genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90620286--90620386	52	2.0	51	90	2	157	47	22	9	19	1.79
90637771--90637817	22	2.1	22	88	4	67	29	2	0	68	1.02
90637810--90637878	16	4.0	17	77	15	61	30	2	0	66	1.06
90637840--90637895	15	3.7	15	81	15	62	30	0	0	69	0.89
90637850--90637894	13	3.5	13	80	19	58	28	0	0	71	0.87
90637840--90637890	17	3.1	17	85	2	59	31	0	0	68	0.90
90637779--90637915	52	2.9	44	72	21	100	28	3	0	67	1.13
90641081--90641129	19	2.6	19	84	12	57	22	30	6	40	1.78
90641093--90641131	19	2.1	19	90	9	62	20	33	2	43	1.65
90643468--90643492	10	2.5	10	100	0	50	36	0	0	64	0.94
90653469--90653509	10	4.0	11	81	18	52	73	0	7	19	1.07
90653471--90653527	20	3.0	20	69	23	59	71	0	8	19	1.11
90654143--90654167	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
90654173--90654355	93	2.0	94	90	1	287	32	26	14	27	1.94
90655499--90655592	8	13.0	7	77	18	63	73	1	3	22	1.04
90657092--90657123	16	2.0	16	100	0	64	37	12	25	25	1.91
90671519--90671577	29	2.0	31	80	12	70	37	1	20	40	1.63
90683184--90683243	27	2.3	26	82	2	66	33	20	25	21	1.97
90683286--90683337	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
90690444--90690502	27	2.2	27	96	0	109	18	23	25	32	1.97
90690773--90690824	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
90694384--90694414	14	2.2	14	94	0	53	16	3	3	77	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90696396--90696427	13	2.5	13	100	0	64	31	25	18	25	1.98
90700523--90700608	40	2.2	40	84	0	109	33	11	16	38	1.85
90700810--90700836	12	2.2	12	100	0	54	25	18	7	48	1.74
90700793--90700934	45	2.9	50	75	17	145	23	18	16	41	1.90
90700906--90700939	6	5.7	6	85	0	50	17	23	14	44	1.86
90707484--90707649	48	3.5	47	86	3	201	29	19	26	24	1.98
90707574--90707845	142	1.9	145	81	9	335	26	20	28	24	1.99
90707704--90707797	49	1.9	49	82	4	118	30	21	26	21	1.98
90710530--90710701	46	3.7	46	80	13	217	21	21	28	28	1.99
90710526--90710696	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
90710926--90710963	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
90712226--90712316	28	3.2	28	89	4	130	31	21	24	21	1.98
90713520--90713552	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
90727596--90727637	21	2.0	21	90	4	68	26	28	35	9	1.88
90728757--90728920	46	3.6	46	76	13	135	22	30	19	27	1.98
90735148--90735189	21	2.0	20	86	4	57	28	28	33	9	1.88
90739238--90739270	14	2.4	14	90	10	50	60	0	0	39	0.97
90752255--90752303	19	2.3	21	86	13	66	28	0	4	67	1.09
90752262--90752307	12	4.2	12	78	18	55	28	0	4	67	1.10
90753695--90753755	30	2.0	30	93	0	104	45	4	18	31	1.70
90753695--90753751	18	3.5	18	73	26	63	45	5	19	29	1.72
90761840--90762016	65	2.7	66	92	0	293	18	19	18	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90764746--90764805	26	2.3	26	94	2	102	43	11	25	20	1.85
90765053--90765155	46	2.2	48	87	3	147	34	14	24	26	1.94
90769389--90769491	46	2.2	48	87	3	147	34	14	24	26	1.94
90770892--90770980	39	2.2	41	86	4	119	39	3	4	52	1.38
90771076--90771105	12	2.6	11	90	10	51	66	0	0	33	0.92
90772345--90772378	11	3.1	11	95	0	59	11	8	14	64	1.49
90777104--90777163	18	3.3	18	75	9	59	30	15	11	43	1.82
90778332--90778375	19	2.4	19	81	11	56	0	27	0	72	0.85
90778403--90778427	13	1.9	13	100	0	50	12	16	0	72	1.13
90784449--90784483	16	2.2	16	94	0	61	45	0	11	42	1.40
90784655--90784704	23	2.2	23	85	7	66	34	6	2	58	1.34
90786649--90786807	27	5.9	27	79	11	166	35	21	23	19	1.96
90786667--90786807	54	2.6	54	88	2	203	35	22	23	18	1.96
90786912--90786987	26	2.8	27	88	4	100	31	11	21	35	1.89
90788425--90788529	25	4.2	26	93	6	189	36	25	6	31	1.82
90793770--90793873	27	3.9	27	82	9	115	35	23	23	18	1.95
90793978--90794053	26	2.8	27	88	4	100	31	13	21	34	1.91
90795495--90795602	26	4.2	26	90	0	171	36	25	6	32	1.81
90796846--90796908	23	2.6	23	80	12	72	38	0	12	49	1.41
90802948--90802981	16	2.2	15	89	5	50	38	8	2	50	1.49
90804376--90804424	23	2.1	23	85	7	64	44	8	2	44	1.45
90808859--90808903	23	2.0	23	95	0	81	35	20	26	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90808802--90808919	26	4.7	25	74	11	91	37	17	23	21	1.94
90809725--90809781	28	2.0	28	100	0	114	38	17	7	36	1.77
90824820--90824863	21	2.1	21	95	0	79	43	13	25	18	1.86
90824913--90825113	68	3.0	67	76	8	174	38	8	21	30	1.84
90825087--90825258	68	2.5	66	76	15	154	36	14	25	24	1.93
90826618--90826790	46	3.7	46	79	11	210	22	20	27	28	1.99
90826615--90826785	93	1.8	93	93	2	299	22	21	28	28	1.99
90831185--90831269	40	2.1	40	86	4	118	36	27	16	20	1.93
90833664--90833891	29	7.8	29	75	3	181	20	26	14	38	1.92
90833678--90833922	58	4.2	57	80	4	224	22	26	13	37	1.91
90833979--90834017	14	2.7	15	84	8	53	64	2	2	30	1.21
90839039--90839198	83	1.9	84	92	1	268	26	18	10	45	1.81
90843701--90843731	6	5.2	6	100	0	62	0	16	0	83	0.64
90846666--90846722	26	2.2	26	96	0	105	28	17	12	42	1.85
90848626--90848791	46	3.6	46	97	0	305	17	23	13	45	1.84
90848626--90848830	92	2.2	92	89	1	304	20	22	13	44	1.85
90848812--90848927	45	2.6	45	84	0	160	23	22	16	37	1.93
90857443--90857484	20	2.1	20	86	0	57	23	30	16	28	1.96
90859790--90859883	36	2.6	36	82	3	125	25	22	28	23	1.99
90860232--90860265	17	2.0	18	88	11	54	41	8	0	50	1.34
90861333--90861358	12	2.2	12	100	0	52	26	23	7	42	1.81
90871536--90871604	34	2.0	34	100	0	138	40	14	8	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90875842--90875892	24	2.1	24	92	0	84	50	1	11	35	1.50
90881384--90881440	25	2.3	26	78	9	64	33	3	0	63	1.12
90881581--90881627	22	2.2	21	88	3	67	38	27	31	2	1.69
90887059--90887092	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
90887759--90887791	10	3.2	11	87	12	52	21	0	0	78	0.75
90890411--90890446	18	1.9	19	88	5	56	50	19	11	19	1.77
90892373--90892433	25	2.4	26	89	8	90	16	3	3	77	1.04
90892438--90892481	4	10.5	4	83	9	52	18	2	2	77	0.98
90892438--90892478	13	3.2	13	85	0	64	17	2	2	78	0.98
90892519--90892624	21	4.9	22	82	12	112	45	0	0	53	1.06
90892525--90892605	22	3.7	23	80	12	100	48	0	0	51	1.00
90892688--90892748	23	2.7	24	80	7	65	39	1	1	57	1.18
90892688--90892757	22	3.1	22	74	10	61	38	1	1	58	1.16
90892731--90892769	16	2.4	17	91	8	64	38	0	0	61	0.96
90896124--90896197	30	2.5	30	84	0	85	28	20	25	25	1.99
90907340--90907378	20	1.9	21	89	5	62	35	2	0	61	1.10
90907514--90907542	15	1.9	15	100	0	58	62	3	0	34	1.12
90907539--90907586	22	2.1	23	88	3	71	56	2	0	41	1.11
90907646--90907686	22	1.9	22	90	5	66	56	0	2	41	1.13
90907646--90907720	35	2.1	35	83	9	91	57	0	1	41	1.07
90907765--90907856	24	3.7	26	75	12	77	73	5	7	13	1.22
90907846--90907913	28	2.4	28	85	5	82	64	4	7	23	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90911433--90911496	32	2.0	32	93	6	112	59	7	10	21	1.56
90946341--90946387	19	2.4	20	96	3	87	23	10	17	48	1.77
90949995--90950024	12	2.5	12	94	0	51	40	10	16	33	1.82
90951466--90951544	27	3.4	22	68	28	56	63	6	2	27	1.32
90956957--90957028	27	2.6	26	72	18	65	63	0	0	36	0.94
90969061--90969098	20	1.9	20	84	10	51	31	2	10	55	1.48
90990179--90990214	18	2.0	18	94	0	63	58	0	8	33	1.28
90992055--90992115	18	3.4	17	76	10	59	34	0	0	65	0.93
90992078--90992120	19	2.3	19	79	0	50	37	0	0	62	0.95
90992147--90992187	17	2.4	16	84	11	55	48	4	7	39	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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