genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8439788--8439826	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
8440066--8440200	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
8440323--8440363	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
8444854--8444911	5	10.8	5	80	12	62	43	0	1	55	1.10
8444855--8444912	8	6.7	9	74	21	61	43	0	1	55	1.10
8444857--8444912	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
8446226--8446264	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
8446504--8446638	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
8446760--8446800	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
8451702--8451751	23	2.2	22	82	3	55	56	6	2	36	1.36
8452182--8452226	18	2.5	19	75	13	51	0	28	4	66	1.11
8452625--8452667	20	2.2	20	91	0	68	37	2	2	58	1.24
8452781--8452917	62	2.3	59	81	12	154	42	2	12	43	1.54
8453462--8453498	19	1.9	19	89	10	58	29	0	0	70	0.88
8453462--8453511	24	2.0	25	84	3	66	32	4	0	64	1.12
8464915--8464979	13	5.2	13	78	16	66	72	0	9	18	1.11
8464927--8464979	9	5.9	9	77	16	56	71	0	9	18	1.12
8464944--8464979	14	2.6	14	90	0	54	69	0	11	19	1.18
8465289--8465336	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
8467662--8467692	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
8467963--8468031	21	3.4	21	71	15	72	55	7	1	36	1.37
8468605--8468662	23	2.5	23	100	0	116	6	3	43	46	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8468767--8468807	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
8469675--8469714	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
8469663--8469729	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
8469698--8469737	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
8471852--8472136	141	2.0	141	97	0	543	34	14	17	33	1.90
8477992--8478021	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
8478612--8478665	19	2.8	19	83	10	65	55	0	1	42	1.10
8479367--8479397	16	1.9	16	93	0	53	51	3	0	45	1.17
8479790--8479850	24	2.6	23	82	7	77	42	1	6	49	1.38
8481487--8481521	16	2.2	16	95	5	63	45	0	5	48	1.26
8481913--8481976	26	2.5	25	82	2	65	43	1	0	54	1.09
8481920--8481994	40	1.9	40	83	5	100	44	1	0	54	1.08
8481964--8482010	23	2.0	23	83	4	58	44	2	0	53	1.12
8481920--8482005	40	2.2	40	81	8	95	43	2	0	54	1.13
8485297--8485344	22	2.2	21	77	3	51	47	0	4	47	1.21
8487353--8487413	22	2.7	23	80	7	72	42	3	1	52	1.27
8487352--8487412	23	2.8	21	83	11	70	42	3	1	52	1.27
8491977--8492005	15	2.0	15	93	6	51	31	13	13	41	1.84
8501040--8501159	55	2.2	55	98	0	231	19	17	11	51	1.75
8501668--8501812	44	3.3	43	71	10	141	35	20	22	21	1.96
8501661--8501824	88	1.9	87	92	1	274	37	20	21	20	1.95
8502196--8502345	43	3.5	42	75	7	133	38	23	18	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8503272--8503318	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
8503579--8503760	46	4.0	46	92	1	285	22	24	14	38	1.92
8507788--8507831	15	2.9	15	80	12	54	29	4	9	56	1.50
8507856--8507911	24	2.3	25	78	9	62	35	5	3	55	1.40
8516925--8517023	50	2.0	50	90	4	155	53	11	20	15	1.71
8516941--8517040	50	2.0	49	82	5	121	59	11	17	13	1.62
8519912--8519965	26	2.1	26	100	0	108	40	14	7	37	1.74
8521199--8521249	18	2.8	17	82	8	57	76	0	5	17	0.98
8542745--8542773	13	2.1	14	93	6	51	31	0	0	68	0.89
8542789--8542813	9	2.8	9	100	0	50	68	0	0	32	0.90
8547103--8547165	31	2.0	31	100	0	126	38	3	9	49	1.51
8547105--8547172	31	2.2	31	94	0	118	36	4	10	48	1.57
8551949--8551989	3	13.7	3	89	0	64	0	31	0	68	0.90
8552247--8552284	7	5.6	7	96	3	69	10	0	0	89	0.49
8561832--8561914	43	1.9	43	82	0	103	27	21	14	36	1.93
8569741--8569816	27	2.8	27	85	2	98	44	5	6	43	1.52
8569735--8569830	28	3.5	28	76	9	99	42	9	5	42	1.59
8582693--8582739	20	2.5	19	75	21	53	70	4	0	25	1.05
8584544--8584671	42	3.0	40	76	7	112	39	17	19	23	1.93
8585161--8585193	17	2.0	17	88	5	50	33	18	0	48	1.48
8585474--8585881	46	8.9	46	90	1	577	21	23	14	40	1.90
8590616--8590683	22	3.1	21	83	8	82	42	14	22	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8592901--8593373	35	13.6	35	87	2	533	29	14	24	31	1.94
8595827--8596095	46	5.6	46	84	10	358	34	14	22	28	1.93
8595887--8596095	52	4.1	51	85	9	293	35	13	22	28	1.92
8595973--8596006	7	4.7	7	88	3	50	44	2	26	26	1.69
8596059--8596204	37	4.0	37	92	1	233	36	16	21	25	1.94
8599837--8599864	10	2.8	10	100	0	56	50	0	17	32	1.47
8601084--8601249	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
8607588--8607752	53	3.1	53	87	5	219	26	15	28	30	1.96
8607693--8607797	46	2.2	47	77	9	115	23	14	30	31	1.94
8615200--8615257	21	2.9	20	82	5	64	37	10	12	39	1.77
8617632--8617678	20	2.3	21	82	13	55	72	0	2	25	0.96
8617706--8617758	26	2.1	25	82	6	63	54	0	1	43	1.11
8618244--8618289	9	4.9	9	84	7	56	63	4	0	32	1.14
8618234--8618289	19	3.1	18	78	12	62	58	3	0	37	1.15
8618275--8618314	16	2.7	15	85	11	55	50	2	0	47	1.14
8627856--8627889	15	2.2	16	94	5	61	29	5	11	52	1.61
8630116--8630148	15	2.2	15	89	10	50	42	45	6	6	1.53
8631316--8631348	14	2.4	14	90	5	50	30	0	0	69	0.88
8642594--8642621	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
8643863--8644117	86	2.9	88	84	4	304	30	23	22	23	1.99
8643872--8644171	86	3.5	85	79	8	288	30	23	23	23	1.99
8644253--8644508	46	5.8	46	74	9	201	29	20	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8644210--8644548	46	7.8	44	73	9	194	30	19	22	27	1.98
8644131--8644514	174	2.2	170	89	3	565	30	19	22	27	1.98
8644215--8644553	87	3.9	87	74	8	292	29	20	22	27	1.98
8644299--8644552	131	2.0	128	81	6	298	28	19	24	27	1.99
8644840--8644872	15	2.2	15	89	10	50	42	45	6	6	1.53
8646039--8646071	14	2.4	14	90	5	50	30	0	0	69	0.88
8654555--8654597	21	2.0	21	100	0	86	41	30	13	13	1.84
8675142--8675167	12	2.2	12	100	0	52	7	34	26	30	1.85
8680857--8680915	26	2.3	26	85	2	75	55	0	3	40	1.16
8680943--8680997	9	6.2	9	74	17	53	76	5	18	0	0.97
8687557--8687638	43	1.9	43	82	2	103	29	18	20	31	1.96
8692006--8692073	34	2.0	34	100	0	136	35	20	17	26	1.95
8696840--8696873	17	2.0	17	94	0	59	44	0	2	52	1.16
8700007--8700040	17	2.0	17	88	11	52	17	17	23	41	1.90
8703770--8703848	40	2.0	39	95	2	140	20	6	25	48	1.73
8712094--8712148	27	2.0	27	82	6	67	38	7	3	50	1.48
8713047--8713080	15	2.3	15	94	0	59	8	0	35	55	1.31
8722330--8722375	24	2.0	22	87	8	65	28	8	8	54	1.61
8723036--8723085	24	2.0	26	84	7	68	60	4	2	34	1.27
8723018--8723086	24	2.5	28	73	17	65	53	2	4	39	1.36
8724781--8724805	11	2.3	11	100	0	50	28	0	16	56	1.41
8728225--8728308	33	2.5	33	84	0	105	47	5	3	42	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8728657--8728703	16	2.9	16	87	0	67	46	0	17	36	1.48
8734514--8734560	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
8737767--8737801	14	2.4	14	95	4	61	8	25	0	65	1.21
8737747--8737791	19	2.5	18	83	16	58	6	26	0	66	1.16
8738433--8738525	41	2.2	41	98	1	177	24	2	33	39	1.67
8738520--8738579	19	3.1	19	88	9	68	30	5	25	40	1.77
8738533--8738579	19	2.4	19	96	3	85	29	4	21	44	1.71
8740098--8740253	42	3.7	41	75	17	158	24	18	26	30	1.98
8743801--8743832	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
8743825--8744036	59	3.4	62	70	16	197	41	2	6	50	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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