genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75544341--75544438	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
75544369--75544451	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
75544341--75544452	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
75551028--75551061	6	5.7	6	92	0	50	55	0	23	20	1.43
75551224--75551280	26	2.2	26	90	0	87	47	10	12	29	1.74
75553325--75553349	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
75554041--75554259	46	4.7	46	79	9	205	26	19	30	23	1.98
75554044--75554306	140	1.9	141	84	8	358	27	19	30	23	1.98
75554044--75554307	47	5.7	47	80	10	244	27	18	30	23	1.98
75564497--75564759	47	5.6	44	80	11	199	28	19	28	23	1.98
75564537--75564759	47	4.8	45	81	11	220	28	18	29	23	1.98
75568496--75568660	43	3.8	43	76	6	172	29	14	24	31	1.95
75577601--75577632	13	2.5	13	94	0	55	21	6	15	56	1.62
75578514--75578582	18	3.4	18	68	24	57	15	10	15	57	1.64
75578500--75578586	43	2.0	43	100	0	174	16	9	16	58	1.62
75579112--75579182	16	4.4	16	80	3	81	40	8	23	26	1.83
75579111--75579174	32	2.0	32	90	0	101	43	7	23	25	1.80
75579168--75579256	44	2.0	46	89	8	139	32	4	26	35	1.77
75579388--75579459	38	1.9	37	86	8	101	45	5	1	47	1.34
75583119--75583366	48	5.2	48	96	0	442	31	27	6	35	1.81
75587942--75588011	35	2.0	35	97	0	131	45	5	32	15	1.70
75589625--75589944	46	7.0	46	89	1	417	41	14	23	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75590229--75590261	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
75591665--75591742	26	3.0	26	98	0	147	30	6	26	35	1.82
75599836--75599943	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
75605348--75605392	18	2.5	18	92	0	81	40	11	13	35	1.80
75607663--75607721	28	2.1	28	83	0	73	18	25	18	37	1.94
75613554--75613743	50	3.8	50	83	4	213	26	18	26	27	1.98
75621930--75622039	43	2.6	43	89	1	177	31	22	25	20	1.98
75623973--75624070	18	5.4	18	84	4	108	38	13	10	37	1.78
75624450--75624492	20	2.2	20	87	8	61	32	11	4	51	1.59
75624463--75624499	19	2.0	19	89	5	58	37	10	2	48	1.52
75625318--75625362	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
75627863--75627896	16	2.0	17	88	11	52	64	11	11	11	1.50
75629488--75629519	12	2.7	12	95	0	55	34	0	0	65	0.93
75632249--75632431	49	3.7	49	80	3	213	25	17	26	30	1.97
75632249--75632444	50	3.9	50	79	2	214	26	17	26	30	1.97
75632255--75632450	101	2.0	100	85	1	230	25	17	26	30	1.98
75636238--75636281	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
75638609--75638666	20	2.9	20	97	0	107	34	12	20	32	1.90
75638613--75638666	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
75638716--75638833	23	5.0	24	90	5	170	27	20	22	29	1.98
75638717--75638812	47	2.1	46	94	2	165	28	19	20	31	1.97
75639027--75639090	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75640231--75640259	15	1.9	15	100	0	58	55	6	24	13	1.63
75640344--75640368	11	2.3	11	100	0	50	16	16	40	28	1.89
75654017--75654064	18	2.5	20	90	10	73	22	4	6	66	1.32
75658461--75658497	18	2.1	18	89	0	56	27	24	13	35	1.93
75660703--75660759	29	2.0	29	85	0	78	35	28	12	24	1.91
75664596--75664660	25	2.6	25	77	0	67	33	20	24	21	1.97
75670980--75671042	31	2.0	31	100	0	126	46	9	15	28	1.78
75673383--75673538	27	5.7	27	78	6	145	27	28	16	27	1.97
75673388--75673539	54	2.8	55	80	4	182	26	28	16	28	1.97
75681508--75681685	27	6.6	26	74	15	98	28	28	16	26	1.97
75681508--75681685	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
75681529--75681684	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
75687794--75687865	36	2.0	36	100	0	144	27	19	11	41	1.85
75688336--75688378	20	2.1	19	87	12	59	46	0	11	41	1.40
75692431--75692464	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
75694017--75694109	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
75695205--75695238	17	2.1	16	88	5	50	2	14	5	76	1.09
75695227--75695277	14	3.6	14	76	7	50	17	13	0	68	1.21
75695427--75695463	14	2.4	17	86	13	53	51	0	0	48	1.00
75696097--75696129	16	2.1	16	94	0	57	15	42	24	18	1.88
75699704--75699769	20	3.3	20	70	8	62	15	27	19	37	1.92
75699706--75699784	40	2.0	40	92	0	131	15	29	17	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75700898--75700936	21	1.9	20	84	5	51	23	12	12	51	1.74
75701058--75701194	73	1.9	73	82	0	175	24	16	23	36	1.94
75707464--75707508	19	2.3	19	80	3	54	37	6	6	48	1.56
75707501--75707551	23	2.2	23	82	6	59	21	5	1	70	1.18
75710164--75710199	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
75720613--75720724	27	4.2	26	83	7	125	37	22	23	16	1.94
75722133--75722203	24	3.0	24	91	0	106	25	35	1	38	1.65
75728441--75728552	27	4.1	27	83	7	138	36	22	24	16	1.94
75728441--75728552	54	2.1	54	86	3	154	36	22	24	16	1.94
75729961--75730031	24	3.0	24	93	0	115	25	36	1	36	1.65
75730179--75730216	19	2.0	19	100	0	76	21	36	10	31	1.87
75730438--75730656	46	4.7	46	79	5	253	22	19	28	30	1.98
75730479--75730649	93	1.8	93	92	2	290	22	20	28	29	1.98
75734113--75734289	47	3.8	48	80	8	195	22	29	19	29	1.98
75734113--75734289	94	1.9	94	89	0	273	22	29	19	29	1.98
75738729--75738902	40	4.3	40	84	8	187	27	27	21	24	1.99
75746539--75746716	40	4.5	39	81	12	179	26	28	21	24	1.99
75749952--75750012	30	2.0	30	84	6	79	22	29	31	16	1.96
75751126--75751176	24	2.2	24	82	3	59	11	9	0	78	0.97
75752436--75752481	23	2.0	23	82	0	56	47	13	19	19	1.81
75754916--75754962	5	9.4	5	82	13	53	78	4	0	17	0.90
75754916--75754962	12	4.1	11	81	10	58	78	4	0	17	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75754927--75754962	17	2.0	18	89	10	56	80	2	0	16	0.83
75758030--75758196	48	3.5	48	96	0	298	35	6	29	28	1.82
75758348--75758492	37	3.9	37	93	0	236	24	17	31	26	1.97
75762520--75762651	49	2.7	49	79	0	156	26	19	29	24	1.98
75771558--75771615	30	1.9	30	86	6	82	10	27	39	22	1.86
75774865--75774929	5	13.8	5	84	12	84	33	3	0	63	1.10
75774865--75774931	9	7.2	9	89	3	98	32	2	0	64	1.09
75774865--75774931	14	4.8	14	82	12	84	32	2	0	64	1.09
75775092--75775151	23	2.6	22	82	10	59	21	8	1	68	1.25
75775089--75775151	20	3.0	20	74	17	65	20	9	1	68	1.26
75777698--75777736	18	2.1	19	85	4	53	23	10	12	53	1.69
75783210--75783251	22	1.9	22	85	0	57	33	16	21	28	1.95
75787544--75787591	18	2.7	18	83	0	60	31	8	18	41	1.80
75815260--75815347	44	2.0	43	93	2	149	28	10	13	47	1.75
75817003--75817049	23	2.0	23	83	8	58	63	6	4	25	1.36
75818779--75818901	46	2.7	46	81	1	120	30	21	16	32	1.95
75820100--75820300	102	2.0	102	100	0	402	47	13	10	27	1.76
75826815--75826862	11	4.4	11	78	0	51	60	8	10	20	1.55
75830656--75830750	29	3.3	29	65	19	81	34	5	13	46	1.66
75830639--75830751	57	2.0	57	100	0	226	36	5	12	46	1.64
75836452--75836478	5	5.4	5	100	0	54	22	0	0	77	0.76
75838882--75838915	13	2.6	13	100	0	68	17	52	23	5	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75842353--75842392	20	2.0	20	90	0	62	40	2	32	25	1.69
75843807--75843862	29	2.0	27	82	6	67	42	3	25	28	1.71
75843812--75843870	29	2.1	27	81	6	64	45	1	25	27	1.63
75846818--75846842	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
75854184--75854251	20	3.4	20	82	8	75	17	19	22	41	1.91
75858527--75858560	6	5.5	6	89	3	50	17	23	0	58	1.38
75862315--75862342	14	2.0	14	100	0	56	42	28	7	21	1.79
75870668--75870701	14	2.4	14	100	0	68	41	32	5	20	1.76
75872401--75872476	34	2.2	34	86	9	102	46	11	10	31	1.75
75873109--75873148	22	1.9	20	85	10	53	25	12	25	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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