genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82856046--82856146	28	3.6	28	89	5	159	29	35	13	20	1.92
82858044--82858082	16	2.5	16	87	4	53	7	15	53	23	1.67
82858128--82858196	33	2.1	33	100	0	138	23	5	31	39	1.78
82859653--82859743	27	3.4	27	81	4	112	38	18	18	24	1.93
82860087--82860153	33	2.0	33	85	0	89	31	26	19	22	1.98
82876470--82876532	23	2.8	22	85	7	83	38	15	23	22	1.93
82882557--82882684	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
82882556--82882684	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
82886425--82886493	33	2.1	33	97	0	129	15	13	13	57	1.64
82891337--82891533	55	3.6	55	75	3	150	18	22	18	40	1.92
82904711--82905186	27	17.7	27	82	5	516	32	9	19	39	1.83
82905486--82905619	28	4.8	28	82	10	123	26	32	14	26	1.95
82905522--82905622	28	3.6	27	89	5	139	29	34	14	20	1.93
82915123--82915489	48	7.7	48	78	2	310	27	19	28	24	1.99
82915113--82915489	144	2.6	143	83	2	434	27	19	28	25	1.98
82915214--82915528	142	2.2	144	81	2	339	28	19	28	23	1.98
82921234--82921456	40	5.6	39	83	5	232	24	20	28	26	1.99
82921309--82921491	79	2.3	80	81	1	217	25	20	28	25	1.99
82928720--82928982	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
82928759--82929017	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
82933547--82933881	144	2.3	143	81	2	357	25	19	28	25	1.99
82933548--82933880	48	6.9	48	78	4	276	25	19	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82942186--82942301	27	4.3	26	85	5	124	37	21	21	19	1.95
82942210--82942299	28	3.3	28	89	4	130	35	23	22	18	1.96
82942506--82942582	27	2.9	27	84	1	102	24	24	16	33	1.96
82942545--82942620	40	1.9	39	91	2	125	25	15	22	36	1.93
82942624--82942698	27	2.8	27	79	0	78	32	8	25	34	1.85
82944867--82944927	27	2.3	26	83	5	77	39	24	24	11	1.88
82944908--82944982	28	2.7	27	90	8	116	36	24	22	17	1.95
82945172--82945283	54	2.1	54	79	3	118	27	19	20	32	1.97
82945200--82945320	27	4.6	26	85	4	152	28	19	16	35	1.94
82949042--82949095	27	2.0	27	85	0	72	40	5	14	38	1.70
82949327--82949548	49	4.5	49	82	3	282	24	16	28	30	1.97
82950462--82950573	27	4.2	26	74	16	86	38	21	22	17	1.93
82950988--82951017	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
82959975--82960057	44	1.9	44	85	7	116	28	25	19	26	1.98
82959974--82960067	44	2.2	43	80	5	109	28	25	18	27	1.98
82963349--82963514	40	4.2	40	90	0	244	23	21	27	27	1.99
82970519--82970724	40	5.2	40	88	2	299	24	20	27	28	1.99
82988664--82988736	38	1.9	38	88	0	110	31	26	9	32	1.88
82990887--82990940	24	2.2	24	83	0	72	35	1	42	20	1.63
82992364--82992474	27	4.1	27	90	1	161	15	24	22	37	1.93
82996784--82996990	43	4.9	42	77	3	173	30	22	15	31	1.95
82998044--82998103	30	2.0	30	86	0	84	40	10	21	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83007935--83008101	83	2.0	83	89	2	255	23	26	17	31	1.97
83013322--83013466	43	3.4	43	77	7	143	29	22	17	30	1.97
83015201--83015241	21	2.0	20	95	4	73	43	24	0	31	1.54
83016938--83016991	27	2.0	27	100	0	108	44	14	11	29	1.80
83020428--83020878	27	16.7	27	78	4	266	38	20	8	32	1.82
83020550--83020934	54	7.1	52	79	5	261	41	20	8	30	1.81
83020564--83020934	81	4.6	80	78	7	349	42	19	7	30	1.79
83020889--83020940	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
83020994--83021080	27	3.2	27	91	3	131	33	21	26	18	1.96
83021886--83022060	26	6.8	26	90	0	264	26	22	24	27	2.00
83021886--83022060	52	3.4	52	96	1	318	26	22	24	27	2.00
83022205--83022296	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
83023649--83023754	53	2.0	53	98	0	203	29	14	5	50	1.65
83027458--83027496	16	2.4	16	86	0	51	48	20	20	10	1.78
83030623--83030714	24	3.8	24	79	0	112	38	27	14	20	1.91
83031887--83031920	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
83036035--83036202	47	3.6	47	72	10	164	23	17	28	30	1.97
83035985--83036212	93	2.5	93	91	0	366	22	17	28	30	1.97
83035992--83036156	46	3.6	46	71	11	156	23	17	27	31	1.97
83050102--83050156	28	2.0	28	100	0	110	52	14	10	21	1.72
83053648--83053692	22	2.0	22	83	8	56	13	37	0	48	1.42
83055154--83055198	23	1.9	23	82	13	56	35	22	6	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83061424--83061765	169	2.0	169	95	0	621	26	26	17	28	1.98
83062461--83062488	12	2.3	12	100	0	56	21	0	14	64	1.29
83071753--83071936	40	4.6	40	81	6	187	23	21	27	27	1.99
83071833--83071983	40	3.8	39	80	6	117	24	22	28	24	1.99
83078635--83078661	14	1.9	14	100	0	54	88	3	7	0	0.61
83082657--83082795	48	2.9	48	82	5	181	26	18	30	23	1.98
83082647--83082827	48	3.7	47	77	9	177	27	19	29	24	1.98
83087891--83087942	25	2.0	26	88	3	79	28	15	23	32	1.95
83091569--83091624	28	2.0	28	85	0	76	19	37	19	23	1.94
83091999--83092085	28	3.2	28	79	8	99	36	24	18	20	1.95
83091975--83092089	54	2.1	53	80	6	133	37	21	20	20	1.95
83092191--83092254	26	2.4	27	89	2	94	26	14	25	34	1.94
83094264--83094304	3	13.7	3	94	0	73	65	0	2	31	1.05
83101076--83101138	15	4.2	15	72	8	56	50	15	15	17	1.78
83108331--83108506	46	3.8	45	79	12	214	22	20	27	28	1.99
83108330--83108498	93	1.8	93	94	0	302	23	20	27	28	1.99
83120082--83120172	29	3.1	29	83	0	110	27	29	14	28	1.95
83123794--83123941	74	2.0	74	100	0	296	25	10	22	40	1.87
83131261--83131442	49	3.7	49	84	2	220	28	24	18	28	1.98
83131253--83131440	100	1.9	100	90	0	304	28	23	19	28	1.98
83137686--83137794	53	2.1	53	98	0	209	38	22	13	24	1.91
83144153--83144267	29	4.0	29	84	6	146	28	29	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83144144--83144259	57	2.0	57	86	3	162	27	31	16	25	1.96
83154637--83154820	78	2.3	81	84	6	243	26	27	22	23	2.00
83154618--83154820	40	5.1	40	85	7	245	25	27	22	24	2.00
83162540--83162724	40	4.7	40	87	6	252	25	27	22	24	2.00
83162540--83162724	79	2.3	82	86	7	256	25	27	22	24	2.00
83166352--83166405	26	2.1	26	85	0	72	27	18	22	31	1.97
83166413--83166542	27	4.8	27	79	3	91	41	20	7	30	1.80
83166414--83166566	54	2.8	53	82	3	180	41	19	8	30	1.81
83166492--83166580	27	3.3	27	84	3	108	40	15	10	33	1.81
83166844--83166923	41	2.0	41	89	0	124	20	20	30	30	1.97
83167071--83167129	22	2.7	22	78	0	64	23	23	20	32	1.98
83174661--83175088	47	9.0	47	80	11	333	34	9	28	27	1.89
83174688--83174763	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
83174778--83175104	48	6.8	48	80	10	344	34	8	27	28	1.87
83174725--83175080	193	1.8	195	85	4	506	34	9	27	28	1.88
83174661--83175096	143	3.0	142	78	10	494	33	9	28	27	1.88
83174684--83175145	240	1.9	238	88	4	687	33	10	28	27	1.89
83175251--83175395	37	3.9	37	89	0	218	22	18	32	26	1.97
83182407--83182516	43	2.6	43	82	4	125	26	19	25	29	1.98
83187813--83187872	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
83202185--83202218	14	2.3	15	95	5	61	82	2	0	14	0.79
83202188--83202218	15	2.1	15	93	0	53	83	3	0	12	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83207545--83207581	13	2.8	13	95	0	65	16	35	32	16	1.91
83212844--83212998	77	2.0	78	98	1	303	29	10	14	46	1.77
83215832--83216019	40	4.7	40	86	3	263	27	27	21	23	1.99
83223919--83224027	40	2.7	40	94	0	200	25	27	21	25	1.99
83233100--83233187	5	16.6	5	75	19	65	18	3	2	76	1.04
83233100--83233187	17	5.5	15	78	13	72	18	3	2	76	1.04
83233100--83233187	12	7.7	11	77	14	74	18	3	2	76	1.04
83233109--83233167	6	10.2	6	85	3	68	15	3	3	77	1.02
83236426--83236609	40	4.6	40	81	6	187	23	21	27	27	1.99
83236506--83236656	40	3.8	39	80	6	117	24	22	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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