genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17725027--17725104	9	8.7	9	71	10	52	32	8	14	44	1.76
17725027--17725094	18	3.8	18	78	7	75	33	7	13	45	1.71
17741106--17741180	21	3.4	23	82	12	95	13	21	26	38	1.90
17745978--17746017	22	1.9	21	85	10	55	27	10	5	57	1.52
17754616--17754741	22	5.4	23	69	21	66	34	3	1	60	1.25
17754703--17754739	19	1.9	19	88	0	56	24	5	0	70	1.08
17754669--17754741	22	3.3	22	75	19	71	30	2	0	67	1.05
17755011--17755149	45	3.1	45	92	0	233	47	12	11	28	1.76
17764017--17764056	20	2.0	20	100	0	80	45	10	15	30	1.78
17766849--17766891	22	2.0	22	100	0	86	27	9	13	48	1.73
17769109--17769298	47	3.9	47	84	5	202	24	16	28	29	1.97
17769092--17769317	93	2.3	97	78	10	237	26	15	27	30	1.96
17771179--17771208	15	1.9	16	93	6	53	40	16	6	36	1.75
17773603--17773678	37	2.0	40	82	12	97	32	21	2	43	1.66
17780983--17781010	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
17781531--17781706	46	3.8	46	78	10	196	19	21	30	28	1.98
17781527--17781699	93	1.9	93	92	0	292	20	21	30	27	1.98
17785192--17785245	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
17789979--17790116	54	2.6	54	92	0	231	28	18	22	31	1.97
17790177--17790251	25	3.2	25	62	21	61	44	12	22	21	1.85
17790154--17790518	46	8.0	46	90	2	513	40	14	23	21	1.90
17790168--17790518	137	2.6	138	90	3	548	39	14	23	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17790154--17790513	183	2.0	184	89	3	557	40	14	23	21	1.90
17792994--17793101	49	2.2	49	77	9	125	46	0	4	49	1.22
17798861--17798921	30	2.0	30	100	0	122	49	16	6	27	1.70
17804720--17804767	20	2.3	20	76	13	53	27	20	10	41	1.85
17814426--17814455	8	3.8	8	100	0	60	63	0	10	26	1.26
17831610--17831652	20	2.0	22	82	8	54	58	0	2	39	1.11
17832698--17832736	6	6.5	6	100	0	78	0	64	0	35	0.94
17836104--17836129	13	2.0	13	100	0	52	30	38	15	15	1.88
17837726--17837773	22	2.1	23	82	17	57	64	4	4	27	1.30
17838033--17838090	28	2.2	26	87	6	80	50	5	0	44	1.24
17845206--17845325	55	2.2	55	92	1	206	41	11	8	38	1.72
17846484--17846518	12	2.9	12	91	0	61	11	37	0	51	1.38
17852487--17852536	22	2.2	21	80	19	57	28	6	2	64	1.28
17855238--17855292	21	2.6	21	82	0	65	30	29	9	30	1.88
17860210--17860377	43	4.0	41	78	14	182	27	15	23	33	1.95
17860213--17860377	86	1.9	84	83	11	212	27	15	24	32	1.95
17861257--17861299	16	2.7	16	96	0	77	34	13	0	51	1.42
17862968--17863093	46	2.7	46	86	6	166	33	25	19	21	1.97
17863727--17863780	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
17863766--17863814	3	17.3	3	76	19	52	28	2	0	69	1.00
17863770--17863808	11	3.5	11	92	0	69	28	2	0	69	1.02
17863766--17863807	19	2.2	19	87	8	59	26	2	0	71	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17865920--17866231	46	6.8	46	91	1	493	39	14	24	21	1.91
17865920--17866231	91	3.4	92	91	1	493	39	14	24	21	1.91
17865920--17866231	137	2.3	137	96	0	570	39	14	24	21	1.91
17869149--17869282	25	5.5	25	76	8	150	20	26	19	34	1.96
17869128--17869324	47	4.2	47	86	5	274	19	25	18	36	1.95
17869119--17869325	25	8.7	23	70	17	124	19	26	18	35	1.95
17871770--17871935	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
17878877--17879042	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
17880438--17880911	237	2.0	237	100	0	948	35	10	18	35	1.86
17882096--17882135	20	2.0	20	100	0	80	50	0	5	45	1.23
17882350--17882390	19	2.2	19	91	8	66	68	0	31	0	0.90
17883929--17884077	46	3.2	46	87	1	201	40	15	22	20	1.90
17890089--17890184	43	2.3	42	81	5	104	23	17	23	34	1.96
17891999--17892166	46	3.6	46	77	13	200	30	28	19	21	1.97
17891944--17892172	93	2.5	93	94	0	404	30	30	18	20	1.97
17891951--17892114	47	3.5	46	74	14	183	29	31	18	20	1.96
17892444--17892501	27	2.1	27	81	12	66	24	15	10	50	1.75
17892442--17892502	28	2.2	26	75	16	61	24	14	9	50	1.73
17898602--17898628	13	2.1	13	100	0	54	48	0	0	51	1.00
17899439--17899497	28	2.1	28	100	0	118	40	0	20	38	1.53
17901828--17901992	38	4.3	38	83	7	183	21	23	24	30	1.99
17901821--17901992	76	2.2	77	84	5	222	23	22	24	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17907729--17907908	75	2.4	76	80	2	229	22	25	23	28	2.00
17912049--17912171	61	2.0	62	87	6	180	37	4	3	55	1.35
17913935--17914060	58	2.1	60	85	5	166	34	26	7	30	1.85
17919704--17919752	25	2.0	25	87	0	71	61	8	10	20	1.53
17923738--17923867	69	1.9	69	98	0	251	39	15	17	27	1.90
17929264--17929293	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
17933856--17933983	61	2.1	61	83	2	159	35	5	14	43	1.69
17939075--17939128	26	2.1	26	100	0	108	29	7	18	44	1.77
17942578--17942631	25	2.2	25	89	0	81	51	1	3	42	1.30
17942627--17942690	31	2.1	30	82	11	76	53	4	1	40	1.31
17952530--17952584	15	3.7	15	76	13	51	43	3	5	47	1.44
17959120--17959161	6	7.0	6	100	0	84	16	33	0	50	1.46
17959120--17959167	18	2.7	18	93	0	69	18	29	0	52	1.46
17976499--17976584	18	4.7	18	83	1	109	41	13	8	36	1.75
17976499--17976584	36	2.4	37	86	2	129	41	13	8	36	1.75
17976764--17976873	45	2.4	45	83	0	139	41	20	18	20	1.90
17976851--17976879	12	2.4	12	100	0	58	37	17	27	17	1.92
17977622--17977674	15	3.5	15	80	17	65	5	16	1	75	1.08
17977782--17977844	31	2.0	32	84	9	85	47	4	0	47	1.23
17980481--17980544	33	2.0	31	82	11	76	32	0	7	59	1.26
17980508--17980576	21	3.4	20	71	15	61	34	1	7	56	1.36
17980967--17980997	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17985662--17985849	49	3.8	49	82	2	232	29	23	18	29	1.97
17985667--17985847	100	1.8	100	91	0	299	29	23	18	28	1.98
17992572--17992657	18	4.7	18	82	1	100	40	13	9	36	1.77
17992538--17992657	36	3.3	37	79	4	120	40	15	9	35	1.78
17992832--17992862	6	5.2	6	92	0	53	54	16	12	16	1.71
17992843--17992949	45	2.4	45	83	0	142	42	19	15	21	1.88
17993855--17993917	31	2.0	32	84	9	85	47	4	0	47	1.23
17995093--17995282	96	2.0	96	85	4	258	37	15	34	12	1.85
17996798--17996839	11	3.8	11	81	9	50	33	0	23	42	1.55
17997255--17997307	21	2.3	23	75	21	58	43	0	3	52	1.19
17997421--17997466	3	15.7	3	82	13	60	36	0	2	60	1.09
17997420--17997464	16	3.2	13	80	20	54	37	0	2	60	1.09
17997421--17997466	19	2.6	17	83	12	58	36	0	2	60	1.09
18006940--18006995	26	2.2	26	100	0	112	44	19	14	21	1.86
18011597--18011759	51	3.2	51	85	3	229	40	10	20	28	1.85
18013403--18013493	40	2.4	37	87	8	123	30	28	20	19	1.97
18024440--18024479	21	2.0	19	85	9	53	40	0	17	42	1.49
18024671--18024695	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
18024924--18025114	18	10.6	18	76	10	158	34	12	15	37	1.86
18024912--18025194	36	7.6	36	70	14	148	35	12	15	37	1.85
18024911--18025114	72	2.8	72	79	6	191	35	12	15	36	1.85
18025134--18025194	18	3.4	18	81	0	59	36	8	16	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18026321--18026407	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
18026779--18026836	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
18028107--18028158	5	10.4	5	100	0	104	59	0	0	40	0.97
18028181--18028209	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
18033207--18033264	6	9.0	6	75	20	55	22	1	0	75	0.89
18033208--18033268	14	4.5	14	71	8	63	21	1	0	77	0.86
18033200--18033275	8	9.5	8	74	17	52	22	2	0	75	0.93
18037524--18037655	69	2.0	67	80	8	153	55	9	14	21	1.66
18051982--18052006	7	3.6	7	100	0	50	24	0	0	76	0.80
18055053--18055101	23	2.2	22	89	10	73	42	36	8	12	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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