genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7698655--7698716	7	8.6	7	94	3	88	35	0	0	64	0.94
7698641--7698723	7	11.3	7	86	11	87	32	0	1	66	1.00
7698636--7698716	37	2.2	37	86	4	110	37	0	1	61	1.04
7699322--7699385	7	9.0	7	75	3	56	46	26	3	23	1.67
7699319--7699369	15	3.5	15	78	5	59	47	29	1	21	1.62
7699608--7699819	82	2.6	81	86	3	264	21	22	20	35	1.96
7699609--7699795	41	4.6	40	88	3	257	21	23	20	33	1.97
7699611--7699819	41	5.1	40	86	3	229	21	22	20	35	1.96
7710828--7710875	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
7710819--7710875	30	2.0	28	89	6	87	57	15	15	10	1.64
7713837--7714007	93	1.8	93	89	0	270	28	29	21	21	1.98
7713831--7714004	46	3.8	46	76	13	176	29	28	20	21	1.98
7713880--7714023	46	3.1	45	72	19	111	28	27	20	23	1.99
7724234--7724380	39	3.8	39	82	0	186	36	11	11	40	1.78
7724230--7724380	78	1.9	78	90	0	239	37	11	11	39	1.78
7725925--7725968	21	2.0	23	86	8	65	36	4	2	56	1.32
7735607--7735637	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
7735717--7735747	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
7744211--7744268	30	1.9	30	92	0	98	24	8	10	56	1.60
7744389--7744421	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
7744695--7744757	31	2.1	30	84	3	81	41	3	1	53	1.26
7755012--7755064	27	2.0	27	100	0	106	9	22	3	64	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7767301--7767352	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
7770347--7770398	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
7773026--7773091	35	1.9	34	90	6	107	34	7	12	45	1.70
7806362--7806471	51	2.2	51	95	3	195	30	23	13	32	1.93
7808093--7808144	21	2.5	21	73	17	54	42	13	5	38	1.68
7808349--7808412	31	2.1	31	93	0	110	32	25	12	29	1.92
7809602--7809645	22	2.0	22	83	12	56	15	4	4	75	1.14
7811299--7811343	14	3.5	14	77	22	62	24	28	6	40	1.80
7811300--7811345	24	1.9	24	100	0	92	23	28	8	39	1.84
7814782--7814846	22	2.8	24	79	11	82	35	0	7	56	1.28
7816854--7817174	46	7.0	46	90	0	426	39	15	24	21	1.91
7829270--7829310	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
7833962--7834049	41	2.2	41	82	10	101	54	4	2	38	1.33
7836300--7836334	17	2.1	18	89	10	56	51	0	0	48	1.00
7844290--7844330	21	1.9	22	95	5	75	36	0	0	63	0.95
7844291--7844334	20	2.1	21	87	4	63	40	0	0	59	0.98
7844325--7844358	10	3.3	10	91	4	50	52	0	2	44	1.16
7847369--7847403	6	5.8	6	96	0	52	17	0	8	74	1.06
7857928--7857965	15	2.5	15	91	4	58	68	0	31	0	0.90
7858828--7858861	16	2.1	16	89	10	52	55	0	8	35	1.31
7859228--7859295	18	3.7	18	80	2	73	30	7	14	47	1.72
7863691--7863733	22	1.9	23	90	4	70	53	0	6	39	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7864603--7864671	34	2.0	34	97	0	129	23	23	17	36	1.95
7870989--7871014	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
7893764--7893820	16	3.6	16	80	13	55	57	5	5	31	1.43
7897944--7897978	6	5.8	6	93	0	52	54	0	42	2	1.15
7903978--7904020	19	2.3	19	80	4	52	39	2	0	58	1.11
7914531--7914570	15	2.6	16	84	15	57	35	0	0	65	0.93
7922095--7922126	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
7927210--7927241	14	2.3	14	94	0	55	31	43	15	9	1.78
7974079--7974109	15	2.1	15	93	0	53	38	0	3	58	1.15
7975565--7975609	23	2.0	23	90	0	72	28	13	35	22	1.92
7976724--7976752	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
7977516--7977626	47	2.4	47	81	6	136	26	15	22	36	1.94
7984939--7985004	21	3.1	21	84	0	96	15	24	16	43	1.86
7986804--7986832	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
7988824--7989030	47	4.2	48	80	6	179	25	15	27	30	1.96
7999467--7999526	27	2.3	26	75	13	61	53	3	3	40	1.34
8004707--8004759	26	2.0	26	92	0	88	35	22	9	32	1.86
8006141--8006243	43	2.4	43	100	0	206	29	33	27	9	1.88
8006219--8006259	16	2.6	16	100	0	82	26	29	34	9	1.88
8006176--8006291	59	2.0	59	96	0	214	28	32	27	11	1.91
8006273--8006348	38	2.0	40	89	5	120	23	27	26	22	1.99
8017183--8017234	26	2.0	26	100	0	104	34	15	3	46	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8023930--8023968	20	2.0	20	84	0	51	30	5	0	64	1.15
8025760--8025801	22	2.0	21	86	13	59	16	9	9	64	1.49
8028855--8028896	22	2.0	21	95	4	75	52	2	2	42	1.27
8035275--8035306	16	1.9	17	93	6	57	31	31	18	18	1.95
8036537--8036579	24	1.9	23	86	13	63	51	9	6	32	1.61
8046110--8046157	23	2.1	23	96	0	87	39	8	10	41	1.69
8053098--8053143	21	2.1	23	84	8	60	41	4	4	50	1.42
8056842--8056885	21	2.1	21	83	8	54	47	9	0	43	1.35
8061026--8061496	210	2.3	206	90	2	746	38	11	7	43	1.69
8061416--8061454	20	2.0	21	85	10	55	20	5	5	69	1.28
8070199--8070349	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
8074952--8075192	123	1.9	125	88	1	369	37	14	14	33	1.87
8084714--8084742	14	2.0	15	93	6	51	0	17	0	82	0.66
8092969--8093040	35	2.1	35	100	0	144	30	11	18	40	1.85
8093257--8093313	31	2.0	30	83	13	75	35	14	10	40	1.80
8096995--8097037	18	2.3	19	80	15	54	65	2	4	27	1.25
8097874--8097920	20	2.3	22	78	14	55	57	0	0	42	0.98
8100540--8100615	37	2.1	37	94	0	134	30	10	22	36	1.88
8106467--8106500	18	1.9	17	94	5	59	55	0	0	44	0.99
8109318--8109488	60	2.8	60	80	6	177	28	47	8	15	1.74
8109443--8109677	39	6.2	39	77	6	223	32	46	7	13	1.71
8109421--8109688	78	3.5	75	75	9	213	32	45	7	13	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8109463--8109676	72	2.8	77	76	9	233	32	46	7	13	1.72
8109668--8109851	39	4.6	39	76	6	140	33	46	4	15	1.66
8109613--8109737	60	2.1	60	83	5	155	30	48	6	15	1.70
8109613--8109983	21	18.2	21	65	17	104	31	48	5	14	1.67
8109825--8109885	27	2.4	23	76	21	68	24	52	1	21	1.56
8109828--8109880	27	2.0	27	96	0	97	22	52	1	22	1.56
8109791--8109917	66	1.9	66	88	3	193	30	49	3	16	1.61
8109857--8109962	39	2.7	39	91	0	158	33	50	5	11	1.62
8109895--8110562	60	11.1	60	75	11	376	32	47	7	12	1.69
8109857--8110049	99	1.9	99	88	0	287	34	48	6	11	1.64
8109977--8110119	72	2.0	72	87	0	205	32	46	8	11	1.71
8109793--8110181	132	2.9	132	77	11	349	32	48	5	13	1.66
8109955--8110604	39	16.7	39	68	15	233	32	47	7	12	1.69
8110106--8110202	21	4.8	21	74	14	87	36	49	3	11	1.54
8110164--8110338	81	2.2	79	81	10	189	31	47	7	13	1.71
8110105--8110396	138	2.1	138	89	2	435	31	47	7	13	1.71
8110069--8110664	21	30.2	21	63	19	86	32	47	6	13	1.68
8110483--8110562	18	4.3	18	68	14	54	35	51	3	10	1.53
8110423--8110887	99	4.7	99	74	6	318	32	47	6	13	1.69
8109895--8110637	117	6.4	117	72	13	442	32	47	6	12	1.68
8110218--8110640	177	2.4	177	77	8	439	31	47	7	13	1.70
8110420--8110664	60	4.1	60	80	7	211	33	50	4	11	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8110051--8110682	156	4.0	156	74	11	428	32	47	7	12	1.69
8110576--8110703	21	6.4	21	68	13	90	33	50	3	11	1.57
8110600--8110725	39	3.2	39	83	4	164	34	50	4	11	1.59
8110502--8110827	138	2.4	138	81	5	351	33	46	6	13	1.69
8110816--8110914	21	4.9	21	74	7	78	29	43	10	17	1.81
8110783--8110961	60	3.0	60	83	0	214	30	44	8	17	1.78
8110737--8110987	39	6.3	40	69	16	98	30	43	8	17	1.79
8112718--8112756	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
8112982--8113057	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
8120057--8120095	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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