genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83240594--83240680	44	2.0	44	84	4	113	36	12	26	24	1.91
83240832--83240990	47	3.2	47	71	14	158	35	13	23	27	1.93
83240817--83241045	101	2.3	100	91	1	370	36	13	23	25	1.92
83240969--83241284	53	5.8	55	83	6	369	35	17	24	23	1.95
83240977--83241283	108	2.8	108	92	0	497	34	17	24	23	1.95
83243742--83243795	28	1.9	28	92	0	90	46	12	16	24	1.82
83247821--83247982	43	3.8	42	80	6	141	27	15	24	32	1.95
83247827--83247986	44	3.8	41	77	8	133	27	15	25	31	1.96
83249444--83249522	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
83249641--83250161	47	11.1	47	96	0	880	28	29	8	32	1.87
83256037--83256198	42	3.8	42	79	4	182	28	16	25	29	1.96
83256042--83256198	85	1.9	84	83	4	208	28	16	26	28	1.97
83257488--83257515	12	2.3	12	100	0	56	7	46	25	21	1.76
83262011--83262179	47	3.6	46	82	8	166	23	27	19	30	1.98
83266696--83266733	19	2.0	20	89	5	60	44	0	21	34	1.52
83274029--83274206	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
83274050--83274205	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
83282030--83282207	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
83282051--83282206	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
83287926--83287968	22	1.9	23	90	4	70	20	2	53	23	1.57
83289902--83289963	28	2.3	25	83	10	70	35	22	24	17	1.95
83292189--83292262	35	2.1	35	94	0	130	27	25	14	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83298755--83299090	163	2.1	163	98	0	645	40	16	5	36	1.73
83304779--83304820	22	1.9	22	85	9	59	38	0	19	42	1.51
83305479--83305548	33	2.1	33	100	0	140	25	5	21	47	1.73
83305550--83305755	40	5.2	40	80	7	222	25	21	27	25	2.00
83305552--83305769	79	2.7	78	77	12	219	25	21	27	25	1.99
83307825--83307936	27	4.1	27	76	12	104	16	24	20	38	1.93
83307828--83307934	54	2.0	54	85	3	144	17	24	18	39	1.92
83314305--83314347	22	2.0	22	85	0	59	6	23	2	67	1.27
83315587--83315679	27	3.4	27	82	7	107	16	23	23	36	1.94
83315587--83315691	27	3.9	27	80	9	106	18	23	20	37	1.94
83317943--83318003	20	3.0	20	76	13	61	21	11	0	67	1.22
83321844--83321922	39	2.0	39	100	0	158	49	22	12	15	1.78
83324638--83324688	20	2.8	17	80	14	57	66	1	0	31	1.03
83324636--83324710	28	2.7	28	75	6	71	65	1	0	33	1.01
83324638--83324680	20	2.2	20	88	8	63	67	2	0	30	1.03
83327586--83327947	94	3.8	93	78	12	298	23	30	17	28	1.97
83327586--83327947	46	7.7	48	76	12	242	23	30	17	28	1.97
83327587--83327948	140	2.5	144	82	6	425	24	29	17	28	1.97
83336272--83336314	9	4.9	9	78	16	54	76	2	9	11	1.10
83336278--83336317	13	3.0	14	79	20	50	75	5	10	10	1.19
83349114--83349259	40	3.7	40	80	7	163	23	21	26	27	1.99
83349114--83349282	80	2.1	80	80	7	184	25	21	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83351710--83351838	42	3.1	41	92	2	204	31	24	20	23	1.98
83359534--83359662	42	3.1	41	92	2	204	31	24	20	23	1.98
83376558--83376583	13	2.0	13	100	0	52	0	38	23	38	1.55
83377223--83377296	37	2.0	37	100	0	148	45	8	16	29	1.76
83378654--83378810	85	1.8	85	82	5	201	27	26	20	26	1.99
83383585--83383762	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
83383586--83383741	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
83383582--83383762	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
83391431--83391606	27	6.5	27	83	3	201	27	14	27	30	1.95
83391432--83391587	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
83391428--83391606	82	2.2	81	82	3	225	27	15	27	30	1.96
83399949--83400083	43	3.2	43	73	10	116	28	23	20	28	1.99
83401292--83401516	46	4.8	46	75	12	172	21	29	20	28	1.98
83403881--83403959	27	2.9	28	77	7	81	15	20	24	40	1.90
83408083--83408185	46	2.2	47	84	6	129	34	14	24	26	1.94
83413611--83413705	42	2.3	41	83	10	113	28	25	14	31	1.95
83420520--83420621	40	2.6	40	87	4	136	26	22	28	22	1.99
83422551--83422594	21	2.1	21	95	0	79	40	20	11	27	1.86
83426526--83426559	15	2.3	15	89	0	50	44	41	8	5	1.60
83427219--83427372	41	3.7	41	74	10	143	27	26	16	29	1.97
83433650--83433697	20	2.4	20	89	0	69	31	18	37	12	1.88
83438358--83438425	28	2.4	28	90	0	100	29	25	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83447336--83447360	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
83450124--83450189	26	2.5	27	80	4	64	31	21	13	33	1.92
83450492--83450536	20	2.3	20	88	3	65	24	17	31	26	1.97
83451693--83451730	20	1.9	20	89	10	60	73	0	2	23	0.95
83451693--83451731	21	1.9	20	89	5	60	74	0	2	23	0.94
83454501--83454525	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
83464116--83464392	27	10.3	27	83	4	310	21	15	20	42	1.89
83468373--83468400	14	2.0	14	100	0	56	28	14	7	50	1.69
83468655--83468863	46	4.5	47	73	8	151	29	17	26	26	1.97
83469818--83469898	42	2.0	41	85	9	112	22	23	40	13	1.89
83472892--83472963	28	2.6	28	80	8	92	30	27	11	30	1.91
83472977--83473052	40	1.9	40	88	0	116	34	28	14	22	1.93
83476045--83476069	9	2.8	9	100	0	50	64	0	12	24	1.27
83477319--83477422	50	2.1	50	100	0	208	24	11	18	46	1.82
83486970--83487037	28	2.4	28	90	0	100	29	25	14	30	1.95
83495420--83495444	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
83502011--83502219	46	4.5	47	73	8	151	29	17	26	26	1.97
83503176--83503256	42	2.0	40	83	9	101	23	24	38	13	1.91
83506249--83506320	28	2.6	28	80	8	92	30	27	11	30	1.91
83506334--83506409	40	1.9	40	88	0	116	34	28	14	22	1.93
83510666--83510769	50	2.1	50	100	0	208	24	11	18	46	1.82
83517482--83517601	44	2.8	44	80	10	131	25	19	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83524890--83525009	44	2.8	44	79	10	131	26	19	26	27	1.99
83524889--83525041	42	3.5	42	78	10	139	28	18	26	26	1.98
83525956--83525980	13	1.9	13	100	0	50	24	32	28	16	1.96
83527386--83527416	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
83530910--83531173	47	5.7	45	72	16	191	24	18	31	25	1.98
83530917--83531220	94	3.2	93	78	8	312	25	19	30	24	1.98
83533600--83533683	29	3.0	29	87	3	118	26	15	32	26	1.96
83533610--83533693	29	3.1	26	84	5	96	25	16	33	25	1.96
83535414--83535671	40	6.5	40	90	2	360	22	22	28	26	1.99
83538107--83538140	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
83539774--83539800	13	2.1	13	100	0	54	22	37	25	14	1.93
83544578--83544675	29	3.4	29	83	8	112	31	26	13	28	1.94
83552598--83552725	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
83552597--83552725	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
83554124--83554308	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
83554105--83554308	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
83555435--83555554	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
83560127--83560310	40	4.6	40	78	10	198	25	27	22	25	2.00
83560127--83560311	79	2.3	82	83	7	229	25	27	22	24	2.00
83565397--83565421	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
83568185--83568250	26	2.5	27	80	4	64	31	21	13	33	1.92
83568552--83568596	20	2.3	20	88	3	65	24	17	31	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83572559--83572583	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
83581587--83581795	46	4.5	47	73	8	151	29	17	26	26	1.97
83582752--83582832	42	2.0	40	83	9	101	23	24	38	13	1.91
83585824--83585895	28	2.6	28	80	8	92	30	27	11	30	1.91
83585911--83585986	40	1.9	40	88	0	116	34	28	14	22	1.93
83591693--83591875	65	2.8	63	74	11	167	29	15	30	24	1.95
83594855--83594913	29	2.0	30	86	3	84	28	25	6	38	1.81
83603118--83603558	47	9.6	47	91	5	704	29	29	8	32	1.86
83603118--83603558	91	4.8	93	92	5	700	29	29	8	32	1.86
83603118--83603558	187	2.4	182	92	3	708	29	29	8	32	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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