genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56927837--56927933	40	2.4	41	83	6	119	28	27	17	25	1.98
56930176--56930304	46	2.8	46	92	0	213	20	20	27	30	1.98
56943575--56943602	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
56946882--56947167	40	7.1	41	82	6	372	35	20	19	24	1.96
56946882--56947167	81	3.6	81	88	3	411	35	20	19	24	1.96
56946882--56947209	120	2.7	120	82	6	396	35	21	18	25	1.96
56947248--56947350	40	2.6	41	89	3	156	26	21	25	27	1.99
56947109--56947396	144	2.0	141	83	7	357	31	20	20	28	1.97
56947400--56947480	40	2.0	40	83	4	101	29	23	18	28	1.98
56947550--56947682	7	18.7	7	70	6	70	21	0	38	40	1.53
56947603--56947685	36	2.3	36	81	2	96	21	0	37	40	1.54
56948252--56948303	14	3.8	13	77	12	52	59	3	1	34	1.27
56954558--56954646	44	2.0	44	86	0	124	30	12	11	46	1.76
56956835--56956902	6	11.0	6	74	12	57	23	1	2	72	1.07
56956949--56957017	35	2.0	35	82	5	86	36	2	4	56	1.34
56957149--56957393	42	5.8	42	83	2	249	25	17	29	27	1.97
56957444--56957474	15	2.1	15	94	5	55	6	12	29	51	1.65
56962779--56962821	20	2.1	21	87	12	63	30	4	11	53	1.57
56963332--56963399	35	1.9	35	93	0	118	29	7	25	38	1.83
56965806--56965930	48	2.7	48	84	13	156	24	28	20	28	1.99
56978061--56978104	21	2.1	21	83	8	54	6	27	18	47	1.73
56979339--56979372	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56980881--56980926	21	2.2	21	100	0	92	13	30	28	28	1.94
56986284--56986350	26	2.6	26	88	4	91	43	14	19	22	1.87
56986410--56986555	65	2.2	65	81	0	166	35	23	16	23	1.95
56990785--56990815	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
56990782--56990821	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
56991054--56991261	55	3.8	53	81	6	231	22	25	17	35	1.95
56991054--56991254	108	1.8	110	89	4	318	22	25	17	34	1.96
56994391--56994569	46	3.8	49	78	13	189	28	29	21	21	1.98
56994398--56994569	93	1.8	93	92	0	290	27	29	21	21	1.99
56998919--56998979	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
57003324--57003384	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
57004147--57004238	38	2.5	37	84	7	116	38	15	22	23	1.92
57004828--57004852	12	2.1	12	100	0	50	24	8	20	48	1.76
57011138--57011777	93	6.8	93	84	9	722	28	29	8	33	1.87
57011144--57011777	46	13.6	45	84	9	656	28	29	8	33	1.87
57022448--57022755	46	6.4	45	88	7	250	35	14	22	28	1.93
57022403--57022755	52	7.1	51	84	9	439	34	14	22	28	1.93
57022389--57022755	98	3.7	96	84	10	483	34	14	22	29	1.93
57022389--57022755	144	2.5	139	90	6	504	34	14	22	29	1.93
57022719--57022864	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
57023457--57023481	12	2.1	12	100	0	50	24	8	20	48	1.76
57026558--57026588	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57026555--57026594	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
57027488--57027663	46	3.8	45	79	7	183	20	19	29	30	1.97
57027484--57027655	93	1.8	93	89	0	272	20	20	30	29	1.97
57029877--57029998	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
57029849--57030493	47	13.6	47	92	3	933	28	29	9	33	1.88
57029849--57030493	96	6.8	94	92	2	933	28	29	9	33	1.88
57031951--57032070	56	2.1	56	96	0	222	21	23	10	45	1.82
57034947--57035026	15	5.4	15	77	12	76	11	17	12	58	1.62
57036927--57037102	46	3.8	46	78	4	192	21	20	28	29	1.98
57038570--57038770	108	1.8	110	88	4	309	21	25	17	35	1.95
57038521--57038777	55	4.8	52	80	10	222	21	25	17	36	1.94
57048963--57048999	18	2.1	18	100	0	74	45	21	21	10	1.82
57058328--57058487	40	4.0	40	91	3	234	25	27	20	26	1.99
57058295--57058487	80	2.4	80	83	9	234	25	26	20	27	1.99
57059668--57059787	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
57067568--57067808	50	4.8	49	79	7	261	28	17	23	30	1.97
57067568--57067810	101	2.4	99	86	6	321	28	17	23	30	1.97
57069564--57069620	26	2.2	26	83	3	69	26	10	28	35	1.89
57070538--57070570	17	1.9	17	88	11	50	63	3	27	6	1.32
57077439--57077496	26	2.2	26	84	0	71	24	15	25	34	1.95
57078421--57078453	17	1.9	17	93	0	57	66	0	27	6	1.15
57081804--57081990	50	3.8	49	78	4	187	26	16	25	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57081802--57081990	99	1.9	100	83	1	245	25	16	25	31	1.97
57089506--57089589	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
57099570--57099708	37	3.8	37	95	1	235	25	30	19	23	1.98
57099570--57099708	73	1.9	74	92	1	235	25	30	19	23	1.98
57099849--57100225	48	7.9	48	95	0	682	31	28	6	34	1.82
57111693--57111919	40	5.5	41	82	7	250	24	22	26	26	2.00
57117285--57117761	49	9.9	49	94	3	803	29	29	8	32	1.86
57117285--57117761	96	5.0	96	95	2	800	29	29	8	32	1.86
57117285--57117761	145	3.3	145	95	1	845	29	29	8	32	1.86
57120188--57120314	49	2.6	50	79	3	132	27	17	29	25	1.97
57130542--57130583	22	1.9	22	100	0	84	42	4	19	33	1.72
57136981--57137108	47	2.8	44	81	11	150	27	18	29	24	1.98
57139970--57140197	49	4.6	49	80	3	267	28	25	18	27	1.98
57142370--57142411	20	2.1	20	95	0	75	33	30	11	23	1.91
57145026--57145250	40	5.6	40	93	3	355	23	22	26	27	2.00
57145509--57145552	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
57150186--57150216	15	2.1	15	100	0	62	0	61	6	32	1.21
57161348--57161493	45	3.2	45	93	0	247	30	27	19	23	1.98
57171848--57172031	40	4.6	40	90	4	266	28	25	22	23	1.99
57180413--57180633	40	5.6	40	92	2	358	27	26	23	23	2.00
57192691--57192775	42	2.0	42	100	0	170	45	21	0	32	1.52
57193335--57193370	17	2.1	17	90	10	56	47	19	0	33	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57196146--57196245	42	2.3	43	80	10	116	28	17	21	34	1.95
57216988--57217111	61	2.0	61	98	0	239	36	3	18	41	1.67
57218621--57218841	40	5.6	40	80	8	220	22	23	28	25	1.99
57218658--57218841	80	2.3	80	87	4	273	22	22	28	26	1.99
57235575--57235637	30	2.1	30	88	5	92	25	6	11	57	1.57
57243751--57243935	79	2.3	81	81	7	218	24	22	27	26	2.00
57243751--57243935	40	4.7	40	82	6	216	24	22	27	26	2.00
57243804--57243968	79	2.1	79	82	6	192	26	20	26	26	1.99
57247941--57248018	34	2.3	34	88	2	111	48	7	23	20	1.75
57250772--57250820	22	2.2	20	77	19	53	18	0	26	55	1.43
57254696--57254879	67	2.8	64	73	8	167	29	15	30	23	1.96
57257079--57257117	16	2.4	16	95	0	69	46	0	15	38	1.46
57269834--57270003	46	3.7	46	77	15	199	21	21	28	28	1.99
57285226--57285283	29	2.0	29	100	0	116	34	20	6	37	1.80
57391843--57392046	40	5.1	40	83	5	236	24	22	27	25	2.00
57391843--57392025	79	2.3	81	83	5	230	24	22	27	25	2.00
57391897--57392050	79	1.9	79	84	7	206	25	20	27	25	1.99
57406657--57406829	48	3.6	48	96	0	310	35	5	28	30	1.81
57406970--57407072	37	2.8	37	92	0	170	23	20	32	24	1.98
57408990--57409021	15	2.1	15	100	0	64	34	31	6	28	1.82
57420838--57420881	21	2.0	22	86	4	63	0	25	13	61	1.32
57428432--57428546	43	2.7	43	79	2	133	34	20	16	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57447056--57447116	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
57452381--57452471	34	2.6	34	84	1	101	28	21	28	20	1.99
57457170--57457348	85	2.1	85	97	0	340	36	8	28	26	1.85
57458613--57459299	47	14.6	47	93	2	1019	33	9	29	27	1.88
57458865--57458940	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
57458613--57459299	143	4.9	141	92	2	1019	33	9	29	27	1.88
57459150--57459271	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
57461515--57461610	34	2.8	33	79	4	93	28	23	27	20	1.99
57463816--57463879	24	2.6	25	87	4	87	32	31	15	20	1.94
57463903--57463952	24	2.1	24	88	0	73	32	30	12	26	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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