genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60616256--60616367	42	2.7	42	90	2	172	32	24	13	30	1.93
60618307--60618348	19	2.2	18	84	16	50	57	2	7	33	1.39
60618305--60618349	20	2.3	19	81	11	56	57	2	6	33	1.37
60620033--60620320	48	6.0	48	79	4	274	29	16	26	26	1.97
60620033--60620312	96	2.9	95	86	4	364	30	16	26	26	1.97
60627787--60628169	48	8.0	48	80	2	419	28	17	26	27	1.97
60627787--60628166	96	3.9	96	89	1	555	28	17	27	27	1.97
60629760--60629801	18	2.3	18	84	8	50	28	2	2	66	1.16
60629775--60629809	18	1.9	18	88	0	52	25	5	2	65	1.28
60629832--60629880	10	4.9	10	85	14	66	36	2	0	61	1.08
60629821--60629880	30	2.0	30	90	0	93	38	3	0	58	1.15
60629837--60629900	30	2.1	30	85	5	83	32	6	0	60	1.21
60630039--60630092	21	2.7	21	81	18	71	31	0	1	66	1.02
60630115--60630156	10	4.6	9	88	11	59	28	0	0	71	0.86
60630038--60630148	19	6.0	17	74	13	71	32	2	0	63	1.14
60630115--60630173	27	2.2	27	84	0	73	28	0	3	67	1.06
60630467--60630515	26	2.0	24	84	8	62	63	8	0	28	1.23
60637688--60637808	40	3.0	40	77	0	134	38	15	25	20	1.92
60641923--60642001	39	2.0	39	97	0	149	31	27	13	26	1.94
60643339--60643395	21	2.7	21	83	0	78	21	33	21	24	1.97
60645923--60645973	21	2.5	21	87	3	68	41	15	9	33	1.80
60648160--60648238	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60648359--60648578	47	4.7	47	92	2	318	28	30	8	33	1.86
60648357--60648578	92	2.4	93	89	3	329	28	30	8	33	1.86
60648546--60648603	25	2.3	25	96	0	107	34	31	0	34	1.58
60648499--60648654	72	2.1	74	92	4	262	32	29	5	33	1.79
60648571--60648879	47	6.4	47	95	3	546	30	29	7	32	1.85
60648360--60648797	219	2.0	211	92	3	714	29	29	7	32	1.85
60669002--60669167	36	4.6	36	78	4	147	36	22	25	15	1.93
60668990--60669153	71	2.3	71	81	5	204	35	24	23	16	1.95
60672683--60672802	43	2.8	41	77	7	123	30	23	14	32	1.94
60675160--60675209	26	1.9	26	87	0	73	30	18	12	40	1.86
60675463--60675491	9	3.0	10	90	10	51	20	20	0	58	1.39
60678400--60678497	27	3.5	28	87	2	126	27	13	27	31	1.94
60678428--60678510	27	3.0	27	85	5	87	31	12	24	32	1.91
60678400--60678511	28	4.0	27	81	6	89	29	12	25	33	1.92
60687884--60687926	21	2.0	22	82	13	54	34	2	9	53	1.46
60688986--60689082	41	2.4	41	84	3	115	44	16	20	18	1.87
60689006--60689139	40	3.3	39	82	5	135	43	15	20	20	1.88
60689232--60689275	21	2.1	21	87	8	63	31	36	0	31	1.58
60702120--60702292	43	4.0	43	73	12	133	23	16	28	31	1.96
60704572--60704889	86	3.7	85	76	7	288	34	19	21	24	1.96
60704548--60704902	29	12.6	29	75	9	243	33	20	21	24	1.97
60704547--60704868	57	5.7	58	74	9	220	34	19	20	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60704650--60704908	28	9.3	27	74	18	160	31	21	22	23	1.98
60720295--60720455	38	4.2	38	93	0	268	21	22	25	30	1.99
60720449--60720562	46	2.6	46	86	8	148	22	24	28	24	2.00
60721962--60722011	22	2.3	20	78	18	55	50	26	4	20	1.66
60722805--60722928	43	2.9	43	84	2	133	34	23	15	26	1.94
60732048--60732134	27	3.2	27	77	11	97	36	16	11	35	1.84
60732032--60732164	54	2.5	53	82	6	160	36	16	12	34	1.86
60732066--60732177	54	2.1	54	81	6	129	40	16	11	31	1.85
60732603--60732670	32	2.1	32	83	0	82	26	20	22	30	1.98
60734375--60734399	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
60741311--60741525	40	5.4	40	83	4	249	27	22	27	22	1.99
60749312--60749531	80	2.8	80	87	4	313	27	23	26	22	1.99
60749312--60749505	40	4.9	40	91	0	309	26	22	27	23	2.00
60752570--60752659	23	3.9	22	78	11	83	33	20	24	22	1.97
60763903--60763942	21	1.9	21	89	0	62	40	17	10	32	1.83
60764214--60764270	28	2.0	28	100	0	114	29	17	7	45	1.75
60777701--60777741	18	2.3	19	91	8	68	14	24	41	19	1.89
60782022--60782195	46	3.8	45	78	10	181	21	17	29	31	1.97
60782016--60782187	93	1.8	93	89	0	272	21	18	29	30	1.97
60785126--60785203	15	5.4	15	77	13	83	10	16	12	60	1.59
60785117--60785199	28	2.9	28	80	10	87	10	15	15	57	1.64
60789516--60789540	13	1.9	13	100	0	50	36	24	16	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60793376--60793432	26	2.1	28	87	12	93	22	17	19	40	1.91
60793382--60793434	26	2.0	26	96	3	97	22	15	20	41	1.89
60793385--60793442	27	2.2	26	87	3	80	25	18	20	34	1.96
60798711--60798740	15	2.1	14	93	6	51	56	0	30	13	1.37
60801795--60801841	23	2.0	23	100	0	94	25	4	12	57	1.54
60807490--60807809	47	6.7	47	97	1	586	31	8	29	30	1.87
60807927--60808005	37	2.1	37	88	4	115	24	17	31	26	1.97
60810526--60810563	16	2.4	16	82	4	51	55	2	10	31	1.48
60816588--60816612	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
60820283--60820390	43	2.5	43	82	5	130	31	22	14	31	1.94
60821283--60821343	32	1.9	32	89	0	95	31	21	21	26	1.98
60821845--60821955	27	4.1	27	86	0	159	27	9	19	42	1.83
60821845--60821955	54	2.1	54	91	3	179	27	9	19	42	1.83
60824302--60824647	47	7.3	47	92	3	500	32	9	30	27	1.89
60824498--60824619	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
60827220--60827505	75	3.5	78	77	19	287	24	21	27	25	1.99
60827208--60827498	89	3.5	80	77	18	294	24	21	29	25	1.99
60827208--60827581	43	9.1	40	76	14	309	25	21	27	25	1.99
60835278--60835434	40	3.9	40	90	3	208	24	21	29	24	1.99
60837688--60838083	47	8.5	45	87	7	429	31	10	30	27	1.90
60837687--60838083	94	4.2	94	87	5	529	31	10	30	27	1.90
60839926--60840131	27	7.7	27	85	0	252	29	12	16	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60839926--60840160	81	2.9	80	87	4	312	29	11	17	41	1.85
60839936--60840160	27	8.4	27	82	4	188	29	12	16	41	1.85
60839926--60840160	54	4.4	54	80	6	223	29	11	17	41	1.85
60843246--60843315	32	2.2	32	89	0	104	35	22	17	24	1.95
60843809--60844105	27	11.0	27	80	4	285	30	11	16	42	1.83
60843809--60844105	54	5.5	54	83	2	328	30	11	16	42	1.83
60843809--60844105	81	3.7	81	83	3	366	30	11	16	42	1.83
60850558--60850599	18	2.2	20	91	8	70	76	0	16	7	1.00
60858110--60858464	47	7.6	45	72	14	233	21	28	21	28	1.99
60858106--60858461	94	3.8	92	78	10	341	22	28	21	28	1.99
60858106--60858464	141	2.6	139	76	9	354	22	28	21	28	1.99
60864295--60864357	26	2.5	25	78	12	67	26	22	19	31	1.97
60865725--60865755	8	3.9	8	91	0	53	38	0	22	38	1.54
60870241--60870328	29	3.1	29	88	1	133	31	12	23	31	1.92
60876914--60877087	46	3.8	45	73	14	131	22	29	18	28	1.98
60876914--60877087	94	1.9	92	82	7	217	22	29	18	28	1.98
60881847--60882530	47	14.3	49	93	2	1103	29	29	8	32	1.86
60881847--60882530	96	7.1	95	94	1	1113	29	29	8	32	1.86
60887979--60888033	28	1.9	29	85	3	76	16	45	21	16	1.85
60891751--60892062	46	6.7	47	76	10	230	23	29	17	28	1.97
60891757--60892065	94	3.3	92	75	13	247	23	29	18	28	1.97
60903581--60903630	22	2.3	22	93	6	84	46	22	4	28	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60905059--60905103	20	2.2	20	88	0	63	35	13	0	51	1.41
60906449--60906493	23	1.9	24	90	4	74	11	2	11	75	1.13
60907316--60907376	29	2.1	29	85	8	81	32	3	3	60	1.29
60911247--60911276	7	4.1	7	95	4	51	30	0	0	70	0.88
60911426--60911465	6	7.2	6	83	16	59	0	0	15	85	0.61
60911423--60911463	15	2.8	15	92	3	66	0	0	14	85	0.60
60911424--60911465	21	2.0	21	100	0	84	0	0	14	85	0.59
60912256--60912331	40	1.9	40	91	0	125	36	34	13	15	1.87
60938460--60938584	29	4.3	29	93	1	207	25	13	30	30	1.94
60948308--60948540	49	4.7	50	81	2	272	25	18	26	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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