Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  55  of  325  ( 38985 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19976173--19976226
14
3.9
14
85
0
72
44
0
11
44
1.39
19976431--19976459
14
2.0
15
93
6
51
75
0
0
24
0.80
19978457--19978497
21
2.0
21
100
0
82
36
14
19
29
1.92
19993237--19993271
5
6.8
5
93
6
61
82
0
17
0
0.66
19995514--19995562
7
7.4
7
97
2
77
14
8
0
77
0.98
19995511--19995562
6
8.2
6
91
4
68
15
7
0
76
0.99
19997478--19997786
46
7.0
47
82
10
339
22
22
15
39
1.92
19997654--19997722
35
2.0
35
94
0
120
21
23
21
33
1.97
19997608--19997771
81
2.0
81
92
0
274
23
23
17
35
1.95
20002144--20002203
28
2.2
28
90
3
95
43
5
1
50
1.34
20004973--20005041
24
2.9
25
76
10
81
42
1
2
53
1.24
20005113--20005143
16
1.9
16
100
0
62
61
0
6
32
1.21
20018234--20018309
6
12.7
6
81
13
86
14
2
0
82
0.77
20018236--20018304
20
3.4
20
90
6
95
14
2
0
82
0.78
20018418--20018510
42
2.2
42
84
5
116
32
35
12
19
1.90
20020248--20020309
27
2.3
26
76
13
63
38
1
11
48
1.49
20021820--20021870
17
3.1
17
70
13
52
41
3
3
50
1.39
20022716--20023098
43
9.0
43
91
1
585
24
19
32
23
1.98
20023659--20023691
16
1.9
18
88
11
52
18
12
18
51
1.76
20026322--20026360
21
1.9
21
89
5
62
41
7
10
41
1.68
20026322--20026368
21
2.3
21
85
3
60
40
6
8
44
1.60
20026495--20026601
49
2.2
49
79
3
126
50
8
5
35
1.56
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20046189--20046222
17
2.0
17
94
0
59
44
50
0
5
1.26
20050828--20050861
17
2.0
17
94
0
59
44
50
0
5
1.26
20052043--20052087
19
2.5
19
82
7
58
51
20
6
22
1.70
20055195--20055242
20
2.5
20
86
3
62
66
4
4
25
1.27
20055237--20055299
27
2.3
26
76
10
63
50
11
1
36
1.47
20061858--20061905
20
2.3
21
76
16
55
62
4
0
33
1.14
20061963--20062008
18
2.5
19
76
16
51
56
6
0
36
1.25
20062002--20062048
9
4.8
10
85
12
62
63
4
2
29
1.25
20062077--20062102
12
2.2
12
100
0
52
76
0
0
23
0.78
20062625--20062733
9
11.7
9
69
14
60
29
1
2
66
1.16
20062598--20062655
27
2.1
27
84
6
73
31
1
5
62
1.27
20062616--20062674
19
3.3
17
75
11
55
28
1
5
64
1.24
20062512--20062662
78
1.9
76
80
9
171
33
3
5
58
1.37
20062623--20062700
36
2.2
35
84
9
95
32
2
2
62
1.22
20062616--20062701
45
1.9
44
81
9
102
30
2
3
63
1.23
20062651--20062712
19
3.3
19
78
14
67
30
1
3
64
1.19
20062668--20062733
29
2.3
29
87
10
91
28
1
1
68
1.08
20062651--20062733
17
5.1
17
70
25
65
30
1
2
66
1.12
20071378--20071435
15
4.0
15
69
13
50
29
12
3
55
1.53
20074167--20074310
43
3.3
43
75
9
114
34
20
17
28
1.95
20084784--20084845
24
2.5
24
82
7
63
24
0
25
50
1.50
20084802--20084870
24
2.9
24
81
10
70
21
1
26
50
1.57
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20084856--20085233
183
2.1
180
80
12
423
17
1
31
50
1.53
20084830--20085299
7
65.3
7
74
8
239
16
1
31
49
1.57
20086411--20086566
41
3.8
41
89
6
235
28
22
20
28
1.98
20093702--20093799
33
2.9
33
84
7
108
36
22
10
30
1.87
20094016--20094171
41
3.8
41
89
6
235
28
22
20
28
1.98
20096180--20096226
25
2.0
25
83
8
62
27
14
4
53
1.60
20096487--20096659
46
3.8
46
85
4
185
20
24
15
39
1.91
20101654--20101685
4
8.0
4
100
0
64
50
0
0
50
1.00
20106585--20106617
16
2.0
17
94
5
59
39
0
0
60
0.97
20118643--20118755
47
2.4
48
77
11
124
27
14
29
29
1.95
20121982--20122035
16
3.0
19
70
20
53
38
0
1
59
1.08
20124003--20124087
20
4.2
20
80
11
95
40
0
5
54
1.25
20124673--20124731
31
1.9
31
86
6
84
38
15
11
33
1.84
20124686--20124760
31
2.5
31
82
4
82
41
14
10
33
1.81
20125659--20125720
30
2.1
30
90
0
97
58
11
3
27
1.48
20125701--20125729
12
2.5
12
94
5
51
68
0
0
31
0.89
20126350--20126410
30
2.0
30
84
6
79
59
11
4
24
1.52
20126452--20126479
11
2.5
11
100
0
56
60
0
28
10
1.30
20127888--20127926
20
2.0
20
85
10
53
28
7
2
61
1.37
20134258--20134343
24
3.4
24
70
16
75
40
5
0
53
1.25
20134567--20134600
14
2.5
14
90
4
52
35
29
14
20
1.93
20138078--20138108
12
2.6
12
94
0
53
0
25
0
74
0.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20138188--20138218
16
1.9
16
93
0
53
54
3
0
41
1.16
20154744--20154773
16
1.9
16
93
6
53
6
23
0
70
1.11
20155452--20155524
37
2.0
37
100
0
146
50
21
5
21
1.69
20160794--20160885
45
2.0
45
93
0
157
34
30
5
29
1.80
20165017--20165104
3
29.3
3
75
8
72
29
7
2
60
1.37
20165022--20165104
12
6.6
12
81
8
85
30
8
2
59
1.40
20169235--20169269
12
2.8
13
86
8
54
65
5
0
28
1.15
20169207--20169293
41
2.1
41
84
0
111
66
8
2
22
1.30
20169303--20169344
6
7.2
6
86
5
59
69
0
0
30
0.89
20169303--20169344
17
2.4
17
88
4
57
69
0
0
30
0.89
20169314--20169354
18
2.3
18
87
8
57
65
0
0
34
0.93
20170647--20170682
13
2.8
14
84
16
51
27
25
0
47
1.52
20170634--20170674
18
2.2
19
87
12
59
29
24
0
46
1.53
20170767--20170815
23
2.1
23
100
0
98
46
40
4
8
1.52
20171187--20171233
15
3.1
15
81
0
67
48
12
2
36
1.53
20172072--20172100
13
2.1
14
93
6
51
44
3
0
51
1.18
20179989--20180036
17
2.7
17
83
6
51
39
6
2
52
1.39
20188823--20188973
53
2.8
53
88
4
205
25
16
28
29
1.97
20195127--20195173
24
1.9
25
86
4
69
38
0
0
61
0.96
20195136--20195181
24
1.9
24
86
0
65
43
2
0
54
1.12
20195178--20195209
15
2.0
17
88
11
50
15
6
3
75
1.14
20195440--20195505
29
2.2
29
81
7
80
48
3
4
43
1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20201204--20201240
13
3.0
13
84
7
51
86
0
13
0
0.57
20202654--20202681
13
2.2
13
100
0
56
32
7
25
35
1.83
20216208--20216280
36
2.0
36
100
0
146
27
16
13
42
1.86
20230911--20230956
23
2.0
23
83
8
58
45
0
2
52
1.13
20231667--20231705
20
2.0
20
84
0
51
43
5
5
46
1.48
20239986--20240118
46
2.9
46
85
1
158
22
21
24
31
1.98
20245293--20245361
33
2.1
33
97
0
129
42
13
5
39
1.68
20251072--20251109
19
2.1
19
90
5
60
60
2
0
36
1.11
20254673--20254706
14
2.5
14
90
4
52
0
14
0
85
0.60
20257936--20257983
11
4.2
11
74
10
51
35
2
4
58
1.29
20260635--20260677
21
2.0
21
86
4
59
53
0
0
46
1.00
20260697--20260737
13
2.9
14
77
22
50
53
0
2
43
1.13
20260770--20260825
15
3.5
15
71
19
51
50
1
0
48
1.11
20260718--20260824
48
2.3
47
77
19
109
49
3
1
44
1.31
20261328--20261530
101
2.0
101
100
0
406
36
13
6
42
1.72
20277759--20277818
32
1.9
31
83
10
77
31
6
8
53
1.57
20278124--20278201
29
2.7
30
80
5
81
48
3
11
35
1.58
20278942--20278997
27
2.2
26
84
12
73
62
3
3
30
1.29
20298843--20298867
3
8.3
3
100
0
50
32
0
32
36
1.58
20299497--20299564
20
3.3
20
78
15
77
57
0
0
42
0.98
20299617--20299675
20
3.0
20
74
18
61
45
0
0
54
0.99
20299687--20299723
16
2.3
16
86
13
58
59
0
0
40
0.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20318271--20318425
59
2.6
60
76
5
154
29
14
15
40
1.87
20318542--20318636
30
3.1
30
72
14
86
49
10
7
32
1.65
20319312--20319352
6
6.8
6
94
0
73
36
14
48
0
1.44
20331969--20332074
43
2.5
43
81
6
115
23
20
20
34
1.96
20332571--20332599
13
2.2
13
100
0
58
37
0
0
62
0.96
20333808--20333838
6
5.2
6
92
0
53
48
16
19
16
1.81
20334962--20335012
5
10.6
5
87
8
79
60
0
1
37
1.08
20334955--20335012
28
2.2
24
85
11
62
60
0
1
37
1.07
20335893--20335973
40
2.0
40
85
0
108
35
9
16
38
1.81
20336166--20336271
45
2.4
45
85
3
133
22
18
16
42
1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325