genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59777825--59778000	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
59783311--59783483	44	3.8	44	78	6	175	29	29	19	21	1.98
59783319--59783488	93	1.8	91	89	2	268	28	30	20	21	1.98
59790056--59790100	23	2.0	23	90	0	72	15	28	31	24	1.96
59794722--59794786	28	2.3	28	89	0	94	33	27	7	30	1.85
59794892--59794981	28	3.2	26	80	10	90	20	22	24	33	1.97
59794892--59794981	27	3.2	28	81	7	103	20	22	24	33	1.97
59794892--59795006	55	2.1	55	80	8	126	20	23	21	34	1.96
59796078--59796111	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
59804135--59804255	28	4.3	28	90	0	179	38	26	6	28	1.81
59804363--59804442	28	2.9	26	78	10	79	20	26	22	31	1.98
59804361--59804450	27	3.2	28	79	7	103	18	25	23	32	1.97
59804371--59804461	27	3.2	28	81	4	85	20	27	19	31	1.97
59804361--59804475	55	2.1	56	80	8	128	18	26	21	33	1.96
59805550--59805583	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
59811748--59811952	27	7.6	27	85	4	252	29	28	15	26	1.96
59819742--59819946	27	7.6	27	85	4	252	29	28	15	26	1.96
59830363--59830405	20	2.2	20	91	0	68	37	27	9	25	1.87
59830383--59830474	28	3.3	28	90	0	139	36	26	6	30	1.82
59830592--59830669	27	2.8	28	80	5	86	24	24	17	33	1.97
59830590--59830680	27	3.2	28	78	4	76	24	25	17	32	1.97
59847554--59847674	56	2.2	56	92	0	206	38	25	7	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59847557--59847661	28	3.8	28	98	0	201	40	24	7	27	1.82
59847783--59847872	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
59847783--59847897	55	2.1	56	83	8	146	19	25	21	33	1.97
59861138--59861304	43	3.9	42	76	7	147	31	25	16	26	1.97
59862940--59862972	17	1.9	17	88	11	50	36	18	9	36	1.82
59871181--59871224	18	2.4	18	88	0	61	45	13	15	25	1.83
59871269--59871356	38	2.3	38	96	0	158	28	39	11	20	1.87
59871576--59871866	27	10.9	27	89	1	374	41	18	13	26	1.87
59876623--59876753	66	2.0	66	96	0	244	23	16	12	46	1.82
59876973--59877007	13	2.7	13	86	0	52	2	17	2	77	1.02
59879587--59879722	26	5.3	26	87	3	181	26	22	21	29	1.99
59879587--59879722	52	2.7	51	92	5	215	26	22	21	29	1.99
59879772--59879838	20	3.3	20	89	4	100	31	17	10	40	1.84
59880640--59880743	27	3.9	27	80	7	95	27	9	23	39	1.86
59880771--59881053	27	10.4	27	79	5	158	37	9	22	31	1.86
59880771--59881053	54	5.2	54	74	8	189	37	9	22	31	1.86
59880840--59880970	55	2.4	54	78	6	147	34	8	20	36	1.83
59893823--59893903	32	2.5	32	84	4	101	19	22	37	20	1.95
59898857--59898897	20	2.0	21	85	4	57	26	7	12	53	1.64
59904551--59904608	30	1.9	30	85	0	80	29	27	12	31	1.92
59909026--59909077	27	2.0	26	84	3	68	36	19	26	17	1.94
59935745--59935864	39	3.1	39	91	0	186	21	24	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59947528--59947566	7	5.6	7	90	0	60	33	0	48	17	1.48
59948627--59948678	27	1.9	27	88	7	79	32	26	23	17	1.96
59952127--59952308	76	2.3	81	83	9	234	25	28	22	24	2.00
59952108--59952308	40	5.1	40	84	9	236	24	27	22	24	2.00
59960070--59960254	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
59960051--59960254	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
59963966--59964003	13	2.9	13	81	14	51	0	15	2	81	0.80
59964106--59964149	23	1.9	23	85	0	61	36	6	11	45	1.67
59971703--59971863	28	5.7	27	73	12	128	26	30	14	29	1.95
59971736--59971863	29	4.5	28	77	12	127	25	31	13	29	1.94
59971703--59971863	57	2.8	57	90	3	245	26	30	14	29	1.95
59982215--59982398	78	2.3	81	84	6	234	24	22	27	25	2.00
59982215--59982398	40	4.7	40	84	8	225	24	22	27	25	2.00
59982216--59982431	78	2.7	77	80	8	195	25	22	27	24	2.00
59989951--59990135	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
59989952--59990135	40	4.6	40	82	9	207	24	22	27	25	2.00
59989952--59990168	79	2.7	79	80	7	192	25	21	27	24	1.99
59993940--59994001	29	2.2	29	91	2	99	30	27	12	29	1.93
59994079--59994115	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
59999069--59999129	16	3.9	16	84	2	79	50	18	21	9	1.75
59999069--59999124	8	7.0	8	78	6	60	48	17	23	10	1.79
59999466--59999651	27	6.9	27	92	1	300	36	13	15	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59999656--59999729	27	2.8	26	83	4	76	41	20	14	22	1.89
60000124--60000161	18	2.1	18	95	0	67	18	13	15	52	1.74
60006958--60007017	23	2.7	22	87	5	84	30	20	25	25	1.99
60006958--60007025	22	3.0	22	85	4	91	29	20	25	25	1.99
60020462--60020667	27	7.6	27	87	2	155	35	21	6	35	1.80
60020473--60020627	54	2.9	54	86	0	211	32	20	7	40	1.79
60020428--60020644	81	2.7	81	76	0	227	35	20	7	36	1.81
60020456--60020855	81	5.0	80	77	7	290	37	20	8	34	1.83
60020595--60020941	27	12.8	27	74	8	211	39	19	9	30	1.84
60020461--60020855	54	7.3	52	75	10	199	37	20	8	33	1.83
60020784--60020914	57	2.4	54	78	8	140	41	17	9	31	1.81
60021799--60021934	52	2.7	51	86	5	197	28	19	22	28	1.98
60021799--60021934	26	5.3	26	84	3	163	28	19	22	28	1.98
60022139--60022217	31	2.5	31	95	0	149	30	18	24	26	1.98
60024492--60024621	27	4.8	27	86	0	134	31	21	6	40	1.78
60024492--60024650	54	2.9	54	85	1	203	33	22	6	38	1.79
60024516--60024648	27	4.9	27	86	0	167	33	21	6	39	1.78
60024600--60024846	27	9.2	27	81	4	221	40	21	8	29	1.82
60024479--60024931	54	8.4	54	75	8	188	38	20	8	32	1.82
60024614--60024847	81	2.9	81	86	3	285	41	20	8	29	1.81
60024614--60024875	81	3.2	79	81	9	271	41	20	8	29	1.82
60024609--60024937	27	12.1	27	75	10	116	40	19	9	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60024991--60025082	27	3.4	27	86	8	125	34	20	26	18	1.96
60025881--60026015	25	5.3	26	83	5	163	28	20	22	28	1.99
60025881--60026010	51	2.6	50	89	7	194	29	20	21	28	1.98
60026221--60026297	31	2.5	31	91	0	118	31	16	23	28	1.96
60034714--60034810	30	3.2	30	73	2	88	28	16	27	26	1.97
60039095--60039166	33	2.1	34	85	7	94	29	25	20	25	1.99
60044851--60044888	18	2.1	18	100	0	76	28	5	15	50	1.66
60045900--60046035	72	1.9	72	85	0	191	33	27	14	23	1.94
60045900--60046035	24	5.7	24	84	3	159	33	27	14	23	1.94
60047278--60047313	15	2.5	14	86	8	54	22	11	0	66	1.22
60052388--60052537	67	2.2	68	79	10	164	32	16	30	21	1.95
60071877--60072098	46	4.8	46	82	10	274	29	28	19	22	1.98
60075555--60075719	40	4.2	40	92	0	251	24	20	27	28	1.99
60082214--60082280	22	3.1	21	79	14	82	38	20	25	14	1.91
60082216--60082518	25	12.4	24	81	6	267	34	18	24	22	1.96
60082256--60082518	50	5.3	50	86	1	341	34	18	23	23	1.96
60082259--60082518	75	3.5	75	85	4	346	33	18	24	23	1.97
60094990--60095022	9	3.3	10	87	12	50	33	21	6	39	1.78
60102639--60102701	31	2.0	31	93	0	108	23	23	15	36	1.94
60102895--60103040	25	6.0	24	90	5	206	28	22	19	28	1.98
60103090--60103155	20	3.3	20	89	0	105	30	21	13	34	1.92
60103090--60103144	11	5.4	11	75	16	64	29	20	14	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60103191--60103238	25	1.9	25	82	0	60	25	16	22	35	1.95
60104224--60104263	12	3.2	12	82	3	53	50	0	42	7	1.30
60110607--60110738	39	3.4	39	90	2	194	30	18	25	25	1.98
60110731--60110897	39	4.3	39	85	0	235	21	22	27	28	1.99
60110607--60110897	78	3.7	77	77	8	191	25	20	26	27	1.99
60120797--60120832	18	2.0	18	100	0	72	33	27	11	27	1.91
60120766--60120863	49	2.0	49	95	0	178	29	25	15	29	1.96
60120815--60120918	31	3.4	31	93	0	181	25	25	17	31	1.97
60120942--60121033	42	2.2	42	90	0	139	34	22	14	28	1.93
60121179--60121327	26	5.8	26	88	0	221	26	22	22	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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