genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64711234--64711574	19	18.6	18	65	21	106	65	1	2	29	1.15
64711234--64711396	17	9.3	17	70	19	86	66	1	0	31	1.03
64711329--64711398	23	3.0	22	78	15	70	67	0	0	32	0.91
64711472--64711569	5	19.8	5	66	17	53	72	0	3	24	0.99
64711470--64711547	20	3.8	19	73	23	61	74	0	3	21	0.98
64711503--64711574	28	2.6	28	80	14	87	70	0	2	26	1.00
64711460--64711592	26	4.8	26	73	17	83	69	0	3	27	1.02
64711622--64711654	17	1.9	17	88	11	50	66	0	3	30	1.06
64712202--64712276	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
64712337--64712728	40	9.9	40	90	1	572	25	22	27	25	2.00
64712337--64712699	198	1.8	200	90	1	595	24	22	26	26	2.00
64715471--64715636	73	2.3	73	90	1	251	28	17	20	33	1.95
64715617--64715660	13	3.3	13	87	6	61	15	13	4	65	1.41
64715556--64715832	100	2.8	101	91	2	427	24	18	19	38	1.93
64715830--64716583	73	10.3	73	85	6	947	30	16	19	33	1.94
64715843--64716572	148	5.0	148	90	2	1073	30	16	19	32	1.94
64716654--64716686	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
64716510--64716843	183	1.8	180	86	4	483	28	17	19	35	1.94
64716491--64716854	91	4.0	89	83	7	423	26	16	18	37	1.92
64716756--64716942	102	1.8	103	88	4	288	25	14	18	40	1.89
64716937--64716976	13	3.0	13	78	7	53	42	7	0	50	1.30
64716937--64716975	14	2.9	14	84	3	53	43	5	0	51	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64716883--64717108	87	2.6	87	78	6	217	31	15	18	34	1.91
64717692--64717748	18	3.5	18	66	26	54	28	47	5	19	1.71
64717683--64717768	30	2.9	30	94	0	145	27	50	4	17	1.66
64718226--64718277	24	2.2	23	83	10	61	36	3	0	59	1.16
64718303--64718444	25	5.5	26	71	15	82	33	5	4	56	1.42
64718345--64718443	23	4.1	23	75	13	83	32	5	5	57	1.42
64718322--64718431	27	4.1	26	73	19	75	32	5	5	56	1.45
64718345--64718465	48	2.5	49	81	6	122	31	5	4	57	1.43
64718422--64718480	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
64718595--64718629	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
64724559--64724820	46	5.6	47	79	10	247	27	19	30	22	1.98
64724554--64724820	90	2.9	94	80	10	277	27	18	30	23	1.98
64727882--64727911	10	3.1	10	95	4	53	20	0	20	60	1.37
64727942--64727981	19	2.0	20	85	4	55	37	0	27	35	1.57
64731215--64731243	14	2.1	14	100	0	58	34	6	41	17	1.76
64737449--64737497	21	2.5	20	90	9	82	24	20	4	51	1.65
64750954--64750987	17	1.9	17	88	5	50	17	17	38	26	1.92
64751234--64751287	27	2.0	27	85	7	74	31	20	18	29	1.96
64753419--64753449	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
64756465--64756587	56	2.2	56	85	0	165	30	13	21	34	1.93
64761349--64761440	25	3.7	25	73	5	87	26	21	22	29	1.99
64761434--64761526	41	2.3	41	84	3	125	26	22	29	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64770122--64770197	28	2.7	28	85	0	107	31	30	13	25	1.93
64770182--64770275	40	2.4	38	87	3	134	36	24	14	24	1.93
64770975--64771054	39	2.1	39	97	0	151	25	20	11	43	1.84
64780118--64780296	48	3.7	48	71	5	164	23	27	19	29	1.98
64780070--64780307	96	2.5	96	85	1	298	25	28	17	28	1.98
64785202--64785377	50	3.5	50	77	7	194	31	24	17	26	1.97
64785196--64785377	101	1.8	101	91	0	301	31	24	17	26	1.97
64791822--64791990	48	3.5	48	74	3	169	27	26	17	28	1.98
64791822--64792003	96	1.9	96	87	0	265	28	26	17	27	1.97
64793811--64793846	17	2.2	16	90	5	54	47	25	11	16	1.79
64794315--64794377	32	2.0	32	93	0	108	34	20	19	25	1.96
64801891--64801922	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
64802970--64803033	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
64803226--64803417	23	8.0	23	87	8	219	29	21	20	28	1.98
64803248--64803416	23	7.1	23	90	6	225	30	21	20	28	1.98
64803475--64803531	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
64803463--64803533	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
64803468--64803522	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
64804772--64804863	27	3.4	27	87	3	123	20	25	20	33	1.97
64804917--64804968	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
64805000--64805199	27	7.4	27	75	11	160	32	9	19	39	1.83
64805005--64805185	81	2.2	81	91	2	285	30	8	19	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64805007--64805185	27	6.7	26	79	10	173	30	8	18	41	1.82
64805178--64805327	27	5.6	27	86	2	203	41	10	20	28	1.84
64807109--64807376	133	2.0	133	95	0	482	27	22	18	30	1.97
64807316--64807394	31	2.5	31	89	0	113	30	25	15	29	1.96
64807418--64807509	42	2.2	42	94	0	157	35	21	13	29	1.91
64807654--64807776	26	4.8	26	89	1	178	28	23	21	26	1.99
64807654--64807776	52	2.4	51	94	2	212	28	23	21	26	1.99
64808606--64808672	27	2.5	27	90	0	98	16	26	19	37	1.93
64808606--64808680	27	2.8	27	85	4	89	18	24	22	34	1.96
64808813--64808995	81	2.3	81	91	2	289	30	8	19	42	1.80
64808703--64809047	27	12.7	27	76	9	247	30	8	19	41	1.81
64808815--64809208	27	14.6	27	83	4	231	32	8	20	38	1.83
64815669--64815700	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
64822827--64822858	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
64823926--64823982	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
64825008--64825039	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
64851880--64852046	43	3.9	42	80	7	169	32	26	14	25	1.95
64858523--64858680	42	3.7	42	81	4	174	28	17	24	30	1.97
64861279--64861392	27	4.2	27	80	3	113	21	20	21	36	1.95
64861278--64861392	54	2.1	54	82	9	137	20	20	22	36	1.95
64863519--64863713	49	3.9	49	80	7	205	27	17	26	28	1.98
64863520--64863715	50	3.9	49	81	4	223	27	17	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64869001--64869065	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
64869171--64869233	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
64869181--64869244	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
64869697--64869735	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
64871847--64871901	20	2.8	19	77	2	56	23	12	29	34	1.92
64873411--64873454	20	2.1	21	87	8	63	34	4	13	47	1.63
64877523--64877683	42	3.8	42	77	4	171	27	15	25	31	1.96
64883279--64883420	67	2.1	67	86	5	194	30	22	28	18	1.97
64883350--64883401	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
64893464--64893599	68	2.0	68	94	0	236	32	22	18	26	1.97
64894293--64894390	42	2.3	42	79	8	110	25	29	25	19	1.98
64897888--64898075	41	4.7	41	87	7	194	26	21	27	25	2.00
64897925--64898085	41	4.0	40	91	4	218	28	19	26	25	1.99
64897888--64898085	40	4.9	40	86	6	233	26	21	26	25	1.99
64897941--64898098	39	4.0	40	85	6	162	28	19	25	25	1.99
64905759--64905964	79	2.6	79	82	6	231	27	20	27	24	1.99
64905710--64905930	39	5.6	41	84	6	228	25	20	28	25	1.99
64908102--64908262	27	6.0	27	87	2	216	24	13	18	43	1.86
64908102--64908257	81	1.9	81	89	2	242	25	13	17	43	1.85
64908604--64908651	18	2.7	18	86	0	78	22	18	16	41	1.90
64909324--64909474	42	3.6	42	82	2	160	27	19	16	35	1.94
64909923--64910001	39	2.1	38	92	2	131	35	22	6	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64913145--64913180	18	2.0	18	100	0	72	44	22	11	22	1.84
64916928--64917047	48	2.5	48	82	7	147	35	14	22	27	1.93
64922766--64922868	46	2.2	48	85	3	138	36	14	23	25	1.93
64925141--64925209	34	2.0	34	97	0	129	33	20	7	39	1.80
64925287--64925409	43	2.9	42	77	7	149	27	25	16	30	1.96
64925294--64925451	42	3.8	42	77	5	133	26	22	16	34	1.95
64928161--64928198	20	1.9	20	89	10	60	31	2	0	65	1.06
64928374--64928407	6	5.3	6	93	6	50	0	14	0	85	0.60
64928377--64928407	7	4.6	7	96	4	55	0	12	0	87	0.55
64929321--64929498	89	2.0	92	85	7	249	55	10	23	11	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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