genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14081612--14081643	17	1.9	16	93	6	55	53	0	0	46	1.00
14081597--14081654	26	2.3	25	80	8	73	56	0	0	43	0.99
14082011--14082082	35	2.1	35	97	0	135	34	19	6	38	1.79
14087327--14087394	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
14090190--14090257	27	2.7	25	80	8	68	60	7	4	27	1.43
14100842--14100866	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
14103339--14103427	30	2.6	35	74	20	98	50	2	0	47	1.13
14103590--14103619	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
14103599--14103661	23	2.7	23	80	9	58	61	3	1	33	1.21
14103615--14103661	22	2.1	23	84	4	60	61	4	2	31	1.27
14105073--14105108	18	1.9	18	88	5	54	47	0	2	50	1.15
14105062--14105108	19	2.5	19	82	3	60	42	0	2	55	1.12
14113670--14113718	24	2.0	24	100	0	98	71	4	12	12	1.28
14114037--14114076	9	4.3	9	84	6	53	17	5	0	77	0.94
14116730--14116756	8	3.4	8	100	0	54	33	0	0	66	0.92
14117196--14117431	123	1.9	120	82	8	289	41	9	5	42	1.62
14123487--14123662	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
14123484--14123655	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
14125460--14125589	64	2.0	64	100	0	260	27	10	20	40	1.86
14136397--14136439	12	3.7	12	79	17	54	67	4	0	27	1.10
14136395--14136447	23	2.3	23	90	0	79	69	5	0	24	1.09
14136780--14136821	21	2.0	21	95	0	75	38	11	28	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14138853--14139057	52	4.0	51	86	9	276	35	14	22	28	1.93
14138841--14139057	98	2.1	99	85	6	283	36	13	22	27	1.92
14139021--14139203	37	5.0	37	93	1	307	37	15	22	24	1.93
14140941--14140994	26	2.0	27	82	10	67	53	0	7	38	1.29
14143743--14143771	14	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
14152599--14152693	28	3.6	24	81	13	93	46	33	4	15	1.66
14152613--14152696	28	3.0	28	91	1	132	46	30	3	19	1.66
14154361--14154489	46	2.8	46	93	0	213	20	21	28	29	1.98
14159730--14159784	25	2.2	25	90	0	83	61	14	5	18	1.51
14161518--14161595	25	3.2	25	82	7	99	39	15	24	20	1.91
14162712--14162756	17	2.6	18	82	13	58	53	0	4	42	1.21
14174014--14174049	9	4.0	9	100	0	72	33	11	11	44	1.75
14174397--14174441	23	2.0	22	86	8	63	15	2	4	77	1.02
14177012--14177040	7	4.1	7	100	0	58	0	13	0	86	0.58
14179020--14179049	6	5.0	6	100	0	60	83	0	16	0	0.65
14180894--14180958	30	2.2	29	80	5	76	41	1	3	53	1.25
14185517--14185546	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
14187002--14187028	14	1.9	14	100	0	54	59	7	3	29	1.42
14187363--14187401	19	2.1	19	90	0	60	66	2	0	30	1.05
14187361--14187407	20	2.4	19	79	10	58	63	2	0	34	1.06
14190619--14190657	20	2.0	20	85	10	53	30	0	15	53	1.42
14193974--14194118	62	2.4	62	90	3	231	33	11	22	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14201377--14201414	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
14205453--14205509	28	2.0	28	100	0	114	33	17	3	45	1.65
14211262--14211308	18	2.6	19	83	6	62	55	0	10	34	1.35
14211259--14211323	35	1.9	33	84	12	87	55	0	9	35	1.32
14212522--14212573	15	3.5	15	100	0	104	7	0	46	46	1.31
14212524--14212566	8	5.6	8	78	10	54	4	0	48	46	1.22
14212794--14213173	44	8.7	43	73	8	171	26	21	20	31	1.98
14212792--14212953	87	1.9	87	85	2	227	24	24	21	29	1.99
14212934--14213047	42	2.6	41	82	9	129	30	21	20	27	1.98
14220452--14220481	15	2.0	15	93	0	51	70	3	26	0	1.03
14223404--14223442	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
14223613--14223682	26	2.6	25	76	10	68	30	5	7	57	1.49
14225228--14225380	47	3.2	47	85	2	191	22	16	29	31	1.96
14230220--14230251	13	2.4	13	94	5	55	12	0	0	87	0.54
14237548--14237617	28	2.5	28	86	4	97	40	2	0	57	1.14
14237630--14237666	19	1.9	19	88	0	56	35	2	0	62	1.10
14238998--14239035	20	1.9	20	100	0	76	42	26	15	15	1.87
14251313--14251366	18	3.3	18	66	28	57	24	50	7	18	1.72
14251303--14251368	30	2.2	30	100	0	132	27	51	6	15	1.66
14251917--14251972	23	2.3	25	81	6	71	35	8	3	51	1.51
14251917--14252058	25	5.7	25	71	14	78	30	7	4	56	1.49
14251926--14252097	77	2.2	81	80	5	190	31	6	4	57	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14252006--14252077	25	2.8	25	77	10	67	30	5	4	59	1.39
14257875--14257899	13	1.9	13	100	0	50	0	12	8	80	0.92
14266464--14266630	73	2.3	73	92	0	271	25	17	20	35	1.95
14266395--14266885	255	1.9	260	86	5	710	27	17	19	35	1.94
14266742--14267770	221	4.7	220	93	2	1662	31	16	19	32	1.94
14266722--14267763	367	2.8	365	87	4	1415	31	15	19	33	1.93
14267841--14267873	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
14267739--14268176	91	4.9	89	82	6	448	28	16	18	36	1.93
14267697--14268176	177	2.7	173	82	8	535	28	16	18	35	1.94
14267697--14268174	89	5.4	87	80	13	423	29	16	18	35	1.94
14268893--14268993	30	3.4	30	97	1	186	24	50	5	18	1.69
14269537--14269599	22	2.7	22	75	17	65	36	7	1	53	1.40
14269537--14269603	24	2.8	24	80	8	84	35	7	1	55	1.37
14269614--14269680	25	2.9	23	80	10	82	29	4	5	59	1.41
14269564--14269680	47	2.3	52	82	11	136	30	5	5	58	1.44
14269741--14269796	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
14276764--14276815	25	2.1	25	85	0	68	38	15	9	36	1.80
14279930--14280032	40	2.6	40	82	3	127	33	16	10	38	1.83
14280907--14280991	27	3.5	25	78	18	74	1	24	4	69	1.15
14280921--14280987	27	2.5	27	79	13	77	1	25	4	68	1.17
14285174--14285205	6	5.3	6	100	0	64	0	65	18	15	1.27
14289447--14289478	5	6.4	5	100	0	64	81	0	0	18	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14289994--14290040	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
14290301--14290650	46	8.0	46	84	10	428	22	24	15	37	1.93
14290301--14290650	84	4.0	90	89	4	436	22	24	15	37	1.93
14290480--14290639	38	4.0	38	86	12	239	23	25	18	33	1.96
14292770--14292840	31	2.3	30	83	11	81	56	2	1	39	1.23
14295683--14295715	17	2.0	17	88	5	50	45	0	6	48	1.27
14295810--14295862	26	2.0	26	100	0	106	49	3	3	43	1.38
14297221--14297252	12	2.5	13	90	10	57	37	15	0	46	1.46
14299157--14299215	25	2.5	24	81	13	68	38	11	5	44	1.63
14299349--14299373	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
14314723--14314839	61	1.9	60	82	5	146	46	2	5	45	1.41
14315487--14315548	25	2.5	25	91	0	97	51	3	0	45	1.17
14315582--14315657	29	2.6	29	81	4	73	53	6	0	39	1.27
14316341--14316547	104	2.0	103	85	2	281	40	19	10	29	1.85
14320533--14320593	31	2.0	32	87	6	90	24	1	3	70	1.11
14323753--14324034	133	2.1	134	85	1	368	32	18	17	30	1.94
14323794--14324034	133	1.8	134	88	0	376	32	21	19	26	1.97
14324735--14324774	18	2.2	18	100	0	80	65	10	5	20	1.42
14326306--14326355	22	2.3	21	80	16	57	64	10	14	12	1.51
14327287--14327322	3	12.0	3	87	0	54	72	0	0	27	0.85
14328665--14328733	24	3.0	23	76	16	63	42	0	2	55	1.15
14330977--14331152	70	2.3	75	80	11	184	42	1	19	37	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14331330--14331411	34	2.4	33	80	9	94	42	1	20	35	1.60
14332181--14332227	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
14332488--14332638	46	3.3	47	85	3	191	19	23	15	41	1.89
14332620--14332656	18	2.1	18	100	0	74	16	21	27	35	1.94
14332578--14332702	64	2.0	64	98	0	241	21	24	18	36	1.95
14332638--14332733	46	2.1	46	100	0	192	23	23	15	36	1.94
14332532--14332733	110	1.8	110	93	0	350	21	24	16	37	1.93
14337391--14337431	19	2.3	18	84	12	50	68	2	7	21	1.26
14337416--14337551	19	7.3	18	71	16	82	63	2	3	30	1.24
14337446--14337488	21	2.1	20	86	4	59	72	2	2	23	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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