genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64939430--64939496	28	2.4	28	89	0	98	23	10	32	32	1.89
64941188--64941372	40	4.7	40	82	6	216	25	28	22	24	1.99
64941190--64941372	79	2.3	81	81	8	214	25	27	22	24	2.00
64959908--64959983	37	2.1	37	87	5	109	26	30	18	25	1.98
64960102--64960307	47	4.4	47	89	0	295	28	30	9	31	1.88
64961787--64961865	37	2.1	37	86	4	106	24	30	18	26	1.98
64961982--64962468	47	10.4	47	93	0	798	29	29	8	32	1.87
64961982--64962468	233	2.1	234	93	0	832	29	29	8	32	1.87
64970809--64970918	38	2.9	38	88	1	157	24	28	20	27	1.99
64970809--64970954	77	1.9	78	84	4	197	24	27	19	28	1.99
64970826--64971000	40	4.5	39	80	7	137	24	27	21	26	1.99
64971305--64971383	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
64971365--64971467	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
64973333--64973411	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
64973530--64974059	47	11.3	47	96	0	925	29	30	8	31	1.88
64977331--64977383	27	2.0	27	84	0	70	22	24	20	32	1.98
64989782--64989839	30	1.9	30	89	0	89	34	13	24	27	1.93
64990176--64990299	46	2.8	44	75	9	126	26	18	29	25	1.98
64991077--64991194	55	2.1	55	88	0	173	22	17	29	29	1.97
64991218--64991262	20	2.2	20	100	0	90	20	40	31	8	1.83
64995068--64995356	27	10.7	27	80	2	283	40	16	14	28	1.88
64995068--64995346	81	3.4	81	84	2	355	40	16	14	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64995125--64995356	109	2.1	108	83	3	279	40	17	13	28	1.87
64999833--64999932	27	3.7	27	74	9	89	35	22	16	27	1.94
64999910--65000003	27	3.5	27	84	5	102	25	19	15	39	1.91
65000337--65000441	27	3.9	27	76	9	115	39	18	16	26	1.91
65000430--65000521	27	3.4	25	82	8	103	23	17	17	41	1.90
64999563--65000608	518	2.0	521	97	1	1963	32	23	17	26	1.97
65001199--65001278	40	2.0	40	97	0	151	46	37	3	12	1.60
65005008--65005182	46	3.8	46	73	15	180	28	28	20	22	1.98
65005016--65005186	93	1.8	93	93	2	299	28	28	21	22	1.99
65005606--65005664	30	2.0	30	86	0	82	27	25	6	40	1.80
65007178--65007263	38	2.3	38	91	0	136	19	20	26	32	1.97
65007256--65007473	45	4.9	45	83	4	237	23	22	28	26	1.99
65012395--65012472	22	3.3	22	68	16	66	64	3	14	17	1.44
65012389--65012487	49	2.0	49	96	0	180	64	4	12	19	1.42
65012674--65012731	21	2.8	21	89	0	89	22	29	10	37	1.87
65023087--65023165	26	3.0	26	86	0	95	34	7	15	43	1.75
65033086--65033257	93	1.8	93	89	0	272	27	27	21	23	1.99
65033080--65033253	46	3.8	45	76	13	165	28	27	21	22	1.99
65038460--65038687	54	4.2	54	75	8	196	36	16	14	32	1.89
65038648--65038773	55	2.3	54	79	1	135	37	15	13	34	1.86
65038453--65038782	27	12.2	26	73	10	168	36	15	15	32	1.89
65040967--65041070	31	3.4	31	77	10	106	27	13	18	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65047274--65047308	17	2.1	17	88	0	52	40	0	0	60	0.97
65047287--65047352	27	2.3	29	82	10	82	43	4	0	51	1.22
65066779--65066874	28	3.4	28	72	16	108	27	16	27	29	1.97
65066807--65066904	28	3.5	28	70	18	87	22	14	33	29	1.93
65066779--65066914	56	2.4	56	93	4	229	25	14	29	30	1.95
65072214--65072383	40	4.2	40	92	0	286	28	29	20	22	1.98
65073808--65073923	37	3.1	37	93	0	196	25	31	18	23	1.97
65074042--65074460	47	8.8	49	93	2	678	29	29	8	32	1.87
65074042--65074460	143	2.9	143	93	2	698	29	29	8	32	1.87
65074093--65074460	192	1.9	189	96	2	542	30	29	7	32	1.86
65083316--65083487	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	20	1.98
65083309--65083484	46	3.8	46	78	12	198	29	29	20	20	1.98
65090407--65090578	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
65090400--65090575	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
65095415--65095444	11	2.6	11	94	5	51	20	26	0	53	1.46
65099948--65100014	33	2.0	33	100	0	134	38	37	2	20	1.68
65130447--65130521	34	2.2	34	92	2	123	18	16	20	45	1.86
65131914--65131992	37	2.1	37	86	4	106	25	31	17	25	1.97
65132111--65132505	47	8.4	47	95	0	673	28	29	8	32	1.87
65136666--65136762	40	2.4	40	80	11	110	26	25	14	32	1.94
65139210--65139264	21	2.5	22	79	2	58	18	27	30	23	1.97
65146188--65146268	43	1.9	43	87	2	119	19	30	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65146435--65146506	28	2.6	28	86	0	90	29	26	12	31	1.93
65155178--65155681	246	2.1	246	98	0	983	36	21	12	29	1.90
65159990--65160285	127	2.3	126	83	2	353	36	19	17	26	1.94
65162485--65162523	21	1.9	19	85	10	51	7	17	51	23	1.71
65163849--65164004	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
65165259--65165288	14	2.1	14	93	0	51	20	40	13	26	1.89
65165273--65165843	45	12.7	44	75	9	370	26	22	20	30	1.98
65165273--65165613	180	1.9	180	87	4	501	26	22	19	31	1.98
65165363--65165930	135	4.2	135	86	2	759	27	22	20	30	1.98
65176781--65176819	20	2.0	20	89	0	60	38	0	15	46	1.46
65178470--65178497	13	2.2	13	100	0	56	35	7	7	50	1.57
65178667--65178704	10	3.7	10	96	3	67	39	10	18	31	1.85
65178659--65178705	20	2.4	19	86	10	67	42	8	17	31	1.79
65178752--65178822	25	2.9	24	85	4	88	28	22	22	26	1.99
65178758--65178834	25	3.1	24	81	9	84	25	22	23	28	1.99
65184786--65184824	20	2.0	20	89	0	60	38	0	15	46	1.46
65186684--65186725	11	3.9	11	90	6	68	38	11	16	33	1.86
65186681--65186761	22	3.7	22	81	4	94	38	14	16	30	1.89
65186685--65186749	11	6.0	11	81	1	60	38	15	18	27	1.91
65186793--65186865	25	2.9	25	93	0	128	28	27	21	21	1.99
65186793--65186890	50	2.0	50	84	8	128	29	25	22	22	1.99
65188520--65188822	127	2.4	125	84	3	401	38	19	16	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65198018--65198183	83	2.0	83	91	0	269	40	15	6	36	1.74
65199317--65199365	25	2.0	25	83	0	62	28	20	24	26	1.99
65205441--65205525	3	28.3	3	70	23	56	63	1	3	31	1.19
65205437--65205525	18	4.7	18	77	14	83	62	1	3	32	1.19
65205481--65205527	8	5.9	8	77	7	51	70	0	2	27	0.99
65205857--65205952	20	4.4	21	73	12	70	59	31	1	8	1.34
65205858--65205894	18	2.0	19	89	5	58	67	27	0	5	1.12
65205852--65205935	21	3.9	21	78	7	78	59	29	1	9	1.37
65206081--65206111	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
65206450--65207132	44	15.5	44	74	8	530	25	22	19	32	1.97
65206450--65207000	176	3.1	176	94	0	960	25	22	19	32	1.97
65206801--65207155	132	2.7	132	95	0	640	25	23	19	31	1.98
65207199--65207397	68	2.9	68	90	2	294	27	21	23	28	1.99
65207502--65208634	132	8.6	131	86	5	1497	20	21	22	35	1.96
65207415--65208622	44	27.6	44	72	13	703	20	21	21	35	1.96
65207416--65207748	175	1.9	175	83	2	436	21	20	21	35	1.96
65207502--65208633	260	4.3	265	91	2	1557	20	21	22	35	1.96
65207415--65208576	87	13.3	87	71	11	599	20	21	21	35	1.96
65215149--65215356	40	5.2	40	87	3	267	23	19	28	28	1.98
65223295--65223472	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
65223295--65223472	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
65239211--65239251	20	2.1	20	86	13	59	43	7	2	46	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65242897--65243004	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
65249975--65250082	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
65250634--65250680	23	2.2	23	85	11	64	12	2	29	55	1.49
65250606--65250703	22	4.5	22	73	15	69	9	1	29	60	1.34
65251024--65251112	3	29.3	3	74	18	71	30	3	1	65	1.16
65251024--65251116	30	3.0	30	77	20	102	31	3	1	64	1.16
65254022--65254268	40	6.2	40	89	1	327	29	28	19	22	1.98
65261477--65261654	27	6.6	27	83	3	187	29	29	14	26	1.95
65261477--65261654	54	3.3	54	84	3	223	29	29	14	26	1.95
65261498--65261653	81	1.9	82	86	3	226	29	30	14	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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