genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72763677--72763791	57	2.0	57	81	5	133	46	6	19	27	1.75
72767151--72767207	29	2.0	29	92	0	96	40	3	19	36	1.69
72768572--72768683	38	2.8	40	74	8	104	32	25	18	23	1.97
72770129--72770194	24	2.8	24	81	2	80	56	7	1	34	1.37
72796906--72797033	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
72796905--72797033	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
72804901--72805028	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
72804900--72805028	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
72820781--72820826	16	2.7	17	83	16	60	43	0	0	56	0.99
72820881--72820914	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
72836593--72836684	49	2.0	47	82	8	116	27	13	10	48	1.75
72844114--72844138	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
72845189--72845247	31	2.0	30	83	6	75	44	13	8	33	1.74
72845184--72845250	31	2.3	27	78	14	71	41	11	8	37	1.73
72850155--72850399	121	2.0	121	99	0	481	37	16	5	39	1.73
72855522--72855580	26	2.4	23	74	17	55	67	1	5	25	1.20
72856348--72856419	19	3.8	18	71	14	65	62	0	2	34	1.10
72856598--72856660	19	3.4	18	77	18	67	30	1	1	66	1.10
72856618--72856690	29	2.7	26	76	13	76	24	1	1	72	1.00
72856598--72856678	36	2.2	39	82	8	98	27	2	2	67	1.15
72857169--72857201	16	2.1	16	94	0	57	36	21	0	42	1.53
72857185--72857282	41	2.4	41	98	1	189	33	19	4	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72860571--72860672	26	3.9	26	97	0	177	36	25	5	32	1.80
72866402--72866503	26	3.9	26	97	0	177	36	25	5	32	1.80
72867203--72867240	16	2.4	16	100	0	76	31	0	13	55	1.38
72868200--72868241	17	2.6	17	85	10	54	40	0	0	59	0.97
72869173--72869201	6	4.8	6	100	0	58	34	17	48	0	1.47
72871016--72871077	23	2.8	21	79	13	61	56	4	4	33	1.42
72871037--72871098	23	2.8	22	85	9	74	58	4	1	35	1.29
72874701--72874757	23	2.4	24	80	8	64	42	1	3	52	1.28
72883121--72883208	20	4.4	20	75	13	83	42	19	6	31	1.77
72883354--72883490	23	5.8	23	76	10	109	33	18	22	25	1.96
72883376--72883512	68	1.9	71	82	10	174	35	17	21	24	1.95
72883421--72883490	24	3.0	24	81	6	72	38	15	21	24	1.92
72886808--72886871	19	3.4	19	89	10	96	34	1	1	62	1.14
72888244--72888270	12	2.2	12	100	0	54	48	14	11	25	1.77
72893979--72894341	46	7.7	48	76	13	260	25	18	31	24	1.97
72893979--72894341	94	3.8	99	75	16	263	25	18	31	24	1.97
72894024--72894341	99	3.3	97	76	15	263	24	17	32	24	1.97
72898669--72898900	40	5.8	40	83	4	315	25	28	21	24	1.99
72898649--72898899	80	3.2	80	94	0	423	26	28	21	23	1.99
72906667--72906897	40	5.8	40	82	5	306	25	28	21	24	1.99
72906647--72906896	80	3.2	80	93	1	414	26	28	20	24	1.99
72911176--72911214	14	2.6	16	88	8	55	41	2	23	33	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72915867--72915895	14	2.1	14	93	6	51	44	0	20	34	1.52
72916816--72916855	21	2.0	21	85	5	55	20	25	40	15	1.90
72918028--72918389	47	7.7	47	74	11	219	23	29	19	28	1.98
72918027--72918296	48	5.7	48	76	10	216	23	30	18	26	1.98
72920408--72920446	16	2.4	16	91	0	60	33	7	28	30	1.85
72920680--72920712	17	1.9	17	93	0	57	60	0	0	39	0.97
72920619--72920735	52	2.2	51	85	10	146	49	3	0	46	1.24
72921120--72921204	43	2.0	43	95	0	152	30	27	11	30	1.92
72924377--72924402	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
72925312--72925470	68	2.3	70	85	5	205	50	3	33	12	1.56
72928669--72928878	49	4.7	42	80	14	188	30	26	13	30	1.94
72928669--72928921	49	5.6	41	82	10	166	30	26	13	30	1.94
72928736--72928968	49	4.8	49	88	3	280	30	26	13	29	1.94
72928707--72928974	98	2.9	91	79	11	267	30	26	14	28	1.95
72928792--72928968	47	3.7	49	87	4	195	30	26	13	29	1.94
72928990--72929107	31	3.8	31	87	0	173	27	27	18	26	1.98
72928990--72929107	62	1.9	62	91	0	191	27	27	18	26	1.98
72936720--72936811	45	2.0	45	89	0	139	22	34	23	18	1.96
72937594--72937861	49	5.7	48	76	9	212	22	26	22	29	1.99
72937740--72937861	47	2.6	46	85	6	156	21	25	23	29	1.99
72937614--72937864	138	1.8	141	84	2	328	23	26	21	29	1.99
72944141--72944275	55	2.5	55	81	2	164	27	29	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72945040--72945260	49	4.7	47	77	11	184	21	30	21	27	1.98
72945601--72945657	30	1.9	30	88	0	87	29	19	14	36	1.91
72950087--72950117	10	3.1	10	90	0	53	32	6	29	32	1.83
72957024--72957049	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
72958423--72958588	40	4.2	40	91	2	255	23	23	25	27	2.00
72973617--72973685	36	1.9	36	100	0	138	31	7	27	33	1.84
72976237--72976280	12	3.7	12	96	0	79	34	15	15	34	1.90
72977399--72977434	15	2.4	15	95	0	63	44	8	11	36	1.70
72979337--72979694	47	7.6	47	74	10	279	28	20	29	22	1.98
72979334--72979694	94	3.9	93	79	11	382	28	20	29	22	1.98
72986451--72986810	47	7.7	45	74	10	251	28	21	28	21	1.99
72986455--72986810	94	3.8	93	77	9	350	28	21	28	21	1.99
72991499--72991529	15	2.1	15	93	0	53	41	9	6	41	1.63
72992905--72992972	30	2.3	30	86	0	91	44	26	2	26	1.69
72992916--72992973	30	1.9	30	96	0	107	41	25	0	32	1.56
72994623--72994661	16	2.4	16	91	0	60	69	0	30	0	0.89
72995809--72995885	38	2.0	38	97	0	145	44	5	16	33	1.70
72996777--72997145	138	2.6	138	90	1	540	41	14	23	21	1.89
72996776--72997097	46	7.0	46	94	0	509	40	14	23	21	1.90
72996791--72997172	92	4.1	90	87	7	441	41	14	22	20	1.89
73000827--73000896	31	2.3	29	85	9	88	61	5	10	22	1.49
73005592--73005701	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73007487--73007773	137	2.1	137	96	0	520	24	18	25	32	1.97
73010897--73010924	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
73011069--73011101	14	2.5	13	90	9	50	39	0	9	51	1.34
73015635--73015686	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
73018079--73018112	17	2.0	17	88	11	52	23	26	14	35	1.94
73030346--73030422	39	2.0	39	97	0	145	29	7	12	49	1.69
73040243--73040311	30	2.2	31	94	5	122	23	17	5	53	1.65
73047702--73047794	44	2.1	46	86	8	129	34	24	6	34	1.81
73049279--73049373	25	3.9	24	71	8	66	20	24	18	36	1.95
73049423--73049482	25	2.4	24	78	13	68	26	23	15	35	1.94
73054354--73054537	35	5.3	35	84	2	235	36	22	10	29	1.89
73054361--73054537	70	2.5	70	93	0	291	36	22	11	29	1.89
73057282--73057832	48	11.3	48	93	1	895	30	25	6	37	1.81
73057282--73057832	146	3.8	144	93	2	895	30	25	6	37	1.81
73057283--73057832	196	2.8	196	96	0	1005	30	26	6	37	1.81
73065255--73065382	66	1.9	66	96	0	238	26	36	25	11	1.90
73066046--73066182	35	3.9	35	83	0	166	37	21	10	30	1.88
73066087--73066201	35	3.3	34	76	8	124	34	19	13	32	1.91
73066053--73066185	70	1.9	70	90	0	212	36	21	12	30	1.89
73066438--73066490	21	2.5	21	87	0	88	16	26	37	18	1.93
73067607--73067728	47	2.6	48	86	1	174	23	28	22	25	1.99
73077961--73078017	29	2.0	28	80	12	64	35	5	24	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73079001--73079032	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
73084070--73084185	58	2.0	58	96	0	214	30	18	18	32	1.95
73085122--73085178	29	2.0	28	83	12	73	33	3	26	36	1.74
73086202--73086233	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
73088404--73088509	27	4.0	27	78	8	101	35	18	21	23	1.95
73088647--73088788	27	5.3	27	84	0	176	23	20	21	34	1.97
73088650--73088788	54	2.6	54	89	2	208	24	20	20	34	1.96
73091053--73091360	48	6.4	48	72	7	194	25	26	18	29	1.98
73094723--73094798	37	2.1	36	85	11	102	39	5	2	52	1.38
73094782--73094835	20	2.9	19	81	10	67	44	1	1	51	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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