genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1473244--1473355	36	3.1	36	77	2	118	35	10	15	38	1.82
1474529--1474652	61	2.0	61	93	0	212	35	17	25	21	1.95
1481813--1481845	6	5.7	6	92	7	59	0	15	0	84	0.61
1491556--1491589	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
1501504--1501533	14	2.2	13	94	5	51	80	0	0	20	0.72
1501981--1502032	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
1505322--1505425	45	2.3	44	86	8	138	0	26	8	64	1.22
1507578--1507629	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
1510197--1510247	23	2.3	22	83	6	59	62	3	0	33	1.13
1512064--1512267	96	2.1	96	81	6	243	40	0	17	41	1.56
1512320--1512416	47	2.1	47	98	0	185	32	16	11	39	1.84
1512403--1512941	126	4.3	126	89	1	758	33	17	21	27	1.96
1514533--1514705	46	3.7	46	75	7	179	21	19	27	31	1.98
1514528--1514698	93	1.8	93	89	0	270	21	19	27	30	1.98
1520980--1521159	55	3.2	55	73	17	195	48	6	2	42	1.44
1520968--1521221	54	4.4	60	71	20	209	48	7	3	40	1.47
1520968--1521234	116	2.3	116	96	0	480	48	7	3	40	1.49
1521620--1521662	18	2.4	18	92	0	68	44	11	27	16	1.82
1523326--1523418	46	2.0	46	100	0	186	30	19	17	33	1.95
1523505--1523554	20	2.4	22	83	10	68	38	0	32	30	1.58
1523505--1523562	11	5.5	10	80	15	64	39	0	29	31	1.57
1523505--1523568	31	2.1	31	88	5	94	40	0	28	31	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1530128--1530181	23	2.4	22	75	9	54	33	1	7	57	1.37
1531455--1531499	18	2.5	18	85	7	56	33	0	4	62	1.15
1531696--1531766	21	3.4	21	71	21	60	33	1	5	59	1.30
1538030--1538079	23	2.2	23	96	0	91	48	0	8	44	1.32
1539009--1539050	18	2.5	16	85	11	57	64	0	2	33	1.07
1538966--1539041	40	1.9	40	84	7	102	51	2	1	44	1.23
1540239--1540284	15	3.2	15	75	9	51	58	0	0	41	0.98
1540760--1540807	12	4.1	12	78	5	53	54	0	2	43	1.12
1543619--1543645	13	2.1	13	100	0	54	37	18	7	37	1.79
1545585--1545765	55	3.3	54	90	3	290	45	13	4	35	1.66
1549472--1549504	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
1549790--1550012	46	4.8	46	90	2	306	21	23	13	40	1.89
1549785--1550012	92	2.5	92	89	1	350	21	23	14	40	1.90
1552174--1552205	12	2.6	13	85	14	50	56	6	0	37	1.25
1555519--1555564	23	2.0	23	83	8	58	36	2	2	58	1.22
1566287--1566335	8	6.1	8	78	7	55	34	2	0	63	1.06
1566830--1566891	30	2.1	31	84	6	83	46	12	1	38	1.52
1570160--1570202	21	1.9	22	86	13	61	44	4	0	51	1.22
1570158--1570215	24	2.4	25	76	2	64	48	3	0	48	1.18
1571150--1571187	18	2.2	18	85	4	51	31	0	0	68	0.90
1579793--1579870	29	2.7	29	93	0	129	35	11	7	44	1.69
1581510--1581568	24	2.6	24	89	7	88	20	11	10	57	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1582386--1582460	33	2.3	33	88	0	114	14	46	9	29	1.76
1583771--1584019	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
1583770--1584019	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
1584114--1584145	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1584357--1584414	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
1591349--1591597	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
1591348--1591597	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
1591692--1591723	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1591935--1591992	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
1608676--1608767	31	2.9	32	88	4	132	50	1	9	39	1.43
1608676--1608777	33	3.2	33	88	4	145	50	1	8	38	1.45
1610237--1610275	20	1.9	21	89	5	62	51	0	5	43	1.24
1624280--1624335	24	2.3	25	81	6	71	66	7	0	26	1.18
1624292--1624356	25	2.9	23	82	15	75	66	6	0	27	1.15
1624318--1624356	19	2.0	20	95	5	71	71	5	0	23	1.05
1626993--1627060	31	2.2	31	97	2	127	39	11	11	36	1.79
1627842--1627881	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
1628046--1628123	26	3.0	26	72	12	70	73	3	21	1	1.07
1628045--1628129	5	16.8	5	72	18	61	74	3	21	1	1.04
1630689--1630852	42	3.7	42	84	8	195	28	28	14	28	1.95
1630759--1630941	49	3.8	49	85	7	207	30	27	14	28	1.95
1630772--1630941	47	3.6	46	86	3	196	29	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1630964--1631112	31	4.8	31	90	3	219	24	28	19	27	1.99
1631088--1631216	50	2.5	51	90	5	199	25	22	16	35	1.94
1637383--1637631	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
1637382--1637631	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
1637726--1637757	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1637969--1638026	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
1644493--1644521	8	3.6	8	100	0	58	58	0	0	41	0.98
1648196--1648266	28	2.9	23	77	18	79	45	33	4	16	1.67
1648210--1648293	28	3.0	28	89	1	123	45	30	3	20	1.68
1652273--1652447	46	3.8	46	75	13	196	29	29	20	21	1.98
1652281--1652452	93	1.8	93	92	0	290	28	29	20	20	1.98
1658171--1658224	27	2.0	27	82	7	65	18	25	35	20	1.95
1659193--1659242	22	2.3	22	86	13	68	44	2	0	54	1.11
1675042--1675082	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1682240--1682273	17	2.0	17	100	0	68	41	29	17	11	1.85
1682724--1682748	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
1683381--1683462	34	2.3	35	81	8	94	34	0	0	65	0.93
1683368--1683462	36	2.7	36	82	9	115	32	1	0	66	0.99
1683402--1683479	34	2.4	31	80	16	86	32	0	1	66	1.00
1683618--1683675	23	2.5	24	83	8	75	48	0	3	48	1.18
1684394--1684436	21	2.0	21	90	0	68	48	6	0	44	1.29
1691621--1691813	50	3.8	50	89	0	287	20	29	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1691908--1691939	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1692151--1692208	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
1698793--1699024	49	4.8	50	85	6	316	20	29	24	25	1.99
1698793--1699024	97	2.4	98	88	7	348	20	29	24	25	1.99
1699122--1699152	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
1708993--1709025	14	2.2	16	89	10	52	24	12	3	60	1.46
1718578--1718608	4	7.8	4	100	0	62	25	22	0	51	1.48
1721101--1721131	5	6.0	5	92	7	53	38	0	0	61	0.96
1721166--1721226	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
1722750--1722825	39	2.0	38	84	7	100	23	23	26	26	2.00
1724574--1724623	24	2.0	25	85	11	68	28	14	16	42	1.86
1732594--1732684	41	2.2	41	96	0	164	21	12	41	24	1.87
1743805--1743870	31	2.1	31	82	5	78	36	3	1	59	1.22
1745581--1745736	72	2.2	72	90	1	240	30	22	14	32	1.94
1753188--1753229	12	3.4	12	81	15	50	23	4	4	66	1.30
1753343--1753383	17	2.4	19	76	23	54	53	0	0	46	1.00
1759483--1759518	17	2.1	17	89	0	54	36	0	16	47	1.47
1759690--1759749	21	2.9	21	87	0	75	13	25	18	43	1.86
1760428--1760532	52	2.0	52	100	0	210	40	5	13	40	1.68
1764161--1764190	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
1765203--1766177	485	2.0	485	98	0	1878	31	19	10	38	1.86
1768246--1768275	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1771501--1771651	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
1779012--1779162	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
1783679--1783729	23	2.4	21	79	17	61	52	13	23	9	1.70
1783688--1783733	23	2.0	24	95	4	85	52	15	23	8	1.70
1801782--1801865	23	3.7	23	85	0	114	9	7	36	46	1.64
1818547--1818725	87	2.1	87	89	6	274	61	6	10	21	1.51
1820814--1820846	14	2.3	15	89	5	50	24	0	0	75	0.80
1820819--1820876	8	7.4	8	74	18	50	34	0	3	62	1.12
1833127--1833159	16	2.1	16	94	0	57	45	48	0	6	1.27
1837765--1837798	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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