genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61205793--61206130	27	12.5	27	74	10	136	35	8	21	35	1.83
61205792--61205950	81	2.0	81	86	5	223	38	7	22	31	1.82
61205829--61205964	54	2.5	54	89	0	200	39	8	22	29	1.83
61205792--61206004	81	2.6	81	78	8	211	37	7	22	32	1.83
61205974--61206124	54	2.8	53	84	5	194	31	8	19	39	1.82
61206446--61206624	85	2.1	85	97	0	340	37	8	27	26	1.85
61208812--61209277	47	9.7	47	93	3	736	32	8	29	29	1.86
61208833--61209277	49	9.3	49	93	3	739	32	8	29	29	1.86
61208812--61209277	96	4.9	95	94	2	749	32	8	29	29	1.86
61209396--61209474	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
61215119--61215160	17	2.5	17	96	0	75	35	19	14	30	1.91
61217919--61218139	40	5.6	40	79	6	227	25	26	22	25	2.00
61223260--61223394	40	3.3	40	86	4	164	27	17	23	31	1.96
61229723--61229807	6	13.8	6	72	18	59	47	15	17	20	1.83
61229743--61229795	19	2.8	19	88	0	70	47	15	18	18	1.83
61229762--61229830	31	2.2	32	89	2	104	52	14	14	18	1.75
61229967--61230068	27	3.8	26	85	5	123	36	20	23	19	1.95
61230718--61230932	27	8.0	27	83	2	263	23	21	21	33	1.98
61230753--61230958	81	2.5	80	75	9	211	25	18	20	34	1.96
61230921--61230994	27	2.7	27	81	4	87	31	8	20	40	1.81
61233015--61233197	63	2.8	64	79	9	203	22	30	17	29	1.97
61239977--61240136	41	3.9	41	80	6	139	32	25	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61240023--61240154	40	3.3	40	75	11	126	30	25	16	27	1.97
61243313--61243490	40	4.4	40	84	4	223	24	15	26	33	1.95
61254863--61254894	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
61255679--61255778	41	2.4	41	96	0	191	26	26	24	24	2.00
61269167--61269322	28	5.6	28	93	1	269	25	14	31	29	1.94
61271457--61271503	24	1.9	25	82	4	60	40	8	40	10	1.70
61279491--61279646	37	4.2	37	92	1	242	27	31	16	24	1.96
61279782--61280164	48	7.9	48	94	1	651	30	26	7	36	1.83
61283661--61283827	40	4.2	40	87	0	253	29	29	17	23	1.97
61283803--61283852	25	2.0	25	100	0	100	40	28	8	24	1.83
61283763--61283892	65	2.0	65	93	0	224	32	29	16	22	1.95
61283828--61283993	40	4.2	40	92	0	269	28	28	20	22	1.99
61283723--61283932	105	2.0	105	87	0	303	31	28	16	23	1.96
61283683--61283972	145	2.0	145	91	0	463	30	28	17	23	1.97
61285235--61285342	37	2.9	37	94	1	182	26	30	19	23	1.98
61285489--61285915	92	4.6	95	93	5	712	31	26	6	36	1.81
61285489--61285915	48	9.1	48	93	5	725	31	26	6	36	1.81
61288398--61288461	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
61288651--61288716	22	3.0	22	95	4	116	28	22	22	25	1.99
61288767--61288833	20	3.3	20	91	0	107	32	20	10	35	1.87
61291170--61291389	40	5.6	40	91	3	340	26	24	27	21	1.99
61291170--61291389	79	2.8	80	90	4	349	26	24	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61296142--61296227	25	3.4	25	77	22	83	33	25	11	29	1.91
61307389--61307443	20	2.8	20	97	0	101	34	12	20	32	1.90
61307382--61307456	40	1.9	39	84	10	100	34	12	20	33	1.89
61307497--61307576	23	3.4	24	82	6	101	30	17	22	30	1.97
61316115--61316303	40	4.7	40	87	4	274	23	28	21	26	1.99
61316082--61316303	80	2.8	81	82	6	292	22	27	22	27	1.99
61319358--61319410	27	2.0	27	85	7	72	24	49	7	18	1.74
61325911--61325991	24	3.4	24	84	5	110	29	22	18	29	1.97
61325911--61325990	23	3.3	23	84	6	106	30	22	18	28	1.98
61326041--61326107	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
61326041--61326096	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
61326144--61326191	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
61335054--61335129	37	2.0	38	92	5	127	69	0	3	26	1.05
61336193--61336226	16	2.1	16	100	0	68	55	23	0	20	1.43
61342389--61342415	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
61344707--61344853	40	3.7	40	81	5	111	25	26	21	25	2.00
61344750--61344880	40	3.3	39	83	4	172	29	26	19	24	1.99
61344753--61344933	80	2.3	80	83	11	212	27	27	20	24	1.99
61348090--61348296	53	3.8	53	77	4	218	38	17	23	20	1.93
61377141--61377350	28	7.5	28	95	2	361	33	28	12	25	1.92
61383305--61383514	28	7.5	28	96	0	359	33	29	12	25	1.92
61388440--61388601	48	3.4	48	81	3	211	29	20	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61388431--61388601	94	1.8	94	90	0	279	30	20	26	22	1.98
61388532--61388743	49	4.5	48	69	13	127	27	19	28	24	1.98
61393883--61393945	32	2.0	32	87	0	90	33	20	17	28	1.95
61405129--61405176	23	2.1	23	100	0	96	56	4	10	29	1.52
61408671--61408729	29	2.0	29	93	0	100	27	11	25	35	1.91
61410272--61410329	22	2.6	22	100	0	116	18	5	34	41	1.73
61410272--61410329	12	5.2	12	84	16	88	18	5	34	41	1.73
61419350--61419379	15	2.1	15	93	6	53	30	0	0	70	0.88
61420052--61420093	23	1.9	21	90	9	66	52	0	4	42	1.22
61423673--61423733	7	8.9	7	76	3	61	27	16	26	29	1.97
61423666--61423728	21	3.0	21	76	4	65	25	14	30	30	1.95
61439265--61439319	29	1.9	29	85	3	76	36	21	18	23	1.95
61444862--61445167	45	6.7	45	85	3	355	29	16	29	25	1.97
61444862--61445167	135	2.2	135	84	4	391	29	16	29	25	1.97
61444905--61445199	45	6.5	46	86	2	222	28	17	29	24	1.97
61448491--61448535	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
61450605--61450647	22	2.0	22	86	9	61	18	13	27	39	1.89
61459045--61459133	44	2.0	44	93	0	151	33	28	2	35	1.70
61469554--61469625	36	2.0	36	100	0	144	33	8	22	36	1.84
61476338--61476698	50	7.5	50	76	9	288	23	29	19	27	1.98
61476338--61476698	98	3.8	96	77	8	265	23	29	19	27	1.98
61476380--61476699	144	2.2	144	82	3	385	23	29	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61480963--61481013	23	2.2	23	82	6	68	19	21	25	33	1.97
61487032--61487113	42	2.0	42	100	0	164	32	6	17	43	1.73
61487267--61487386	56	2.1	56	96	0	222	45	9	22	23	1.81
61488517--61488775	120	2.2	120	82	7	296	26	21	27	25	1.99
61488517--61488749	40	5.8	40	88	4	294	25	21	27	24	1.99
61504924--61504968	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
61506848--61506882	18	1.9	18	88	0	52	17	34	28	20	1.95
61509995--61510024	15	2.0	15	100	0	60	53	6	13	26	1.64
61515133--61515189	26	2.2	26	78	6	62	42	0	40	17	1.49
61522376--61522601	40	5.7	40	86	4	264	26	25	20	27	1.99
61523934--61523975	10	4.1	10	90	3	66	0	19	0	80	0.70
61523939--61523977	16	2.4	17	86	8	62	0	20	0	79	0.73
61526309--61526434	28	4.5	28	95	1	209	26	13	28	31	1.94
61534417--61534566	28	5.4	28	91	1	212	26	13	27	32	1.93
61536225--61536280	27	2.1	27	86	0	76	25	8	32	33	1.87
61538907--61539043	46	3.0	46	83	0	175	24	30	10	34	1.89
61539057--61539186	47	2.8	47	95	0	224	26	30	10	33	1.90
61539166--61539205	19	2.1	19	100	0	80	27	30	10	32	1.89
61539119--61539293	66	2.7	66	97	0	332	26	30	11	32	1.91
61539232--61539271	19	2.1	19	95	0	71	27	27	10	35	1.89
61550316--61550500	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
61550317--61550500	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61550369--61550533	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
61562499--61562670	93	1.8	93	92	0	290	28	28	20	22	1.99
61562492--61562667	46	3.8	46	78	10	196	29	28	20	21	1.98
61563964--61564041	28	2.8	28	90	0	120	23	12	35	28	1.91
61564368--61564809	81	5.5	81	81	5	493	40	21	9	28	1.85
61564368--61564809	27	16.4	27	80	5	448	40	21	9	28	1.85
61566499--61566572	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
61568181--61568269	27	3.3	27	100	0	178	41	13	11	33	1.80
61568140--61568269	54	2.4	54	87	5	174	40	16	10	32	1.84
61568181--61568299	27	4.4	27	91	0	157	40	15	13	30	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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