Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  313  of  325  ( 38985 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98942358--98942407
17
2.7
20
78
18
70
10
0
44
46
1.37
98946996--98947045
17
2.7
20
78
18
70
10
0
44
46
1.37
98948365--98948403
3
13.0
3
100
0
78
33
0
33
33
1.58
98964094--98964156
32
2.0
32
100
0
126
44
11
19
25
1.83
98967878--98967910
15
2.1
16
94
5
59
69
9
0
21
1.15
98971330--98971378
20
2.5
20
78
15
57
20
16
18
44
1.86
98975746--98975822
38
2.0
38
97
0
145
19
23
19
37
1.94
98979528--98979571
17
2.7
15
83
13
52
47
2
0
50
1.13
98983449--98983506
25
2.5
22
77
20
64
48
1
1
48
1.22
98988778--98988937
80
2.0
80
92
0
266
41
10
13
34
1.78
98989764--98989817
27
2.1
27
86
6
76
27
5
9
57
1.52
98993196--98993510
162
1.9
163
90
1
499
29
15
15
39
1.88
98994515--98994565
25
2.0
25
96
0
93
35
9
11
43
1.75
98997007--98997041
17
2.1
17
88
0
52
25
0
14
60
1.35
99010389--99010449
28
2.1
31
87
9
92
50
6
14
27
1.68
99010393--99010462
28
2.6
27
82
11
81
52
5
17
24
1.65
99026341--99026386
2
23.0
2
100
0
92
0
50
0
50
1.00
99026857--99026897
19
2.1
20
86
13
59
39
0
4
56
1.21
99030290--99030352
25
2.5
25
78
17
67
39
6
3
50
1.44
99031085--99031140
25
2.4
23
80
16
62
55
8
7
28
1.57
99032476--99032529
26
2.1
26
100
0
108
18
14
29
37
1.91
99035765--99035932
46
3.6
45
78
12
180
29
28
20
22
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99035766--99035936
93
1.8
93
92
0
288
29
28
20
21
1.98
99036356--99036415
30
2.0
30
86
0
84
33
25
5
36
1.78
99038001--99038417
46
9.0
46
89
1
550
21
23
14
40
1.90
99041680--99041839
43
3.7
42
75
17
141
28
26
20
24
1.99
99041680--99041838
44
3.7
44
74
18
154
28
26
20
24
1.99
99041675--99041839
85
1.9
85
83
8
210
29
26
20
24
1.99
99050104--99050147
23
1.9
23
85
0
61
63
4
2
29
1.26
99064236--99064266
3
10.3
3
100
0
62
67
0
32
0
0.91
99072487--99072537
15
3.5
15
74
15
61
35
5
0
58
1.22
99074630--99074903
112
2.5
111
86
6
371
36
7
8
47
1.62
99076005--99076135
47
2.8
47
82
6
149
30
24
15
29
1.95
99076139--99076167
7
4.1
7
100
0
58
13
27
13
44
1.82
99076166--99076374
31
6.7
31
91
0
310
26
26
19
28
1.99
99076352--99076578
50
4.5
50
91
1
348
26
21
16
35
1.94
99077360--99077432
35
2.1
35
100
0
146
32
23
20
23
1.98
99078742--99078797
30
2.0
30
82
10
73
51
5
5
37
1.47
99080775--99080877
52
2.0
52
100
0
206
25
17
11
45
1.82
99082314--99082386
20
3.7
20
79
0
65
41
5
10
42
1.63
99082814--99082863
7
7.3
7
80
6
50
40
44
0
16
1.47
99088406--99088575
46
3.7
46
76
13
177
31
28
18
20
1.97
99088414--99088584
93
1.8
93
87
0
252
30
28
19
21
1.98
99089139--99089175
20
1.9
18
89
10
56
35
21
0
43
1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99092283--99092541
86
3.0
86
94
0
464
29
21
18
30
1.97
99092779--99092813
9
3.9
9
89
10
54
85
2
0
11
0.69
99093065--99093124
32
1.9
32
86
6
88
61
8
11
18
1.54
99096055--99096134
2
40.0
2
92
0
133
46
0
53
0
1.00
99098227--99098312
27
3.2
27
85
9
106
36
22
23
18
1.95
99098244--99098374
70
1.9
70
88
6
203
35
24
22
17
1.95
99098272--99098357
43
2.0
43
100
0
172
39
23
20
16
1.92
99098315--99098374
27
2.2
27
88
5
86
35
25
23
16
1.95
99101192--99101345
65
2.6
55
78
19
184
42
1
13
42
1.55
99101216--99101386
65
2.6
64
88
6
272
43
2
11
42
1.55
99104658--99104747
39
2.3
39
84
5
121
45
4
4
45
1.43
99105326--99105382
30
1.9
30
96
0
105
8
14
47
29
1.74
99106843--99106892
24
2.1
24
85
7
66
72
0
4
24
1.02
99108984--99109037
26
2.1
25
83
10
65
62
1
3
31
1.23
99109270--99109295
7
3.7
7
100
0
52
73
0
0
26
0.84
99112255--99112389
39
3.4
39
74
11
116
28
27
20
23
1.99
99113172--99113227
5
11.0
5
92
3
94
58
0
1
39
1.08
99114456--99114500
23
2.0
23
100
0
90
33
13
13
40
1.83
99114773--99114815
21
2.2
19
88
12
61
25
0
18
55
1.42
99116664--99116982
159
2.0
158
82
3
390
47
18
10
24
1.78
99118995--99119183
103
1.8
103
82
0
243
30
15
18
34
1.93
99121739--99121791
12
4.4
12
74
9
54
16
13
37
32
1.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99121814--99121857
9
4.9
9
85
0
52
6
0
72
20
1.07
99121811--99121854
6
7.3
6
84
0
52
9
0
72
18
1.10
99121871--99121920
18
2.7
18
74
20
50
16
10
46
28
1.78
99122033--99122088
27
2.1
27
86
0
76
19
1
64
14
1.38
99122043--99122103
12
5.3
12
75
11
56
21
1
65
11
1.33
99122105--99122157
18
2.9
18
85
0
79
26
5
37
30
1.79
99127087--99127138
12
4.3
12
80
0
59
7
9
65
17
1.45
99127111--99127150
21
1.9
21
84
0
53
10
15
62
12
1.54
99127203--99127252
15
3.3
15
81
10
57
12
4
66
18
1.39
99127209--99127264
15
3.5
17
74
18
57
14
5
62
17
1.49
99128863--99128931
22
3.2
20
81
18
77
49
1
2
46
1.25
99130086--99130126
21
2.0
21
85
9
57
78
2
2
17
0.98
99130232--99130266
11
3.2
11
88
11
54
0
54
0
45
0.99
99131267--99131293
11
2.5
11
100
0
54
29
7
7
55
1.55
99135154--99135197
12
3.9
12
82
11
58
9
4
70
15
1.30
99135281--99135326
18
2.6
18
82
0
65
13
2
65
19
1.37
99135364--99135398
18
1.9
18
100
0
70
22
5
42
28
1.76
99135283--99135584
132
2.3
126
82
6
340
19
6
55
18
1.64
99135419--99135464
18
2.6
18
82
0
56
15
6
63
15
1.50
99135529--99135575
21
2.2
21
85
7
60
19
2
63
14
1.40
99139041--99139101
26
2.3
26
94
0
104
37
6
1
54
1.37
99141972--99142008
18
2.1
18
89
0
56
24
2
45
27
1.66
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99142024--99142066
18
2.4
18
92
0
68
9
2
67
20
1.30
99141972--99142757
99
7.3
105
83
10
553
19
5
53
21
1.66
99142044--99142075
15
2.1
15
94
0
55
9
6
65
18
1.42
99142111--99142162
6
8.7
6
75
8
52
13
3
63
19
1.44
99142127--99142174
15
3.2
15
84
0
60
14
4
64
16
1.43
99142083--99142802
117
6.5
111
81
10
716
19
5
53
21
1.64
99142233--99142294
15
4.1
15
74
0
52
20
3
62
12
1.43
99142345--99142390
3
15.3
3
90
0
56
6
2
67
23
1.25
99142452--99142498
15
3.1
15
84
0
58
12
4
65
17
1.40
99142667--99142718
3
17.3
3
83
0
50
9
1
67
21
1.29
99142672--99142719
21
2.3
21
92
0
78
10
4
66
18
1.37
99142684--99142730
21
2.2
21
84
0
58
19
4
63
12
1.44
99142780--99142820
3
13.7
3
84
0
55
7
0
65
26
1.18
99142693--99142898
102
2.0
102
83
3
254
19
4
54
20
1.63
99142855--99142917
21
3.0
21
78
0
63
23
1
60
14
1.43
99142855--99142925
24
3.0
24
78
0
79
23
1
60
14
1.42
99142706--99142913
99
2.1
99
82
8
242
22
4
53
19
1.63
99145333--99145419
29
2.9
29
86
3
102
41
22
13
21
1.89
99154079--99154119
21
2.0
21
85
9
57
36
19
12
31
1.89
99157489--99157555
30
2.2
30
97
0
125
29
0
11
58
1.34
99159951--99159983
10
3.2
10
91
8
57
48
18
0
33
1.48
99159952--99159983
11
3.0
11
95
4
57
46
18
0
34
1.49
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99161825--99161849
3
8.3
3
100
0
50
0
32
0
68
0.90
99169659--99169901
132
1.8
132
85
5
339
26
18
18
37
1.93
99170564--99170615
26
1.9
26
81
14
61
34
17
1
46
1.59
99172535--99172754
44
4.9
44
80
8
239
27
21
24
26
1.99
99178496--99178560
27
2.3
29
84
10
91
27
9
12
50
1.70
99185646--99185727
37
2.2
37
91
0
128
40
15
8
35
1.78
99185762--99185837
33
2.3
33
97
0
143
43
15
5
35
1.70
99189121--99189911
64
13.1
62
64
21
289
43
3
5
46
1.44
99188857--99189957
121
9.2
119
98
1
1931
43
3
5
47
1.42
99189906--99189940
18
2.0
17
88
5
52
45
0
0
54
0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325