genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80822839--80822970	40	3.3	40	80	7	117	26	15	26	31	1.95
80822357--80822970	314	2.0	312	85	2	838	31	12	19	35	1.90
80822859--80822988	41	3.2	41	79	5	122	28	15	24	31	1.95
80822900--80823018	41	2.9	41	82	8	111	26	16	26	31	1.97
80826127--80826268	27	5.3	27	85	0	142	38	20	8	32	1.83
80826127--80826240	54	2.1	54	93	1	194	39	21	7	31	1.82
80826143--80826321	27	6.6	27	83	2	146	39	21	9	30	1.85
80826143--80826339	81	2.4	81	81	1	216	38	20	9	30	1.85
80826363--80826590	27	8.4	27	84	2	253	36	20	19	23	1.95
80826358--80826608	81	3.1	81	85	1	326	36	19	19	23	1.95
80826360--80826607	54	4.6	54	85	3	313	36	19	20	24	1.95
80827035--80827099	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
80827258--80827359	27	3.8	27	84	5	125	19	23	20	36	1.95
80827506--80827605	31	3.2	31	89	0	146	20	18	14	48	1.82
80827518--80827614	6	15.8	6	74	16	74	20	17	14	47	1.82
80829280--80829322	22	2.0	22	95	0	77	46	2	9	41	1.48
80838637--80838843	53	3.8	54	77	4	211	20	24	18	36	1.94
80846481--80846531	25	2.0	25	85	7	68	27	21	21	29	1.99
80846575--80846609	10	3.4	10	88	7	52	37	14	17	31	1.89
80846570--80846609	21	1.9	21	89	0	62	40	15	15	30	1.87
80846569--80846624	21	2.7	19	81	5	58	39	14	14	32	1.86
80846655--80846724	25	2.8	25	97	0	131	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80846655--80846749	50	1.9	50	82	8	122	27	25	23	24	2.00
80848993--80849114	53	2.3	53	81	2	138	18	22	18	40	1.92
80851087--80851124	7	5.4	7	93	0	58	28	0	50	21	1.49
80853963--80854061	43	2.3	43	81	5	110	29	22	25	23	1.99
80854116--80854196	31	2.6	31	76	5	65	60	17	4	17	1.53
80854428--80854524	21	4.6	21	80	12	94	3	48	18	29	1.63
80860084--80860204	9	13.6	9	69	12	63	33	2	20	42	1.65
80860158--80860375	56	3.9	56	87	5	311	33	0	16	48	1.50
80860271--80860355	43	2.0	43	92	0	143	31	0	17	50	1.46
80860290--80860363	9	8.4	9	73	8	55	29	0	18	51	1.47
80860277--80860368	43	2.1	43	88	4	132	31	0	16	52	1.44
80860158--80860372	113	1.9	113	88	4	332	33	0	17	48	1.51
80860770--80860860	36	2.5	37	75	22	104	51	2	9	36	1.47
80862749--80862878	59	2.2	59	87	2	181	36	3	39	20	1.71
80862949--80863485	114	4.7	115	78	7	448	37	23	14	24	1.92
80864357--80864389	16	2.0	17	94	5	59	12	0	42	45	1.41
80864357--80864436	16	5.2	16	70	19	55	13	0	36	50	1.42
80864330--80864439	45	2.4	45	83	3	141	20	0	32	47	1.50
80864444--80864703	41	6.4	41	78	6	215	20	20	21	38	1.94
80864443--80864733	123	2.4	122	82	1	330	19	20	21	38	1.94
80877790--80877852	15	4.2	15	75	0	63	52	15	15	15	1.75
80886109--80886186	33	2.4	33	78	8	86	26	24	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80886092--80886424	101	3.3	101	85	3	409	27	24	16	32	1.96
80895158--80895237	40	2.0	40	92	0	133	41	17	16	25	1.89
80899763--80899914	75	2.0	75	98	0	295	50	15	11	22	1.75
80902667--80902696	15	2.1	14	93	6	51	43	23	0	33	1.54
80911266--80911409	55	2.6	55	78	0	153	17	27	28	27	1.98
80917178--80917229	27	1.9	27	92	0	86	36	13	17	32	1.89
80920897--80921009	29	4.0	29	83	8	135	30	29	13	26	1.94
80920888--80921003	57	2.0	57	85	6	155	30	29	13	26	1.94
80929955--80929980	13	2.0	13	100	0	52	53	7	7	30	1.57
80933560--80933715	41	3.7	43	83	7	194	25	17	27	28	1.98
80940923--80941031	43	2.6	42	83	4	121	27	21	22	28	1.99
80941426--80941459	17	2.0	17	100	0	68	5	29	17	47	1.71
80944480--80944725	40	6.2	40	79	7	241	25	21	26	27	1.99
80944468--80944581	41	2.8	40	80	11	142	23	20	27	28	1.99
80944474--80944715	79	3.0	78	78	10	240	25	20	26	27	1.99
80947884--80948068	40	4.7	40	80	7	191	24	21	27	27	1.99
80947884--80948066	79	2.3	81	83	9	225	25	21	26	26	1.99
80947937--80948101	79	2.1	79	82	6	192	26	20	26	26	1.99
80961474--80961630	45	3.7	42	73	14	117	28	27	16	27	1.97
80969829--80969866	14	2.8	14	80	4	51	42	15	0	42	1.47
80970830--80970856	14	1.9	14	100	0	54	51	14	0	33	1.43
80990315--80990447	43	3.1	43	95	0	239	30	34	24	10	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80991748--80991917	46	3.8	46	72	20	151	28	29	21	20	1.98
80999815--80999936	61	2.0	61	95	0	217	45	13	13	27	1.81
81005278--81005418	31	4.5	31	92	3	248	29	24	17	28	1.98
81005623--81005704	24	3.4	24	88	5	103	25	21	23	29	1.99
81006512--81006605	27	3.5	25	76	9	80	21	23	18	37	1.94
81006634--81006966	27	12.3	27	78	5	224	29	8	21	40	1.83
81006636--81006966	54	6.1	54	75	10	253	29	8	21	40	1.83
81006944--81007074	27	4.9	27	91	0	190	41	8	22	28	1.82
81006919--81007074	54	2.9	54	85	0	195	39	8	21	30	1.83
81006945--81007101	81	1.9	81	84	0	206	38	8	22	29	1.85
81006934--81007112	81	2.2	81	77	0	196	37	8	21	32	1.84
81011306--81011483	80	2.2	80	94	0	320	30	26	20	23	1.98
81011306--81011483	40	4.4	40	90	0	284	30	26	20	23	1.98
81013002--81013027	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
81019542--81019747	40	5.2	40	86	0	288	28	26	20	23	1.99
81019540--81019747	80	2.6	80	92	0	337	28	26	20	24	1.99
81021242--81021267	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
81024084--81024117	13	2.6	13	85	0	50	14	35	29	20	1.93
81029485--81029703	40	5.6	40	86	9	267	23	22	27	25	2.00
81029481--81029726	40	6.3	39	81	13	221	24	22	27	25	2.00
81037581--81037804	40	5.6	39	92	4	301	23	23	28	25	2.00
81037577--81037827	40	6.3	39	83	11	243	24	23	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81037581--81037807	119	1.9	120	86	4	325	23	23	28	24	2.00
81037581--81037827	79	3.1	79	85	7	290	23	23	27	25	2.00
81041439--81041521	41	2.0	41	100	0	166	51	12	7	28	1.65
81043884--81043926	22	2.0	22	95	0	77	48	25	13	11	1.77
81044336--81044456	41	3.0	41	90	3	183	27	28	22	21	1.99
81044712--81045061	27	13.0	27	78	6	257	30	10	19	40	1.84
81044712--81045061	80	4.3	80	74	9	237	30	10	19	40	1.84
81044831--81045078	107	2.3	107	77	5	250	28	9	20	41	1.83
81045075--81045150	26	2.9	27	80	4	91	28	21	15	34	1.94
81045072--81045147	27	2.9	27	82	2	91	27	21	17	34	1.95
81051072--81051423	46	7.6	46	69	16	197	30	28	18	22	1.97
81051126--81051384	47	5.6	47	70	12	210	29	28	18	23	1.98
81051079--81051437	93	3.9	93	88	1	531	29	28	19	22	1.98
81066865--81067089	49	4.5	49	89	2	315	24	18	28	28	1.98
81066858--81067097	99	2.4	100	86	2	331	24	19	28	28	1.98
81070090--81070143	15	3.6	14	80	5	54	12	14	12	59	1.62
81070088--81070154	30	2.3	29	82	7	82	10	14	16	58	1.63
81072282--81072417	51	2.7	49	82	2	164	26	20	25	27	1.99
81072277--81072425	49	3.0	51	81	3	185	26	20	25	27	1.99
81074572--81074597	13	2.0	13	100	0	52	38	30	7	23	1.83
81079822--81080315	246	2.0	246	97	0	943	32	26	11	28	1.92
81083282--81083320	18	2.0	20	85	9	55	15	41	25	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81095216--81095360	42	3.4	42	74	13	116	26	20	25	27	1.99
81096060--81096194	54	2.5	54	93	0	216	35	14	25	25	1.93
81096087--81096172	27	3.2	27	63	28	65	38	12	23	25	1.90
81096199--81096258	29	2.1	29	100	0	120	35	25	23	16	1.95
81096202--81096269	29	2.3	29	92	0	109	33	25	25	16	1.95
81096234--81096338	53	2.0	53	83	7	133	34	19	26	20	1.96
81099652--81099711	17	3.5	17	72	0	57	45	18	10	26	1.81
81105026--81105067	21	2.0	21	86	9	59	23	23	38	14	1.92
81106287--81106700	48	8.6	48	86	1	508	25	27	17	29	1.98
81111798--81111846	21	2.3	20	73	10	53	18	24	34	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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