genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72290234--72290287	22	2.5	22	100	0	108	16	14	18	50	1.79
72291426--72291565	65	2.2	65	89	3	219	25	19	20	35	1.95
72291590--72291671	26	3.2	26	79	8	80	21	20	19	37	1.94
72291590--72291652	24	2.5	25	82	12	76	22	22	20	34	1.96
72300958--72301053	43	2.2	41	79	13	104	23	16	30	29	1.96
72301127--72301192	31	2.1	31	85	0	87	53	19	10	16	1.72
72301903--72301931	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
72304639--72304670	15	2.1	15	94	0	55	28	6	0	65	1.16
72304693--72304764	7	10.3	7	78	0	72	43	37	1	18	1.59
72304815--72304889	39	1.9	39	86	5	107	38	20	18	22	1.93
72304975--72305216	115	2.1	115	91	0	385	29	18	20	30	1.97
72305538--72305597	21	2.8	21	84	2	75	20	0	41	38	1.52
72305763--72305788	7	3.7	7	100	0	52	15	0	38	46	1.46
72305812--72305854	15	3.0	15	80	10	54	20	0	32	46	1.51
72305807--72305849	22	2.0	22	81	9	52	23	0	30	46	1.52
72306121--72306160	15	2.6	16	84	4	55	77	2	0	20	0.88
72306279--72306364	41	2.1	41	82	4	102	44	15	15	25	1.85
72308390--72308613	48	4.7	48	83	3	265	23	29	19	28	1.98
72308340--72308613	96	2.9	95	85	2	361	23	29	19	27	1.98
72313472--72313643	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
72313465--72313640	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
72321039--72321210	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72321032--72321207	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
72323709--72323736	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
72324018--72324120	22	4.7	22	81	9	106	24	22	26	27	2.00
72324007--72324124	22	5.4	22	76	13	93	22	21	23	32	1.98
72324177--72324237	21	3.0	20	86	9	79	32	21	11	34	1.89
72324759--72324804	8	5.8	8	94	0	83	10	23	23	41	1.86
72347867--72348075	41	5.2	40	85	3	116	25	26	23	23	2.00
72347890--72348075	41	4.6	41	87	3	243	24	25	24	24	2.00
72347890--72348073	81	2.3	82	83	5	239	24	26	25	24	2.00
72354233--72354345	27	4.2	26	87	5	136	36	23	23	17	1.95
72354233--72354345	54	2.1	54	86	3	156	36	23	23	17	1.95
72355964--72356073	26	4.2	26	92	2	168	35	24	4	35	1.76
72358601--72359323	37	19.8	35	75	8	205	28	19	14	38	1.91
72358737--72359340	37	16.4	38	78	7	498	28	20	13	36	1.91
72358738--72359322	112	5.3	110	78	6	463	28	20	14	37	1.91
72364694--72364919	43	5.3	43	86	0	299	27	30	17	23	1.97
72364992--72365035	7	6.4	7	86	5	54	36	9	2	52	1.46
72366779--72366815	18	2.1	18	100	0	74	54	13	5	27	1.61
72367049--72367103	28	1.9	29	85	10	78	14	21	43	20	1.87
72382807--72383126	43	7.5	43	82	2	362	27	16	26	29	1.97
72382807--72383126	84	3.8	84	85	3	385	27	16	26	29	1.97
72382807--72383121	127	2.5	128	84	3	393	27	16	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72385294--72385355	30	2.1	30	87	0	88	29	24	4	41	1.75
72390111--72390178	34	2.0	34	97	0	127	39	23	16	20	1.91
72392350--72392529	46	3.8	49	79	14	209	28	28	21	21	1.98
72392358--72392529	93	1.8	93	92	0	290	27	28	21	22	1.99
72409173--72409309	68	2.0	69	97	1	258	39	14	10	35	1.81
72409883--72409931	26	1.9	25	87	4	71	34	16	22	26	1.95
72410093--72410234	65	2.2	65	81	5	153	35	21	18	23	1.95
72410855--72410896	21	2.0	21	85	0	57	35	9	2	52	1.47
72414783--72414814	16	2.0	16	93	0	55	37	25	15	21	1.93
72430031--72430436	47	8.6	47	91	2	632	29	29	8	32	1.87
72430031--72430436	96	4.3	96	93	2	689	29	29	8	32	1.87
72430031--72430436	143	2.9	141	91	2	650	29	29	8	32	1.87
72444795--72444853	26	2.4	25	83	10	77	66	3	0	30	1.08
72444843--72444885	18	2.3	19	88	4	61	79	2	0	18	0.85
72445077--72445106	16	1.9	16	93	6	53	76	0	0	23	0.78
72446570--72446671	52	2.0	52	92	0	168	27	16	13	42	1.86
72447376--72447414	20	1.9	20	84	5	51	46	7	15	30	1.74
72448513--72448561	23	2.1	23	100	0	98	63	8	0	28	1.23
72453777--72453823	16	2.9	16	77	0	58	27	4	12	55	1.56
72453766--72453845	32	2.5	32	81	4	99	25	3	17	53	1.60
72455169--72455210	19	2.2	20	95	4	77	50	9	9	30	1.67
72457697--72457764	23	3.2	21	79	8	75	14	10	4	70	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72457697--72457743	21	2.3	20	88	3	67	12	8	4	74	1.19
72459087--72459112	11	2.4	11	100	0	52	23	0	0	76	0.78
72459792--72459841	18	2.9	17	85	8	66	28	10	0	62	1.27
72461441--72461494	23	2.3	23	80	3	63	44	24	16	14	1.85
72463317--72463459	51	2.8	50	80	2	160	27	27	18	25	1.98
72471778--72471819	21	2.0	21	85	0	57	33	0	2	64	1.07
72478398--72478431	9	3.8	9	92	0	59	26	0	41	32	1.56
72480851--72481022	51	3.1	57	79	9	169	29	18	6	45	1.74
72481949--72481974	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
72485326--72485392	36	1.9	34	85	11	91	53	8	2	34	1.47
72487534--72487575	20	2.0	21	86	4	59	59	2	0	38	1.10
72489337--72489437	47	2.2	47	82	8	118	41	0	2	54	1.22
72489369--72489478	11	10.4	11	67	24	58	41	0	1	56	1.10
72489373--72489458	32	2.6	31	83	8	109	41	0	2	55	1.12
72489399--72489502	18	5.9	18	71	18	85	44	0	0	54	1.06
72489675--72489714	19	2.3	16	87	12	53	57	0	7	35	1.27
72489740--72489787	19	2.5	19	79	0	60	70	0	0	29	0.87
72489736--72489790	7	8.3	7	86	8	62	69	0	0	30	0.89
72489957--72489999	13	3.3	13	83	9	52	20	0	4	74	1.00
72489946--72489993	18	2.8	16	79	17	51	14	2	4	79	0.98
72489957--72489998	22	1.9	22	85	9	59	19	0	4	76	0.96
72489953--72489986	9	3.8	9	85	14	52	17	0	2	79	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72490059--72490193	13	11.1	12	66	22	68	38	0	2	58	1.16
72490115--72490181	21	3.2	20	70	8	62	43	0	0	56	0.99
72490205--72490250	20	2.2	22	84	7	60	47	2	2	47	1.26
72490272--72490330	18	3.0	19	80	12	66	37	0	1	61	1.07
72490296--72490367	29	2.6	29	80	8	78	45	1	0	52	1.09
72490282--72490332	19	2.7	18	87	6	66	41	0	0	58	0.98
72490638--72490686	15	3.3	15	88	2	55	55	2	0	42	1.11
72490729--72490790	22	2.9	21	90	4	88	61	0	0	38	0.96
72490720--72490798	21	3.5	22	83	10	90	58	1	0	40	1.06
72490794--72490868	23	3.2	22	78	10	78	56	2	0	41	1.13
72490778--72490881	47	2.2	49	83	10	126	57	2	0	39	1.13
72490865--72490908	18	2.4	18	85	7	54	70	0	0	29	0.88
72490918--72490963	8	5.5	8	82	7	56	76	4	8	10	1.15
72490896--72490964	9	7.9	9	73	20	58	75	2	10	11	1.15
72490918--72490969	17	3.2	16	86	10	70	78	3	7	9	1.06
72490893--72490969	9	9.1	8	75	10	57	77	2	9	10	1.07
72495502--72495540	14	2.7	15	80	8	53	43	5	0	51	1.24
72496121--72496269	77	1.9	77	82	5	185	34	4	14	46	1.64
72496947--72496995	18	2.8	17	81	6	62	71	10	12	6	1.30
72497152--72497210	26	2.3	26	85	5	75	62	0	37	0	0.95
72497238--72497283	12	3.6	13	77	13	51	63	0	34	2	1.07
72497246--72497283	20	1.9	19	89	5	58	57	0	39	2	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72497357--72497418	13	5.1	12	79	13	65	19	1	14	64	1.37
72497368--72497408	23	1.9	22	85	14	59	14	2	17	65	1.37
72497337--72497424	39	2.4	35	83	11	104	17	2	14	65	1.36
72497358--72497427	16	4.1	16	74	15	61	20	1	15	62	1.39
72497417--72497479	19	3.3	19	68	18	58	34	7	9	47	1.65
72497478--72497520	13	3.1	13	83	10	50	20	0	16	62	1.32
72497475--72497514	16	2.5	16	95	0	71	22	0	12	65	1.26
72497436--72497553	55	2.2	54	90	4	186	30	5	11	53	1.58
72501759--72501810	24	2.2	24	82	0	59	9	30	32	26	1.89
72503509--72503617	33	3.4	33	84	5	152	32	1	4	61	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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