genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56154989--56155049	31	2.0	31	90	0	95	24	27	16	31	1.96
56155243--56155339	25	4.0	24	81	9	117	28	21	19	29	1.98
56155388--56155434	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
56157118--56157298	39	4.6	39	91	2	274	25	23	26	24	2.00
56157115--56157297	77	2.3	79	91	2	298	26	22	26	24	2.00
56157118--56157332	117	1.8	116	83	6	283	25	23	26	24	2.00
56157115--56157332	39	5.6	40	85	5	155	26	22	26	24	2.00
56163797--56163845	26	1.9	26	87	4	73	73	2	18	6	1.14
56165084--56165223	38	3.6	39	89	4	203	25	21	27	25	1.99
56165078--56165226	39	3.8	40	81	10	155	26	22	26	24	2.00
56166629--56166676	25	1.9	25	82	0	60	25	12	27	35	1.92
56173806--56173868	24	2.6	25	87	5	85	33	30	15	20	1.94
56179920--56179949	15	2.0	15	100	0	60	13	13	33	40	1.83
56186199--56186298	42	2.4	41	80	11	114	26	13	24	37	1.91
56191280--56191319	14	2.7	14	85	11	53	5	15	2	77	1.04
56194516--56194548	11	2.8	12	86	9	50	63	0	0	36	0.95
56196992--56197020	6	4.8	6	100	0	58	68	0	13	17	1.20
56202283--56202386	47	2.3	46	88	5	156	35	2	53	7	1.44
56222918--56222996	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
56223115--56223640	47	11.1	47	94	2	892	29	30	8	31	1.88
56223117--56223638	238	2.2	238	95	1	926	29	30	9	31	1.88
56223117--56223637	285	1.8	284	94	1	918	29	30	9	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56227531--56227948	40	10.4	40	92	1	615	26	28	21	22	1.99
56229163--56229240	36	2.1	37	88	2	113	25	32	17	24	1.97
56229359--56229877	47	11.1	47	94	2	911	28	30	8	31	1.88
56229359--56229877	187	2.8	188	95	2	915	28	30	8	31	1.88
56229359--56229877	234	2.2	234	94	2	909	28	30	8	31	1.88
56231711--56231788	36	2.1	37	83	6	97	25	33	16	24	1.96
56231957--56232402	46	9.8	47	83	14	591	28	31	8	32	1.86
56231973--56232397	226	1.9	227	88	8	661	28	31	8	31	1.87
56232716--56232755	14	2.9	14	80	0	53	17	12	0	70	1.18
56236299--56236675	41	9.5	39	78	11	290	25	26	23	24	2.00
56236299--56236688	40	9.8	40	82	11	410	25	26	23	24	2.00
56240577--56240654	36	2.1	37	90	2	122	25	30	19	24	1.98
56240773--56241293	47	11.1	47	96	1	938	28	30	8	31	1.87
56240773--56241293	190	2.8	187	95	2	936	28	30	8	31	1.87
56245189--56245600	39	10.4	39	91	2	594	26	29	21	23	1.99
56245216--56245600	118	3.3	118	92	3	607	25	29	21	23	1.99
56246815--56246892	37	2.1	37	87	0	111	26	32	16	24	1.96
56247011--56247535	47	11.1	47	95	2	910	29	30	8	32	1.87
56247011--56247535	238	2.2	238	95	2	943	29	30	8	32	1.87
56247011--56247535	285	1.8	284	94	2	928	29	30	8	32	1.87
56257137--56257320	40	4.6	40	83	9	232	22	23	28	25	1.99
56257141--56257295	83	1.9	83	95	0	283	21	23	30	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56259854--56259963	54	2.1	53	87	1	157	17	24	21	36	1.94
56259854--56259963	27	4.1	26	87	5	139	17	24	21	36	1.94
56266241--56266296	24	2.3	24	87	3	85	33	5	41	19	1.74
56268825--56268972	43	3.4	43	77	3	129	33	22	14	29	1.94
56273123--56273200	25	3.1	25	96	0	147	39	19	19	21	1.92
56275781--56275838	28	2.1	28	90	6	91	25	25	17	31	1.97
56275811--56275894	43	2.0	43	88	4	125	33	22	14	29	1.93
56285276--56285562	43	6.7	43	86	3	389	27	27	17	27	1.98
56287032--56287198	43	3.9	41	76	8	154	32	26	14	26	1.94
56287032--56287188	86	1.8	85	83	6	210	31	26	15	26	1.95
56290763--56290859	42	2.4	41	91	3	151	24	19	23	31	1.98
56292564--56292653	43	2.1	41	89	4	135	30	33	24	12	1.92
56292625--56292727	38	2.7	38	89	0	143	31	27	19	22	1.98
56296233--56296319	33	2.6	33	88	0	120	24	28	21	25	1.99
56296694--56296885	27	7.2	27	81	5	194	27	18	19	34	1.95
56296694--56296802	51	2.1	52	82	5	130	26	19	19	34	1.95
56296694--56296885	81	2.4	80	86	4	255	27	18	19	34	1.95
56296868--56296946	27	2.9	27	79	5	88	31	15	18	34	1.92
56300374--56300533	46	3.7	43	81	13	177	30	27	19	22	1.98
56300425--56300488	20	3.3	20	69	8	69	28	29	20	21	1.98
56300421--56300533	38	2.7	41	88	10	151	30	26	20	23	1.98
56300375--56300533	84	1.9	84	89	0	246	30	27	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56307912--56308080	46	3.7	45	78	12	173	30	28	19	21	1.98
56307913--56308083	93	1.8	93	91	0	279	29	28	19	21	1.98
56314829--56315035	53	3.8	54	78	1	218	20	22	17	38	1.93
56322173--56322363	55	3.5	54	76	7	190	20	22	19	37	1.95
56327829--56328028	81	2.5	81	81	6	244	26	27	22	23	2.00
56327830--56328014	41	4.6	41	83	4	225	27	27	22	23	1.99
56335873--56335981	54	2.0	54	98	0	209	35	13	17	33	1.89
56337245--56337321	25	3.1	25	86	1	102	27	20	20	31	1.98
56337526--56337588	27	2.3	27	83	0	72	26	22	14	36	1.92
56339194--56339253	27	2.3	27	85	8	79	21	23	18	36	1.95
56347424--56347580	81	1.9	81	90	0	251	26	20	17	35	1.95
56347424--56347579	27	5.8	27	87	0	222	26	20	17	35	1.94
56347568--56347640	27	2.7	27	75	10	78	30	9	20	39	1.84
56347661--56347898	27	8.8	27	86	0	314	40	6	21	31	1.79
56350455--56350566	43	2.6	43	91	2	172	32	30	25	12	1.92
56355423--56355575	53	2.8	52	77	9	130	19	23	19	37	1.94
56362770--56362909	53	2.6	55	81	4	160	18	23	21	36	1.95
56362770--56362965	55	3.6	53	76	3	151	19	23	20	36	1.95
56372655--56372763	54	2.0	54	96	0	200	34	13	17	33	1.89
56374019--56374088	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
56380009--56380059	25	2.0	25	100	0	102	19	7	27	45	1.78
56382345--56382744	27	14.8	27	88	1	586	24	21	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56382735--56382804	27	2.6	27	82	6	81	30	10	18	41	1.83
56382834--56383008	27	6.5	27	86	0	233	42	8	20	29	1.80
56382834--56383008	54	3.2	54	88	0	269	42	8	20	29	1.80
56382825--56383004	81	2.2	81	88	0	279	41	7	20	30	1.80
56385101--56385214	43	2.7	43	92	0	192	31	30	25	12	1.92
56399025--56399078	21	2.6	21	96	0	99	38	11	27	22	1.88
56401264--56401381	58	2.0	58	96	0	218	41	16	16	25	1.89
56403309--56403414	54	2.0	54	98	0	203	36	11	16	34	1.85
56404692--56404761	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
56406466--56406517	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
56410892--56411270	47	8.1	47	91	0	544	34	10	28	26	1.89
56411244--56411426	46	4.0	46	92	0	276	34	8	31	25	1.86
56418120--56418184	27	2.4	27	89	0	103	23	21	15	40	1.91
56418855--56419246	27	14.5	27	86	1	534	25	20	19	34	1.96
56419250--56419315	27	2.5	27	82	7	73	31	9	16	42	1.80
56419299--56419384	27	3.2	27	81	0	82	32	5	24	37	1.79
56419307--56419573	81	3.3	80	79	3	275	39	8	21	30	1.83
56419336--56419573	54	4.4	54	87	2	343	40	7	21	29	1.82
56419336--56419573	27	8.8	27	85	0	296	40	7	21	29	1.82
56419336--56419573	81	2.9	81	86	0	332	40	7	21	29	1.82
56422132--56422285	43	3.6	43	94	0	254	31	32	24	11	1.91
56422283--56422401	38	3.1	38	86	2	148	30	26	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56426051--56426120	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
56426323--56426701	27	14.0	27	90	0	587	24	21	19	34	1.96
56426693--56426761	27	2.6	26	82	8	77	33	10	15	40	1.81
56426754--56427017	54	4.9	54	86	0	312	36	6	23	33	1.80
56426782--56427017	81	2.9	81	88	0	346	37	6	23	32	1.80
56426782--56426992	27	7.8	27	90	0	287	38	6	23	31	1.80
56426782--56427017	27	8.7	27	88	0	256	37	6	23	32	1.80
56431186--56431224	14	2.6	16	76	16	55	48	25	0	25	1.51
56431820--56431949	23	5.5	22	76	12	109	34	20	19	25	1.96
56435752--56435905	53	3.0	52	79	5	161	29	29	14	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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