genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65638119--65638299	9	20.7	9	80	6	194	33	0	20	45	1.55
65638119--65638274	60	2.6	60	81	3	179	33	0	19	46	1.55
65638497--65638557	29	2.1	29	87	6	88	50	0	0	49	1.00
65638503--65638617	39	2.9	39	90	1	176	54	3	0	41	1.17
65638523--65638616	19	4.9	18	71	15	73	54	4	0	41	1.20
65638497--65638617	15	9.0	14	69	15	69	52	3	0	43	1.17
65642720--65642763	3	14.7	3	95	0	79	29	2	0	68	1.02
65643184--65643225	21	2.0	21	81	9	50	23	4	23	47	1.70
65643294--65643320	14	1.9	14	100	0	54	29	0	18	51	1.46
65672663--65672871	53	3.9	53	82	3	256	21	23	17	37	1.94
65677593--65677764	93	1.8	93	89	0	272	27	29	20	22	1.98
65677585--65677760	46	3.8	46	77	10	178	28	28	19	22	1.98
65677640--65677779	46	3.0	46	74	13	126	29	28	19	22	1.98
65678187--65678246	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
65685524--65685566	10	4.1	10	84	6	50	60	9	4	25	1.47
65685524--65685566	22	2.0	20	86	8	59	60	9	4	25	1.47
65690036--65690071	15	2.4	15	100	0	72	33	22	25	19	1.97
65696822--65696863	22	2.0	21	86	13	59	59	7	4	28	1.44
65698438--65698748	47	6.7	46	72	11	213	28	19	27	24	1.98
65702350--65702444	40	2.4	39	75	5	111	35	35	12	15	1.86
65704023--65704187	55	3.0	56	86	1	233	34	24	12	29	1.91
65706591--65706753	47	3.5	47	90	0	247	37	12	23	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65706739--65706927	55	3.5	54	84	3	238	35	16	24	22	1.95
65706734--65706938	53	3.8	54	84	1	241	35	16	24	23	1.95
65710014--65710194	40	4.5	40	85	7	215	29	27	18	24	1.98
65710083--65710210	40	3.2	40	86	2	150	28	25	18	27	1.98
65714720--65714900	40	4.5	40	86	7	224	29	28	18	23	1.98
65714789--65714916	40	3.2	40	86	2	150	28	25	18	27	1.98
65719423--65719558	40	3.4	39	85	9	168	28	25	20	25	1.99
65719409--65719574	40	4.2	40	86	3	167	28	25	20	25	1.99
65727547--65727669	40	3.1	40	95	0	219	29	30	18	21	1.97
65727547--65727685	40	3.5	40	92	2	217	28	30	17	23	1.97
65727537--65727727	80	2.4	80	80	3	206	29	27	19	23	1.98
65727666--65727743	40	2.0	40	86	0	111	30	23	16	29	1.96
65734021--65734182	47	3.5	47	93	0	254	36	15	24	23	1.94
65734161--65734357	54	3.6	54	79	6	211	35	16	24	23	1.95
65739910--65739940	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
65739907--65739946	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
65740184--65740380	107	1.8	110	86	5	294	22	25	17	34	1.96
65740137--65740390	55	4.8	53	80	8	225	21	25	17	35	1.95
65747400--65747430	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
65747397--65747436	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
65747669--65747813	53	2.7	53	85	2	200	23	23	18	34	1.96
65747669--65747866	108	1.8	110	85	4	285	23	24	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65747622--65747876	55	4.8	54	79	7	240	21	24	17	36	1.95
65749597--65749650	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
65749713--65749780	29	2.4	29	92	2	111	50	14	5	29	1.67
65755492--65755545	27	2.0	27	85	0	72	38	12	7	40	1.72
65769705--65769760	20	2.8	20	97	0	103	35	12	19	32	1.89
65769706--65769760	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
65769811--65769940	24	5.4	24	91	0	188	29	19	20	30	1.97
65770149--65770212	31	2.1	31	87	0	92	37	12	23	26	1.90
65783959--65784063	26	4.0	26	91	0	174	36	22	8	32	1.85
65786739--65787000	39	6.7	39	92	0	427	30	29	22	18	1.97
65789496--65789615	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
65791490--65791941	47	9.6	47	90	3	653	33	9	29	27	1.88
65791792--65791913	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
65791490--65791920	190	2.3	188	93	2	729	32	9	29	27	1.89
65798723--65798901	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
65800166--65800807	47	13.6	47	92	3	929	33	9	29	28	1.88
65800166--65800807	96	6.8	94	92	3	929	33	9	29	28	1.88
65800166--65800807	143	4.5	143	91	4	923	33	9	29	28	1.88
65800829--65800976	77	1.9	77	98	0	287	24	23	20	31	1.98
65808446--65808511	29	2.3	29	89	0	96	27	25	19	27	1.99
65811621--65811680	10	6.0	10	83	11	70	68	1	6	23	1.22
65811621--65811678	30	1.9	30	86	13	84	68	1	6	22	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65814962--65815178	94	2.3	91	81	8	244	25	29	18	26	1.98
65836528--65836700	93	1.9	93	87	0	256	27	28	21	22	1.99
65839681--65839772	48	1.9	48	93	0	157	35	7	27	29	1.84
65839921--65840029	37	2.9	37	94	0	182	22	18	31	27	1.97
65841285--65841483	40	5.0	40	86	0	272	23	20	29	27	1.98
65841647--65841697	25	2.0	25	81	7	59	33	15	29	21	1.94
65842038--65842183	37	3.9	37	93	0	238	23	18	31	26	1.97
65849277--65849381	53	2.0	52	98	1	201	37	9	15	38	1.80
65850428--65850599	46	3.7	46	77	14	149	27	20	29	22	1.98
65858102--65858322	46	4.8	45	75	15	175	28	19	29	23	1.98
65862910--65863038	55	2.3	57	84	6	156	27	16	6	49	1.71
65864545--65864586	20	2.2	19	95	4	75	14	26	35	23	1.93
65864653--65864708	28	2.0	29	89	3	87	19	46	21	12	1.83
65866027--65866150	42	2.9	43	78	4	128	29	33	16	20	1.95
65866307--65866360	22	2.3	22	84	9	63	48	9	5	37	1.59
65867920--65867994	34	2.2	34	83	2	98	13	20	13	53	1.72
65877115--65877270	43	3.6	43	91	0	240	11	23	32	32	1.91
65877115--65877347	43	5.3	43	81	8	193	14	22	30	32	1.94
65880370--65880511	46	3.0	46	86	2	203	29	23	7	38	1.83
65887083--65887129	17	2.8	17	83	6	51	31	0	2	65	1.04
65887067--65887130	16	3.8	17	75	12	51	31	0	1	67	1.00
65887090--65887161	26	2.8	25	76	12	74	31	2	1	63	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65887096--65887129	18	1.9	17	88	5	50	38	0	0	61	0.96
65888900--65889081	82	2.2	83	87	2	260	32	19	7	39	1.80
65888978--65889195	117	1.8	120	83	8	291	33	20	7	38	1.82
65889149--65889347	84	2.4	82	82	8	231	33	18	8	39	1.80
65893804--65893938	43	3.1	43	88	4	198	24	17	25	33	1.96
65893804--65894024	88	2.5	88	82	5	236	25	17	25	32	1.97
65893800--65893979	45	4.0	44	87	2	218	25	17	25	31	1.97
65900791--65900841	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
65901534--65901653	48	2.5	49	78	9	131	25	18	31	24	1.97
65901486--65901842	49	7.5	49	73	12	214	26	19	29	24	1.98
65901528--65901842	142	2.2	145	81	7	385	26	19	29	24	1.98
65902806--65902917	39	2.9	38	77	10	127	23	20	25	31	1.98
65905369--65905770	209	1.9	209	95	0	732	27	16	19	36	1.94
65908115--65908171	29	2.0	28	93	3	96	22	22	22	31	1.98
65910820--65910910	22	4.0	22	81	2	101	40	23	18	17	1.91
65910820--65910923	45	2.3	46	85	5	140	41	21	17	20	1.90
65912182--65912228	19	2.5	20	86	6	62	51	4	8	36	1.52
65913033--65913079	24	2.0	24	84	16	62	34	0	14	51	1.43
65917983--65918021	20	1.9	21	89	5	62	76	0	23	0	0.78
65917985--65918019	14	2.3	16	90	9	56	77	0	22	0	0.78
65918641--65918687	24	2.0	24	84	16	62	34	0	14	51	1.43
65925750--65925783	16	2.0	18	88	11	54	5	29	5	58	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65929324--65929806	47	10.1	47	87	4	660	31	12	29	26	1.92
65929616--65929690	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
65929780--65929870	46	2.0	46	86	0	128	32	8	31	26	1.87
65929324--65929855	292	1.8	291	87	5	792	31	11	29	26	1.92
65930014--65930159	37	3.9	37	92	0	238	23	18	30	27	1.98
65931410--65931601	40	4.8	40	96	0	330	22	21	30	25	1.99
65934547--65935029	47	10.1	47	89	4	705	30	12	30	26	1.93
65934715--65934790	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
65934839--65934913	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
65935003--65935093	46	2.0	46	86	0	128	32	8	31	26	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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