genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85615854--85615984	57	2.3	57	73	12	126	33	14	20	31	1.93
85622043--85622209	43	3.9	43	77	6	155	26	15	22	35	1.94
85632691--85632867	43	4.1	43	94	0	300	29	32	24	12	1.92
85640750--85640865	56	2.1	56	98	0	223	25	36	15	22	1.94
85651746--85651806	30	2.0	30	83	0	77	29	22	8	39	1.83
85656605--85656665	30	2.0	30	83	0	77	39	8	22	29	1.83
85659644--85659820	27	6.6	26	82	5	176	27	15	27	28	1.96
85659644--85659820	54	3.3	54	81	7	198	27	15	27	28	1.96
85659645--85659799	81	1.9	81	85	5	215	27	16	27	28	1.97
85659641--85659820	81	2.2	81	81	3	211	27	16	27	28	1.97
85661467--85661627	46	3.5	45	74	11	155	21	19	29	29	1.98
85666727--85666971	49	4.9	49	80	3	274	24	17	27	30	1.97
85666728--85666969	100	2.4	100	86	2	317	24	17	26	30	1.97
85672441--85672624	50	3.7	50	86	2	246	26	17	26	29	1.97
85676598--85676635	15	2.5	15	86	0	58	34	21	18	26	1.96
85682309--85682351	19	2.3	19	95	0	77	37	13	9	39	1.78
85692713--85692808	50	1.9	51	86	2	140	37	14	21	26	1.92
85692787--85692904	31	3.8	31	86	0	164	29	18	25	26	1.98
85692926--85693192	48	5.7	48	85	6	268	27	15	27	29	1.96
85692973--85693157	97	1.9	95	87	4	273	26	15	28	30	1.96
85693101--85693224	42	3.0	41	85	2	158	30	14	25	29	1.95
85696183--85696400	39	5.6	39	88	0	301	39	22	24	13	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85698982--85699023	15	2.8	15	88	0	66	52	14	16	16	1.75
85701798--85702005	39	5.3	39	89	2	276	30	30	21	17	1.96
85701788--85702005	78	2.8	78	86	5	305	30	30	21	17	1.97
85702338--85702553	110	2.0	110	97	0	405	24	22	8	44	1.80
85704495--85704764	54	5.0	54	87	0	369	38	19	8	32	1.82
85704496--85704792	81	3.7	81	79	1	326	38	19	8	33	1.82
85704496--85704929	81	5.4	81	76	3	320	38	20	9	32	1.84
85704505--85704900	27	14.7	27	78	5	266	38	20	8	32	1.82
85704884--85705081	27	7.3	27	83	0	234	36	20	18	24	1.95
85705769--85705827	27	2.2	26	88	8	84	18	22	20	38	1.93
85705964--85706024	6	9.8	6	79	13	70	18	16	14	50	1.78
85711802--85711915	37	3.1	37	92	2	176	25	29	19	25	1.98
85712045--85712574	48	11.0	48	92	0	835	31	24	6	37	1.81
85716108--85716264	28	5.5	28	75	6	145	31	28	17	22	1.97
85716135--85716232	29	3.4	29	79	8	110	30	31	15	22	1.95
85716108--85716268	57	2.8	57	91	0	241	31	29	17	22	1.96
85716296--85716670	40	9.4	40	94	0	651	28	27	19	25	1.99
85717956--85718069	37	3.1	37	93	2	185	26	31	17	24	1.97
85718199--85718776	48	12.0	48	93	0	940	31	24	6	37	1.81
85721539--85721717	39	4.5	39	90	2	252	30	27	21	19	1.98
85722048--85722267	110	2.0	110	98	0	422	24	21	8	46	1.78
85726152--85726256	28	3.7	28	76	9	99	24	33	11	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85726151--85726256	29	3.7	28	79	12	110	24	33	11	30	1.90
85726165--85726269	29	3.7	27	77	9	77	26	31	10	31	1.90
85727764--85727795	16	2.0	16	93	0	55	15	6	28	50	1.68
85731603--85731653	18	2.9	17	77	16	59	3	33	0	62	1.13
85732880--85733023	28	5.2	28	84	1	184	19	23	19	37	1.94
85734171--85734263	48	1.9	48	100	0	186	27	30	12	29	1.93
85736310--85736343	18	1.9	18	88	5	52	35	11	14	38	1.83
85737383--85737492	29	3.9	28	76	10	100	30	30	12	26	1.93
85737560--85737603	19	2.4	18	85	7	54	18	40	22	18	1.91
85737568--85737605	19	2.1	19	90	5	60	15	39	18	26	1.91
85737578--85737614	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
85737728--85737762	8	4.4	8	85	0	52	5	22	20	51	1.68
85745684--85745727	22	2.0	21	82	4	52	15	36	0	47	1.46
85746882--85746950	25	2.8	24	91	6	111	26	24	23	26	2.00
85748785--85749009	40	5.6	40	81	2	245	25	24	27	22	2.00
85756915--85757139	40	5.6	40	83	2	272	25	24	27	23	2.00
85761045--85761088	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
85761315--85761536	40	5.6	40	90	1	331	28	26	22	22	1.99
85771878--85772055	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
85771879--85772034	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
85771875--85772055	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
85781538--85781704	46	3.6	46	75	13	180	22	19	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85781529--85781699	93	1.8	93	91	0	279	21	20	28	29	1.98
85782389--85782413	10	2.5	10	100	0	50	48	0	12	40	1.40
85788249--85788541	146	2.0	146	98	0	568	36	19	13	30	1.90
85792240--85792286	23	2.1	22	88	4	67	55	6	0	38	1.26
85792273--85792346	30	2.5	30	95	0	130	52	4	4	39	1.39
85795669--85795702	17	2.0	17	94	0	59	50	26	0	23	1.50
85797351--85797411	31	1.9	32	86	3	88	22	24	16	36	1.94
85797374--85797432	27	2.2	26	84	3	73	25	23	15	35	1.94
85798095--85798134	20	2.0	20	95	0	71	27	25	20	27	1.99
85805152--85805229	14	5.4	15	72	13	65	60	12	15	11	1.60
85805153--85805238	29	3.0	29	80	12	90	58	15	15	11	1.64
85808168--85808339	93	1.8	93	89	0	272	28	27	21	22	1.99
85808160--85808335	46	3.8	46	79	10	187	29	27	21	21	1.98
85814931--85814970	20	2.0	20	100	0	80	45	20	5	30	1.72
85815923--85815993	33	2.1	34	94	2	126	42	21	7	29	1.79
85817534--85817639	20	5.3	20	70	10	74	37	17	29	15	1.91
85821429--85821526	48	2.0	48	90	3	153	35	28	6	29	1.81
85828083--85828184	28	3.6	28	91	0	150	36	9	23	30	1.87
85830165--85830380	29	7.5	29	73	4	195	17	18	36	28	1.93
85830167--85830380	57	3.7	57	96	1	383	16	18	36	28	1.93
85830196--85830350	28	5.5	28	73	3	157	16	20	34	27	1.95
85834255--85838836	989	4.7	988	88	2	6505	33	12	20	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85844232--85844262	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
85844782--85844810	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
85845465--85854937	990	9.6	992	95	1	16174	33	12	19	33	1.90
85856641--85856733	28	3.3	28	93	0	159	34	27	7	30	1.85
85856839--85856939	28	3.6	27	85	5	130	19	24	21	33	1.97
85856839--85856953	27	4.1	28	84	5	128	18	23	21	36	1.95
85856839--85856939	27	3.6	28	85	4	132	19	24	21	33	1.97
85856839--85856953	55	2.1	56	85	4	153	18	23	21	36	1.95
85863714--85863775	28	2.2	27	88	5	88	33	25	8	32	1.85
85863884--85863973	28	3.2	27	82	7	110	21	24	22	32	1.98
85864925--85887342	991	22.7	991	94	1	38103	33	12	20	33	1.90
85886691--85888208	748	2.0	753	87	3	2206	33	12	21	31	1.91
85887440--85891036	990	3.7	990	88	3	5096	33	12	21	32	1.90
85893911--85894258	47	7.4	47	92	0	552	33	8	29	29	1.87
85894377--85894454	36	2.1	37	88	6	115	25	19	30	24	1.98
85898620--85898648	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
85898743--85898786	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
85899004--85901517	971	2.6	968	86	2	3531	33	12	20	33	1.90
85902275--85902433	43	3.7	43	71	10	119	27	16	25	30	1.97
85906734--85906765	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
85906965--85907259	50	5.9	50	79	4	306	31	26	16	25	1.97
85906970--85907257	151	1.9	151	93	1	497	31	26	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85910719--85910905	40	4.7	40	84	5	236	24	20	28	26	1.99
85910719--85910903	79	2.3	82	83	6	236	24	20	28	26	1.99
85910719--85910938	79	2.8	78	78	13	234	25	20	27	26	1.99
85919923--85920059	37	3.7	37	96	0	238	25	32	17	24	1.97
85920203--85920540	48	7.0	48	95	0	586	30	27	6	35	1.83
85926333--85926603	31	8.7	31	86	1	355	27	17	26	28	1.98
85926581--85926644	29	2.2	29	88	0	92	32	10	28	28	1.91
85926640--85926735	32	3.0	32	87	1	138	34	10	25	30	1.89
86186882--86187059	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
86186903--86187058	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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