genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.314.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99190105--99190195	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
99190176--99190244	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
99190176--99190244	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
99194065--99194118	24	2.2	24	96	3	99	50	3	35	11	1.56
99199694--99199785	29	3.3	28	73	15	84	31	3	2	63	1.23
99199676--99199932	7	35.9	7	65	20	70	34	5	1	58	1.31
99199695--99199804	56	2.0	58	82	13	142	33	3	1	60	1.24
99199711--99199788	20	3.8	20	70	18	63	32	2	1	64	1.15
99199712--99199790	13	6.1	13	76	13	74	32	2	1	63	1.16
99199872--99199929	25	2.3	26	80	14	68	32	1	1	63	1.14
99199995--99200050	28	1.9	30	82	7	71	33	5	0	60	1.19
99201239--99201350	26	4.2	26	87	1	134	41	10	24	23	1.85
99201259--99201362	26	4.0	26	88	1	127	38	10	25	25	1.88
99206269--99206464	8	22.6	8	64	22	51	63	3	2	31	1.21
99206269--99206462	19	11.1	17	68	19	98	63	3	2	31	1.21
99206369--99206443	27	2.8	27	80	6	73	60	4	2	33	1.30
99206355--99206472	46	2.6	45	86	2	155	62	3	1	32	1.21
99206396--99206475	27	3.0	26	81	9	72	65	2	2	30	1.19
99206269--99206464	16	11.3	17	67	20	59	63	3	2	31	1.21
99207908--99208010	50	2.1	50	100	0	206	21	5	28	44	1.75
99213532--99213572	20	2.1	20	86	4	57	31	7	0	60	1.24
99223730--99223761	15	2.1	15	100	0	64	37	6	15	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99223797--99223845	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
99224850--99224893	21	2.1	21	100	0	88	29	29	4	36	1.77
99234614--99234682	31	2.3	31	80	7	79	28	27	0	43	1.55
99234620--99234676	11	5.5	10	79	12	62	29	28	0	42	1.56
99234620--99234676	20	2.7	21	84	13	73	29	28	0	42	1.56
99234703--99234733	15	2.1	15	93	0	53	22	6	0	70	1.09
99237849--99238388	126	4.3	126	88	1	767	27	20	18	33	1.96
99238472--99238501	15	2.0	15	93	0	51	46	36	0	16	1.47
99238476--99238681	96	2.1	97	83	9	269	41	17	1	38	1.61
99239286--99239349	29	2.2	29	83	5	85	31	50	1	17	1.55
99239315--99239386	37	1.9	37	97	0	135	29	52	0	18	1.45
99239790--99239826	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
99239798--99239828	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
99241089--99241121	11	3.1	11	86	8	50	63	0	27	9	1.24
99242838--99243111	46	6.0	46	89	0	352	41	14	24	20	1.89
99242834--99243106	92	3.0	92	89	0	393	41	13	24	20	1.89
99244045--99244288	126	1.9	126	92	0	407	29	16	15	38	1.90
99245852--99245896	21	2.1	21	88	8	65	40	24	20	15	1.91
99248477--99248557	15	5.9	14	70	21	55	76	1	20	1	0.92
99248484--99248522	14	2.8	13	81	11	51	74	0	25	0	0.82
99248485--99248514	14	2.2	14	94	5	53	73	0	26	0	0.84
99249827--99250404	46	13.0	46	66	14	178	29	21	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99249829--99250115	89	3.2	88	70	13	271	29	20	25	24	1.99
99249815--99250267	179	2.5	178	88	4	714	30	21	23	24	1.99
99249908--99250206	89	3.3	89	69	15	247	28	21	23	26	1.99
99250101--99250608	132	3.8	130	81	6	544	30	22	22	24	1.99
99250083--99250577	265	1.9	265	88	3	764	30	22	22	25	1.99
99249820--99250541	311	2.3	305	73	13	670	29	21	23	25	1.99
99250083--99250648	265	2.1	265	85	5	736	30	22	22	24	1.99
99250969--99251025	29	2.0	29	89	0	87	35	45	0	19	1.50
99250992--99251066	37	2.0	37	97	0	141	29	53	0	17	1.44
99251045--99251080	18	2.0	18	94	0	63	25	58	0	16	1.38
99251468--99251504	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
99251353--99251495	63	2.3	63	80	12	159	25	4	5	63	1.37
99251476--99251506	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
99251700--99251750	21	2.4	21	83	0	57	27	11	5	54	1.59
99251964--99252207	126	1.9	126	94	1	436	28	17	15	38	1.91
99254049--99254172	19	6.8	19	82	10	170	37	12	13	36	1.82
99254070--99254160	18	5.5	15	73	21	67	38	12	14	35	1.83
99254057--99254172	35	3.2	35	90	3	178	37	12	12	36	1.82
99254466--99254512	25	1.9	25	83	12	62	27	4	2	65	1.22
99256736--99256772	15	2.5	16	87	12	53	21	24	10	43	1.84
99256824--99256868	12	3.7	12	93	3	72	68	0	31	0	0.89
99259398--99259474	8	10.0	8	70	13	63	80	1	14	3	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99259396--99259463	21	3.2	21	84	12	77	80	1	13	4	0.92
99259421--99259471	23	2.2	22	86	6	66	82	0	13	3	0.81
99259416--99259474	15	3.9	15	80	12	75	81	0	15	3	0.82
99260421--99260790	87	4.4	83	83	9	446	30	24	21	22	1.99
99260801--99261110	131	2.5	121	80	10	308	28	18	24	29	1.98
99260913--99261834	207	4.5	207	92	0	1472	30	17	22	29	1.97
99262239--99262362	19	6.8	19	82	10	170	37	12	13	36	1.82
99262260--99262350	18	5.5	15	73	21	67	38	12	14	35	1.83
99262247--99262362	35	3.2	35	90	3	178	37	12	12	36	1.82
99262656--99262702	25	1.9	25	83	12	62	27	4	2	65	1.22
99264247--99264295	5	9.2	5	93	6	71	40	0	0	59	0.98
99264199--99264297	8	11.6	9	75	15	70	40	1	2	56	1.17
99265574--99265630	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
99269842--99269904	31	2.0	31	96	0	117	15	23	22	38	1.93
99270873--99270905	17	1.9	17	100	0	66	36	12	12	39	1.80
99270874--99270911	17	2.5	15	87	12	51	34	15	10	39	1.82
99271027--99271066	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
99274263--99274340	22	3.2	24	78	10	70	70	2	0	26	1.00
99274293--99274348	22	2.7	21	83	8	69	71	3	0	25	1.02
99274395--99274442	20	2.4	20	76	16	55	58	0	0	41	0.98
99286225--99286253	15	1.9	15	100	0	58	13	0	6	79	0.93
99286673--99286701	14	2.0	15	93	6	51	68	0	3	27	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99287705--99287767	27	2.4	26	81	7	74	39	3	0	57	1.15
99289803--99289844	22	1.9	22	85	0	57	11	9	16	61	1.55
99290245--99290302	27	2.2	27	84	3	73	36	5	1	56	1.32
99290952--99291024	36	2.0	37	94	2	130	58	12	6	21	1.57
99292015--99292087	24	3.0	25	89	4	112	34	8	32	24	1.85
99292055--99292124	34	2.1	34	88	0	104	27	5	38	28	1.79
99292067--99292133	34	2.0	34	96	0	125	22	5	40	31	1.78
99298890--99298924	17	2.1	17	100	0	70	22	22	17	37	1.94
99305034--99305063	15	1.9	16	93	6	53	43	13	20	23	1.86
99315869--99315902	17	2.0	17	100	0	68	41	17	0	41	1.50
99316437--99316470	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
99325833--99325893	26	2.3	26	81	13	72	39	4	0	55	1.21
99330274--99330298	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
99334692--99334998	127	2.4	127	90	3	492	37	19	16	26	1.93
99340538--99340562	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
99345436--99345482	22	2.3	20	78	10	51	68	0	27	4	1.08
99354334--99354359	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
99357213--99357253	21	2.0	21	90	0	64	26	41	7	24	1.81
99361524--99361723	100	2.0	100	99	0	391	45	13	15	26	1.82
99389290--99389706	138	3.0	138	96	0	762	47	14	11	27	1.77
99393307--99393346	14	2.9	14	84	0	53	35	7	15	42	1.75
99393315--99393381	34	1.9	35	84	3	91	32	10	11	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99393330--99393369	20	2.0	20	85	0	53	30	12	10	47	1.74
99400189--99400250	31	2.0	31	100	0	124	35	22	0	41	1.54
99403382--99403550	90	1.9	92	85	7	238	38	14	11	35	1.82
99403674--99403956	93	3.0	93	85	5	338	48	10	12	28	1.74
99405056--99405085	15	1.9	16	93	6	53	23	0	43	33	1.54
99405538--99405598	25	2.3	27	80	5	72	34	3	3	59	1.30
99405619--99405677	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
99405635--99405683	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
99405836--99405883	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
99405836--99405887	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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