genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.162.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51283359--51283542	67	2.8	64	75	13	162	23	30	16	28	1.97
51289000--51289077	25	3.2	25	79	1	86	26	21	19	32	1.97
51289124--51289172	21	2.3	21	85	0	62	34	20	8	36	1.82
51295217--51295420	40	5.2	40	86	4	272	24	21	26	27	1.99
51297384--51297498	55	2.1	56	80	11	130	35	20	23	20	1.96
51297409--51297478	27	2.5	28	86	4	88	35	21	22	20	1.96
51297604--51297668	28	2.3	28	86	5	87	30	7	29	32	1.85
51303265--51303415	28	5.4	28	91	1	214	26	11	27	33	1.92
51311293--51311415	28	4.4	28	88	2	167	26	12	27	33	1.92
51311293--51311415	55	2.2	57	86	2	169	26	12	27	33	1.92
51311318--51311428	28	4.0	27	88	3	89	29	11	25	33	1.91
51316467--51316556	28	3.2	27	81	13	103	33	22	23	21	1.97
51316467--51316556	27	3.2	28	80	13	105	33	22	23	21	1.97
51316662--51316726	28	2.3	28	89	5	96	29	7	30	32	1.85
51319356--51319531	43	4.1	43	84	0	217	13	21	30	35	1.91
51319685--51319793	57	1.9	58	88	1	166	23	20	28	27	1.99
51328497--51328527	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
51328560--51328608	25	2.0	25	83	0	62	53	16	2	28	1.54
51329047--51329075	14	2.0	15	93	6	51	51	27	0	20	1.47
51332295--51332333	15	2.5	16	83	8	53	12	7	15	64	1.49
51334518--51334552	13	2.6	13	86	4	52	11	2	14	71	1.25
51334694--51334756	19	3.4	18	69	26	51	30	3	7	58	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51345415--51345505	28	3.2	28	87	0	119	29	13	30	26	1.94
51355556--51355685	40	3.2	40	93	4	224	24	20	23	31	1.98
51355558--51355685	42	3.1	42	95	2	224	24	21	23	31	1.98
51355558--51355709	82	1.9	82	87	5	227	24	22	23	30	1.99
51358843--51359063	40	5.6	40	91	2	347	27	20	28	23	1.99
51358843--51359090	118	2.1	119	88	2	365	26	20	28	24	1.99
51367196--51367414	39	5.6	40	91	3	347	27	20	29	22	1.99
51367196--51367418	79	2.8	79	91	2	360	27	20	29	23	1.99
51372851--51372908	27	2.1	27	83	0	71	25	18	18	36	1.95
51374969--51375397	43	10.0	43	81	3	481	27	16	26	30	1.97
51374973--51375373	212	1.9	214	92	2	682	26	16	26	30	1.97
51376674--51376706	13	2.4	14	90	5	50	21	0	15	63	1.30
51378264--51378302	20	1.9	21	89	5	62	46	15	15	23	1.83
51378266--51378394	65	2.0	63	93	3	222	42	17	13	25	1.87
51380514--51380911	42	9.4	43	79	9	433	26	17	26	29	1.97
51380518--51380915	213	1.9	212	89	4	624	26	16	26	30	1.97
51383807--51383937	65	2.0	65	96	0	244	42	17	14	25	1.87
51383820--51383920	30	3.2	30	67	26	82	43	16	15	23	1.87
51383940--51383996	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
51384243--51384272	6	4.8	6	92	8	51	16	0	0	83	0.65
51386071--51386483	43	9.6	43	83	2	499	27	16	26	29	1.97
51387780--51387812	13	2.4	14	90	5	50	21	0	15	63	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51390487--51390536	25	2.0	25	85	11	68	30	32	8	30	1.86
51390713--51391013	40	7.7	40	86	7	406	24	28	21	24	1.99
51390713--51391013	79	3.9	79	86	7	404	24	28	21	24	1.99
51390700--51391013	115	2.7	117	84	8	408	25	28	21	24	1.99
51393226--51394054	47	17.6	47	94	2	1428	29	29	8	32	1.87
51393226--51394054	189	4.4	189	95	1	1441	29	29	8	32	1.87
51396873--51397161	27	10.7	28	80	3	240	39	21	8	30	1.84
51396824--51397161	54	6.3	54	80	4	303	39	21	8	30	1.83
51396824--51397161	81	4.2	81	79	8	287	39	21	8	30	1.83
51396980--51397203	27	8.3	27	84	3	143	39	19	10	30	1.86
51396980--51397203	54	4.1	54	82	3	168	39	19	10	30	1.86
51401559--51401607	25	1.9	26	91	4	82	24	2	2	71	1.07
51401655--51401794	26	5.4	25	72	12	86	32	3	4	59	1.34
51401898--51401958	19	3.2	19	92	2	104	40	9	1	47	1.46
51402011--51402064	29	2.0	27	85	10	74	29	9	1	59	1.39
51402108--51402225	26	4.5	26	84	5	130	29	3	3	63	1.27
51402108--51402225	53	2.2	53	80	7	132	29	3	3	63	1.27
51404764--51404808	19	2.4	19	85	7	56	22	20	13	44	1.85
51404941--51404990	12	4.2	12	77	7	57	52	16	24	8	1.70
51408122--51408197	8	8.5	8	71	25	55	77	3	1	17	0.99
51408113--51408191	19	4.3	19	78	16	94	74	6	1	17	1.09
51408144--51408183	11	3.9	11	75	18	50	75	7	0	17	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51408113--51408189	37	2.1	36	86	11	104	75	6	1	16	1.08
51409431--51409586	44	3.5	44	81	6	217	26	16	28	27	1.97
51415314--51415495	24	7.6	25	72	10	96	23	21	19	35	1.96
51415314--51415474	73	2.2	74	87	6	247	24	21	19	34	1.96
51415382--51415500	45	2.5	47	80	14	129	23	21	19	35	1.96
51415314--51415495	23	7.6	23	72	15	122	23	21	19	35	1.96
51421618--51421687	25	2.8	25	95	0	122	25	22	25	25	2.00
51421735--51421782	20	2.3	21	92	3	80	35	18	10	35	1.85
51428419--51428466	20	2.3	21	92	3	80	35	18	10	35	1.85
51431818--51431962	53	2.7	55	82	6	181	32	17	25	24	1.97
51432201--51432231	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
51444138--51444203	25	2.6	25	77	13	64	60	1	3	34	1.21
51444749--51444782	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
51447403--51447569	91	1.8	92	94	3	302	29	22	25	22	1.99
51447405--51447569	46	3.6	46	93	1	287	29	22	26	21	1.99
51449920--51450031	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
51449920--51450031	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
51457729--51457840	27	4.2	26	84	10	136	36	23	25	15	1.93
51457729--51457840	54	2.1	54	86	6	156	36	23	25	15	1.93
51479350--51479393	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
51479459--51479492	11	3.0	11	91	4	50	50	0	0	50	1.00
51481745--51481792	25	1.9	25	91	0	78	31	25	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51481836--51481889	20	2.7	20	97	0	99	35	11	20	33	1.88
51481944--51482016	23	3.1	23	92	3	119	30	20	19	30	1.97
51481943--51482037	24	4.0	24	86	6	131	29	21	21	28	1.98
51482230--51482310	31	2.6	31	84	5	110	35	17	24	22	1.95
51485246--51485391	48	3.0	48	82	4	188	27	23	19	29	1.98
51490615--51490680	24	2.6	25	80	4	80	27	24	15	33	1.95
51491339--51491375	18	2.1	18	89	0	56	40	16	21	21	1.91
51491701--51491910	27	7.8	27	75	9	153	41	20	11	25	1.86
51491696--51491911	54	4.0	53	75	12	190	41	20	12	25	1.87
51491724--51491911	81	2.3	81	82	4	227	42	19	11	27	1.84
51491899--51492044	27	5.4	27	83	4	100	21	17	21	39	1.92
51491954--51492065	27	4.2	26	89	4	161	19	15	23	41	1.89
51491954--51492065	53	2.1	54	90	5	174	19	15	23	41	1.89
51496462--51496819	47	7.6	47	93	1	599	32	8	30	28	1.88
51496938--51497016	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
51500174--51500300	64	2.0	62	90	3	200	25	18	26	29	1.98
51504721--51504844	46	2.7	46	88	0	176	30	27	20	20	1.98
51511775--51511948	46	3.8	44	77	12	172	28	27	21	22	1.99
51511782--51511952	93	1.8	93	91	0	279	28	27	21	22	1.99
51535411--51535756	27	12.9	27	84	3	421	26	13	20	39	1.90
51538397--51538562	43	3.9	42	74	6	147	29	13	24	32	1.93
51540739--51541058	48	6.7	49	75	11	186	23	28	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51540891--51541064	48	3.7	48	87	5	230	23	31	17	27	1.97
51540741--51541084	141	2.4	141	78	8	333	23	28	19	28	1.98
51540891--51541093	48	4.3	46	80	13	175	24	30	19	26	1.98
51562161--51562414	50	5.1	50	79	5	235	30	12	17	39	1.87
51562161--51562414	100	2.5	100	82	6	309	30	12	17	39	1.87
51568719--51568866	50	3.0	50	82	7	185	23	16	31	28	1.96
51571421--51571449	14	2.0	15	93	6	51	20	0	27	51	1.47
51573780--51573888	27	4.1	27	84	5	123	37	19	23	19	1.94
51575099--51575160	31	2.1	30	81	6	72	58	1	33	6	1.34
51575745--51575971	50	4.5	50	81	3	251	31	12	18	37	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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