genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32978980--32979006	13	2.1	13	100	0	54	48	7	7	37	1.59
32979068--32979113	19	2.3	20	92	3	76	28	13	13	45	1.80
32981733--32981791	20	3.0	20	97	0	109	35	11	20	32	1.89
32981737--32981791	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
32981842--32982057	24	9.0	24	89	1	308	27	21	21	29	1.99
32984547--32984576	12	2.5	12	94	0	51	43	0	56	0	0.99
32985228--32985378	59	2.5	60	80	9	139	42	15	5	35	1.72
32987995--32988049	24	2.3	23	81	3	56	30	16	29	23	1.96
32996568--32996596	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
32999171--32999205	17	2.1	17	94	0	61	20	22	2	54	1.58
33001761--33001808	23	2.1	23	84	3	62	27	16	22	33	1.96
33002232--33002601	43	8.6	43	83	1	411	32	28	14	24	1.95
33002236--33002601	129	2.8	128	84	1	473	31	28	15	24	1.95
33006310--33006415	41	2.6	41	85	7	128	33	17	15	33	1.91
33006529--33006563	16	2.1	17	94	5	63	31	0	0	68	0.90
33007218--33007259	21	2.0	21	90	0	66	40	30	4	23	1.75
33007611--33007666	14	3.9	14	72	13	51	30	46	0	23	1.53
33007736--33007784	14	3.4	14	80	5	53	44	32	2	20	1.63
33008174--33008489	40	8.0	40	72	6	243	28	24	19	27	1.99
33008225--33008953	155	4.7	155	84	1	960	29	21	19	28	1.98
33008537--33008614	40	2.0	40	92	0	129	26	19	23	30	1.98
33008538--33008631	40	2.3	40	87	0	125	29	17	20	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33008695--33008798	40	2.6	40	84	3	129	29	23	19	27	1.98
33008227--33008954	309	2.4	310	88	1	1136	29	21	19	28	1.98
33008846--33008974	40	3.2	40	84	2	161	25	20	20	32	1.97
33009331--33009366	14	2.6	14	100	0	72	36	8	5	50	1.56
33012302--33012485	41	4.5	42	75	8	157	33	26	14	26	1.94
33012307--33012484	40	4.4	41	74	16	140	33	26	14	25	1.95
33012306--33012491	81	2.3	81	82	6	232	33	26	14	25	1.94
33017446--33017477	13	2.3	15	89	10	50	18	34	9	37	1.83
33019702--33019839	40	3.4	40	80	9	147	30	28	15	25	1.96
33031428--33031461	14	2.3	15	90	5	52	29	5	2	61	1.34
33031538--33031582	23	2.0	23	95	0	81	33	2	8	55	1.43
33034530--33034787	129	2.0	129	99	0	507	30	17	17	34	1.93
33047226--33047251	11	2.4	11	100	0	52	76	0	7	15	0.99
33047301--33047345	11	4.3	10	80	8	54	64	0	0	35	0.94
33047301--33047371	21	3.5	20	81	7	63	64	1	2	30	1.16
33047732--33047928	88	2.2	88	80	8	213	29	9	23	37	1.86
33049468--33049532	26	2.5	26	84	0	85	46	3	4	46	1.39
33052018--33052056	20	1.9	21	89	5	62	25	28	17	28	1.98
33056214--33056351	64	2.2	64	94	0	240	39	16	21	22	1.92
33061014--33061140	42	3.0	42	86	6	170	29	26	13	29	1.94
33061099--33061218	47	2.6	47	82	1	134	29	27	15	28	1.96
33061240--33061326	31	2.8	31	91	0	138	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33061302--33061478	50	3.5	50	90	3	275	25	23	16	33	1.96
33065278--33065329	26	2.0	26	92	0	86	57	0	3	38	1.17
33065283--33065336	26	2.2	26	86	6	76	61	0	3	35	1.14
33065292--33065355	32	2.0	32	84	0	83	57	0	4	37	1.19
33065340--33065398	25	2.4	25	86	8	77	67	0	1	30	1.00
33065407--33065462	24	2.3	24	87	6	78	55	3	7	33	1.45
33070217--33070278	18	3.4	18	97	0	115	24	33	20	20	1.97
33072898--33072922	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
33096304--33096360	28	2.0	28	96	0	105	52	12	17	17	1.74
33098324--33098357	18	1.9	17	94	5	59	50	2	0	47	1.16
33100050--33100137	44	2.0	44	97	0	167	46	15	5	31	1.70
33103643--33103694	6	8.3	6	85	8	59	21	3	19	55	1.58
33105664--33106073	206	2.0	206	97	0	775	35	16	19	27	1.94
33108267--33108315	16	3.0	17	85	8	66	32	2	0	65	1.04
33108419--33108448	15	2.0	15	100	0	60	40	20	6	33	1.78
33111859--33111921	31	2.0	31	87	6	92	38	17	6	38	1.75
33113739--33113806	34	2.0	34	97	0	127	44	22	23	10	1.83
33120187--33120275	30	3.0	29	81	8	81	32	6	11	49	1.65
33120213--33120281	30	2.3	29	85	5	84	33	7	10	49	1.64
33123699--33123742	21	2.1	21	91	0	70	38	11	4	45	1.61
33126190--33126260	35	2.0	35	97	0	133	25	16	23	33	1.96
33127832--33127970	39	3.6	39	88	1	199	12	26	23	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33128970--33128994	13	1.9	13	100	0	50	36	8	24	32	1.84
33129300--33129413	62	1.9	59	83	8	149	40	4	3	51	1.39
33140087--33140124	6	6.3	6	85	11	51	47	2	0	50	1.15
33140132--33140174	13	3.5	13	75	18	56	39	0	11	48	1.40
33140125--33140180	23	2.4	23	80	14	78	42	0	8	48	1.34
33140333--33140364	16	2.0	16	93	0	55	15	6	0	78	0.95
33140517--33140570	20	2.8	18	78	15	54	20	0	5	74	1.02
33149847--33149884	18	2.2	18	90	9	62	71	2	5	21	1.19
33151928--33152080	43	3.6	43	79	5	157	33	22	15	29	1.94
33155459--33155626	6	27.3	6	69	15	94	47	16	17	18	1.84
33155517--33155626	31	3.5	31	92	0	184	47	17	17	18	1.83
33155758--33155831	27	2.8	27	87	2	96	36	20	24	18	1.95
33156482--33156721	27	8.9	27	85	5	281	25	22	19	33	1.97
33156508--33156729	27	8.2	27	90	2	329	24	21	20	34	1.97
33156480--33156721	54	4.5	54	90	0	342	24	22	19	33	1.97
33156714--33156997	27	10.5	27	75	6	148	30	9	21	38	1.85
33156712--33156993	54	5.2	54	75	3	190	30	9	21	38	1.85
33156749--33156997	81	3.1	78	78	6	246	30	10	20	38	1.86
33158941--33159108	6	27.3	6	70	15	112	47	15	17	19	1.82
33158968--33159108	31	4.5	31	88	0	192	47	15	17	19	1.83
33159240--33159313	27	2.8	27	85	2	96	37	20	24	17	1.93
33159472--33159536	22	3.0	22	77	8	69	35	23	21	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33159963--33160243	27	10.4	27	86	1	350	24	22	19	33	1.97
33159988--33160243	81	3.2	81	89	1	388	24	22	19	33	1.97
33160285--33160457	27	6.5	26	77	13	79	30	10	20	38	1.86
33160396--33160469	25	2.9	25	84	9	96	32	9	21	36	1.86
33160358--33160524	53	3.2	53	81	7	169	30	10	20	37	1.87
33160358--33160530	27	6.5	27	80	4	190	30	10	21	37	1.87
33172425--33172486	25	2.5	24	87	10	81	25	20	20	32	1.98
33173528--33173555	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
33174307--33174388	40	2.1	40	90	2	130	48	13	15	21	1.80
33176259--33177030	159	4.9	159	95	1	1327	30	18	23	27	1.98
33177694--33177779	43	2.0	43	93	0	145	40	18	20	19	1.91
33178592--33178624	12	2.6	13	90	4	50	72	3	12	12	1.23
33181025--33181049	8	3.1	8	100	0	50	12	52	12	24	1.72
33182174--33182227	23	2.3	23	83	0	72	31	7	3	57	1.44
33182337--33182382	3	15.3	3	86	0	65	32	4	2	60	1.28
33194634--33195212	44	13.1	45	73	7	389	27	17	26	29	1.97
33194629--33195127	132	3.8	132	95	0	908	27	16	25	30	1.97
33195300--33195449	40	3.8	40	99	0	291	30	26	18	26	1.98
33195819--33195843	8	3.1	8	100	0	50	12	52	12	24	1.72
33196971--33197024	23	2.3	23	83	0	72	31	7	3	57	1.44
33197134--33197176	3	14.3	3	85	0	59	32	4	2	60	1.30
33199332--33199367	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33199664--33199700	18	2.1	18	89	0	56	48	0	27	24	1.51
33201268--33201664	198	2.0	198	93	0	686	30	14	21	33	1.93
33203573--33203615	15	2.9	14	80	10	50	79	2	9	9	1.03
33204615--33204663	25	2.0	25	100	0	98	40	16	8	34	1.78
33205751--33205787	18	2.1	18	90	10	58	75	0	0	24	0.80
33206368--33206451	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
33212972--33213070	49	2.0	49	100	0	198	35	18	12	34	1.88
33214296--33214328	17	2.0	17	88	5	50	75	0	6	18	1.00
33215675--33215701	11	2.5	11	100	0	54	48	7	0	44	1.31
33216091--33216129	16	2.5	16	83	4	53	61	0	2	35	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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