genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56654902--56655055	28	5.5	28	89	3	202	32	24	12	29	1.93
56654902--56655056	57	2.8	57	88	3	208	32	25	12	29	1.93
56662963--56663060	28	3.5	28	91	2	151	33	23	12	30	1.91
56662964--56663090	57	2.2	57	88	2	184	33	23	12	30	1.92
56662964--56663090	29	4.5	28	89	3	173	33	23	12	30	1.92
56664908--56665062	39	4.0	39	93	0	258	23	29	25	21	1.99
56667866--56667949	44	1.9	44	80	4	98	30	27	16	25	1.97
56677897--56677982	42	2.1	42	85	8	115	36	10	19	33	1.86
56681398--56681541	50	2.9	51	86	4	186	29	15	23	31	1.95
56686344--56686382	12	3.2	12	85	0	51	17	41	10	30	1.83
56688114--56688564	27	16.7	27	74	6	153	35	21	9	32	1.87
56688194--56688294	28	3.6	28	86	4	125	40	21	8	28	1.83
56688114--56688563	54	8.3	54	73	5	237	35	21	10	32	1.87
56688371--56688545	81	2.2	81	78	11	180	38	21	10	29	1.87
56688597--56688661	27	2.4	27	82	5	78	35	15	24	24	1.94
56689369--56689452	20	4.2	20	92	3	134	40	10	17	30	1.84
56689505--56689639	26	5.3	26	84	4	163	27	21	24	26	1.99
56689505--56689639	52	2.7	50	86	8	186	27	21	24	26	1.99
56690441--56690519	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
56690638--56691244	47	12.7	47	94	2	991	29	29	8	31	1.87
56690638--56691244	96	6.4	94	94	2	991	29	29	8	31	1.87
56693919--56694001	31	2.7	31	92	3	143	28	15	26	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56697570--56697711	40	3.6	40	91	2	216	24	22	26	26	2.00
56700709--56700789	24	3.4	24	89	5	128	28	23	19	28	1.98
56700716--56700788	23	3.1	23	92	2	119	30	21	20	27	1.98
56700840--56700878	20	2.0	20	94	0	69	30	20	15	33	1.94
56700841--56700885	20	2.2	20	88	0	63	31	22	15	31	1.95
56703034--56703107	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
56710403--56710446	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
56710966--56710998	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
56714902--56714967	20	3.3	20	95	0	123	13	31	31	22	1.93
56716361--56716445	43	2.0	43	92	0	143	27	32	20	20	1.97
56720464--56720601	40	3.5	40	91	3	199	24	24	27	23	2.00
56725570--56725612	17	2.5	17	80	3	50	46	9	4	39	1.57
56747130--56747212	43	1.9	43	92	0	139	27	27	19	25	1.99
56755447--56755538	45	2.0	45	93	0	157	42	16	14	27	1.86
56759794--56760035	79	3.1	79	81	9	289	24	22	28	24	2.00
56759794--56760049	118	2.2	118	82	6	297	25	21	27	25	1.99
56759795--56760016	40	5.6	40	86	6	285	24	22	28	24	1.99
56767904--56768146	40	6.1	40	86	6	300	24	22	27	24	2.00
56767904--56768146	79	3.1	80	84	7	293	24	22	27	24	2.00
56767904--56768125	119	1.9	119	85	7	308	24	22	27	24	2.00
56776989--56777159	93	1.8	93	92	2	290	29	29	20	20	1.98
56776981--56777156	46	3.8	46	78	12	198	30	29	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56783711--56783885	48	3.9	43	75	16	124	29	28	16	25	1.97
56783737--56783885	48	3.2	46	81	9	162	28	26	17	26	1.98
56783763--56783898	48	2.8	48	86	0	191	29	27	17	25	1.98
56784619--56784659	22	1.9	21	85	5	55	19	26	41	12	1.87
56785523--56785578	27	2.1	27	100	0	112	42	17	17	21	1.89
56785839--56786197	93	3.8	95	77	12	280	23	29	18	28	1.98
56785836--56786202	47	7.8	48	78	12	294	23	29	18	28	1.98
56787979--56788012	12	2.8	12	86	13	52	44	8	0	47	1.34
56787979--56788013	11	3.0	11	91	8	52	45	8	0	45	1.34
56789961--56790042	43	1.9	43	92	0	137	28	30	25	15	1.96
56790040--56790158	38	3.1	38	83	2	130	31	26	19	22	1.98
56791962--56792139	40	4.5	40	91	2	270	23	23	28	25	2.00
56799899--56800036	40	3.5	40	91	3	208	23	23	28	23	1.99
56804208--56804247	17	2.5	16	88	8	55	25	0	27	47	1.52
56806299--56806324	8	3.2	8	100	0	52	50	0	26	23	1.50
56806627--56806795	47	3.6	47	91	0	266	36	13	24	26	1.92
56806780--56806920	54	2.6	54	77	7	142	36	16	21	24	1.94
56806782--56806969	55	3.5	54	76	8	159	37	16	22	22	1.93
56808416--56808827	46	8.8	46	77	7	332	26	19	30	23	1.98
56808423--56808827	187	2.2	187	81	7	455	27	19	29	23	1.98
56809587--56809718	55	2.4	55	84	0	165	23	21	25	29	1.99
56815611--56815668	30	1.9	30	92	0	98	32	12	25	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56816008--56816270	46	5.6	46	72	12	171	28	19	27	24	1.98
56816009--56816270	49	5.6	47	73	12	200	28	19	27	24	1.98
56817034--56817169	55	2.5	54	83	5	166	22	19	28	29	1.98
56822912--56823031	47	2.5	49	72	9	113	35	20	20	23	1.96
56823003--56823166	47	3.6	47	91	5	271	35	14	25	25	1.93
56823141--56823341	54	3.7	53	78	7	190	36	15	24	22	1.94
56826078--56826178	48	2.1	48	88	0	148	27	21	18	31	1.97
56832278--56832563	47	6.0	47	94	4	509	32	8	29	30	1.87
56832278--56832563	98	3.0	95	95	3	520	32	8	29	30	1.87
56832464--56832542	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
56832278--56832563	145	2.0	142	95	4	511	32	8	29	30	1.87
56832541--56832587	24	2.0	24	100	0	94	31	17	29	21	1.96
56832494--56832634	71	2.0	71	100	0	282	31	11	29	26	1.91
56832447--56832659	118	1.8	118	100	0	426	32	9	29	28	1.88
56832565--56832707	47	3.0	47	90	0	214	31	9	31	27	1.89
56832396--56832707	165	1.9	167	91	2	511	32	9	30	28	1.89
56836522--56836926	47	8.6	47	91	2	593	27	30	9	33	1.89
56838383--56838502	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
56839044--56839118	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
56839172--56839452	40	7.1	40	91	0	429	24	20	28	25	1.99
56848769--56848799	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
56850615--56850787	46	3.7	46	75	14	176	22	20	26	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56852419--56852710	40	7.3	40	92	3	498	26	28	21	22	1.99
56854413--56854503	46	2.0	46	91	0	146	27	30	7	34	1.85
56854522--56854643	22	5.3	22	65	30	67	24	27	13	35	1.92
56854477--56854719	47	5.1	48	89	4	323	25	27	11	34	1.91
56854519--56854719	47	4.2	47	93	2	330	24	27	12	35	1.92
56854477--56854719	96	2.5	96	86	4	305	25	27	11	34	1.91
56859062--56859493	220	2.0	221	89	1	661	32	12	19	34	1.90
56864347--56864499	42	3.6	42	85	4	209	30	16	24	27	1.97
56864499--56864564	34	1.9	34	96	0	123	25	16	18	39	1.91
56872893--56872998	42	2.5	43	79	3	115	32	25	15	27	1.95
56877671--56877715	14	3.2	14	77	0	54	53	31	0	15	1.43
56878336--56878423	21	4.2	21	73	5	70	50	28	2	19	1.60
56878690--56878854	40	4.1	40	86	0	213	25	21	21	30	1.98
56879328--56879376	22	2.1	24	92	7	84	32	20	14	32	1.92
56879340--56879392	22	2.4	22	83	3	61	35	13	13	37	1.83
56879352--56879427	37	2.1	37	82	5	91	36	18	11	32	1.87
56881578--56881721	64	2.2	64	95	1	252	45	3	6	44	1.47
56883892--56883977	18	4.9	17	76	21	88	65	0	5	29	1.16
56884430--56884481	22	2.4	23	81	12	65	48	28	3	19	1.66
56891719--56891896	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
56891720--56891875	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
56891716--56891896	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56898665--56898845	40	4.6	40	88	2	251	27	23	27	21	1.99
56904390--56904480	28	3.3	28	80	6	96	21	24	19	34	1.97
56910261--56910400	37	3.8	37	94	0	235	25	31	19	23	1.98
56910541--56911349	48	16.9	48	96	0	1402	29	29	6	33	1.84
56914769--56914960	79	2.4	79	93	0	321	26	31	21	21	1.98
56914769--56914966	40	5.0	40	94	1	326	26	30	21	21	1.98
56916242--56916381	37	3.8	37	92	0	217	25	31	19	23	1.98
56916522--56917228	48	14.8	48	95	1	1260	30	28	6	34	1.84
56922429--56922516	28	3.2	28	81	9	110	17	23	21	37	1.94
56924760--56924825	28	2.4	28	86	0	87	22	22	25	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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