genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82177784--82177820	18	2.1	18	94	0	65	13	5	32	48	1.65
82178767--82180045	638	2.0	638	96	0	2378	35	10	17	36	1.85
82186233--82186352	29	4.2	29	86	1	161	29	29	14	27	1.95
82186562--82186594	16	2.1	16	94	0	57	9	24	21	45	1.80
82189234--82189258	13	1.9	13	100	0	50	44	8	8	40	1.63
82191585--82191656	25	2.9	24	85	4	81	25	20	23	30	1.99
82191612--82191706	25	3.8	25	87	2	111	26	21	24	28	1.99
82192640--82192763	27	4.6	27	79	7	103	29	8	21	41	1.82
82192640--82192803	54	3.1	54	78	8	149	28	9	21	39	1.85
82192666--82192803	27	5.2	26	73	11	93	28	10	22	38	1.87
82192795--82192878	27	3.1	27	87	0	114	45	5	20	28	1.74
82195250--82195325	31	2.5	31	93	2	127	27	23	18	30	1.98
82195538--82195615	25	3.2	25	85	3	106	26	19	21	32	1.97
82196060--82196102	17	2.5	17	100	0	86	20	34	32	11	1.89
82196442--82196505	27	2.4	27	83	0	83	21	25	18	34	1.96
82196559--82196666	27	3.9	27	78	13	103	31	8	18	41	1.80
82196649--82196787	27	5.2	27	70	7	104	29	10	20	39	1.85
82196777--82196868	27	3.4	27	86	0	112	41	8	21	28	1.83
82211782--82211806	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
82217159--82217246	27	3.3	26	79	9	97	31	12	17	38	1.87
82217172--82217341	27	6.3	27	77	10	125	35	11	15	37	1.84
82217172--82217471	54	5.6	53	81	6	171	33	9	18	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82217216--82217370	81	1.9	81	82	2	195	34	9	18	38	1.82
82217239--82217462	27	8.3	27	79	3	218	32	8	21	38	1.83
82217239--82217471	81	2.9	81	81	1	254	32	8	21	38	1.82
82219702--82219872	93	1.8	93	91	0	279	27	29	21	21	1.98
82219694--82219869	46	3.8	46	77	12	189	28	29	20	21	1.98
82223347--82223435	27	3.3	27	88	0	133	33	15	12	38	1.85
82223414--82223647	27	8.7	27	84	0	297	30	7	21	41	1.80
82223387--82223647	81	3.2	81	85	1	326	30	8	20	40	1.81
82223387--82223647	54	4.8	54	84	0	317	30	8	20	40	1.81
82223964--82224027	28	2.3	28	91	0	101	29	37	14	18	1.90
82227031--82227067	18	2.1	18	90	10	58	32	29	5	32	1.80
82228634--82228699	30	2.2	29	91	2	105	36	22	15	25	1.93
82229376--82229452	24	3.2	24	90	0	118	33	3	40	22	1.72
82230862--82230966	27	3.9	26	79	9	113	17	24	21	36	1.95
82243621--82243722	40	2.6	40	85	4	127	28	19	26	25	1.99
82251467--82251530	30	2.2	29	91	2	101	34	25	14	26	1.94
82260585--82260694	6	17.8	6	66	19	57	49	14	16	20	1.80
82260585--82260694	31	3.5	31	83	4	150	49	14	16	20	1.80
82260831--82260900	27	2.7	26	84	2	86	38	17	22	21	1.93
82260846--82260900	26	2.1	27	89	3	85	40	16	23	20	1.91
82261063--82261126	22	2.9	21	73	13	58	35	23	20	20	1.96
82261555--82261882	27	12.2	27	85	2	358	25	21	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82261932--82261996	27	2.4	27	89	0	103	35	12	15	36	1.85
82261975--82262261	27	10.6	27	82	3	299	31	8	19	40	1.81
82261921--82262261	81	4.2	81	84	1	371	31	8	20	39	1.82
82262002--82262261	54	4.8	54	90	0	412	31	7	20	40	1.80
82265811--82265893	28	2.9	27	82	7	94	27	33	18	20	1.96
82265811--82265897	29	3.0	29	86	1	113	28	33	17	20	1.95
82266116--82266151	16	2.2	16	90	0	54	11	13	16	58	1.63
82270196--82270246	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
82270102--82270324	103	2.2	104	92	2	369	31	31	18	17	1.95
82270653--82270716	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
82270660--82270716	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
82276309--82276387	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
82276504--82276975	47	10.4	47	90	5	717	29	28	8	33	1.87
82276504--82276975	140	3.5	140	91	4	731	29	28	8	33	1.87
82283771--82283801	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
82283993--82284247	55	4.8	54	80	7	247	21	25	16	36	1.94
82284040--82284237	108	1.8	110	87	4	303	22	25	17	34	1.96
82289259--82289328	25	2.7	25	86	8	88	24	21	31	22	1.98
82296219--82296295	40	1.9	41	86	2	111	35	15	22	27	1.94
82298072--82298143	27	2.7	27	91	0	126	31	18	20	29	1.96
82298133--82298444	27	11.6	27	77	4	218	41	19	8	30	1.82
82298707--82298786	41	2.0	41	89	0	124	22	23	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82301856--82301928	27	2.7	27	91	0	110	35	15	20	28	1.93
82301943--82302111	27	6.3	26	79	6	169	43	18	8	28	1.79
82301943--82302123	81	2.2	81	86	4	249	43	19	8	28	1.80
82301970--82302233	27	9.7	27	78	5	176	40	18	10	30	1.83
82302490--82302593	41	2.5	41	84	0	127	23	21	25	29	1.99
82305388--82305536	42	3.5	42	71	0	109	26	26	16	30	1.97
82316594--82316713	42	2.9	41	77	5	123	30	23	13	33	1.93
82328560--82328658	27	3.6	27	84	1	126	18	25	23	33	1.97
82337902--82338022	50	2.5	50	81	6	135	36	14	23	25	1.93
82350622--82350702	18	4.5	18	76	6	83	49	18	3	28	1.65
82350622--82350702	36	2.2	36	82	4	101	49	18	3	28	1.65
82350668--82350710	18	2.4	18	80	0	50	41	18	9	30	1.82
82354868--82354956	43	2.1	43	100	0	178	33	15	13	37	1.87
82354875--82354943	22	3.2	22	64	12	61	30	17	14	37	1.90
82360161--82360272	40	2.8	40	81	10	129	32	25	17	25	1.97
82360350--82360428	40	2.0	40	82	0	95	36	22	17	22	1.95
82360376--82360458	40	2.1	40	84	4	105	36	25	13	25	1.92
82360790--82360841	7	7.4	7	82	0	50	23	0	28	48	1.51
82360790--82360843	14	3.9	14	85	0	72	22	0	31	46	1.52
82360909--82360975	14	4.7	14	73	10	55	26	1	35	35	1.66
82360909--82360971	21	3.0	21	72	4	54	26	1	38	33	1.66
82360997--82361069	7	10.3	7	74	2	56	24	0	36	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82360986--82361039	21	2.5	22	87	3	74	25	1	27	44	1.64
82361482--82361523	21	2.0	21	85	0	57	52	4	4	38	1.44
82361713--82361853	72	2.0	71	88	4	212	35	6	22	35	1.80
82365750--82365799	26	1.9	26	87	0	73	32	24	18	26	1.97
82366135--82366271	60	2.3	60	85	8	172	29	19	24	26	1.99
82368980--82369028	25	2.0	25	84	8	64	34	2	4	59	1.28
82371048--82371184	60	2.3	59	82	8	152	30	19	23	26	1.98
82372556--82372602	22	2.1	23	88	7	71	29	6	23	40	1.79
82377221--82377327	35	3.1	35	78	5	110	49	16	21	12	1.78
82378939--82379141	91	2.2	92	84	1	257	33	13	21	31	1.92
82392551--82392586	18	1.9	19	94	5	65	44	11	19	25	1.83
82392549--82392598	18	2.7	18	84	3	64	46	10	20	24	1.81
82392590--82392907	90	3.5	90	91	4	503	40	18	19	21	1.92
82392627--82392910	45	6.3	45	90	1	444	40	19	19	20	1.92
82393327--82393362	5	7.0	5	90	6	54	38	22	0	38	1.54
82393464--82393499	17	2.1	17	90	10	56	41	16	0	41	1.48
82394701--82394768	30	2.3	30	82	5	75	27	20	5	45	1.74
82399077--82399113	20	2.0	20	89	10	60	56	2	0	40	1.13
82402238--82402274	18	2.1	19	90	10	60	27	0	0	72	0.84
82402250--82402303	28	2.0	27	81	3	63	29	3	3	62	1.29
82403824--82404078	55	4.8	53	80	10	238	36	17	23	21	1.94
82403833--82404031	108	1.8	110	90	4	323	35	17	24	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82404260--82404290	16	1.9	16	93	0	53	48	0	19	32	1.49
82408756--82408799	18	2.4	18	85	7	54	63	2	0	34	1.07
82411089--82411113	8	3.1	8	100	0	50	36	0	0	64	0.94
82411833--82411858	10	2.6	10	100	0	52	34	0	0	65	0.93
82413335--82413390	3	19.0	3	81	3	69	25	0	75	0	0.81
82413335--82413390	12	4.8	12	93	4	78	25	0	75	0	0.81
82413534--82413560	5	5.4	5	100	0	54	22	40	0	37	1.54
82413534--82413569	15	2.4	15	90	0	54	19	38	5	36	1.75
82416962--82417666	47	14.7	47	91	2	1104	33	8	29	29	1.86
82416962--82417666	96	7.4	94	93	1	1113	33	8	29	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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