genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53599745--53599802	30	1.9	30	86	6	82	58	15	17	8	1.61
53599745--53599802	15	3.9	15	77	8	64	58	15	17	8	1.61
53602816--53603040	49	4.5	49	85	4	281	30	28	16	24	1.96
53602859--53603040	99	1.8	101	89	4	289	29	28	17	25	1.97
53609839--53609898	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
53617331--53617992	48	14.1	48	87	6	964	34	6	28	30	1.83
53617331--53617992	144	4.7	144	90	5	1084	34	6	28	30	1.83
53617771--53617933	81	2.0	81	98	0	317	35	7	27	29	1.84
53617819--53617885	33	2.0	33	97	0	125	35	8	28	26	1.87
53617723--53617980	129	2.0	129	96	0	480	34	7	29	29	1.84
53619328--53619499	46	3.7	46	78	17	194	21	19	29	30	1.97
53619320--53619491	93	1.8	93	91	2	283	21	20	29	29	1.98
53625621--53625690	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
53629167--53629218	27	2.0	26	84	3	68	26	23	19	30	1.98
53629419--53629462	18	2.4	18	100	0	88	11	22	43	22	1.85
53629419--53629462	8	4.8	10	78	21	60	11	22	43	22	1.85
53629833--53629884	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
53631715--53631925	29	7.2	28	77	7	163	25	22	13	38	1.91
53631716--53631925	58	3.6	57	77	11	185	25	22	13	38	1.91
53632698--53632739	5	8.4	5	100	0	84	38	0	0	61	0.96
53637191--53637277	40	2.2	39	91	4	138	35	20	22	20	1.96
53641115--53641204	29	3.1	28	90	4	128	23	30	12	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53647358--53647455	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
53655349--53655445	28	3.5	28	88	4	126	31	28	13	25	1.94
53656520--53656566	11	4.3	11	78	7	51	4	17	4	74	1.14
53660857--53660900	8	5.0	8	82	15	52	81	0	4	13	0.83
53660858--53660901	9	4.8	9	83	5	61	84	0	4	11	0.77
53660858--53660902	19	2.4	19	88	7	65	84	0	4	11	0.76
53669152--53669205	23	2.2	25	78	15	60	62	3	22	11	1.43
53673929--53673968	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
53675209--53675256	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
53676405--53676454	18	2.8	18	87	0	73	58	0	28	14	1.37
53676398--53676479	24	3.4	24	79	0	92	59	0	28	12	1.33
53676893--53676936	22	2.0	22	90	0	70	36	4	34	25	1.76
53680953--53681017	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
53684334--53684430	30	3.2	30	73	2	97	27	26	16	28	1.97
53685970--53686023	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
53685970--53686043	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
53685970--53686034	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
53687641--53687674	11	3.2	11	87	8	52	73	5	2	17	1.16
53687641--53687674	10	3.3	10	91	4	50	73	5	2	17	1.16
53687668--53687733	13	5.2	12	71	18	53	72	1	16	9	1.17
53688711--53688850	6	22.3	6	65	8	64	69	2	20	7	1.27
53688712--53688805	18	5.4	18	75	7	86	69	4	19	7	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53688743--53688862	12	9.6	12	74	14	75	71	4	18	5	1.22
53688711--53688865	81	1.9	83	81	6	190	68	3	20	8	1.30
53688811--53688848	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
53688812--53688862	21	2.4	21	74	6	50	74	1	17	5	1.11
53689913--53689957	14	3.3	14	78	6	56	35	0	15	48	1.45
53690932--53690991	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
53690938--53690985	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
53693702--53693762	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
53693703--53693763	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
53696273--53696319	20	2.3	20	82	13	69	29	36	10	23	1.89
53697803--53697845	12	3.6	12	84	9	52	79	4	6	9	1.06
53697803--53697859	24	2.3	25	85	11	73	75	5	10	8	1.18
53697825--53697899	31	2.6	29	82	12	91	70	4	16	9	1.28
53698770--53698804	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
53700480--53700526	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
53702009--53702070	24	2.5	25	84	12	83	74	8	9	8	1.23
53702022--53702054	13	2.4	14	90	5	50	78	3	9	9	1.05
53702047--53702084	16	2.4	16	86	8	51	71	7	15	5	1.28
53702978--53703012	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
53703976--53704036	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
53703977--53704037	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
53704776--53704820	14	3.3	14	84	6	65	37	0	13	48	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53711843--53711894	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
53712577--53712633	10	5.7	10	75	8	62	28	28	14	29	1.95
53712577--53712636	20	3.0	20	79	13	70	26	26	13	33	1.93
53714669--53714702	9	3.8	9	88	11	52	8	8	11	70	1.34
53718579--53718631	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
53721355--53721413	20	2.8	20	82	5	64	22	8	37	32	1.84
53727925--53727962	9	4.2	9	89	0	58	7	26	0	65	1.19
53730394--53730446	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
53736686--53736797	27	4.1	27	83	10	131	37	22	23	16	1.94
53736686--53736797	54	2.1	54	86	3	154	37	22	23	16	1.94
53737213--53737242	8	3.8	8	90	0	51	13	23	13	50	1.77
53744352--53744460	27	4.0	26	87	8	146	36	22	23	16	1.94
53744352--53744460	54	2.0	54	89	3	166	36	22	23	16	1.94
53746426--53746485	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
53746432--53746479	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
53753621--53753717	30	3.2	30	76	2	106	27	27	15	28	1.96
53754571--53754619	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
53756251--53756307	5	11.0	5	77	17	55	77	3	17	1	1.00
53756251--53756307	16	3.7	14	80	17	60	77	3	17	1	1.00
53756376--53756457	30	2.7	31	74	12	80	64	1	21	12	1.33
53757823--53757919	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
53758682--53758726	19	2.3	20	84	7	65	28	13	31	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53762827--53762859	16	2.1	16	94	0	57	42	18	24	15	1.88
53763055--53763176	28	4.3	28	81	5	113	25	12	32	29	1.92
53763055--53763171	57	2.1	56	80	7	130	25	11	33	29	1.92
53765334--53765398	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
53772772--53772868	30	3.2	30	72	8	99	28	16	26	27	1.97
53782383--53782439	20	2.8	20	81	2	69	24	12	35	28	1.91
53794063--53794098	9	3.8	9	92	7	54	8	0	2	88	0.59
53804647--53804793	50	3.0	51	85	5	194	26	16	27	29	1.97
53807144--53807205	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
53807144--53807206	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
53809420--53809464	15	3.0	15	78	12	56	8	8	17	64	1.47
53815073--53815105	17	1.9	17	100	0	66	6	24	0	69	1.10
53816018--53816075	26	2.2	27	78	12	66	34	27	12	25	1.91
53816180--53816295	28	4.2	28	87	2	173	17	25	21	36	1.95
53821435--53821574	46	3.0	47	73	20	125	29	28	20	22	1.98
53823998--53824094	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
53836498--53836620	46	2.7	45	87	2	165	30	26	19	23	1.98
53841007--53841058	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
53845368--53845399	16	2.0	16	100	0	64	6	25	0	68	1.12
53846313--53846370	26	2.2	27	78	12	66	34	27	12	25	1.91
53846475--53846583	28	3.9	28	85	1	148	19	24	19	36	1.94
53847890--53848079	50	3.8	49	82	1	200	25	16	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53849476--53849515	21	1.9	21	94	0	71	20	22	17	40	1.92
53849739--53849767	13	2.2	13	100	0	58	27	0	10	62	1.28
53852155--53852308	41	3.6	43	75	6	116	26	16	26	30	1.96
53854752--53854848	30	3.2	30	72	8	99	28	16	26	27	1.97
53856999--53857028	12	2.6	12	94	5	53	23	16	13	46	1.82
53857076--53857139	16	4.2	14	74	16	56	1	18	3	76	1.00
53857092--53857131	20	2.0	21	90	5	64	0	22	2	75	0.93
53857076--53857143	21	3.2	20	76	15	66	1	19	2	76	0.99
53858050--53858087	17	2.2	17	86	9	51	5	7	5	81	0.98
53858068--53858107	11	3.2	13	80	20	50	12	5	7	75	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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