genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8120320--8120395	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
8123471--8123538	34	2.0	34	100	0	136	32	14	8	44	1.76
8146313--8146339	8	3.4	8	100	0	54	37	0	0	62	0.95
8146463--8146526	19	3.3	18	76	21	58	56	4	0	39	1.20
8146461--8146511	22	2.3	22	83	12	61	58	3	0	37	1.16
8146459--8146533	18	3.9	18	78	16	71	54	5	0	40	1.23
8147003--8147133	35	3.7	35	86	0	181	33	10	23	32	1.89
8146976--8147134	70	2.3	70	86	1	210	35	10	22	32	1.87
8147012--8147158	70	2.1	70	81	0	168	34	12	21	30	1.91
8148431--8148455	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8152727--8152822	47	2.0	47	90	4	149	33	12	18	35	1.89
8156963--8157095	65	2.0	66	88	1	196	51	6	6	35	1.53
8157193--8157256	33	1.9	34	84	9	87	28	3	7	60	1.39
8157210--8157267	21	2.8	21	85	12	75	24	1	6	67	1.25
8157756--8157810	25	2.2	24	84	15	69	61	1	0	36	1.06
8157756--8157811	24	2.3	23	81	9	67	62	1	0	35	1.06
8169541--8169566	12	2.2	12	100	0	52	57	0	7	34	1.27
8179970--8180022	22	2.4	22	87	0	70	37	15	9	37	1.79
8181950--8182082	39	3.4	39	97	0	248	12	27	22	36	1.91
8183741--8183808	29	2.3	31	75	17	72	61	7	0	30	1.23
8184472--8184497	6	4.3	6	100	0	52	15	0	69	15	1.20
8188602--8188626	12	2.1	12	100	0	50	52	8	32	8	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8191905--8191930	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
8192591--8192633	18	2.4	18	92	0	68	37	0	9	53	1.33
8192593--8192637	3	15.0	3	80	0	54	35	0	6	57	1.25
8192778--8192849	24	2.9	24	78	15	67	44	0	22	33	1.53
8192993--8193088	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
8199595--8199620	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
8200278--8200326	18	2.7	18	93	0	80	36	0	8	55	1.30
8200280--8200328	3	16.3	3	82	0	62	34	0	6	59	1.22
8200280--8200328	12	4.1	12	91	0	71	34	0	6	59	1.22
8200469--8200539	24	2.9	24	78	14	65	43	0	22	33	1.54
8200683--8200778	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
8214273--8214297	12	2.1	12	100	0	50	32	36	24	8	1.84
8222470--8222509	13	3.1	13	100	0	80	32	22	7	37	1.82
8228895--8228943	24	2.0	25	96	4	91	40	18	16	24	1.90
8231980--8232023	18	2.4	19	84	3	54	45	2	4	47	1.35
8236328--8236376	24	2.1	24	84	3	64	34	16	2	46	1.58
8236727--8236770	20	2.2	20	83	0	52	45	9	18	27	1.79
8236805--8236850	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
8238031--8238104	9	8.9	8	72	16	53	68	0	1	29	0.97
8238031--8238106	25	3.0	25	83	11	84	68	0	1	30	0.98
8238031--8238106	26	3.0	26	81	9	86	68	0	1	30	0.98
8238197--8238247	21	2.4	21	87	12	70	50	5	1	41	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8246682--8246732	25	2.0	25	100	0	102	27	11	11	49	1.74
8260273--8260316	12	3.7	12	81	0	52	45	0	0	54	0.99
8278516--8278581	2	34.0	2	93	6	118	51	0	48	0	1.00
8283776--8283836	29	2.1	29	96	0	113	26	14	21	37	1.92
8285602--8285773	86	2.0	86	91	2	283	27	16	23	32	1.96
8293391--8293423	13	2.4	14	90	5	50	42	3	6	48	1.43
8304047--8304121	24	2.9	24	72	18	62	56	10	2	30	1.48
8304080--8304132	24	2.2	25	77	16	58	62	13	1	22	1.40
8307508--8307538	15	2.1	15	100	0	62	38	12	6	41	1.69
8327793--8327827	18	1.9	18	88	11	54	68	0	2	28	1.04
8327860--8327902	21	2.0	22	90	4	70	51	6	0	41	1.29
8327904--8327944	9	4.4	9	90	3	55	65	0	4	29	1.13
8327873--8327962	27	3.3	27	68	22	71	56	4	4	34	1.39
8328507--8328559	19	2.9	19	83	5	65	33	1	1	62	1.17
8328523--8328597	39	1.9	38	81	7	89	33	4	2	60	1.30
8328573--8328602	15	2.0	15	93	0	51	26	3	0	70	1.03
8329165--8329207	22	1.9	22	85	4	59	58	9	16	16	1.63
8338267--8338308	22	1.9	22	85	0	57	64	2	2	30	1.19
8347354--8347602	122	2.0	122	91	0	399	38	18	12	30	1.88
8350033--8350078	22	2.1	22	95	0	83	45	8	15	30	1.76
8353090--8353125	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
8353077--8353117	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8353281--8353365	21	4.0	21	80	4	80	38	25	21	14	1.91
8353279--8353353	21	3.5	22	83	7	91	38	26	21	13	1.90
8354061--8354200	39	3.6	39	92	0	217	35	23	27	13	1.92
8354231--8354282	20	2.5	20	81	3	59	38	15	23	23	1.92
8356129--8356162	12	2.8	12	100	0	68	55	0	0	44	0.99
8356664--8356721	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
8356667--8356725	30	2.0	28	93	6	100	55	11	0	32	1.36
8357251--8357278	13	2.2	13	100	0	56	0	14	7	78	0.95
8357304--8357340	18	2.1	18	89	0	56	54	2	0	43	1.14
8357726--8357782	30	1.9	30	86	13	82	47	3	0	49	1.18
8374437--8374461	12	2.1	12	100	0	50	40	8	20	32	1.81
8375724--8375786	18	3.3	18	70	12	63	55	0	17	26	1.42
8375722--8375801	39	2.1	39	100	0	160	57	0	15	27	1.38
8375742--8375801	19	3.0	21	66	14	63	55	0	13	31	1.39
8375972--8376025	19	2.7	20	77	5	56	40	0	3	55	1.17
8376784--8376816	16	2.0	17	88	5	50	42	3	24	30	1.70
8380168--8380241	21	3.5	21	81	5	78	36	24	22	16	1.94
8380174--8380249	21	3.5	22	80	8	75	36	23	22	17	1.94
8380444--8380538	28	3.6	24	81	13	93	46	33	4	15	1.66
8380458--8380541	28	3.0	28	91	1	132	46	30	3	19	1.66
8383024--8383069	12	4.0	12	86	11	69	52	0	0	47	1.00
8383024--8383069	22	2.1	22	95	0	83	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8383024--8383060	10	3.5	10	92	7	56	54	0	0	45	1.00
8384175--8384236	21	3.0	21	86	4	92	12	22	19	45	1.84
8386737--8386779	21	2.0	21	82	8	52	27	2	4	65	1.25
8387410--8387462	26	2.0	26	85	3	70	49	0	7	43	1.31
8387459--8387496	18	2.2	18	85	4	51	65	0	0	34	0.93
8387470--8387512	19	2.3	18	88	4	59	60	0	0	39	0.97
8387470--8387507	17	2.2	18	90	4	60	60	0	0	39	0.97
8387475--8387539	31	2.1	30	82	2	76	56	3	3	36	1.30
8393099--8393131	14	2.4	14	94	0	57	39	3	6	51	1.42
8395165--8395315	60	2.6	59	79	10	159	27	24	20	27	1.99
8396602--8396657	17	3.1	18	76	7	60	60	0	35	3	1.14
8399589--8399739	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
8402796--8402852	30	1.9	30	85	3	80	42	1	24	31	1.65
8403064--8403095	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
8403190--8403421	56	4.7	50	75	15	198	26	24	28	20	1.99
8403284--8403359	40	1.9	40	91	0	125	26	27	28	17	1.97
8405421--8405669	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
8405420--8405669	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
8405764--8405795	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
8406007--8406064	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
8413000--8413190	50	3.8	49	86	4	242	19	29	24	26	1.98
8413285--8413316	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8413528--8413585	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
8420533--8420769	47	4.7	51	83	9	267	20	29	23	27	1.99
8420525--8420770	97	2.4	101	83	14	310	21	28	23	26	1.99
8420864--8420895	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
8421107--8421164	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
8426189--8426451	39	6.7	39	94	0	445	28	30	22	19	1.98
8435561--8435587	14	1.9	14	100	0	54	48	14	0	37	1.45
8438420--8438472	5	10.0	5	80	11	61	41	0	1	56	1.10
8438417--8438473	8	6.6	9	74	22	59	43	0	1	54	1.10
8438418--8438473	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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