genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24089155--24089223	27	2.6	27	81	4	86	27	8	18	44	1.79
24092238--24092275	20	1.9	20	100	0	76	55	13	15	15	1.70
24106615--24106706	46	2.0	46	97	0	175	46	16	8	28	1.76
24107807--24107883	34	2.4	31	77	12	91	50	0	1	48	1.09
24107823--24107888	14	4.3	15	73	19	55	45	0	1	53	1.09
24107907--24107943	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
24107955--24108010	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
24112011--24112036	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
24112545--24112576	9	3.6	9	91	0	55	31	0	3	65	1.08
24112640--24112698	24	2.4	26	78	18	72	38	1	3	55	1.26
24112652--24112722	22	3.2	22	79	15	92	36	1	1	60	1.14
24112664--24112752	17	4.9	18	75	22	80	34	1	3	60	1.20
24112669--24112748	35	2.2	36	84	8	110	35	1	3	60	1.23
24112964--24113013	15	3.1	16	80	8	57	36	2	10	52	1.47
24113655--24113688	15	2.3	15	89	0	50	35	2	11	50	1.54
24113635--24113695	21	3.0	20	73	22	56	34	4	8	52	1.53
24117541--24117576	16	2.2	16	95	0	63	25	19	2	52	1.59
24124972--24125050	42	1.9	40	84	5	104	53	15	17	13	1.74
24125853--24126035	68	2.6	74	84	6	225	32	15	20	31	1.94
24125924--24126236	171	1.9	164	84	6	412	27	15	20	35	1.94
24127334--24127384	21	2.4	21	83	9	59	3	58	0	37	1.16
24128166--24128222	24	2.4	26	77	19	70	38	1	3	56	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24128164--24128273	42	2.9	35	72	20	96	37	0	2	59	1.18
24128190--24128251	17	3.6	17	75	20	67	35	1	1	61	1.16
24128195--24128274	35	2.3	34	85	12	110	35	1	2	61	1.18
24129190--24129223	15	2.3	15	89	0	50	35	2	11	50	1.54
24129168--24129216	19	2.4	21	86	6	66	34	2	8	55	1.41
24129423--24129488	34	1.9	34	84	6	89	22	9	9	59	1.56
24133767--24134094	3	108.7	3	69	13	140	28	8	3	59	1.44
24133755--24133873	36	3.2	38	80	10	138	31	6	0	61	1.28
24134185--24134218	17	2.0	17	94	0	59	35	8	0	55	1.31
24137201--24137238	13	2.8	13	92	4	58	44	0	0	55	0.99
24137341--24137370	16	1.9	16	93	6	53	73	0	3	23	0.98
24140382--24140531	40	3.8	40	82	7	196	26	20	22	30	1.99
24140381--24140532	80	1.9	80	91	0	250	26	20	23	30	1.98
24140503--24140790	132	2.2	129	80	5	323	27	22	19	29	1.98
24149808--24149839	14	2.3	14	94	0	55	46	0	6	46	1.27
24149921--24149963	17	2.4	17	80	7	50	65	4	0	30	1.13
24149925--24149962	17	2.2	17	86	9	51	63	5	0	31	1.17
24150184--24150269	3	29.3	3	73	19	60	66	1	3	29	1.16
24150189--24150269	18	4.4	18	77	13	76	66	1	3	28	1.16
24150597--24150647	21	2.3	23	86	10	79	62	29	0	7	1.23
24150601--24150697	21	4.5	22	73	18	78	59	30	1	8	1.33
24150929--24150978	20	2.4	21	84	12	68	6	0	28	66	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24150933--24150979	21	2.2	22	92	3	78	6	0	27	65	1.16
24151310--24151383	3	25.3	3	75	22	54	29	2	1	66	1.14
24151311--24151387	18	4.2	18	79	14	86	31	2	1	64	1.15
24151589--24151647	18	3.2	19	79	13	70	32	0	6	61	1.22
24151589--24151644	17	3.1	18	80	12	62	32	0	7	60	1.24
24151726--24151755	12	2.5	12	94	0	51	46	6	0	46	1.29
24162786--24163356	44	12.9	44	70	9	331	27	16	24	31	1.96
24162781--24163356	132	4.3	132	89	0	837	28	16	24	31	1.96
24163299--24163603	136	2.3	136	91	2	499	28	20	21	29	1.98
24163764--24163915	40	3.7	39	79	6	169	31	21	19	27	1.97
24163759--24163921	82	2.0	82	89	4	249	33	20	18	26	1.96
24164398--24164447	21	2.3	22	89	3	75	10	0	28	62	1.27
24164775--24164848	3	25.3	3	75	22	54	29	2	1	66	1.14
24164776--24164852	18	4.2	18	79	14	86	31	2	1	64	1.15
24164977--24165034	18	3.3	18	71	17	50	29	5	1	63	1.25
24164985--24165077	45	2.0	47	82	12	113	29	6	4	60	1.41
24165054--24165110	17	3.1	19	78	14	66	31	0	7	61	1.23
24165195--24165224	12	2.5	12	94	0	51	46	6	0	46	1.29
24169503--24169595	29	3.2	29	84	1	116	41	6	34	17	1.75
24169503--24169573	28	2.5	28	90	2	106	43	7	33	15	1.74
24171186--24171224	18	2.2	18	90	4	62	25	2	0	71	0.98
24171177--24171230	26	2.1	25	82	3	63	22	1	3	72	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24174602--24174673	32	2.2	32	82	0	81	27	26	30	15	1.96
24175253--24175303	12	4.2	12	82	0	57	37	9	41	11	1.75
24175259--24175302	6	7.3	6	84	0	52	38	11	36	13	1.81
24175546--24175586	16	2.6	16	88	0	64	41	14	4	39	1.67
24184507--24184535	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
24191532--24191579	15	3.3	15	72	16	55	35	14	2	47	1.56
24195745--24195815	37	1.9	37	88	8	110	50	14	11	23	1.74
24197977--24198009	14	2.4	14	94	0	57	45	0	0	54	0.99
24203603--24203703	39	2.6	39	91	0	139	37	23	25	12	1.91
24203622--24203685	21	3.2	21	73	13	80	40	21	25	12	1.88
24207468--24207543	25	3.0	26	80	7	111	22	2	3	71	1.16
24207468--24207562	50	1.9	50	91	0	154	25	3	5	66	1.28
24207472--24207561	25	3.6	24	77	5	81	24	3	5	66	1.28
24207591--24207717	28	4.5	28	73	15	102	30	4	1	62	1.25
24207591--24207858	26	10.2	26	71	15	153	29	5	4	61	1.37
24207675--24207858	50	3.7	48	74	15	158	28	5	5	59	1.43
24211529--24211563	15	2.2	17	90	10	56	22	0	5	71	1.07
24214512--24214552	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
24230133--24230186	22	2.5	21	84	3	63	29	20	18	31	1.96
24237120--24237292	46	3.8	45	79	10	197	21	20	29	28	1.98
24243970--24244015	20	2.3	20	81	3	58	23	13	30	32	1.93
24249393--24249439	21	2.3	20	85	7	60	48	17	21	12	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24253692--24253742	20	2.5	21	90	6	79	21	27	29	21	1.99
24254481--24254532	25	2.1	25	96	0	95	34	7	1	55	1.39
24257206--24257264	22	2.6	22	75	15	59	62	3	5	28	1.32
24263056--24263119	23	2.8	23	80	4	76	45	15	3	35	1.62
24270066--24270094	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
24270548--24270591	22	2.0	22	81	0	52	50	0	0	50	1.00
24272552--24272718	39	4.2	39	89	0	190	25	23	26	23	2.00
24275113--24275173	21	2.8	21	80	5	68	32	26	26	14	1.95
24275127--24275173	21	2.1	21	92	7	76	34	27	25	12	1.92
24275475--24275532	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
24275831--24275912	43	2.0	42	83	13	107	52	6	1	40	1.34
24281270--24281320	25	2.0	25	96	0	93	21	7	11	58	1.58
24282691--24282818	39	3.3	39	89	1	184	26	23	25	24	2.00
24282744--24282828	39	2.2	39	93	0	143	24	23	29	22	1.99
24283807--24283914	54	2.0	54	98	0	207	33	19	9	37	1.84
24284448--24284485	18	2.1	18	85	9	51	23	5	13	57	1.56
24285136--24285173	6	6.3	6	88	11	60	52	0	0	47	1.00
24289059--24289097	18	2.1	19	86	13	55	56	2	0	41	1.13
24290216--24290240	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
24295858--24295904	24	1.9	24	86	4	67	61	17	8	12	1.55
24297198--24297278	27	3.1	26	78	8	92	51	4	8	34	1.54
24298025--24298065	3	13.7	3	89	0	64	60	2	2	34	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24299903--24300350	76	5.8	78	76	11	413	32	22	17	27	1.96
24299973--24300277	164	1.9	161	86	3	432	34	21	17	27	1.95
24300135--24300360	77	3.0	74	82	3	265	32	24	16	26	1.96
24299840--24300365	237	2.2	237	85	5	686	32	21	17	28	1.96
24312646--24312726	27	3.1	26	78	8	92	51	4	8	34	1.54
24313479--24313513	3	11.7	3	87	0	52	60	2	2	34	1.26
24338383--24338409	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
24342791--24343503	51	14.3	51	86	8	923	28	51	6	12	1.65
24342890--24342914	6	4.2	6	100	0	50	16	68	0	16	1.22
24342794--24343505	147	4.8	147	87	7	904	29	51	6	12	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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