genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.316.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99752522--99752585	28	2.3	28	83	0	74	76	4	3	15	1.08
99752548--99752589	22	2.0	22	85	4	59	78	4	0	16	0.91
99752517--99752614	15	6.5	15	73	18	62	73	5	2	19	1.12
99752654--99752706	14	3.7	15	76	16	58	64	5	1	28	1.27
99753191--99753220	11	2.9	10	90	9	51	23	6	0	70	1.11
99758490--99758545	22	2.6	20	76	15	58	35	1	1	60	1.17
99761186--99761212	12	2.2	12	100	0	54	29	37	7	25	1.83
99761721--99761788	34	2.0	34	97	0	127	48	8	23	19	1.76
99762713--99762820	51	2.1	52	92	1	182	18	39	15	25	1.90
99763893--99763922	13	2.3	13	94	0	51	36	50	0	13	1.42
99764046--99764088	17	2.4	18	88	11	70	51	2	0	46	1.13
99764212--99764357	39	3.7	40	79	12	158	28	21	23	26	1.99
99764447--99764534	39	2.2	40	87	2	124	22	22	21	32	1.98
99768704--99769630	450	2.1	439	81	9	1055	30	11	16	41	1.83
99771682--99771765	43	2.0	43	92	0	141	48	19	7	25	1.73
99774570--99774737	39	4.3	39	92	0	273	15	26	21	36	1.93
99776097--99776224	32	3.8	32	80	15	159	34	19	23	22	1.97
99776093--99776236	32	4.1	37	74	22	141	34	18	24	22	1.96
99776093--99776236	70	2.1	70	95	0	261	34	18	24	22	1.96
99779597--99779764	39	4.3	39	93	0	291	14	26	22	36	1.93
99780164--99780215	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
99782134--99782185	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99784610--99784660	19	2.5	20	78	9	59	52	5	11	29	1.61
99789360--99789752	129	3.0	128	86	6	546	29	21	17	31	1.96
99790304--99790349	21	2.2	20	88	3	65	71	0	0	28	0.86
99790304--99790345	20	2.1	20	86	8	59	73	0	0	26	0.83
99792275--99792361	41	2.2	40	83	6	113	26	21	27	24	1.99
99793825--99794074	79	3.2	78	72	10	222	31	13	24	30	1.93
99793744--99794097	158	2.2	158	83	4	448	34	12	23	29	1.92
99795841--99795898	8	7.4	8	77	11	66	36	1	31	31	1.68
99796429--99796474	24	2.0	23	82	4	56	30	19	4	45	1.70
99796556--99796835	99	2.9	99	91	3	435	45	7	5	41	1.55
99796724--99796757	16	2.2	16	89	5	52	41	8	0	50	1.34
99796859--99796883	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
99796801--99797246	91	4.8	91	88	6	655	34	6	4	55	1.45
99797231--99797260	5	6.0	5	92	0	51	23	0	0	76	0.78
99797433--99797548	9	12.7	9	73	10	92	43	13	1	40	1.54
99797433--99797548	27	4.2	27	72	12	110	43	13	1	40	1.54
99801674--99801781	51	2.1	52	92	1	182	18	39	15	25	1.90
99802853--99802881	13	2.3	13	94	5	51	37	48	0	13	1.43
99803005--99803047	17	2.4	18	88	11	70	51	2	0	46	1.13
99803174--99803317	39	3.6	40	79	10	152	29	21	22	26	1.99
99803406--99803493	39	2.2	40	87	2	124	22	22	21	32	1.98
99806449--99806473	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99810713--99810768	24	2.3	25	81	3	60	48	1	3	46	1.30
99811337--99811588	80	3.2	78	72	11	217	31	12	24	31	1.93
99811258--99811612	158	2.2	157	82	6	439	34	12	23	29	1.92
99813352--99813410	8	7.4	8	74	14	59	35	1	30	32	1.68
99813941--99813986	24	2.0	23	82	4	56	30	19	4	45	1.70
99814228--99814260	16	2.1	16	88	5	50	39	9	0	51	1.34
99814066--99814289	98	2.3	95	89	6	346	47	7	5	39	1.55
99814069--99814338	96	2.8	96	84	9	288	44	7	5	41	1.56
99814363--99814387	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
99814408--99814476	27	2.5	27	78	2	75	33	1	0	65	1.02
99814298--99814740	90	4.9	89	82	10	515	34	6	4	55	1.44
99814304--99814740	179	2.4	178	84	9	546	33	6	4	55	1.44
99814725--99814754	5	6.0	5	92	0	51	23	0	0	76	0.78
99814923--99815038	9	12.7	9	70	20	71	43	13	1	40	1.54
99820306--99820332	12	2.2	12	100	0	54	33	51	0	14	1.43
99820467--99820499	17	2.0	17	88	5	50	42	6	0	51	1.26
99823836--99823883	14	3.4	14	79	2	51	22	2	2	72	1.05
99825280--99825325	21	2.2	20	88	3	65	71	0	0	28	0.86
99825280--99825321	20	2.1	20	86	8	59	73	0	0	26	0.83
99827248--99827334	41	2.2	40	83	6	113	26	21	27	24	1.99
99828796--99829045	79	3.2	78	72	10	222	31	13	24	30	1.93
99828715--99829068	158	2.2	158	83	4	448	34	12	23	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99830810--99830867	8	7.4	8	77	11	66	36	1	31	31	1.68
99831398--99831443	24	2.0	23	82	4	56	30	19	4	45	1.70
99831525--99831804	99	2.9	99	91	3	435	45	7	5	41	1.55
99831693--99831726	16	2.2	16	89	5	52	41	8	0	50	1.34
99831828--99831852	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
99831770--99832243	91	5.0	96	88	6	679	34	6	4	54	1.46
99831929--99832164	47	5.3	43	66	15	122	33	7	5	54	1.50
99832199--99832228	5	6.0	5	92	0	51	23	0	0	76	0.78
99832401--99832516	9	12.7	9	73	10	92	43	13	1	40	1.54
99832401--99832516	27	4.2	27	72	12	110	43	13	1	40	1.54
99837676--99837723	24	2.0	24	100	0	96	25	8	4	62	1.41
99837676--99837732	24	2.3	24	90	6	78	24	10	3	61	1.44
99838608--99838659	26	2.0	26	92	0	86	17	28	21	32	1.96
99838567--99838702	69	2.0	69	86	2	193	24	30	16	28	1.97
99849141--99849183	17	2.5	17	81	11	52	58	0	11	30	1.34
99854621--99854656	17	2.2	17	90	5	56	38	0	13	47	1.44
99855945--99855993	25	2.0	25	100	0	98	44	14	28	12	1.81
99866456--99866885	213	2.0	213	93	1	738	34	21	17	26	1.95
99871401--99871523	38	3.2	38	87	2	156	21	22	26	28	1.99
99871516--99871619	43	2.4	43	95	0	190	9	25	32	31	1.88
99871584--99871646	27	2.3	27	100	0	126	6	25	34	33	1.81
99871541--99871689	70	2.1	70	94	0	262	9	24	33	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99871516--99871732	113	1.9	113	94	0	380	10	24	32	31	1.90
99871611--99871739	43	3.0	43	91	0	222	11	24	32	31	1.91
99872079--99872196	45	2.7	44	84	7	136	27	22	27	23	1.99
99878791--99878816	12	2.2	12	100	0	52	46	0	0	53	1.00
99883838--99883961	25	4.8	26	70	16	73	33	19	26	20	1.96
99884404--99884445	21	2.0	21	95	0	75	40	16	0	42	1.48
99886473--99886613	27	5.2	27	81	6	162	36	22	22	18	1.95
99886455--99886613	54	3.0	54	86	4	198	35	21	23	19	1.96
99888211--99888319	26	4.2	26	91	0	182	35	22	7	33	1.82
99893991--99894105	55	2.1	55	83	3	142	20	30	23	25	1.99
99903614--99903759	73	2.0	73	95	0	265	59	10	8	21	1.56
99904246--99904370	24	5.1	24	86	6	180	29	20	20	29	1.98
99904246--99904370	49	2.6	48	85	8	180	29	20	20	29	1.98
99904421--99904459	20	2.0	20	94	0	69	28	20	15	35	1.93
99904422--99904466	20	2.2	20	88	0	63	28	22	15	33	1.95
99904503--99904549	24	1.9	25	91	4	78	25	12	23	38	1.90
99904818--99904857	21	2.0	20	85	5	53	17	40	20	22	1.92
99907876--99908052	40	4.4	40	82	4	207	26	27	22	23	2.00
99913774--99913898	24	5.2	24	89	1	187	27	19	21	32	1.97
99913774--99913898	49	2.6	49	88	1	189	27	19	21	32	1.97
99913754--99913899	73	2.0	73	89	2	222	26	19	22	30	1.98
99913948--99914014	20	3.3	20	87	0	98	31	19	13	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99918289--99918350	24	2.7	23	75	9	63	11	20	1	66	1.32
99926679--99926752	38	1.9	39	88	2	114	48	17	6	27	1.72
99930444--99930528	42	2.0	42	100	0	170	40	7	36	16	1.76
99931590--99931643	14	3.8	14	79	16	58	62	1	1	33	1.16
99932014--99932101	46	1.9	46	90	0	140	31	21	17	29	1.96
99933466--99933498	15	2.3	15	89	5	50	66	3	0	30	1.06
99952366--99952481	53	2.1	55	85	7	166	27	14	26	31	1.95
99954325--99954439	22	4.8	24	75	12	112	36	19	24	20	1.95
99954321--99954439	47	2.5	47	95	2	213	35	19	25	20	1.96
99962710--99962760	27	1.9	26	84	11	68	25	29	11	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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