genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  292  of  325  ( 38985 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93243741--93243846	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
93243881--93243986	54	1.9	54	81	12	128	38	18	14	28	1.90
93243557--93246028	492	5.0	491	74	13	2376	37	20	16	25	1.93
93243977--93244120	72	2.0	71	87	1	207	36	23	15	23	1.94
93244093--93244198	54	1.9	55	84	5	144	37	17	14	30	1.90
93244178--93244211	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
93244233--93244338	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
93244513--93244618	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
93244609--93244752	72	2.0	71	91	1	234	38	23	16	21	1.93
93244725--93244830	54	1.9	55	84	5	144	39	17	14	28	1.89
93244821--93244845	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
93245065--93245258	86	2.3	86	98	0	370	36	22	16	24	1.94
93245187--93245330	72	2.0	71	91	1	234	38	23	16	21	1.93
93245303--93245408	54	1.9	55	83	5	135	39	16	15	28	1.89
93245388--93245421	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
93245722--93245827	54	1.9	54	81	9	126	38	18	14	28	1.90
93245862--93245967	54	1.9	54	87	9	153	37	18	15	28	1.91
93246002--93246106	54	1.9	53	83	11	133	37	20	15	27	1.92
93246141--93246246	54	1.9	55	83	5	135	40	17	14	27	1.88
93246226--93246259	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
93246421--93246526	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
93246561--93246666	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93246701--93246806	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
93258055--93258095	21	2.0	21	85	9	57	36	2	12	48	1.54
93259903--93259928	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
93268407--93268441	18	1.9	18	88	0	52	51	5	2	40	1.40
93269902--93269932	16	1.9	16	100	0	62	38	3	0	58	1.15
93270410--93270460	26	2.0	26	92	0	84	41	13	7	37	1.74
93270446--93270477	16	2.0	16	100	0	64	43	12	18	25	1.85
93270569--93270617	20	2.5	20	76	3	55	61	0	2	36	1.08
93270881--93270935	20	2.8	21	76	15	64	25	5	1	67	1.22
93270878--93270962	38	2.2	37	78	10	91	30	5	2	61	1.32
93270952--93271024	29	2.7	27	87	8	96	30	6	0	63	1.21
93271339--93271390	16	3.1	16	74	15	52	59	5	0	34	1.21
93271549--93271607	25	2.4	24	81	16	59	59	6	5	28	1.45
93276716--93276780	30	2.2	29	86	2	85	41	3	24	30	1.70
93280437--93280485	25	1.9	25	83	4	62	63	10	2	24	1.37
93281171--93281327	58	2.7	58	81	3	192	30	10	17	42	1.82
93283746--93284044	149	2.0	149	95	0	535	34	13	12	39	1.83
93284305--93284365	17	3.4	17	65	12	50	32	3	13	50	1.57
93284300--93284374	37	2.0	37	97	0	141	34	5	14	45	1.68
93284711--93284753	20	2.2	20	87	8	61	16	9	0	74	1.06
93291562--93291660	51	1.9	51	85	0	135	35	21	18	25	1.95
93291608--93291697	44	2.0	44	80	0	99	35	21	17	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93291613--93291883	94	2.9	90	72	10	233	34	18	19	27	1.95
93291707--93291961	138	1.8	138	80	5	309	30	18	20	29	1.97
93291987--93292096	44	2.5	44	80	1	130	34	20	17	28	1.95
93293617--93293659	20	2.2	19	88	12	61	23	9	0	67	1.19
93293840--93293888	3	17.3	3	81	12	59	34	2	0	63	1.06
93297020--93297185	91	1.8	91	80	2	199	28	15	22	33	1.94
93297626--93297689	29	2.2	29	86	5	85	43	3	21	31	1.68
93299535--93299665	6	21.3	6	70	16	90	48	14	19	18	1.82
93299567--93299630	19	3.4	19	77	12	78	45	14	21	18	1.85
93299556--93299665	31	3.5	31	71	14	109	47	14	20	18	1.83
93299556--93299656	37	2.7	37	84	4	132	46	14	20	17	1.84
93299921--93299982	22	2.8	22	78	9	72	33	22	24	19	1.97
93300498--93300609	27	4.2	27	82	2	136	27	21	16	34	1.94
93302636--93302748	6	18.3	6	67	18	63	49	15	17	17	1.80
93302657--93302748	25	3.7	25	82	0	121	48	15	18	17	1.81
93303004--93303065	22	2.8	22	76	9	72	37	22	22	17	1.94
93303579--93303685	27	4.0	27	80	0	115	26	19	18	35	1.95
93308317--93308348	16	2.0	16	93	0	55	25	3	18	53	1.59
93314349--93314409	20	3.0	21	81	11	65	31	0	4	63	1.15
93314356--93314413	21	2.8	20	84	5	71	31	0	5	63	1.16
93329243--93329287	24	1.9	23	86	4	63	55	0	2	42	1.12
93357404--93357445	16	2.6	17	85	11	61	47	2	21	28	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93357419--93357454	16	2.2	16	90	0	54	41	5	22	30	1.76
93358433--93358474	10	4.4	10	80	19	54	50	0	0	50	1.00
93358438--93358485	17	2.8	17	80	20	64	50	0	0	50	1.00
93365060--93365119	27	2.3	26	83	13	70	56	1	3	38	1.26
93365514--93365619	10	11.4	9	69	15	56	64	0	1	33	1.11
93365527--93365619	19	4.8	20	67	9	59	62	1	2	34	1.14
93365537--93365603	28	2.4	28	82	7	73	58	0	2	38	1.14
93365805--93365991	10	19.2	10	66	19	67	31	4	2	61	1.29
93365810--93365879	19	3.6	19	70	16	54	28	5	4	61	1.38
93365848--93365947	28	3.5	28	79	5	119	31	5	3	61	1.33
93365805--93365889	38	2.3	37	78	11	93	30	4	3	61	1.33
93365832--93365948	58	2.0	59	91	3	191	29	5	2	62	1.30
93365867--93365991	30	4.2	29	78	8	108	32	3	1	62	1.21
93365835--93365968	58	2.3	57	82	10	180	29	5	2	61	1.32
93365867--93365991	21	6.2	20	67	15	71	32	3	1	62	1.21
93365986--93366036	16	3.2	16	78	8	52	29	1	0	68	1.00
93365986--93366030	16	2.8	16	83	10	65	31	0	0	68	0.89
93373374--93373411	18	2.0	20	85	10	53	31	21	26	21	1.98
93378312--93378370	29	2.0	29	100	0	118	27	6	13	52	1.65
93385500--93385579	29	2.8	28	79	3	106	31	12	17	38	1.87
93386133--93386287	62	2.5	62	84	6	181	45	13	12	28	1.79
93386304--93386362	27	2.2	27	81	6	66	49	30	0	20	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93391810--93391869	18	3.3	17	86	9	66	73	1	1	23	1.01
93394721--93394783	24	2.6	24	85	12	76	30	20	26	22	1.98
93396979--93397154	46	3.8	45	78	10	185	20	21	30	28	1.98
93396975--93397147	93	1.9	93	92	0	292	20	21	30	27	1.98
93401905--93402024	51	2.4	51	86	0	168	38	11	22	27	1.89
93407924--93408012	45	2.0	45	84	8	119	38	19	20	22	1.94
93407926--93408036	45	2.4	45	79	8	109	37	19	18	23	1.94
93408223--93408308	34	2.5	34	82	3	91	43	13	10	32	1.79
93409269--93409303	17	2.2	16	90	10	54	74	0	14	11	1.08
93415499--93415525	14	1.9	14	100	0	54	22	7	0	70	1.12
93415555--93415607	8	6.8	8	80	10	65	24	1	0	73	0.93
93415568--93415632	15	4.2	15	76	19	71	23	1	0	75	0.89
93415555--93415632	32	2.4	33	85	10	99	24	2	0	73	0.96
93415561--93415657	8	11.5	8	70	12	52	21	3	1	74	1.02
93416605--93416651	21	2.1	22	84	7	60	48	0	4	46	1.21
93416874--93416913	20	2.0	21	90	9	66	75	0	25	0	0.81
93418632--93418676	23	2.0	23	90	0	72	15	31	22	31	1.95
93421474--93421531	30	1.9	30	92	0	98	20	39	24	15	1.91
93424116--93424154	20	1.9	21	89	5	62	43	10	5	41	1.61
93435941--93436031	45	2.0	46	91	2	148	27	25	17	29	1.97
93436862--93437266	46	8.8	46	89	2	564	20	22	14	42	1.88
93440939--93441024	26	3.3	26	74	9	77	29	34	13	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93440952--93441030	26	3.0	26	74	7	79	34	35	11	18	1.87
93442052--93442089	19	2.0	19	85	10	51	44	2	13	39	1.57
93444003--93444058	29	2.0	29	89	10	89	67	5	3	23	1.27
93444916--93444968	28	1.9	28	85	11	74	24	9	3	62	1.42
93446417--93446517	42	2.4	42	81	6	105	31	15	21	30	1.95
93453971--93454084	42	2.7	43	79	4	124	28	21	25	24	1.99
93459183--93459286	3	34.0	3	71	18	72	31	2	2	62	1.24
93459540--93459577	19	2.0	19	94	0	67	31	13	5	50	1.63
93459950--93460005	27	2.1	28	83	6	71	28	7	3	60	1.40
93466198--93466356	27	5.9	27	78	11	157	35	20	23	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325