genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87808787--87809075	72	4.0	72	90	0	452	19	20	38	22	1.94
87809923--87809977	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
87810033--87810107	22	3.3	22	75	10	69	60	5	5	29	1.41
87810039--87810185	25	5.9	25	68	14	88	57	4	7	29	1.47
87810003--87810184	77	2.3	82	79	7	196	57	4	6	31	1.44
87810123--87810250	23	5.5	23	68	16	59	55	3	5	35	1.39
87810533--87810571	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
87810729--87810827	30	3.3	30	94	0	180	16	6	50	27	1.68
87811438--87811936	90	5.6	89	76	9	355	35	18	16	29	1.93
87811513--87812044	90	5.9	91	78	8	445	36	18	17	28	1.93
87811851--87811880	13	2.3	13	94	0	51	63	6	10	20	1.47
87811951--87812561	73	8.3	74	86	4	808	33	19	16	30	1.94
87811951--87812628	223	3.0	223	89	4	936	33	20	16	30	1.94
87812731--87812775	13	3.4	13	84	6	63	68	4	11	15	1.34
87812559--87812863	100	3.0	101	88	3	438	40	18	17	23	1.91
87812744--87812918	89	2.0	87	85	4	217	37	20	18	24	1.94
87821718--87822186	44	10.6	43	72	6	296	28	22	19	29	1.98
87821718--87822187	89	5.3	89	72	7	330	28	22	19	29	1.98
87821718--87822186	133	3.5	133	88	1	652	28	22	19	29	1.98
87839604--87839795	48	4.0	48	83	4	226	21	17	27	33	1.96
87839604--87839780	96	1.8	96	86	2	257	22	17	25	34	1.96
87842146--87842265	45	2.6	45	82	11	147	25	19	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87842146--87842361	48	4.6	46	80	10	158	26	18	30	24	1.98
87845108--87845155	22	2.1	23	81	11	55	31	8	2	58	1.39
87847212--87847257	19	2.4	19	85	7	58	19	17	13	50	1.78
87851781--87851908	64	2.0	64	92	0	211	31	18	13	36	1.89
87851958--87852467	87	5.9	85	81	7	483	33	21	22	21	1.97
87852262--87852688	44	9.8	44	70	11	234	36	21	22	19	1.95
87851958--87852467	173	2.9	173	81	8	563	33	21	22	21	1.97
87852348--87852637	132	2.2	131	84	3	377	36	21	23	17	1.95
87852261--87852684	219	1.9	217	87	1	607	36	21	22	19	1.95
87852487--87852688	87	2.3	87	93	0	296	36	20	24	18	1.95
87852836--87853192	89	4.0	88	73	12	298	32	16	21	29	1.95
87855183--87855230	22	2.1	23	81	11	55	31	8	2	58	1.39
87860961--87861010	26	1.9	26	84	8	66	64	0	2	34	1.05
87881767--87881910	46	3.1	44	68	21	98	29	27	20	22	1.98
87885775--87885808	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
87891078--87891129	21	2.4	21	80	3	59	53	0	0	46	1.00
87891375--87891435	29	2.1	29	82	11	72	44	0	1	54	1.10
87892445--87892741	102	2.9	101	91	0	468	32	17	30	19	1.94
87899133--87899181	21	2.4	21	86	3	64	10	30	30	28	1.90
87906959--87906993	17	2.1	17	100	0	70	60	17	11	11	1.59
87907952--87908030	40	2.0	40	92	0	131	29	18	8	43	1.81
87909942--87909995	28	1.9	28	88	0	81	35	33	11	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87915393--87915480	40	2.2	40	87	4	124	39	1	5	53	1.32
87917555--87917661	27	4.0	25	74	16	83	66	2	0	29	1.12
87917579--87917664	19	4.7	18	79	12	95	63	3	1	31	1.18
87917557--87917664	9	12.2	9	70	19	68	65	2	0	30	1.13
87917579--87917664	36	2.4	37	80	11	106	63	3	1	31	1.18
87920656--87920726	29	2.4	29	88	0	97	23	19	26	29	1.98
87920718--87920769	24	2.2	24	85	0	68	23	15	13	48	1.80
87921842--87921880	20	2.0	20	94	0	69	53	7	7	30	1.57
87926766--87926799	12	2.8	12	86	0	50	50	17	23	8	1.74
87930197--87930247	21	2.4	21	96	0	93	13	23	43	19	1.87
87931698--87931750	27	2.0	27	84	0	70	32	18	9	39	1.83
87934055--87934233	39	4.6	39	87	0	250	37	21	24	16	1.93
87938008--87938052	14	3.3	14	84	3	56	80	0	13	6	0.91
87939379--87939470	44	2.1	45	83	6	116	28	15	28	28	1.96
87939558--87939642	44	1.9	44	90	4	136	28	14	31	25	1.94
87939327--87939918	177	3.3	177	83	1	684	28	17	26	26	1.98
87939734--87939836	44	2.3	45	77	8	111	30	17	22	30	1.97
87941887--87941935	16	3.2	16	67	21	50	26	8	2	63	1.34
87941877--87941935	30	2.0	29	90	6	93	27	8	3	61	1.41
87944258--87944307	25	2.0	25	84	7	66	28	0	2	70	0.99
87944271--87944329	20	2.9	20	80	12	66	25	0	3	71	1.02
87944274--87944331	30	2.0	29	90	10	91	24	0	3	72	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87944271--87944331	10	6.1	10	75	19	56	26	0	3	70	1.02
87945498--87945924	132	3.3	126	81	7	355	34	18	19	27	1.95
87945622--87945964	132	2.6	132	85	1	431	34	19	18	27	1.95
87948134--87948172	19	2.1	19	85	9	53	23	0	10	66	1.22
87948170--87948204	17	2.0	18	88	5	54	0	0	20	80	0.72
87948494--87948917	133	3.2	131	86	2	555	28	23	18	29	1.98
87951353--87951434	43	1.9	43	85	5	112	39	4	21	34	1.75
87952680--87952744	19	3.4	19	83	8	80	43	15	23	18	1.88
87954389--87954732	132	2.6	132	84	1	440	33	19	20	27	1.97
87965128--87965196	35	2.0	35	88	0	102	52	4	2	40	1.36
87965269--87965318	22	2.2	22	82	7	55	52	0	4	44	1.20
87965276--87965326	22	2.3	23	82	3	59	52	3	1	41	1.31
87985620--87985680	18	3.3	18	70	17	61	16	11	6	65	1.44
87985604--87985681	38	2.1	38	100	0	156	20	11	5	62	1.47
87985604--87985662	20	3.0	20	67	18	61	23	10	3	62	1.42
87988662--87988759	49	2.0	48	96	2	178	27	15	8	48	1.73
87989501--87989532	17	1.9	17	93	6	57	78	0	12	9	0.97
87997089--87997133	12	3.8	12	88	8	58	75	0	24	0	0.80
88004794--88004906	54	2.1	55	96	1	210	24	12	22	40	1.88
88012334--88012403	30	2.4	29	76	11	79	34	4	1	60	1.25
88012392--88012467	33	2.3	33	84	4	91	35	0	2	61	1.10
88012411--88012473	16	4.3	14	75	23	58	30	0	3	66	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88012423--88012473	12	4.5	12	73	14	54	33	0	1	64	1.05
88012428--88012484	16	3.2	19	67	25	52	33	0	3	63	1.12
88012407--88012484	33	2.4	32	89	4	111	32	0	3	64	1.12
88012498--88012538	13	2.9	15	75	10	50	41	4	0	53	1.22
88012873--88012950	42	2.0	41	83	16	103	30	2	10	56	1.46
88012930--88013143	112	1.8	112	82	6	266	30	5	12	51	1.61
88022652--88022762	40	2.8	40	90	4	163	24	28	23	23	1.99
88022737--88022787	25	2.0	25	100	0	102	23	25	23	27	2.00
88022697--88022827	65	2.0	65	95	0	235	25	26	23	24	2.00
88029637--88029732	43	2.2	45	83	7	126	34	16	20	28	1.95
88029588--88030416	176	4.7	177	88	1	1053	32	17	22	27	1.96
88032881--88032911	8	3.9	8	100	0	62	38	22	0	38	1.54
88038395--88038475	28	2.9	27	83	9	92	19	14	19	45	1.85
88041256--88041313	29	2.0	29	82	3	71	43	15	15	25	1.86
88046242--88046401	26	6.2	26	91	0	257	33	7	23	35	1.83
88046242--88046401	52	3.1	52	96	0	284	33	7	23	35	1.83
88052898--88052937	19	2.2	18	86	8	55	25	0	2	72	0.97
88054430--88054462	17	1.9	17	88	11	50	45	15	9	30	1.77
88062205--88062303	50	2.0	49	92	2	162	45	11	20	23	1.82
88062583--88062639	24	2.4	23	75	11	62	35	5	1	57	1.31
88062874--88062922	20	2.5	20	87	9	73	63	8	0	28	1.23
88062878--88062923	22	2.2	20	84	7	56	67	8	0	23	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88064628--88064821	10	19.7	9	66	21	63	60	3	5	30	1.36
88064713--88064821	19	5.4	19	71	14	76	60	1	6	31	1.32
88065216--88065283	19	3.6	17	76	18	55	60	1	1	36	1.15
88073455--88073500	19	2.4	19	81	3	56	52	6	8	32	1.58
88075479--88075537	29	2.0	30	83	3	75	37	13	22	27	1.91
88080120--88080174	10	5.9	10	75	14	55	63	1	1	32	1.15
88080135--88080177	18	2.5	18	88	7	63	65	2	2	30	1.18
88080120--88080197	19	4.2	17	78	15	66	65	1	1	32	1.09
88080155--88080235	20	3.6	22	75	20	62	59	0	1	39	1.05
88080120--88080197	37	2.1	38	80	7	88	65	1	1	32	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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