41	27	15	15	1.87
1089468--1089494	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
1114497--1114535	20	1.9	21	85	15	55	41	5	0	53	1.23
1115640--1115696	26	2.2	26	96	0	105	31	5	21	42	1.75
1115973--1116074	33	3.2	33	87	5	145	38	8	1	50	1.45
1115992--1116073	31	2.6	31	90	3	119	40	9	1	48	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1125485--1125661	50	3.5	50	86	2	248	36	16	20	26	1.94
1125639--1125840	31	6.5	31	91	0	314	28	18	26	26	1.98
1125846--1125874	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
1129966--1130063	48	2.0	48	96	0	178	18	37	4	39	1.70
1129966--1130039	24	3.1	24	65	7	69	18	36	2	41	1.65
1132629--1132672	20	2.2	20	84	8	54	70	4	0	25	1.06
1141472--1141515	22	2.0	23	90	4	72	25	13	4	56	1.56
1149943--1149976	17	1.9	18	88	5	52	61	0	2	35	1.11
1165163--1165221	22	2.8	20	76	16	57	45	5	1	47	1.34
1168552--1168592	19	2.2	19	100	0	82	53	9	4	31	1.55
1168614--1168667	24	2.2	25	86	3	74	66	12	1	18	1.33
1170167--1170199	16	1.9	18	88	11	52	66	3	0	30	1.06
1171608--1171647	3	13.3	3	100	0	80	35	32	0	32	1.58
1175403--1175439	16	2.3	16	90	9	58	56	5	27	10	1.55
1179668--1179808	75	1.9	75	85	5	196	23	41	17	17	1.89
1179712--1179906	99	2.0	99	87	2	284	24	40	16	19	1.91
1179787--1179832	24	1.9	24	90	0	74	26	41	13	19	1.88
1179741--1180144	93	4.3	93	76	9	313	23	40	16	19	1.91
1183835--1183867	14	2.4	14	90	10	50	9	18	0	72	1.10
1191380--1191420	17	2.3	19	83	8	50	36	0	4	58	1.20
1211731--1211780	24	2.1	24	85	7	66	50	0	4	46	1.20
1220805--1220868	19	3.4	19	73	16	53	51	1	10	35	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1221111--1221152	20	2.0	21	86	4	59	30	4	0	64	1.14
1221277--1221313	10	3.8	10	80	20	51	35	2	0	62	1.10
1224510--1224557	25	1.9	25	83	8	62	66	6	10	16	1.41
1230341--1230395	22	2.3	22	84	12	65	29	1	5	63	1.27
1236292--1236326	19	1.9	17	88	11	52	40	2	0	57	1.14
1236292--1236332	18	2.2	19	83	12	50	41	2	2	53	1.27
1239179--1239213	18	2.0	17	88	5	52	51	8	0	40	1.33
1241296--1241338	23	1.9	23	90	4	70	44	37	4	13	1.65
1242453--1242485	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
1243450--1243483	14	2.5	13	86	13	50	17	0	17	64	1.29
1243622--1243662	18	2.2	20	86	8	59	19	0	14	65	1.26
1243837--1243881	22	2.0	24	86	8	67	17	4	4	73	1.17
1247154--1247179	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1263121--1263201	18	4.5	18	77	0	72	37	7	38	17	1.78
1263131--1263195	15	4.1	15	77	11	58	32	7	40	20	1.80
1263188--1263222	15	2.3	15	90	0	52	45	2	45	5	1.41
1290893--1290942	20	2.3	20	80	10	55	32	0	4	64	1.12
1297209--1297259	22	2.3	21	80	9	57	39	1	3	54	1.30
1297241--1297308	31	2.2	32	80	19	83	45	0	2	51	1.16
1297249--1297316	29	2.4	29	83	16	81	47	0	1	51	1.09
1312201--1312331	62	2.1	62	83	2	167	43	12	7	35	1.72
1313426--1313499	34	2.2	34	92	0	121	25	25	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1313514--1313660	34	4.3	34	89	2	215	34	24	13	27	1.93
1313514--1313660	67	2.2	69	87	3	217	34	24	13	27	1.93
1314627--1314772	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
1314736--1314958	52	4.6	46	85	7	248	27	23	13	35	1.92
1314779--1314952	52	3.3	52	89	1	249	27	24	12	36	1.91
1318581--1318613	7	4.7	7	100	0	66	87	0	12	0	0.53
1325245--1325274	15	2.0	15	100	0	60	20	26	6	46	1.75
1329488--1329539	26	1.9	28	84	7	72	55	0	3	40	1.18
1330626--1330650	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
1337853--1337919	22	3.0	22	79	16	66	34	1	2	61	1.20
1344604--1344651	17	2.8	17	80	3	60	70	4	0	25	1.04
1344601--1344657	8	6.8	8	75	11	51	68	3	0	28	1.06
1349699--1349760	31	2.0	31	87	6	90	40	11	4	43	1.62
1352370--1352481	39	2.8	40	76	8	113	30	25	20	23	1.98
1354050--1354082	5	6.6	5	100	0	66	60	0	0	39	0.97
1354837--1354965	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94
1354941--1355058	31	3.8	31	88	4	184	27	18	27	26	1.98
1355084--1355204	47	2.6	46	82	3	127	30	11	26	31	1.91
1355134--1355274	42	3.2	44	80	11	132	31	12	26	29	1.92
1355177--1355289	42	2.7	42	88	2	156	30	14	26	29	1.95
1356233--1356282	24	2.1	24	96	0	91	42	20	16	22	1.89
1365655--1365714	30	2.0	30	83	6	77	55	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1366152--1366220	29	2.3	29	82	9	77	47	4	2	44	1.37
1374044--1374096	19	2.9	18	78	13	56	24	1	1	71	1.06
1383883--1383907	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
1384356--1384386	16	1.9	16	93	0	53	35	3	9	51	1.51
1386826--1386857	17	1.9	17	93	6	57	31	0	0	68	0.90
1401334--1401369	19	1.9	18	88	5	54	33	36	5	25	1.79
1404095--1404133	20	2.0	20	84	0	51	43	17	2	35	1.63
1408555--1408587	17	1.9	17	88	11	50	39	3	0	57	1.14
1409871--1409901	15	2.1	15	93	0	53	25	16	25	32	1.96
1417763--1417810	23	2.0	24	88	4	71	60	4	2	33	1.27
1418171--1418220	26	1.9	26	84	8	66	44	0	0	56	0.99
1427459--1427509	5	10.0	5	91	8	77	0	21	0	78	0.75
1437862--1437894	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
1438016--1438077	30	2.1	30	96	0	115	59	9	1	29	1.38
1448832--1448860	13	2.1	14	93	6	51	0	13	0	86	0.58
1449066--1449098	16	2.1	16	94	0	57	36	3	36	24	1.71
1449078--1449167	45	2.0	44	85	6	119	32	5	27	34	1.80
1449080--1449186	44	2.6	40	74	18	119	34	5	28	31	1.80
1449313--1449354	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
1449322--1449363	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
1449342--1449535	61	3.2	61	69	13	193	47	6	2	43	1.39
1449311--1449568	120	2.1	120	94	0	462	48	5	2	43	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1449428--1449483	15	3.8	15	79	9	53	50	1	1	46	1.22
1452714--1452751	20	1.9	20	94	0	67	39	18	34	7	1.80
1460439--1460478	21	1.9	21	85	10	55	40	0	0	60	0.97
1462823--1462860	20	1.9	20	84	10	51	63	0	5	31	1.17
1466090--1466221	52	2.5	52	93	0	219	29	27	19	23	1.98
1466355--1466398	22	2.0	22	100	0	88	40	9	4	45	1.56
1469540--1469654	46	2.5	44	82	9	126	26	18	29	25	1.98
1471764--1471801	18	2.3	16	86	13	51	71	0	21	7	1.11
1472988--1473079	44	2.1	44	83	4	114	23	19	20	35	1.95
1473244--1473355	18	6.2	18	74	0	98	35	10	15	38	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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