genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70072426--70072658	118	2.0	120	84	6	314	25	27	20	26	1.99
70105416--70105471	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
70105405--70105471	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
70105521--70105639	23	5.0	24	85	11	149	29	21	21	27	1.98
70105829--70105891	31	2.0	31	93	0	108	36	15	23	23	1.94
70106759--70106793	14	2.5	14	95	0	61	60	8	11	20	1.57
70113454--70113496	15	2.8	16	83	16	56	32	11	20	34	1.89
70113443--70113509	20	3.3	20	85	0	98	32	11	20	34	1.90
70113560--70113711	25	6.2	25	88	9	199	29	19	23	27	1.98
70113558--70113682	25	5.2	24	95	2	207	29	20	21	28	1.98
70113559--70113682	49	2.6	48	92	5	205	29	20	21	28	1.98
70113558--70113702	47	3.0	48	85	11	199	28	20	22	28	1.99
70113896--70113958	31	2.0	31	90	0	99	38	15	22	23	1.93
70120750--70120784	18	1.9	18	88	0	52	28	0	5	65	1.15
70121116--70121232	61	1.9	61	82	0	144	41	8	15	34	1.77
70124821--70124982	82	2.0	82	86	2	227	26	12	26	34	1.92
70127600--70127654	27	2.0	27	96	0	101	20	3	27	49	1.65
70130058--70130120	28	2.2	28	85	2	81	31	12	31	23	1.92
70137137--70137176	21	1.9	21	84	0	53	30	10	25	35	1.88
70137433--70137468	16	2.2	16	100	0	72	52	16	19	11	1.73
70137680--70137754	28	2.7	28	89	0	114	25	14	33	26	1.94
70139020--70139054	18	1.9	18	88	0	52	42	11	17	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70143900--70143935	17	2.1	17	89	0	54	19	27	25	27	1.99
70153877--70153924	20	2.4	20	92	0	78	29	16	14	39	1.88
70156618--70157108	47	10.4	47	94	0	829	32	8	29	29	1.87
70156618--70157108	190	2.6	188	94	1	847	32	8	29	29	1.87
70156618--70157108	237	2.1	235	94	0	847	32	8	29	29	1.87
70157227--70157305	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
70160685--70160759	33	2.3	33	97	0	141	20	6	22	50	1.71
70162155--70162212	23	2.5	21	76	20	53	34	0	6	58	1.25
70163698--70163828	49	2.7	49	86	2	183	27	22	29	21	1.99
70163557--70163870	142	2.2	142	82	7	370	27	20	28	23	1.99
70170161--70170186	9	2.9	9	100	0	52	34	0	19	46	1.50
70173858--70173892	18	1.9	18	88	0	52	54	11	28	5	1.59
70179457--70179500	19	2.3	20	88	11	74	29	9	22	38	1.85
70180121--70180286	48	3.5	48	80	3	156	30	17	27	25	1.97
70180164--70180286	46	2.6	46	84	2	147	29	17	29	23	1.97
70181509--70181547	21	1.9	21	89	5	62	10	35	30	23	1.88
70183192--70183270	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
70183389--70183600	47	4.5	47	92	0	343	28	31	8	31	1.87
70184943--70184982	21	1.9	21	85	10	55	37	17	5	40	1.72
70186012--70186103	46	2.0	46	97	0	175	27	15	13	44	1.83
70186924--70187149	39	5.7	40	81	9	248	26	26	22	24	2.00
70194914--70195135	40	5.7	40	84	8	278	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70194914--70195128	116	1.8	118	83	5	285	25	26	21	26	1.99
70203447--70203490	21	2.0	22	83	12	56	43	2	20	34	1.64
70207931--70208009	31	2.6	31	80	7	90	39	0	2	58	1.12
70227512--70227627	46	2.6	44	80	9	117	31	17	28	23	1.97
70236716--70236758	22	2.0	21	81	4	50	25	2	9	62	1.37
70241204--70241513	47	6.7	46	74	12	217	22	27	21	28	1.99
70241150--70241510	94	3.9	93	78	8	358	21	28	20	29	1.98
70246716--70246928	40	5.3	40	89	2	297	23	26	23	25	2.00
70249091--70249349	128	2.0	128	97	0	491	34	18	23	23	1.96
70255173--70255319	40	3.7	39	83	8	188	24	27	23	25	2.00
70270684--70270782	30	3.3	30	91	0	153	24	35	21	19	1.96
70271540--70271568	14	2.1	14	100	0	58	31	20	13	34	1.92
70272383--70272422	17	2.4	17	86	0	53	20	17	17	45	1.86
70278106--70278369	40	6.6	40	85	6	308	24	23	27	24	2.00
70278105--70278388	80	3.6	80	83	8	339	25	22	27	24	2.00
70278106--70278402	119	2.5	118	80	12	338	25	22	27	24	2.00
70314508--70314561	27	2.0	27	100	0	108	33	25	14	25	1.95
70315287--70315389	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
70315371--70315444	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
70319322--70320094	47	16.5	47	94	1	1282	32	8	29	29	1.87
70320213--70320291	37	2.1	37	83	4	97	25	18	30	25	1.98
70331484--70331535	26	2.0	26	85	11	70	42	3	0	53	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70332312--70332348	15	2.4	15	95	4	65	40	8	0	51	1.32
70334161--70334241	39	2.1	39	95	0	144	19	24	32	23	1.98
70340817--70340937	39	3.1	39	96	0	215	21	24	29	23	1.99
70346775--70346818	22	1.9	24	86	9	65	40	13	2	43	1.57
70349789--70349837	25	1.9	26	83	4	64	18	36	24	20	1.94
70351105--70351158	6	8.8	6	93	2	81	16	27	0	55	1.42
70352176--70352231	27	2.1	27	89	0	85	41	14	12	32	1.83
70354797--70354887	48	1.9	47	88	2	137	40	26	12	20	1.88
70356259--70356294	17	2.2	16	90	9	56	72	0	25	2	0.98
70383412--70383448	17	2.1	19	85	10	51	10	27	43	18	1.83
70386675--70386747	21	3.5	20	73	19	62	63	4	1	31	1.22
70386648--70386748	41	2.5	42	81	15	124	61	3	0	33	1.21
70386810--70386939	37	3.4	36	77	13	104	66	1	3	29	1.16
70386660--70386953	12	23.1	12	66	24	83	62	2	4	30	1.26
70386814--70386945	54	2.4	54	80	13	144	65	1	3	30	1.17
70386877--70386934	21	2.6	22	74	15	57	65	3	1	29	1.19
70388631--70388714	44	1.9	44	85	0	114	30	27	11	29	1.92
70388908--70389022	44	2.6	44	86	5	169	35	27	9	26	1.88
70402026--70402332	15	20.1	16	68	21	69	63	1	4	30	1.24
70402010--70402110	14	7.4	14	75	16	72	60	1	0	36	1.15
70402026--70402201	5	34.8	5	66	20	64	60	1	5	32	1.26
70402022--70402333	14	21.8	14	69	20	141	63	1	4	30	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70402010--70402110	28	3.7	27	78	13	109	60	1	0	36	1.15
70402148--70402182	12	2.8	12	91	4	52	57	0	8	34	1.29
70402217--70402286	10	7.4	9	73	20	63	70	1	1	27	1.05
70402023--70402295	38	7.4	36	69	23	119	63	1	4	30	1.23
70402187--70402327	58	2.4	58	85	5	178	66	2	2	28	1.17
70402613--70402655	23	1.9	23	86	13	63	69	0	4	25	1.07
70404209--70404358	44	3.4	44	80	0	167	31	21	15	32	1.94
70403966--70404553	308	1.9	308	88	0	881	28	22	16	32	1.96
70409005--70409054	25	2.0	25	96	0	91	54	2	16	28	1.53
70416258--70416552	9	32.1	9	65	23	61	63	1	3	30	1.21
70416253--70416561	14	20.2	16	68	22	82	63	1	3	31	1.22
70416237--70416337	14	7.4	14	75	16	72	60	1	0	36	1.15
70416253--70416561	19	15.9	19	68	18	140	63	1	3	31	1.22
70416253--70416555	40	7.7	37	72	18	140	63	1	3	31	1.21
70416237--70416337	28	3.7	27	78	13	109	60	1	0	36	1.15
70416375--70416409	12	2.8	12	91	4	52	57	0	8	34	1.29
70416253--70416554	29	10.4	27	68	25	135	63	1	3	30	1.21
70416420--70416546	39	3.1	39	84	8	139	67	2	1	28	1.12
70416415--70416555	58	2.4	61	83	10	184	67	2	1	29	1.11
70416841--70416884	24	1.9	24	86	9	65	70	0	4	25	1.06
70427074--70427106	14	2.3	15	89	5	50	30	6	18	45	1.73
70428388--70428674	56	5.2	56	89	1	409	33	22	14	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70428635--70428819	43	4.3	43	86	4	196	30	24	15	28	1.96
70433835--70433905	34	2.1	34	97	0	133	36	2	28	32	1.72
70440352--70440574	39	5.7	39	90	2	326	28	29	21	20	1.98
70446099--70446256	39	4.1	39	92	0	264	27	21	24	27	1.99
70454281--70454478	39	5.1	39	94	0	342	26	22	24	26	2.00
70459470--70459501	16	1.9	17	93	6	57	53	0	6	40	1.26
70463019--70463182	42	3.9	42	80	4	170	30	16	24	28	1.96
70465515--70465687	46	3.7	46	78	14	203	21	20	27	29	1.98
70465512--70465682	93	1.8	93	94	2	308	21	21	28	28	1.98
70467526--70467696	46	3.8	46	73	18	160	21	20	29	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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