genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18057971--18058004	17	1.9	18	94	5	61	44	0	8	47	1.34
18059564--18059824	48	5.7	48	78	10	235	24	16	29	29	1.96
18059689--18059821	42	3.2	42	80	0	149	26	15	27	30	1.96
18060627--18060775	42	3.5	42	85	0	181	16	23	15	44	1.85
18060643--18060754	21	5.3	21	64	0	71	15	24	16	44	1.85
18060748--18060796	19	2.5	19	86	6	62	16	20	18	44	1.86
18064603--18064628	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
18064564--18064667	52	2.0	52	98	0	199	22	25	30	22	1.99
18064617--18064725	39	2.8	39	95	0	191	19	27	33	20	1.96
18067511--18067545	17	1.9	19	88	11	56	51	0	5	42	1.25
18068600--18068664	33	2.0	33	84	0	85	12	30	9	47	1.72
18081274--18081310	6	6.2	6	96	0	65	2	16	48	32	1.60
18082253--18082313	27	2.3	27	97	2	115	40	18	18	22	1.91
18085186--18085240	28	2.0	28	100	0	110	41	3	7	47	1.49
18086049--18086089	15	2.5	17	84	7	50	26	4	0	68	1.10
18086635--18086669	18	1.9	18	88	0	52	48	2	2	45	1.32
18089270--18089339	36	1.9	36	82	5	88	57	4	4	34	1.38
18093371--18093409	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
18095275--18095450	46	3.8	45	80	10	203	20	21	30	28	1.98
18095273--18095443	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
18097790--18097908	57	2.1	57	100	0	238	44	8	15	31	1.77
18112407--18112469	13	4.6	13	74	18	56	38	4	0	57	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18112414--18112475	20	3.0	20	81	13	72	41	4	0	53	1.22
18112437--18112480	20	2.2	20	84	11	56	50	0	0	50	1.00
18112581--18112622	18	2.3	18	88	8	59	52	0	0	47	1.00
18112766--18112806	13	3.2	13	89	6	57	75	0	4	19	0.98
18115467--18115511	23	2.0	23	81	0	54	46	4	20	28	1.69
18116985--18117026	17	2.4	18	88	4	59	59	11	2	26	1.45
18118481--18118544	29	2.2	29	80	0	74	45	7	4	42	1.54
18127928--18127960	4	8.2	4	100	0	66	75	0	24	0	0.80
18128725--18128835	47	2.4	47	83	6	145	26	16	22	35	1.95
18135194--18135229	4	9.2	4	93	6	65	77	0	22	0	0.76
18135991--18136101	47	2.4	47	83	6	145	26	16	22	35	1.95
18145156--18145218	32	2.0	32	84	6	83	33	3	1	61	1.21
18145324--18145389	33	2.0	33	93	0	114	51	9	1	37	1.43
18145333--18145414	33	2.5	33	83	13	100	51	8	3	36	1.50
18146258--18146338	38	2.2	38	86	4	112	22	11	24	41	1.86
18147067--18147102	17	2.1	17	100	0	72	41	16	0	41	1.48
18147310--18147345	17	2.1	17	100	0	72	41	16	0	41	1.48
18146835--18147492	243	2.7	244	99	0	1300	25	15	22	36	1.93
18147322--18147678	188	1.9	188	99	0	705	28	16	19	35	1.93
18147679--18147703	2	12.5	2	100	0	50	48	52	0	0	1.00
18147707--18147765	28	2.1	28	87	3	84	54	15	5	25	1.61
18148678--18148782	39	2.7	39	82	5	140	35	12	10	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18149838--18149903	3	22.3	3	79	14	75	62	3	0	34	1.11
18151719--18151760	20	2.1	20	100	0	84	30	9	16	42	1.80
18153500--18153651	37	3.9	37	81	13	173	26	21	15	36	1.94
18153568--18153830	46	5.6	46	88	5	382	29	21	14	34	1.92
18153568--18153830	98	2.8	94	85	7	365	29	21	14	34	1.92
18156725--18156774	15	3.3	15	82	0	64	38	34	10	18	1.84
18156989--18157155	89	1.9	89	96	0	307	39	14	14	31	1.87
18157112--18157236	48	2.6	48	93	0	205	44	18	15	22	1.87
18157306--18157365	6	10.0	6	83	0	57	58	15	6	20	1.59
18157385--18157504	6	19.7	6	73	11	84	60	16	4	18	1.51
18157376--18157454	18	4.1	18	77	17	86	59	12	7	20	1.57
18157385--18157442	24	2.4	24	94	0	98	63	13	5	17	1.47
18157385--18157454	24	2.9	24	89	0	95	61	12	7	18	1.54
18157409--18157526	62	1.9	62	94	0	209	57	17	5	19	1.58
18164912--18164998	31	2.9	29	75	11	86	21	20	20	36	1.95
18166052--18166114	31	2.1	31	93	3	110	50	6	15	26	1.68
18168394--18168425	3	10.7	3	93	0	55	65	3	31	0	1.08
18169751--18169783	10	3.2	11	87	12	52	24	0	6	69	1.10
18177118--18177164	17	2.7	19	78	21	59	63	2	0	34	1.06
18178094--18178154	32	1.9	32	89	0	95	45	6	8	39	1.60
18183663--18183701	16	2.5	16	88	12	55	66	0	2	30	1.05
18186918--18186958	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18201148--18201270	44	2.8	43	76	11	133	30	28	17	22	1.97
18209462--18209491	15	2.1	15	93	6	53	86	0	0	13	0.57
18209462--18209491	7	4.1	7	91	8	51	86	0	0	13	0.57
18214027--18214081	25	2.3	24	75	19	62	32	1	1	63	1.15
18214053--18214088	15	2.2	17	90	9	58	27	0	0	72	0.85
18214605--18214665	15	4.1	15	80	6	61	47	1	14	36	1.55
18215757--18215824	34	2.0	34	100	0	136	29	11	26	32	1.92
18216026--18216050	6	4.2	6	100	0	50	52	16	0	32	1.44
18226362--18226404	14	3.0	14	79	3	50	55	6	0	37	1.27
18226818--18226934	61	1.9	62	87	5	175	55	1	5	37	1.32
18227334--18227371	20	1.9	20	84	10	51	39	5	0	55	1.23
18229639--18229664	12	2.2	12	100	0	52	73	0	26	0	0.84
18230405--18230530	40	3.2	39	71	14	116	30	14	19	35	1.92
18233168--18233227	31	2.0	29	90	6	93	38	5	10	46	1.59
18238220--18238245	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
18249781--18249826	23	2.0	23	91	0	74	34	0	0	65	0.93
18249789--18249837	6	8.3	6	78	13	57	32	0	0	67	0.91
18256861--18256890	13	2.2	14	94	5	53	40	3	13	43	1.60
18259800--18259851	20	2.6	20	84	0	77	21	32	30	15	1.94
18261497--18261632	56	2.4	56	91	0	218	27	14	25	32	1.95
18262820--18262884	21	3.2	21	71	20	66	40	21	26	12	1.88
18262802--18262902	39	2.6	39	91	0	157	37	23	25	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18262835--18262962	39	3.2	39	80	11	120	40	22	21	14	1.90
18262893--18262966	20	3.6	20	71	10	60	40	21	17	20	1.91
18264509--18264544	18	1.9	19	88	5	56	41	0	22	36	1.54
18266417--18266467	22	2.4	22	83	3	68	74	1	19	3	1.07
18266417--18266462	21	2.1	22	88	4	67	76	0	19	4	0.96
18268452--18268666	46	4.7	46	92	1	324	41	13	23	21	1.89
18270552--18270600	24	2.0	24	96	0	89	36	32	10	20	1.86
18276129--18276175	24	2.0	24	87	8	69	36	14	14	34	1.88
18283959--18284091	66	2.0	66	86	0	185	23	33	18	24	1.97
18284035--18284236	45	4.5	45	89	1	289	25	25	24	25	2.00
18286513--18286549	18	2.1	18	100	0	74	10	16	16	56	1.66
18298666--18298758	21	4.4	21	78	5	89	43	13	23	19	1.87
18298666--18298770	42	2.5	42	85	0	129	43	15	21	19	1.87
18313076--18313180	30	3.4	29	76	13	88	54	1	6	37	1.38
18313995--18314044	25	2.0	25	88	7	75	48	6	2	44	1.39
18322524--18322548	6	4.2	6	100	0	50	0	16	16	68	1.22
18326414--18326445	6	5.3	6	100	0	64	34	0	15	50	1.45
18328717--18328782	30	2.2	29	86	7	89	53	3	4	39	1.37
18344289--18344339	22	2.5	20	81	9	57	29	23	1	45	1.64
18344468--18344629	37	4.2	38	80	5	139	30	22	19	27	1.98
18345571--18345635	4	15.0	4	76	17	51	29	4	0	66	1.12
18345571--18345639	22	3.0	21	80	19	68	28	5	0	65	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18345590--18345635	14	3.4	14	76	8	51	32	2	0	65	1.05
18345571--18345638	26	2.6	26	84	13	79	27	5	0	66	1.15
18345593--18345646	26	2.1	25	86	3	72	35	3	0	61	1.14
18345603--18345660	26	2.2	26	81	6	64	39	5	1	53	1.33
18353899--18353928	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67
18355381--18355405	10	2.5	10	100	0	50	44	16	24	16	1.86
18360833--18360926	40	2.3	39	89	5	134	0	28	8	62	1.24
18366472--18366510	20	2.0	20	90	10	62	64	0	0	35	0.94
18368090--18368119	3	10.0	3	92	0	51	66	0	3	30	1.07
18381492--18381533	22	1.9	22	85	9	59	45	4	19	30	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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