genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23031835--23031884	24	2.0	24	84	3	64	26	2	4	68	1.18
23032102--23032132	8	3.8	8	91	8	53	9	51	12	25	1.70
23140042--23140084	21	2.0	21	82	8	52	23	20	4	51	1.66
23141115--23141207	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
23141561--23141599	3	13.0	3	83	0	51	58	5	0	35	1.20
23142897--23142960	31	2.2	29	80	8	76	48	1	1	48	1.20
23144031--23144084	26	2.1	26	96	0	99	42	5	7	44	1.55
23146555--23146603	23	2.1	23	81	7	55	32	14	18	34	1.91
23146726--23146813	19	4.3	19	70	22	61	54	2	0	43	1.12
23155808--23155853	22	2.0	24	91	8	78	26	0	0	73	0.83
23155808--23155854	24	2.1	23	88	11	71	27	0	0	72	0.85
23156979--23157035	6	9.5	6	88	7	62	17	0	7	75	1.02
23164501--23164542	21	2.0	21	90	0	66	57	7	0	35	1.26
23165617--23165692	33	2.2	35	79	11	86	57	3	1	36	1.25
23170852--23170885	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
23173684--23173724	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
23175629--23175662	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
23180002--23180065	28	2.4	27	76	12	78	57	10	3	28	1.48
23193062--23193126	28	2.3	28	86	0	94	38	9	23	29	1.85
23193197--23193458	39	6.7	39	91	1	391	19	22	29	29	1.98
23203114--23203150	19	1.9	19	88	0	56	18	2	24	54	1.57
23211978--23212251	128	2.2	126	80	7	288	54	8	3	33	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23212944--23213002	30	2.0	30	100	0	118	27	8	20	44	1.80
23214581--23214668	41	2.1	41	100	0	176	45	20	9	25	1.80
23216213--23216441	112	2.0	112	99	0	449	33	22	10	34	1.87
23226192--23226267	35	2.2	35	83	9	93	52	5	1	40	1.32
23241102--23241151	3	17.0	3	78	12	50	32	0	6	62	1.20
23245757--23245900	58	2.5	56	83	6	171	42	0	3	54	1.17
23246163--23246208	11	4.2	10	82	17	56	52	4	0	43	1.21
23246163--23246216	23	2.3	23	100	0	108	50	5	0	44	1.25
23246173--23246215	12	3.7	12	82	17	63	53	2	0	44	1.13
23263600--23263627	14	2.0	14	100	0	56	42	7	21	28	1.79
23263655--23263679	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
23267207--23267249	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
23269354--23269393	20	2.0	20	100	0	80	55	15	5	25	1.60
23271491--23271526	16	2.2	16	100	0	72	63	5	5	25	1.38
23278980--23279005	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
23281694--23281753	30	2.1	28	84	6	75	30	3	5	61	1.33
23283275--23283299	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
23289669--23289783	57	2.0	57	98	0	221	46	8	9	34	1.67
23289940--23289996	17	3.3	16	72	11	51	45	3	1	49	1.29
23311886--23311923	20	1.9	20	94	0	67	28	28	2	39	1.70
23318484--23318709	46	4.9	46	89	3	319	40	14	23	21	1.90
23318481--23318709	93	2.5	92	89	2	325	40	13	24	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23331291--23331345	23	2.6	21	80	13	60	56	7	0	36	1.27
23337962--23338013	20	2.5	20	93	3	86	48	11	1	38	1.51
23339420--23339586	25	6.8	24	70	16	60	35	19	23	20	1.96
23339497--23339586	25	3.6	26	83	8	91	35	17	23	23	1.95
23343550--23343579	14	2.2	13	94	5	51	30	0	0	70	0.88
23344764--23344836	21	3.5	20	77	18	69	61	1	6	30	1.30
23344779--23344821	15	2.9	15	78	21	54	65	0	4	30	1.13
23346934--23347098	86	1.9	87	83	7	219	35	20	16	26	1.94
23347198--23347755	73	7.5	73	87	7	752	30	20	17	30	1.96
23347198--23347769	144	3.9	145	87	6	783	31	20	17	30	1.95
23347399--23347755	74	4.9	74	90	3	557	31	21	17	30	1.96
23360293--23360343	21	2.5	20	87	12	68	62	0	7	29	1.23
23360308--23360350	15	2.9	15	78	21	54	65	0	4	30	1.13
23364608--23364638	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
23367592--23367683	41	2.2	41	94	0	157	50	4	4	41	1.42
23367793--23367858	29	2.4	26	75	24	73	48	3	0	48	1.17
23388930--23388966	11	3.5	11	82	14	51	27	27	0	45	1.54
23388924--23388966	20	2.0	22	86	8	63	25	30	0	44	1.55
23390124--23390159	7	5.0	7	89	3	54	25	5	13	55	1.60
23390124--23390165	14	2.9	15	83	16	54	26	7	14	52	1.67
23391570--23391669	44	2.2	45	85	7	132	30	22	13	35	1.91
23394442--23394620	39	4.6	39	90	0	277	35	22	27	13	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23394651--23394702	20	2.5	20	84	3	68	42	13	21	23	1.88
23397168--23397195	14	2.0	14	100	0	56	78	7	0	14	0.95
23400313--23400354	21	2.0	21	95	0	75	69	0	9	21	1.17
23400313--23400348	10	3.5	10	85	7	54	72	0	8	19	1.10
23400339--23400373	17	1.9	17	88	11	52	60	0	14	25	1.35
23400359--23400441	14	5.8	14	75	18	64	66	1	6	26	1.22
23400359--23400444	29	3.0	27	72	24	79	66	1	5	26	1.22
23400386--23400450	23	2.8	23	74	23	64	64	1	6	27	1.26
23401399--23401776	44	8.6	44	71	14	248	24	21	20	33	1.97
23401399--23401688	132	2.2	131	84	6	365	24	21	20	33	1.97
23401566--23402250	175	4.0	175	84	6	601	20	22	21	36	1.95
23401438--23401884	44	10.2	43	68	17	217	23	22	20	33	1.97
23401673--23402277	167	3.6	168	87	3	793	19	21	21	37	1.94
23401694--23402279	251	2.3	253	87	4	822	19	21	21	37	1.95
23401584--23402279	84	8.2	84	85	3	783	19	21	21	37	1.95
23402281--23403027	89	8.4	89	67	15	425	28	21	19	29	1.98
23402528--23402668	44	3.2	44	64	6	122	30	19	24	25	1.98
23402265--23402600	179	1.9	179	83	4	437	28	21	19	30	1.97
23402385--23403091	45	15.8	44	65	13	178	28	21	19	30	1.98
23402348--23403025	223	3.0	223	69	7	636	29	20	20	29	1.98
23402550--23403266	357	2.0	357	92	0	1182	28	21	19	30	1.97
23402861--23403115	134	1.9	134	81	6	311	29	21	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23402590--23403299	178	4.0	178	87	3	1023	28	21	19	31	1.97
23407639--23407684	19	2.4	19	85	7	58	43	15	21	19	1.87
23410069--23410153	43	2.0	44	83	6	111	61	0	9	29	1.27
23410064--23410134	34	2.0	34	83	8	88	61	0	8	29	1.25
23411764--23411817	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
23411803--23411844	8	5.5	8	78	21	54	26	0	0	73	0.83
23411803--23411851	3	17.3	3	80	19	61	28	0	0	71	0.86
23411807--23411845	11	3.5	11	100	0	78	28	0	0	71	0.86
23411803--23411844	19	2.2	19	91	8	68	26	0	0	73	0.83
23413981--23414162	46	4.0	46	89	1	258	40	15	23	20	1.91
23418856--23418931	39	1.9	39	94	0	134	23	30	23	22	1.99
23421608--23421676	21	3.4	20	73	16	70	55	5	1	37	1.33
23422784--23422833	9	5.6	9	80	0	55	28	8	22	42	1.81
23424655--23424715	28	2.5	23	79	15	61	45	1	22	29	1.62
23424824--23424925	38	2.6	39	72	10	93	23	19	27	29	1.98
23425233--23425257	12	2.1	12	100	0	50	44	8	16	32	1.76
23425608--23425641	10	3.5	10	88	4	52	0	29	2	67	1.05
23425704--23425779	3	26.3	3	76	12	70	2	32	0	64	1.07
23425704--23425779	28	2.7	28	85	2	98	2	32	0	64	1.07
23425965--23426021	21	2.7	21	100	0	114	21	3	10	64	1.39
23427105--23427217	42	2.7	42	91	0	181	31	26	13	28	1.94
23427188--23427307	47	2.6	47	84	4	136	30	25	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23427336--23427577	31	7.8	31	88	3	344	26	26	19	28	1.98
23427559--23427681	50	2.4	51	87	5	178	27	22	13	35	1.92
23430076--23430127	23	2.3	23	100	0	104	71	9	11	7	1.32
23431532--23431617	44	2.0	43	86	2	118	48	3	10	37	1.55
23431715--23431742	6	4.7	6	100	0	56	53	0	0	46	1.00
23448204--23448255	26	2.0	26	96	0	95	21	19	15	44	1.87
23450205--23450264	25	2.3	27	81	15	74	45	0	5	50	1.23
23450262--23450331	32	2.2	32	80	9	83	38	1	0	60	1.06
23450669--23450743	23	3.3	23	64	14	64	60	6	2	30	1.37
23450905--23450950	18	2.6	18	80	20	60	39	0	2	58	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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