genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65934547--65935078	147	3.7	140	85	7	570	31	12	30	26	1.92
65934547--65935078	292	1.8	291	87	5	810	31	12	30	26	1.92
65935237--65935382	37	3.9	37	92	0	238	22	18	31	27	1.97
65936641--65936964	130	2.5	130	84	1	398	36	20	16	27	1.94
65939617--65940017	44	9.1	44	86	1	507	25	28	15	30	1.96
65951553--65951809	131	2.0	132	80	6	290	35	18	19	26	1.95
65951827--65952144	130	2.4	130	82	4	372	36	18	16	27	1.93
65962059--65962172	43	2.7	42	83	4	131	22	17	28	31	1.97
65962071--65962172	42	2.4	43	83	1	134	21	16	29	32	1.95
65962156--65962276	51	2.6	45	72	15	120	23	16	28	30	1.96
65962187--65962285	51	2.0	50	85	2	135	25	17	25	32	1.97
65964779--65964868	45	2.0	45	95	0	162	28	6	13	51	1.66
65965258--65965305	25	1.9	25	91	0	78	20	14	18	45	1.85
65973984--65974091	26	4.2	26	91	0	180	36	23	8	32	1.84
65978486--65978697	48	4.4	49	80	8	222	16	19	28	34	1.94
65989142--65989248	26	4.2	26	93	1	189	35	24	7	32	1.83
65992592--65992643	24	2.1	26	92	7	90	19	28	11	40	1.86
65996247--65996352	26	4.1	26	91	0	167	36	22	6	33	1.80
65999877--65999913	13	2.8	13	87	0	56	21	29	40	8	1.82
66006202--66006233	10	3.2	10	95	0	55	18	12	15	53	1.73
66008597--66008630	17	1.9	18	94	5	61	64	2	0	32	1.08
66011820--66011888	32	2.2	32	100	0	138	46	17	11	24	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66012148--66012203	8	6.4	9	78	17	57	66	1	1	30	1.12
66012138--66012215	27	2.9	26	79	11	70	65	1	3	29	1.18
66012147--66012215	18	3.8	18	75	17	63	66	1	2	28	1.14
66018198--66018246	22	2.3	21	85	3	71	48	0	0	51	1.00
66026112--66026186	23	3.3	23	88	0	114	49	14	0	36	1.44
66026196--66026220	12	2.1	12	100	0	50	48	8	12	32	1.69
66038032--66038082	18	2.6	20	79	20	63	39	11	0	49	1.40
66040010--66040315	103	3.0	103	85	3	382	29	20	20	29	1.98
66042884--66042914	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
66043816--66043849	16	2.1	16	94	0	59	20	5	2	70	1.21
66045256--66045294	15	2.6	15	95	0	69	38	33	20	7	1.81
66045618--66045689	16	4.4	16	75	8	65	43	1	5	50	1.34
66053126--66053346	40	5.6	40	91	1	320	25	21	28	24	1.99
66055121--66055151	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
66055471--66055545	36	2.1	36	100	0	150	24	14	18	42	1.88
66058748--66058829	26	3.2	26	94	0	146	37	28	4	29	1.78
66060997--66061027	16	1.9	16	93	0	53	48	0	9	41	1.36
66063010--66063045	18	2.0	18	94	0	63	47	0	25	27	1.52
66065834--66065908	37	2.0	37	87	5	107	26	30	20	22	1.98
66066031--66066539	47	10.4	47	84	8	640	29	29	8	32	1.87
66066403--66066443	20	2.0	20	100	0	82	36	24	9	29	1.87
66066356--66066490	67	2.0	67	97	0	252	31	29	8	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66066309--66066537	114	2.0	114	100	0	458	31	29	8	30	1.87
66070300--66070398	40	2.5	40	79	9	112	22	28	24	25	1.99
66070704--66070782	29	2.7	29	82	5	97	26	32	16	24	1.96
66070764--66070909	43	3.4	43	94	0	265	26	35	14	23	1.93
66072775--66072853	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
66072972--66073554	47	12.4	47	94	0	986	28	30	8	32	1.87
66092170--66092271	29	3.6	28	82	6	107	30	29	14	25	1.95
66095565--66095720	47	3.3	47	79	4	165	32	10	30	26	1.90
66095798--66095876	40	2.0	39	82	2	95	17	21	30	30	1.96
66100752--66100850	28	3.5	28	81	1	108	29	31	13	26	1.93
66100783--66100850	29	2.4	29	90	2	102	27	33	13	25	1.93
66105330--66105400	33	2.2	33	89	0	106	19	23	33	22	1.97
66108968--66109232	47	5.7	46	73	10	182	22	30	20	27	1.98
66116054--66116312	94	2.9	88	76	13	228	22	28	20	27	1.99
66116193--66116310	47	2.5	46	83	6	148	22	31	18	27	1.97
66119445--66119490	23	2.0	23	91	0	74	58	2	2	36	1.22
66119986--66120022	9	4.1	9	86	13	58	32	10	10	45	1.74
66126017--66126059	22	2.0	21	81	4	50	55	0	16	27	1.41
66126909--66126949	6	6.5	6	89	10	64	80	2	0	17	0.82
66126886--66126943	20	2.6	22	81	15	66	72	3	0	24	1.00
66126969--66127018	9	5.6	9	87	0	73	26	10	18	46	1.80
66130782--66130828	20	2.3	20	77	0	58	48	4	0	46	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66130894--66130928	15	2.3	15	95	0	61	37	14	0	48	1.44
66130917--66130958	15	2.8	15	81	0	57	23	14	4	57	1.56
66141986--66142182	99	2.0	99	93	2	342	24	19	24	30	1.98
66145787--66145954	46	3.6	46	76	10	155	28	20	28	22	1.98
66145880--66146051	93	1.8	94	83	6	233	30	19	26	23	1.98
66145788--66146049	140	1.9	141	80	7	309	29	19	27	23	1.98
66148359--66148457	27	3.8	27	78	6	98	20	22	25	32	1.98
66150643--66150676	17	2.1	17	88	5	52	55	0	14	29	1.40
66150987--66151037	16	3.3	15	73	15	50	43	0	1	54	1.11
66150987--66151200	31	6.6	31	69	22	97	43	3	1	51	1.26
66150997--66151046	16	3.2	16	70	13	50	44	0	4	52	1.20
66151055--66151152	30	3.4	30	75	17	84	42	5	0	52	1.23
66151161--66151204	13	3.3	14	78	9	56	45	0	0	54	0.99
66151174--66151216	22	2.0	21	86	4	59	51	0	0	48	1.00
66153934--66154078	73	2.0	73	87	2	211	26	18	13	41	1.87
66159406--66159498	40	2.3	40	94	0	159	31	26	18	23	1.97
66169935--66169997	26	2.3	27	83	8	83	36	25	11	26	1.90
66170121--66170183	27	2.3	27	94	0	108	22	22	19	36	1.95
66170106--66170211	27	4.0	27	82	4	90	20	19	21	37	1.94
66177919--66177997	27	2.9	27	84	0	104	24	21	18	35	1.96
66188043--66188226	67	2.8	64	76	8	185	30	17	29	22	1.97
66190597--66190685	35	2.5	35	83	0	106	49	28	8	13	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66191606--66191645	21	1.9	21	90	10	64	27	10	0	62	1.27
66192110--66192197	44	2.0	44	100	0	176	34	20	18	27	1.96
66194463--66194518	28	2.0	29	86	10	80	26	28	14	30	1.95
66194504--66194637	40	3.3	40	86	0	151	35	26	15	22	1.94
66196416--66196546	51	2.6	49	81	4	156	29	27	17	25	1.97
66201951--66202190	117	2.1	117	96	0	444	36	20	13	29	1.91
66211918--66211991	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
66220062--66220135	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
66222369--66222412	22	2.0	23	86	4	63	38	20	6	34	1.79
66223800--66223855	28	2.0	28	92	0	94	32	28	10	28	1.90
66223840--66223976	40	3.4	40	83	0	139	34	24	16	25	1.95
66226801--66227066	103	2.6	104	89	3	410	19	20	30	29	1.97
66228966--66229057	27	3.4	27	78	3	87	28	19	8	43	1.80
66229056--66229226	27	6.3	27	75	7	134	39	19	10	29	1.85
66229109--66229269	54	2.9	54	82	4	180	40	18	8	31	1.81
66229168--66229275	27	3.9	27	77	13	103	41	17	8	32	1.79
66229316--66229393	27	2.9	27	75	11	70	38	20	19	21	1.94
66229348--66229408	27	2.3	27	83	10	74	29	19	22	27	1.98
66230203--66230272	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
66230202--66230297	25	3.9	24	81	9	95	29	23	21	25	1.99
66230203--66230297	50	1.9	50	80	8	113	29	24	22	24	1.99
66230492--66230574	31	2.7	30	89	7	123	32	15	22	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66230588--66230642	29	1.9	28	85	3	74	21	18	27	32	1.96
66230580--66230673	33	2.9	33	72	18	99	23	18	26	31	1.97
66239043--66239266	40	5.7	40	84	5	278	25	21	27	25	2.00
66239043--66239266	79	2.8	79	84	8	294	25	21	27	25	2.00
66240745--66240779	16	2.1	17	89	5	54	42	11	0	45	1.40
66247427--66247496	28	2.5	28	83	0	77	34	10	25	30	1.89
66247436--66247497	28	2.2	28	85	0	79	35	8	27	29	1.85
66247444--66247505	28	2.2	28	79	0	70	41	6	22	29	1.78
66257747--66257854	26	4.2	26	87	2	155	36	23	7	33	1.83
66257747--66257854	52	2.1	52	91	0	171	36	23	7	33	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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