genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18381724--18381799	28	2.8	27	80	15	77	38	0	5	56	1.22
18383441--18383551	40	2.8	40	81	0	132	32	14	16	36	1.89
18383441--18383578	40	3.5	40	80	0	114	31	13	19	34	1.91
18383556--18383774	79	2.8	79	86	0	287	32	15	21	29	1.95
18384143--18384327	57	3.3	54	75	11	142	33	4	20	41	1.74
18388694--18388720	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
18408131--18408156	12	2.2	12	100	0	52	61	7	0	30	1.24
18409875--18409903	14	2.1	14	100	0	58	27	34	0	37	1.57
18409899--18409983	37	2.3	37	93	0	152	32	22	15	29	1.94
18427823--18427871	23	2.0	25	84	11	66	59	6	0	34	1.22
18434871--18434930	29	2.1	29	96	0	111	30	18	11	40	1.86
18438702--18438762	28	2.2	28	100	0	122	19	14	3	62	1.46
18445888--18445925	20	1.9	20	94	0	67	21	5	7	65	1.38
18446394--18446481	42	2.1	42	84	0	113	32	23	25	18	1.97
18450912--18450958	19	2.3	21	79	13	55	44	4	12	38	1.62
18451115--18451155	21	1.9	22	85	5	57	41	0	4	53	1.22
18451183--18451230	24	2.0	23	84	11	62	47	10	4	37	1.57
18451248--18451303	5	10.6	5	81	11	67	39	0	3	57	1.16
18451251--18451304	12	4.3	12	80	17	65	40	0	3	55	1.17
18451351--18451376	13	2.0	13	100	0	52	76	0	23	0	0.78
18452627--18452665	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
18452602--18452634	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18452889--18453023	39	3.4	39	72	6	103	24	20	27	28	1.99
18453138--18453184	13	3.7	13	83	11	53	42	0	25	31	1.55
18456728--18456811	24	3.3	24	67	20	71	29	13	13	44	1.81
18456714--18456819	53	2.0	53	100	0	212	30	13	11	45	1.78
18457855--18458051	3	65.7	3	72	8	134	60	1	7	30	1.34
18458213--18458248	14	2.5	14	95	4	63	58	0	5	36	1.22
18458213--18458345	3	44.3	3	70	10	67	57	0	9	32	1.37
18458886--18459144	128	2.0	126	82	5	308	40	18	13	26	1.88
18459540--18459596	12	4.8	12	77	0	60	61	1	8	28	1.36
18459540--18459596	24	2.4	24	84	0	78	61	1	8	28	1.36
18479852--18480053	101	2.0	101	98	0	386	44	12	6	36	1.69
18481816--18481840	13	1.9	13	100	0	50	12	16	0	72	1.13
18481897--18481935	19	2.1	19	85	9	53	33	5	10	51	1.58
18481959--18481989	15	2.1	14	94	5	53	29	0	0	70	0.87
18482410--18482447	16	2.4	16	82	13	51	57	0	10	31	1.32
18482495--18482724	3	77.3	3	70	14	147	60	1	6	30	1.31
18482584--18482627	22	2.0	22	82	8	54	63	0	11	25	1.27
18484463--18484487	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
18501932--18501975	23	1.9	23	90	0	70	22	4	2	70	1.17
18501928--18502010	23	3.5	23	77	11	69	27	3	4	63	1.31
18501951--18502003	24	2.3	23	78	9	56	26	3	5	64	1.33
18502003--18502093	25	3.5	25	77	8	92	32	4	4	58	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18504211--18504241	8	3.9	8	91	0	53	41	0	0	58	0.98
18504170--18504262	49	1.9	48	82	10	118	47	1	3	48	1.25
18504383--18504476	4	22.8	4	70	18	52	69	4	24	2	1.18
18504393--18504476	25	3.4	24	73	15	73	69	3	26	1	1.12
18505341--18505456	40	2.9	40	86	10	157	37	10	16	36	1.83
18505346--18505480	40	3.4	38	81	7	153	35	10	19	34	1.86
18512514--18512622	25	4.5	22	73	15	67	57	2	9	30	1.44
18512524--18512622	24	4.1	23	74	16	85	57	2	8	32	1.39
18512532--18512607	21	3.4	21	68	12	53	60	2	7	28	1.38
18512524--18512767	26	9.5	26	65	17	73	58	4	7	29	1.46
18513242--18513284	14	3.2	14	83	9	54	67	0	2	30	1.03
18516917--18517239	44	7.3	44	73	10	162	29	18	25	26	1.98
18516962--18517239	44	6.2	44	72	11	174	29	18	25	26	1.98
18516962--18517239	89	3.1	89	69	10	269	29	18	25	26	1.98
18517214--18517944	130	5.6	130	86	1	984	31	20	20	27	1.97
18517227--18517973	86	8.6	86	73	8	489	31	20	20	27	1.97
18518053--18518626	44	12.7	44	69	14	230	30	18	22	28	1.97
18518053--18518263	88	2.4	88	85	4	266	29	18	22	29	1.97
18518042--18518626	227	2.6	224	77	10	596	31	19	21	27	1.97
18518141--18518413	140	2.0	139	85	0	366	31	18	20	28	1.97
18520327--18520375	23	2.1	24	88	3	73	24	6	0	69	1.11
18520331--18520382	23	2.2	24	83	6	63	23	5	1	69	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18520391--18520478	27	3.4	26	75	9	81	32	3	4	59	1.35
18520430--18520489	25	2.3	26	82	2	68	30	6	3	60	1.39
18523241--18523487	131	1.9	131	93	0	431	27	19	19	32	1.96
18528604--18528889	141	2.0	141	95	1	520	25	16	16	42	1.88
18528928--18528969	17	2.6	16	75	17	50	28	0	4	66	1.12
18529322--18529439	28	4.3	27	71	21	84	61	5	0	32	1.23
18529341--18529392	10	5.4	10	80	13	56	57	7	0	34	1.27
18529305--18529517	9	22.9	9	73	15	105	59	5	2	32	1.34
18529415--18529448	17	2.1	16	88	5	50	58	0	0	41	0.98
18530011--18530053	17	2.5	17	80	3	50	32	4	2	60	1.30
18530075--18530118	17	2.5	17	82	17	54	29	0	6	63	1.20
18533176--18533222	24	2.0	24	95	0	85	31	10	8	48	1.68
18536242--18536291	18	2.5	19	84	12	57	48	0	6	46	1.27
18536257--18536303	19	2.5	20	86	10	71	42	0	6	51	1.27
18537799--18537833	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
18539668--18539698	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
18543745--18543800	18	3.1	18	84	0	76	37	12	17	32	1.88
18547408--18547441	3	11.0	3	93	6	59	0	0	32	67	0.91
18549930--18550017	43	2.0	43	100	0	176	22	30	15	30	1.95
18551932--18551996	23	2.8	23	86	4	87	10	6	35	47	1.63
18553392--18553433	4	10.5	4	94	0	75	50	26	0	23	1.50
18559856--18559978	27	4.6	27	89	0	183	30	14	8	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18559902--18560288	27	14.3	27	77	10	216	39	19	8	33	1.81
18559875--18560042	54	3.1	54	80	3	160	35	20	7	36	1.80
18559969--18560230	81	3.2	80	85	6	325	43	20	7	29	1.79
18559964--18560229	54	4.9	53	81	5	259	43	20	7	29	1.78
18560333--18560410	27	2.9	27	77	11	88	37	21	19	21	1.95
18561211--18561335	51	2.5	50	93	5	216	26	22	23	28	1.99
18561211--18561332	25	4.8	26	90	2	178	26	22	23	27	2.00
18561477--18561568	42	2.2	42	88	0	130	30	13	20	35	1.91
18561592--18561670	31	2.5	31	95	0	140	29	17	25	27	1.98
18562473--18562505	6	5.5	6	96	0	57	51	12	0	36	1.39
18562955--18563006	27	1.9	27	84	0	68	48	1	13	36	1.54
18563110--18563158	17	3.0	17	77	17	59	57	10	0	32	1.32
18563115--18563158	15	2.7	17	82	10	65	56	11	0	31	1.35
18563179--18563213	18	1.9	18	88	0	52	60	2	2	34	1.26
18565114--18565538	89	4.6	92	77	14	372	36	16	16	30	1.91
18565532--18565787	91	2.9	87	81	8	272	34	18	15	30	1.92
18565395--18565859	251	1.9	247	82	5	594	34	18	16	31	1.93
18565694--18565864	75	2.3	74	84	5	209	37	18	14	29	1.90
18578671--18578719	17	3.0	17	77	17	59	57	10	0	32	1.32
18578676--18578719	15	2.7	17	82	10	65	56	11	0	31	1.35
18578740--18578786	18	2.7	18	87	6	62	59	0	2	38	1.09
18581374--18581406	16	2.1	16	88	5	50	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18582546--18582588	20	2.2	20	100	0	86	34	39	13	11	1.82
18582861--18582885	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
18583537--18583563	12	2.2	12	100	0	54	7	14	29	48	1.71
18583617--18583859	115	2.1	115	83	4	294	33	20	19	26	1.96
18586247--18586318	29	2.5	28	82	12	85	30	4	2	62	1.28
18588109--18588166	22	2.6	22	80	0	62	18	10	8	62	1.53
18588195--18588258	31	2.1	31	91	2	103	25	3	14	57	1.51
18588341--18588381	18	2.2	20	86	8	59	24	0	9	65	1.22
18595757--18595812	20	2.9	19	79	15	62	60	0	16	23	1.35
18595861--18595910	17	3.1	16	77	16	50	64	0	10	26	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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