genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70475027--70475198	93	1.8	93	92	0	290	20	20	29	29	1.98
70475031--70475205	46	3.8	46	77	13	178	20	20	29	29	1.97
70491475--70491557	28	3.0	27	91	3	121	45	26	4	22	1.72
70491464--70491531	28	2.7	23	74	20	64	45	27	5	20	1.74
70492069--70492148	36	2.2	36	95	0	142	37	20	0	42	1.52
70502144--70502231	43	2.0	43	93	0	149	46	19	7	26	1.77
70508521--70508566	22	2.2	20	84	7	56	47	0	8	43	1.34
70508639--70508667	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
70509483--70509569	20	4.5	20	70	8	54	5	31	0	63	1.18
70525104--70525148	22	2.0	24	86	8	67	42	8	0	48	1.34
70525267--70525303	18	2.1	18	89	0	56	54	8	5	32	1.53
70526107--70526425	158	2.0	158	96	0	593	38	15	18	26	1.91
70531890--70531937	20	2.3	20	82	3	60	39	6	8	45	1.59
70532030--70532073	22	1.9	24	86	9	65	43	9	0	47	1.35
70534920--70535063	59	2.4	58	79	7	157	52	12	9	25	1.70
70535074--70535254	77	2.3	78	86	4	242	49	8	6	35	1.60
70536634--70537191	138	4.1	138	91	1	906	41	8	5	45	1.56
70536628--70537191	274	2.1	275	92	1	943	41	7	5	45	1.56
70541467--70541505	18	2.2	18	95	0	69	7	25	30	35	1.84
70545313--70545377	28	2.4	28	82	7	71	26	20	24	29	1.99
70545528--70545584	27	2.1	27	86	0	78	36	24	21	17	1.94
70545535--70545619	27	3.2	26	79	12	75	36	18	21	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70545755--70545897	27	5.3	27	88	0	187	25	18	20	34	1.96
70548664--70548706	18	2.4	18	92	0	68	32	32	4	30	1.78
70552063--70552260	98	2.0	98	98	0	378	34	25	10	29	1.89
70554714--70554739	5	5.2	5	100	0	52	23	19	38	19	1.93
70559121--70559417	20	15.1	20	75	2	224	44	17	23	14	1.86
70559121--70559322	40	5.1	40	86	0	253	45	18	23	12	1.84
70561563--70561601	19	2.1	19	90	0	60	12	10	41	35	1.77
70561647--70561690	19	2.3	19	84	0	52	54	0	38	6	1.27
70611315--70611362	22	2.2	23	78	14	57	29	2	18	50	1.59
70613453--70613531	25	3.2	25	75	10	81	31	15	26	26	1.95
70613454--70613521	24	2.8	25	76	13	77	30	17	25	26	1.97
70615177--70615281	30	3.5	30	82	2	131	39	15	26	19	1.91
70615234--70615399	30	5.5	30	83	0	179	36	12	24	27	1.91
70615237--70615430	60	3.2	59	78	2	199	36	11	24	27	1.90
70615232--70615430	90	2.2	90	78	5	222	36	12	24	27	1.91
70615234--70615429	30	6.6	29	82	8	162	36	11	23	27	1.90
70616538--70616678	31	4.5	31	94	0	237	29	24	17	29	1.97
70616884--70616990	25	4.4	24	92	3	144	23	23	24	28	1.99
70616897--70616990	25	3.8	25	95	1	163	24	23	26	25	2.00
70617902--70618253	27	13.0	27	78	5	203	31	8	19	40	1.82
70617902--70618212	81	3.8	81	78	5	263	29	8	19	42	1.81
70617902--70618226	54	6.0	54	75	8	248	30	8	20	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70618204--70618334	27	4.9	27	90	0	190	41	10	20	27	1.85
70625139--70625192	27	2.0	27	92	7	92	40	18	9	31	1.82
70640126--70640206	27	3.0	27	87	0	108	35	20	19	23	1.96
70640360--70640455	27	3.6	27	78	2	86	20	21	21	35	1.96
70643859--70644092	125	1.9	125	94	1	416	30	13	24	31	1.94
70646262--70646308	24	2.0	24	91	0	76	31	6	31	29	1.83
70652019--70652194	46	3.8	45	78	10	194	21	21	28	28	1.98
70652015--70652186	93	1.8	93	92	0	290	21	21	29	27	1.99
70655914--70655947	11	3.0	11	86	4	50	38	26	14	20	1.91
70657554--70657590	8	4.9	8	96	3	60	13	0	40	45	1.43
70657554--70657590	15	2.5	14	87	12	56	13	0	40	45	1.43
70659037--70659104	33	2.1	33	94	0	118	39	11	26	22	1.88
70662352--70662421	35	2.0	35	88	0	104	41	18	12	27	1.87
70664079--70664182	43	2.4	42	81	10	104	30	15	22	31	1.95
70670179--70670203	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
70670503--70670792	41	7.1	41	86	3	370	34	24	21	18	1.96
70670503--70670792	81	3.5	82	86	3	379	34	24	21	18	1.96
70670503--70670792	122	2.4	122	85	4	386	34	24	21	18	1.96
70670949--70671046	14	6.7	14	70	9	61	27	2	25	44	1.65
70670960--70671041	21	3.7	21	75	12	83	26	2	28	42	1.68
70670964--70671057	46	2.0	46	95	0	170	28	3	26	41	1.71
70671084--70671211	7	18.0	7	70	10	64	23	0	39	37	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70673052--70673116	32	2.2	29	84	15	82	21	12	9	56	1.63
70677174--70677214	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
70679678--70679710	15	2.1	16	88	11	50	15	24	0	60	1.35
70682092--70682143	27	1.9	27	92	0	86	9	23	25	42	1.84
70682240--70682279	21	1.9	21	100	0	80	5	5	52	37	1.45
70692981--70693206	40	5.7	40	88	4	289	25	21	26	26	1.99
70696176--70696353	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
70696197--70696352	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
70697114--70697150	2	18.5	2	94	0	56	45	0	5	48	1.25
70704419--70704596	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
70704440--70704595	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
70705354--70705388	2	17.5	2	93	0	52	45	0	5	48	1.26
70709149--70709245	40	2.4	40	91	0	149	24	17	24	32	1.97
70709227--70709313	28	3.1	28	86	0	129	26	12	31	29	1.93
70716095--70716193	39	2.6	38	86	1	135	50	9	2	38	1.46
70720351--70720395	19	2.4	18	86	13	65	66	0	33	0	0.92
70721245--70721292	19	2.5	20	74	16	55	58	0	8	33	1.28
70721666--70721731	18	3.6	18	79	2	69	33	6	12	48	1.65
70731845--70731964	41	2.9	41	91	1	177	33	25	14	26	1.94
70731845--70732026	41	4.4	41	83	4	147	31	26	15	26	1.96
70742163--70742206	20	2.2	20	88	4	63	40	20	11	27	1.86
70753133--70753271	37	3.8	37	94	0	233	26	30	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70753390--70753757	47	7.7	47	92	1	567	29	29	8	32	1.87
70762371--70762395	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
70762898--70762937	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
70762903--70762945	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
70766745--70766777	11	3.0	11	95	0	57	48	0	0	51	1.00
70785792--70785932	27	5.2	27	77	11	155	36	24	21	17	1.95
70785792--70785932	54	2.6	54	87	2	212	36	24	21	17	1.95
70787530--70787635	26	4.2	26	86	4	153	35	23	7	33	1.83
70787530--70787628	50	2.0	50	93	0	171	35	24	8	32	1.85
70792495--70792653	27	5.9	27	83	11	193	33	22	24	19	1.97
70792513--70792653	54	2.6	54	94	2	239	34	23	24	18	1.96
70797437--70797546	57	1.9	59	85	7	154	33	20	17	28	1.95
70801216--70801268	24	2.2	24	83	12	65	37	0	0	62	0.96
70801532--70801586	26	2.1	26	90	6	85	63	1	0	34	1.05
70801980--70802077	50	2.0	48	86	5	135	28	7	11	53	1.63
70806986--70807134	42	3.5	42	85	0	181	15	34	24	25	1.95
70809384--70809415	12	2.7	12	90	0	55	34	46	9	9	1.68
70811288--70811389	47	2.2	46	84	5	125	30	23	13	32	1.93
70811286--70811389	46	2.3	47	81	8	126	30	24	13	31	1.93
70816960--70817038	39	2.0	39	97	0	149	32	3	22	40	1.72
70818399--70818507	37	2.9	37	94	0	182	26	32	19	22	1.97
70818657--70818788	48	2.8	48	98	0	255	31	26	6	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70818766--70818947	47	3.9	47	92	0	292	25	28	11	34	1.91
70818804--70818922	23	5.1	22	62	28	59	24	30	13	31	1.93
70821971--70822141	43	4.0	43	86	1	245	25	21	30	22	1.99
70821988--70822220	43	5.6	41	78	6	168	26	21	29	22	1.99
70823438--70823576	60	2.3	61	81	10	162	26	25	19	28	1.99
70840643--70840702	5	12.2	5	76	16	54	75	1	3	20	1.04
70848237--70848304	31	2.2	31	94	0	118	26	26	30	16	1.96
70870273--70870352	40	2.0	40	87	0	115	23	15	26	35	1.94
70871623--70871684	30	2.1	30	100	0	124	41	14	12	30	1.83
70872487--70872512	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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