genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  218  of  325  ( 38985 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68256248--68256337	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
68256248--68256362	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
68260328--68260590	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
68260367--68260625	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
68268059--68268317	40	6.6	40	85	4	287	26	28	20	25	1.99
68268059--68268279	79	2.8	78	86	4	293	26	28	19	25	1.99
68268062--68268317	79	3.3	80	84	4	245	26	28	20	25	1.99
68281498--68281586	28	3.3	28	86	13	134	35	26	6	30	1.82
68281692--68281781	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
68281702--68281792	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
68281692--68281806	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
68289350--68289441	28	3.3	28	92	3	150	34	29	6	29	1.82
68289547--68289636	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
68289557--68289647	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
68289547--68289661	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
68296810--68296935	23	5.4	23	78	11	123	21	23	19	35	1.96
68296799--68296947	45	3.2	45	78	13	142	22	22	20	34	1.97
68298988--68299242	55	4.8	53	79	8	236	36	17	24	21	1.94
68298998--68299195	108	1.8	110	89	4	312	34	16	25	23	1.95
68299439--68299469	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
68313087--68313132	19	2.4	19	96	0	83	58	6	8	26	1.52
68315647--68315704	30	1.9	30	93	6	100	32	22	0	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68317899--68317938	19	2.0	20	85	9	55	32	2	0	65	1.06
68318734--68318767	17	2.0	17	88	0	50	35	2	8	52	1.47
68321274--68321343	19	3.8	19	87	11	110	34	0	22	42	1.54
68321876--68322385	126	4.0	126	91	0	795	35	16	19	28	1.94
68325857--68325894	18	2.1	18	95	0	67	39	10	26	23	1.87
68326481--68326527	7	6.7	7	100	0	94	57	14	0	27	1.38
68327492--68327626	49	2.8	46	82	10	164	52	5	8	34	1.53
68327735--68327767	16	2.0	17	88	5	50	45	3	3	48	1.33
68334836--68334862	14	1.9	14	100	0	54	66	0	3	29	1.09
68337341--68337365	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
68337696--68337738	23	1.9	23	90	4	70	25	16	16	41	1.88
68342744--68342804	21	2.8	22	80	9	81	36	26	22	14	1.93
68342735--68342814	21	3.7	22	76	6	65	38	25	20	16	1.92
68343189--68343245	15	3.9	15	90	2	89	50	12	0	36	1.40
68344511--68344557	5	9.4	5	100	0	94	59	0	0	40	0.97
68349298--68349343	17	2.7	17	89	0	65	10	21	45	21	1.82
68353280--68353322	21	2.0	21	91	8	70	39	13	13	32	1.85
68358454--68358483	12	2.5	12	94	0	51	40	40	10	10	1.72
68377600--68377643	21	2.1	21	100	0	88	43	0	9	47	1.35
68393874--68393898	13	1.9	13	100	0	50	24	0	16	60	1.36
68395981--68396732	47	15.6	49	91	3	1158	33	8	28	29	1.86
68395981--68396732	96	7.8	96	93	2	1206	33	8	28	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68396854--68396988	37	3.6	37	93	0	225	23	19	31	25	1.98
68416047--68416105	23	2.6	23	83	0	82	33	15	10	40	1.81
68420966--68421044	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
68421163--68422094	47	19.7	47	95	1	1623	29	29	8	32	1.87
68434085--68434140	30	2.0	29	89	10	89	32	5	8	53	1.55
68435268--68435309	17	2.4	17	80	11	50	64	2	2	30	1.19
68435386--68435429	5	8.8	5	100	0	88	40	0	0	59	0.98
68435921--68435972	11	4.5	11	81	11	50	57	0	13	28	1.36
68435926--68435966	12	3.5	11	90	6	55	56	0	17	26	1.41
68448462--68448491	16	1.9	16	93	6	53	23	0	0	76	0.78
68448698--68448724	12	2.2	12	100	0	54	14	0	7	77	0.97
68448708--68448755	25	2.0	23	88	12	69	29	0	6	64	1.18
68449197--68449374	87	2.0	86	88	4	259	36	23	7	32	1.84
68449446--68449505	27	2.1	29	84	6	79	55	1	0	43	1.10
68449457--68449581	37	3.3	37	78	7	101	60	0	1	36	1.12
68449456--68449513	27	2.1	28	81	6	66	60	0	0	39	0.97
68449485--68449590	10	11.1	10	70	18	66	60	0	1	36	1.14
68449509--68449590	19	4.3	19	72	10	69	59	1	2	36	1.18
68449466--68449571	37	2.9	36	75	15	103	60	0	1	36	1.14
68449465--68449590	38	3.4	36	73	16	98	60	0	1	37	1.12
68462850--68462900	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
68464022--68464084	29	2.1	30	82	8	76	47	0	3	49	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68464068--68464109	16	2.7	15	76	20	50	38	2	0	59	1.10
68464449--68464503	20	2.7	20	80	8	58	43	12	3	40	1.60
68467095--68467143	12	4.1	12	74	10	55	51	14	10	24	1.73
68469204--68469267	30	2.1	30	100	0	128	57	14	0	28	1.37
68487565--68487628	31	2.1	31	100	0	128	34	18	9	37	1.83
68490218--68490303	43	2.0	43	84	13	115	27	27	18	25	1.98
68495542--68495856	166	1.9	166	85	0	441	25	16	27	30	1.96
68506950--68507339	151	2.6	151	90	0	618	29	25	19	25	1.98
68506950--68507586	151	4.2	151	81	5	571	29	25	18	25	1.98
68507007--68507845	252	3.3	252	92	0	1318	30	25	18	25	1.98
68507162--68507838	151	4.5	151	81	4	557	30	25	18	25	1.98
68506949--68507844	101	8.9	100	75	8	561	30	25	18	25	1.98
68508193--68508239	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
68513874--68514207	50	6.6	50	76	4	339	30	24	17	26	1.98
68513866--68514049	101	1.8	101	93	0	323	30	23	18	27	1.98
68514025--68514206	101	1.8	100	84	4	249	29	25	18	26	1.98
68513874--68514208	151	2.2	151	89	0	508	30	24	17	27	1.98
68514556--68514602	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
68516839--68517021	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
68516840--68517023	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
68516892--68517056	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
68524894--68524995	40	2.6	41	86	6	140	24	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68526814--68527046	48	4.9	47	87	2	331	25	17	30	26	1.97
68533507--68533865	49	7.6	46	72	10	205	27	20	28	24	1.99
68533507--68533717	46	4.5	46	81	4	217	28	20	27	23	1.99
68533507--68533717	94	2.3	93	85	5	266	28	20	27	23	1.99
68541278--68541489	48	4.5	48	77	5	184	32	19	25	22	1.97
68541319--68541491	94	1.8	94	86	2	249	32	19	26	21	1.97
68541372--68541642	142	1.9	138	81	7	323	29	18	27	23	1.98
68541626--68541657	16	2.0	16	100	0	64	31	25	18	25	1.98
68543337--68543380	20	2.2	20	96	4	81	40	15	13	29	1.86
68550840--68550962	54	2.3	54	92	1	201	35	17	7	39	1.77
68571256--68571409	42	3.7	42	73	11	111	29	20	15	33	1.94
68582518--68582588	27	2.6	27	88	0	106	40	18	16	23	1.90
68584692--68584765	27	2.7	27	91	2	112	40	2	4	52	1.34
68592675--68592734	28	2.1	28	87	6	86	30	21	11	36	1.89
68592679--68592750	28	2.6	26	82	10	81	26	23	15	34	1.94
68594705--68594788	43	2.0	43	90	0	132	26	15	22	35	1.94
68597726--68597776	15	3.2	16	82	15	54	29	0	7	62	1.23
68597752--68597800	3	17.0	3	79	12	50	30	2	0	67	1.02
68597748--68597786	15	2.6	14	84	8	51	33	0	0	66	0.92
68599228--68599252	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94
68601274--68601325	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
68601306--68601400	45	2.1	44	86	1	127	35	5	26	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68601538--68601592	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
68601722--68601882	47	3.6	46	69	18	140	48	3	3	45	1.34
68607069--68607144	31	2.4	32	82	4	84	51	7	15	25	1.70
68607102--68607168	29	2.2	29	84	5	80	56	7	10	25	1.59
68614110--68614134	13	1.9	13	100	0	50	48	24	0	28	1.52
68614435--68614488	21	2.6	21	84	0	63	14	29	25	29	1.95
68615975--68616045	37	1.9	36	88	2	106	40	28	12	18	1.87
68617044--68617073	11	2.7	11	89	0	51	26	0	6	66	1.16
68622771--68622817	18	2.6	18	89	3	67	44	4	4	46	1.42
68632734--68632819	44	2.0	44	88	0	127	33	26	18	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325