genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.319.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100574221--100574308	45	2.0	45	84	4	115	30	21	6	40	1.79
100574939--100575070	66	2.0	66	85	5	178	12	22	18	46	1.83
100577053--100577129	41	1.9	40	84	7	102	23	23	19	33	1.97
100582269--100582356	19	4.8	19	90	8	146	37	12	14	35	1.84
100582274--100582363	35	2.5	37	87	10	134	37	12	15	34	1.85
100582645--100582679	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
100601216--100601520	78	3.7	78	86	7	378	33	18	23	24	1.97
100601389--100601662	45	6.1	45	78	6	277	31	16	27	24	1.96
100601463--100601662	89	2.2	90	86	3	287	33	16	28	23	1.95
100602005--100602084	36	2.2	35	87	10	117	38	12	12	36	1.81
100602013--100602083	19	3.8	19	92	7	128	38	11	14	36	1.81
100602375--100602409	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
100605766--100605796	15	2.1	15	100	0	62	38	12	0	48	1.42
100610715--100610750	9	3.8	9	89	10	54	36	0	0	63	0.94
100612277--100612320	20	2.1	22	84	12	58	34	4	4	56	1.40
100626339--100626429	44	2.1	44	81	4	103	43	15	8	31	1.77
100631565--100631598	17	2.0	17	88	11	52	11	20	0	67	1.21
100632137--100632177	21	1.9	21	85	14	57	34	2	2	60	1.23
100635337--100635394	22	2.7	21	76	10	53	43	17	3	36	1.66
100635373--100635444	19	3.9	19	87	10	114	37	15	9	37	1.80
100635387--100635442	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
100635773--100635972	45	4.5	45	86	1	240	24	29	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100635790--100635956	89	1.9	89	88	0	253	26	30	14	28	1.95
100635989--100636280	78	3.7	77	87	2	406	25	23	18	33	1.97
100636354--100636645	78	3.7	78	90	1	451	24	23	18	32	1.97
100635957--100636978	365	2.8	365	94	0	1767	25	22	18	33	1.97
100636719--100637026	78	4.0	78	89	0	465	25	22	18	33	1.97
100636081--100636932	287	3.0	277	81	7	914	25	23	18	33	1.97
100636999--100637160	89	1.8	89	84	5	222	26	24	19	30	1.98
100636952--100637160	87	2.4	88	79	7	230	25	22	20	31	1.98
100645554--100645648	18	4.7	21	79	12	74	40	16	7	35	1.77
100645554--100645611	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
100645590--100645663	19	3.9	19	96	3	141	36	16	10	36	1.83
100645583--100645663	37	2.2	38	91	8	141	35	17	9	37	1.83
100645593--100645672	37	2.2	37	88	6	110	38	13	12	35	1.83
100646847--100646929	38	2.2	38	82	8	98	37	3	1	57	1.24
100647718--100647749	14	2.3	14	94	0	55	50	0	9	40	1.35
100647756--100647783	8	3.5	8	100	0	56	0	10	0	89	0.49
100648648--100648690	17	2.5	17	88	0	59	4	30	0	65	1.13
100650238--100650309	32	2.2	32	97	0	135	19	25	11	44	1.83
100651996--100652031	18	2.0	18	89	10	56	69	0	0	30	0.89
100652285--100652360	22	3.7	21	75	15	59	40	17	5	36	1.72
100652314--100652392	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
100652335--100652390	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100652321--100652392	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
100652743--100652939	45	4.4	45	83	5	238	25	30	12	31	1.92
100652762--100652925	89	1.8	89	92	0	274	28	31	12	28	1.93
100652956--100653405	78	5.8	77	86	4	598	25	23	18	32	1.97
100652956--100653405	156	2.9	156	88	2	672	25	23	18	32	1.97
100652956--100653391	234	1.9	234	90	0	701	25	24	17	32	1.97
100653348--100653937	220	2.7	220	93	0	993	26	22	19	31	1.97
100654857--100654889	8	4.0	8	92	7	57	12	0	0	87	0.53
100654859--100654889	9	3.6	9	91	8	55	9	0	0	90	0.46
100654857--100654889	17	1.9	17	100	0	66	12	0	0	87	0.53
100660091--100660125	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
100660379--100660436	22	2.6	22	81	7	64	41	15	5	37	1.70
100660415--100660505	35	2.5	37	89	8	141	36	16	10	36	1.84
100660415--100660505	19	4.9	19	89	8	152	36	16	10	36	1.84
100661121--100661173	21	2.5	21	93	0	88	24	33	16	24	1.96
100670717--100670761	13	3.5	13	78	6	56	62	2	0	35	1.08
100671194--100671245	20	2.6	21	85	8	65	25	3	0	71	1.03
100671238--100671277	19	2.1	19	86	9	55	35	2	0	62	1.09
100687575--100687665	33	2.8	33	94	0	155	18	9	41	29	1.83
100695180--100695233	19	2.8	20	77	8	58	68	1	0	29	1.00
100696196--100696281	43	2.0	43	100	0	172	25	13	23	37	1.92
100697550--100697597	23	2.2	20	82	10	51	39	2	2	56	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100699791--100699834	22	2.0	23	82	8	56	22	2	4	70	1.17
100709486--100709522	16	2.3	16	95	0	65	35	8	0	56	1.29
100717931--100717983	21	2.5	21	93	0	88	22	13	47	16	1.82
100725986--100726214	3	76.7	3	79	6	232	30	6	1	62	1.28
100726327--100726387	23	2.7	23	78	19	65	19	6	0	73	1.04
100730594--100730645	12	4.2	12	73	9	50	26	0	0	73	0.84
100745351--100745380	12	2.5	12	94	0	51	56	0	6	36	1.26
100745428--100745479	20	2.8	19	78	21	65	50	5	1	42	1.37
100747147--100747177	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
100754235--100754267	17	2.0	17	88	5	50	21	9	0	69	1.15
100755573--100755597	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
100761003--100761056	27	2.0	27	96	0	99	44	18	5	31	1.73
100764845--100765279	227	1.9	227	96	0	809	32	10	13	43	1.78
100766476--100766526	23	2.2	23	96	0	93	27	5	13	52	1.63
100767485--100767531	24	2.0	24	86	0	67	44	4	19	31	1.70
100767939--100767995	24	2.4	23	78	18	64	61	3	5	29	1.35
100768875--100768921	23	2.0	23	91	0	76	53	0	46	0	1.00
100768879--100768925	16	2.9	16	84	6	60	46	0	53	0	1.00
100770259--100770580	89	3.6	88	81	7	378	36	18	16	27	1.93
100770495--100770809	74	4.2	74	86	3	452	32	21	17	29	1.96
100770794--100770824	14	2.2	14	100	0	62	61	6	19	12	1.53
100770727--100770897	88	2.0	87	89	5	265	35	21	18	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100783324--100783370	24	2.0	24	86	0	67	44	4	19	31	1.70
100783474--100783526	22	2.4	22	75	12	54	62	7	3	26	1.39
100784727--100784772	16	2.9	16	87	3	67	52	0	45	2	1.13
100786657--100786699	18	2.4	18	88	0	59	32	2	0	65	1.06
100791289--100791323	18	1.9	18	94	0	61	28	0	0	71	0.86
100793433--100793469	4	9.8	4	85	11	51	21	0	2	75	0.92
100798712--100798979	46	5.8	46	91	0	367	40	14	23	20	1.90
100802490--100802519	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
100804347--100804398	10	5.1	10	77	11	52	57	0	3	38	1.17
100812192--100812413	43	5.2	43	91	2	317	33	8	3	55	1.45
100812491--100812575	24	3.4	26	75	8	86	25	7	7	60	1.49
100812490--100812586	49	2.0	50	81	6	117	27	6	7	58	1.49
100815074--100815099	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
100815487--100815769	131	2.2	131	85	3	372	32	17	15	33	1.92
100815527--100815808	131	2.1	129	78	6	298	31	19	15	33	1.93
100826215--100826304	45	2.0	45	100	0	180	35	15	20	28	1.93
100827818--100827852	4	9.0	4	93	6	63	51	0	0	48	1.00
100840978--100841061	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
100841899--100841950	22	2.4	22	86	0	68	25	17	21	36	1.94
100849941--100849994	28	1.9	28	85	7	74	48	1	0	50	1.11
100852896--100852939	13	3.2	13	78	12	52	45	0	0	54	0.99
100853027--100853070	21	2.1	21	87	8	63	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100853276--100853316	19	2.2	19	91	8	66	73	0	26	0	0.84
100855422--100855468	20	2.3	20	92	0	76	10	36	36	17	1.84
100855842--100855885	23	1.9	23	90	0	70	65	0	34	0	0.93
100861003--100861045	17	2.6	16	78	10	50	48	2	13	34	1.56
100867133--100867160	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
100872035--100872101	33	2.0	33	97	0	125	25	20	17	35	1.95
100877736--100877768	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
100881049--100881091	22	1.9	23	85	4	61	37	16	37	9	1.81
100883118--100883194	19	3.9	19	76	18	70	16	3	1	77	0.98
100883117--100883157	11	3.8	11	83	3	57	17	2	0	80	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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